R/plot.popsize.R

   1 ## plot.popsize.R (2004-07-4)
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   3 ##   Plot population size in dependence of time
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   5 ## Copyright 2004 Rainer Opgen-Rhein and Korbinian Strimmer
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   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 plot.popsize <- function(x, show.median=TRUE,
  11     show.years=FALSE, subst.rate, present.year, ...)
  12 {
  13   if (class(x) != "popsize")
  14     stop("object \"x\" is not of class \"popsize\"")
  15
  16   ylim <- c(min(popsize[,2:5]),max(popsize[,2:5]))
  17   if (show.years)
  18   {
  19     x1 <- -x[,1]/subst.rate+present.year
  20     xlab <- "time (years)"
  21     xlim <- c(min(x1),max(x1))
  22   }
  23   else
  24   {
  25     x1 <- x[,1]
  26     xlab <- "time (past to present in units of substitutions)"
  27     xlim <- c(max(x1),min(x1))
  28   }
  29
  30   if (show.median)
  31     plot(x1,x[,3],type="s", xlim=xlim, ylim=ylim, xlab=xlab,ylab="effective population size",log="y", lwd=2.5, ...) #median
  32   else
  33     plot(x1,x[,2],type="s", xlim=xlim, ylim=ylim, xlab=xlab,ylab="effective population size",log="y", lwd=2.5, ...) #median
  34
  35   lines(x1,x[,4], ...)
  36   lines(x1,x[,5], ...)
  37 }
  38
  39
  40
  41 lines.popsize <- function(x, show.median=TRUE,
  42     show.years=FALSE, subst.rate, present.year, ...)
  43 {
  44   if (class(x) != "popsize")
  45     stop("object \"x\" is not of class \"popsize\"")
  46
  47   if (show.years)
  48   {
  49     x1 <- -x[,1]/subst.rate+present.year
  50   }
  51   else
  52   {
  53     x1 <- x[,1]
  54   }
  55
  56
  57   if (show.median)
  58     lines(x1,x[,3], lwd=2.5, ...) #median
  59   else
  60     lines(x1,x[,2], lwd=2.5, ...) #median
  61
  62   lines(x1,x[,4], ...)
  63   lines(x1,x[,5], ...)
  64 }