R/plot.phylo.R

   1 ## plot.phylo.R (2009-03-27)
   2
   3 ##   Plot Phylogenies
   4
   5 ## Copyright 2002-2009 Emmanuel Paradis
   6
   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
   9
  10 plot.phylo <- function(x, type = "phylogram", use.edge.length = TRUE,
  11                        node.pos = NULL, show.tip.label = TRUE,
  12                        show.node.label = FALSE, edge.color = "black",
  13                        edge.width = 1, edge.lty = 1, font = 3, cex = par("cex"),
  14                        adj = NULL, srt = 0, no.margin = FALSE,
  15                        root.edge = FALSE, label.offset = 0, underscore = FALSE,
  16                        x.lim = NULL, y.lim = NULL, direction = "rightwards",
  17                        lab4ut = "horizontal", tip.color = "black", ...)
  18 {
  19     Ntip <- length(x$tip.label)
  20     if (Ntip == 1) stop("found only one tip in the tree!")
  21     Nedge <- dim(x$edge)[1]
  22     if (any(tabulate(x$edge[, 1]) == 1))
  23       stop("there are single (non-splitting) nodes in your tree; you may need to use collapse.singles().")
  24     Nnode <- x$Nnode
  25     ROOT <- Ntip + 1
  26     type <- match.arg(type, c("phylogram", "cladogram", "fan",
  27                               "unrooted", "radial"))
  28     direction <- match.arg(direction, c("rightwards", "leftwards",
  29                                         "upwards", "downwards"))
  30     if (is.null(x$edge.length)) use.edge.length <- FALSE
  31     if (type == "unrooted" || !use.edge.length) root.edge <- FALSE
  32     phyloORclado <- type %in% c("phylogram", "cladogram")
  33     horizontal <- direction %in% c("rightwards", "leftwards")
  34     if (phyloORclado) {
  35         ## we first compute the y-coordinates of the tips.
  36         ## Fix from Klaus Schliep (2007-06-16):
  37         if (!is.null(attr(x, "order")))
  38           if (attr(x, "order") == "pruningwise")
  39             x <- reorder(x)
  40         ## End of fix
  41         yy <- numeric(Ntip + Nnode)
  42         TIPS <- x$edge[x$edge[, 2] <= Ntip, 2]
  43         yy[TIPS] <- 1:Ntip
  44     }
  45     edge.color <- rep(edge.color, length.out = Nedge)
  46     edge.width <- rep(edge.width, length.out = Nedge)
  47     edge.lty <- rep(edge.lty, length.out = Nedge)
  48     ## fix from Li-San Wang (2007-01-23):
  49     xe <- x$edge
  50     x <- reorder(x, order = "pruningwise")
  51     ereorder <- match(x$edge[, 2], xe[, 2])
  52     edge.color <- edge.color[ereorder]
  53     edge.width <- edge.width[ereorder]
  54     ## End of fix
  55     if (phyloORclado) {
  56         if (is.null(node.pos)) {
  57             node.pos <- 1
  58             if (type == "cladogram" && !use.edge.length) node.pos <- 2
  59         }
  60         if (node.pos == 1)
  61           yy <- .C("node_height", as.integer(Ntip), as.integer(Nnode),
  62                    as.integer(x$edge[, 1]), as.integer(x$edge[, 2]),
  63                    as.integer(Nedge), as.double(yy),
  64                    DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[6]]
  65         else {
  66           ## node_height_clado requires the number of descendants
  67           ## for each node, so we compute `xx' at the same time
  68           ans <- .C("node_height_clado", as.integer(Ntip),
  69                     as.integer(Nnode), as.integer(x$edge[, 1]),
  70                     as.integer(x$edge[, 2]), as.integer(Nedge),
  71                     double(Ntip + Nnode), as.double(yy),
  72                     DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")
  73           xx <- ans[[6]] - 1
  74           yy <- ans[[7]]
  75         }
  76         if (!use.edge.length) {
  77             if(node.pos != 2)
  78               xx <- .C("node_depth", as.integer(Ntip), as.integer(Nnode),
