R/scales.R

   1 ## scales.R (2004-12-18)
   2
   3 ##   Add a Scale Bar or Axis to a Phylogeny Plot
   4
   5 ## add.scale.bar: add a scale bar to a phylogeny plot
   6 ## axisPhylo: add a scale axis on the side of a phylogeny plot
   7
   8 ## Copyright 2002-2004 Emmanuel Paradis
   9
  10 ## This file is part of the R-package `ape'.
  11 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
  12
  13 add.scale.bar <- function(x = 0, y = 1, length = NULL, ...)
  14 {
  15     if (is.null(length)) {
  16         nb.digit <- ceiling(log10(mean(.last_plot.phylo$xx))) - 2
  17         length <- eval(parse(text = paste("1e", nb.digit, sep = "")))
  18     }
  19     segments(x, y, x + length, y)
  20     text(x + length * 1.1, y, as.character(length), adj = c(0, 0.5), ...)
  21 }
  22
  23 axisPhylo <- function(side = 1, ...)
  24 {
  25     if (.last_plot.phylo$type %in% c("phylogram", "cladogram")) {
  26         if (.last_plot.phylo$direction %in% c("rightwards", "leftwards")) {
  27             x <- pretty(.last_plot.phylo$xx)
  28             if (.last_plot.phylo$direction == "rightwards")
  29               maxi <- max(.last_plot.phylo$xx)
  30             else {
  31                 maxi <- min(.last_plot.phylo$xx)
  32                 x <- -x
  33             }
  34         } else {
  35             x <- pretty(.last_plot.phylo$yy)
  36             if (.last_plot.phylo$direction == "upwards")
  37             maxi <- max(.last_plot.phylo$yy)
  38             else {
  39                 maxi <- min(.last_plot.phylo$yy)
  40                 x <- -x
  41             }
  42         }
  43     }
  44     axis(side = side, at = c(maxi - x), labels = abs(x), ...)
  45 }