R/subtreeplot.R

   1 ## subtreeplot.R (2008-04-30)
   2
   3 ##  Zoom on a Portion of a Phylogeny by Successive Clicks
   4
   5 ## Copyright 2008 Damien de Vienne
   6
   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
   9
  10 subtreeplot<-function(x, wait=FALSE, ...) {
  11
  12     sub<-subtrees(x, wait=wait)
  13     y<-NULL
  14     plot.default(0, type="n",axes=FALSE, ann=FALSE)
  15     repeat {
  16           split.screen(c(1,2))
  17         screen(2)
  18         if (is.null(y)) plot(x,...)
  19         else plot(y,sub=paste("Node :", click),...)
  20         screen(1)
  21         plot(x,sub="Complete tree",main="Type ESC or right click to exit", cex.main=0.9, ...)
  22
  23         N.tip<-Ntip(x)
  24         N.node<-Nnode(x)
  25
  26         coor<-plotPhyloCoor(x)
  27         tips<-x$tip.label
  28         nodes<-x$node.label
  29         if (is.null(x$node.label)) nodes<-(N.tip+1):(N.tip+N.node)
  30         labs<-c(rep("",N.tip), nodes)
  31
  32         click<-identify(coor[,1], coor[,2], labels=labs, n=1)
  33         if (length(click) == 0) {return(y)}
  34         if (click > N.tip) {
  35             close.screen(c(1,2),all.screens = TRUE)
  36             split.screen(c(1,2))
  37             screen(1) #selects the screen to plot in
  38             plot(x, sub="Complete tree", ...) # plots x in screen 1 (left)
  39             screen(2)
  40             for (i in 1:length(sub)) if (sub[[i]]$name==click) break
  41             y<-sub[[i]]
  42           }
  43         else cat("this is a tip, you have to choose a node\n")
  44
  45       }
  46     on.exit(return(y))
  47 }