  79                        as.integer(x$edge[, 1]), as.integer(x$edge[, 2]),
  80                        as.integer(Nedge), double(Ntip + Nnode),
  81                        DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[6]] - 1
  82             xx <- max(xx) - xx
  83         } else  {
  84               xx <- .C("node_depth_edgelength", as.integer(Ntip),
  85                        as.integer(Nnode), as.integer(x$edge[, 1]),
  86                        as.integer(x$edge[, 2]), as.integer(Nedge),
  87                        as.double(x$edge.length), double(Ntip + Nnode),
  88                        DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[7]]
  89         }
  90     }
  91     if (type == "fan") {
  92         ## if the tips are not in the same order in tip.label
  93         ## and in edge[, 2], we must reorder the angles: we
  94         ## use `xx' to store temporarily the angles
  95         TIPS <- xe[which(xe[, 2] <= Ntip), 2]
  96         xx <- seq(0, 2*pi*(1 - 1/Ntip), 2*pi/Ntip)
  97         theta <- double(Ntip)
  98         theta[TIPS] <- xx
  99         theta <- c(theta, numeric(Nnode))
 100         theta <- .C("node_height", as.integer(Ntip), as.integer(Nnode),
 101                   as.integer(x$edge[, 1]), as.integer(x$edge[, 2]),
 102                   as.integer(Nedge), theta, DUP = FALSE,
 103                   PACKAGE = "ape")[[6]]
 104         if (use.edge.length) {
 105             r <- .C("node_depth_edgelength", as.integer(Ntip),
 106                     as.integer(Nnode), as.integer(x$edge[, 1]),
 107                     as.integer(x$edge[, 2]), as.integer(Nedge),
 108                     as.double(x$edge.length), double(Ntip + Nnode),
 109                     DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[7]]
 110         } else {
 111             r <- .C("node_depth", as.integer(Ntip), as.integer(Nnode),
 112                     as.integer(x$edge[, 1]), as.integer(x$edge[, 2]),
 113                     as.integer(Nedge), double(Ntip + Nnode),
 114                     DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[6]]
 115             r <- 1/r
 116         }
 117         xx <- r*cos(theta)
 118         yy <- r*sin(theta)
 119
 120     }
 121     if (type == "unrooted") {
 122         XY <- if (use.edge.length)
 123           unrooted.xy(Ntip, Nnode, x$edge, x$edge.length)
 124         else
 125           unrooted.xy(Ntip, Nnode, x$edge, rep(1, Nedge))
 126         ## rescale so that we have only positive values
 127         xx <- XY$M[, 1] - min(XY$M[, 1])
 128         yy <- XY$M[, 2] - min(XY$M[, 2])
 129     }
 130     if (type == "radial") {
 131         X <- .C("node_depth", as.integer(Ntip), as.integer(Nnode),
 132                 as.integer(x$edge[, 1]), as.integer(x$edge[, 2]),
 133                 as.integer(Nedge), double(Ntip + Nnode),
 134                 DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[6]]
 135         X[X == 1] <- 0
 136         ## radius:
 137         X <- 1 - X/Ntip
 138         ## angle (1st compute the angles for the tips):
 139         yy <- c((1:Ntip)*2*pi/Ntip, rep(0, Nnode))
 140         Y <- .C("node_height", as.integer(Ntip), as.integer(Nnode),
 141                 as.integer(x$edge[, 1]), as.integer(x$edge[, 2]),
 142                 as.integer(Nedge), as.double(yy),
 143                 DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[6]]
 144         xx <- X * cos(Y)
 145         yy <- X * sin(Y)
 146     }
 147     if (phyloORclado && direction != "rightwards") {
 148         if (direction == "leftwards") {
 149             xx <- -xx
 150             xx <- xx - min(xx)
 151         }
 152         if (!horizontal) {
 153             tmp <- yy
 154             yy <- xx
 155             xx <- tmp - min(tmp) + 1
