R/treePop.R

   1 ## treePop.R (2011-10-11)
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   3 ##   Tree Popping
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   5 ## Copyright 2011 Andrei-Alin Popescu
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   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 treePop <- function(obj)
  11 {
  12     mf <- obj$matsplit
  13     labels <- obj$labels
  14     n <- length(labels)
  15     imf <- as.integer(mf)
  16     freq <- obj$freq
  17     mimf <- matrix(imf, nrow(mf), ncol(mf))
  18     ans <- .C("treePop", mimf, as.double(freq), as.integer(ncol(mf)),
  19               as.integer(n), integer(2*n - 3), integer(2*n - 3),
  20               double(2*n - 3), DUP = FALSE, NAOK = TRUE, PACKAGE = "ape")
  21     obj <- list(edge = cbind(ans[[5]], ans[[6]]), edge.length = ans[[7]],
  22                 tip.label = labels, Nnode = n - 2L)
  23     class(obj) <- "phylo"
  24     reorder(obj)
  25 }