R/scales.R

   1 ## scales.R (2008-02-28)
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   3 ##   Add a Scale Bar or Axis to a Phylogeny Plot
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   5 ## add.scale.bar: add a scale bar to a phylogeny plot
   6 ## axisPhylo: add a scale axis on the side of a phylogeny plot
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   8 ## Copyright 2002-2008 Emmanuel Paradis
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  10 ## This file is part of the R-package `ape'.
  11 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  13 add.scale.bar <- function(x = 0, y = 1, length = NULL, ...)
  14 {
  15     lastPP <- get("last_plot.phylo", envir = .PlotPhyloEnv)
  16     if (is.null(length)) {
  17         nb.digit <- ceiling(log10(mean(lastPP$xx))) - 2
  18         length <- eval(parse(text = paste("1e", nb.digit, sep = "")))
  19     }
  20     segments(x, y, x + length, y)
  21     text(x + length * 1.1, y, as.character(length), adj = c(0, 0.5), ...)
  22 }
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  24 axisPhylo <- function(side = 1, ...)
  25 {
  26     lastPP <- get("last_plot.phylo", envir = .PlotPhyloEnv)
  27     if (lastPP$type %in% c("phylogram", "cladogram")) {
  28         if (lastPP$direction %in% c("rightwards", "leftwards")) {
  29             x <- pretty(lastPP$xx)
  30             if (lastPP$direction == "rightwards") maxi <- max(lastPP$xx)
  31             else {
  32                 maxi <- min(lastPP$xx)
  33                 x <- -x
  34             }
  35         } else {
  36             x <- pretty(lastPP$yy)
  37             if (lastPP$direction == "upwards") maxi <- max(lastPP$yy)
  38             else {
  39                 maxi <- min(lastPP$yy)
  40                 x <- -x
  41             }
  42         }
  43     }
  44     axis(side = side, at = c(maxi - x), labels = abs(x), ...)
  45 }