R/reorder.phylo.R

   1 ## reorder.phylo.R (2007-06-16)
   2
   3 ##   Internal Reordering of Trees
   4
   5 ## Copyright 2006-2007 Emmanuel Paradis
   6
   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
   9
  10 reorder.phylo <- function(x, order = "cladewise", ...)
  11 {
  12     order <- match.arg(order, c("cladewise", "pruningwise"))
  13     if (!is.null(attr(x, "order")))
  14       if (attr(x, "order") == order) return(x)
  15     nb.tip <- length(x$tip.label)
  16     nb.node <- x$Nnode
  17     nb.edge <- dim(x$edge)[1]
  18     neworder <- if (order == "cladewise")
  19       .C("neworder_cladewise", as.integer(nb.tip),
  20          as.integer(x$edge[, 1]), as.integer(x$edge[, 2]),
  21          as.integer(nb.edge), integer(nb.edge),
  22          PACKAGE = "ape")[[5]]
  23     else
  24       .C("neworder_pruningwise", as.integer(nb.tip),
  25          as.integer(nb.node), as.integer(x$edge[, 1]),
  26          as.integer(x$edge[, 2]), as.integer(nb.edge),
  27          integer(nb.edge), PACKAGE = "ape")[[6]]
  28     x$edge <- x$edge[neworder, ]
  29     if (!is.null(x$edge.length))
  30       x$edge.length <- x$edge.length[neworder]
  31     attr(x, "order") <- order
  32     x
  33 }