R/subtrees.R

   1 ## subtrees.R (2008-04-14)
   2
   3 ##  All subtrees of a Phylogenetic Tree
   4
   5 ## Copyright 2008 Damien de Vienne
   6
   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 subtrees<-function(tree, wait = FALSE)
  11 {
  12 N.tip<-Ntip (tree)
  13 N.node<-Nnode(tree)
  14 limit<-N.tip+N.node
  15 sub<-list(N.node)
  16 u<-0
  17
  18   for (k in (N.tip+1):limit)
  19   {
  20  u<-u+1
  21         if (wait==TRUE) cat("wait... Node",u,"out of", N.node, "treated\n")
  22   fils<-NULL
  23   pere<-res <- k
  24         repeat
  25         {
  26         for (i in 1: length(pere)) fils<-c(fils, tree$edge[,2][tree$edge[,1]==pere[i]])
  27         res<-c(res, fils)
  28       pere<-fils
  29         fils<-NULL
  30         if (length(pere)==0) break
  31         }
  32
  33   len<-res[res>N.tip]
  34    if (u==1) {
  35         tree2<-tree
  36         len<-(N.tip+1):limit
  37         }
  38    else {
  39   len.tip<-res[res<N.tip+1]
  40   vec<-1:length(tree$tip.label)
  41   len.tip.stay<-setdiff(vec, len.tip)
  42   tree2<-drop.tip(tree, len.tip.stay)
  43           }
  44   sub[[u]]<-tree2
  45   sub[[u]]$name<-k
  46   #sub[[u]]$name<-tree2$node.label[1]
  47   sub[[u]]$Ntip<-Ntip(tree2)
  48   sub[[u]]$Nnode<-Nnode(tree2)
  49   if (is.null(tree$node.label))
  50         sub[[u]]$node.label<-len
  51
  52   }
  53 return(sub)
  54 cat("\n")
  55 }