R/speciesTree.R

   1 speciesTree <- function(x, FUN = min)
   2 ### FUN = min => MAXTREE (Liu et al. 2010)
   3 ### FUN = sum => shallowest divergence (Maddison & Knowles 2006)
   4 {
   5     test.ultra <- which(!unlist(lapply(x, is.ultrametric)))
   6     if (length(test.ultra))
   7         stop(paste("the following trees were not ultrametric:\n",
   8                    paste(test.ultra, collapse = " ")))
   9
  10     Ntree <- length(x)
  11     D <- lapply(x, cophenetic.phylo)
  12     nms <- rownames(D[[1]])
  13     n <- length(nms)
  14     M <- matrix(0, n*(n - 1)/2, Ntree)
  15     for (i in 1:Ntree) M[, i] <- as.dist(D[[i]][nms, nms])
  16     Y <- apply(M, 1, FUN)
  17     attributes(Y) <- list(Size = n, Labels = nms, Diag = FALSE,
  18                           Upper = FALSE, class = "dist")
  19     as.phylo(stats::hclust(Y, "single"))
  20 }