R/reorder.phylo.R

   1 ## reorder.phylo.R (2012-08-17)
   2
   3 ##   Internal Reordering of Trees
   4
   5 ## Copyright 2006-2012 Emmanuel Paradis
   6
   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
   9
  10 reorder.phylo <- function(x, order = "cladewise", ...)
  11 {
  12     order <- match.arg(order, c("cladewise", "pruningwise"))
  13     if (!is.null(attr(x, "order")))
  14         if (attr(x, "order") == order) return(x)
  15     nb.node <- x$Nnode
  16     if (nb.node == 1) return(x)
  17     nb.tip <- length(x$tip.label)
  18     nb.edge <- dim(x$edge)[1]
  19     if (order == "cladewise") {
  20         neworder <-
  21             .C("neworder_cladewise", as.integer(nb.tip),
  22                as.integer(x$edge[, 1]), as.integer(x$edge[, 2]),
  23                as.integer(nb.edge), integer(nb.edge),
  24                DUP = FALSE, NAOK = TRUE, PACKAGE = "ape")[[5]]
  25     } else {
  26         ##node.degree <- tabulate(x$edge[, 1])
  27         neworder <-
  28             .C("neworder_pruningwise", as.integer(nb.tip),
  29                as.integer(nb.node), as.integer(x$edge[, 1]),
  30                as.integer(x$edge[, 2]), as.integer(nb.edge),
  31                integer(nb.edge), PACKAGE = "ape")[[6]]
  32     }
  33     x$edge <- x$edge[neworder, ]
  34     if (!is.null(x$edge.length))
  35       x$edge.length <- x$edge.length[neworder]
  36     attr(x, "order") <- order
  37     x
  38 }