 156             if (direction == "downwards") {
 157                 yy <- -yy
 158                 yy <- yy - min(yy)
 159             }
 160         }
 161     }
 162     if (phyloORclado && root.edge) {
 163         if (direction == "rightwards") xx <- xx + x$root.edge
 164         if (direction == "upwards") yy <- yy + x$root.edge
 165     }
 166     if (no.margin) par(mai = rep(0, 4))
 167     if (is.null(x.lim)) {
 168         if (phyloORclado) {
 169             if (horizontal) {
 170                 x.lim <- c(0, NA)
 171                 tmp <-
 172                   if (show.tip.label) nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(xx) * cex
 173                   else 0
 174                 x.lim[2] <-
 175                   if (direction == "leftwards") max(xx[ROOT] + tmp)
 176                   else max(xx[1:Ntip] + tmp)
 177             } else x.lim <- c(1, Ntip)
 178         }
 179         if (type == "fan") {
 180             if (show.tip.label) {
 181                 offset <- max(nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(yy) * cex)
 182                 x.lim <- c(min(xx) - offset, max(xx) + offset)
 183             } else x.lim <- c(min(xx), max(xx))
 184         }
 185         if (type == "unrooted") {
 186             if (show.tip.label) {
 187                 offset <- max(nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(yy) * cex)
 188                 x.lim <- c(0 - offset, max(xx) + offset)
 189             } else x.lim <- c(0, max(xx))
 190         }
 191         if (type == "radial") {
 192             if (show.tip.label) {
 193                 offset <- max(nchar(x$tip.label) * 0.03 * cex)
 194                 x.lim <- c(-1 - offset, 1 + offset)
 195             } else x.lim <- c(-1, 1)
 196         }
 197     } else if (length(x.lim) == 1) {
 198         x.lim <- c(0, x.lim)
 199         if (phyloORclado && !horizontal) x.lim[1] <- 1
 200         if (type %in% c("fan", "unrooted") && show.tip.label)
 201           x.lim[1] <- -max(nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(yy) * cex)
 202         if (type == "radial")
 203           x.lim[1] <-
 204             if (show.tip.label) -1 - max(nchar(x$tip.label) * 0.03 * cex)
 205             else -1
 206     }
 207     if (is.null(y.lim)) {
 208         if (phyloORclado) {
 209             if (horizontal) y.lim <- c(1, Ntip) else {
 210                 y.lim <- c(0, NA)
 211                 tmp <-
 212                   if (show.tip.label) nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(yy) * cex
 213                   else 0
 214                 y.lim[2] <-
 215                   if (direction == "downwards") max(yy[ROOT] + tmp)
 216                   else max(yy[1:Ntip] + tmp)
 217             }
 218         }
 219         if (type == "fan") {
 220             if (show.tip.label) {
 221                 offset <- max(nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(yy) * cex)
 222                 y.lim <- c(min(yy) - offset, max(yy) + offset)
 223             } else y.lim <- c(min(yy), max(yy))
 224         }
 225         if (type == "unrooted") {
 226             if (show.tip.label) {
 227                 offset <- max(nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(yy) * cex)
 228                 y.lim <- c(0 - offset, max(yy) + offset)
 229             } else y.lim <- c(0, max(yy))
 230         }
 231         if (type == "radial") {
 232             if (show.tip.label) {
 233                 offset <- max(nchar(x$tip.label) * 0.03 * cex)
 234                 y.lim <- c(-1 - offset, 1 + offset)
 235             } else y.lim <- c(-1, 1)
 236         }
 237     } else if (length(y.lim) == 1) {
 238         y.lim <- c(0, y.lim)
 239         if (phyloORclado && horizontal) y.lim[1] <- 1
 240         if (type %in% c("fan", "unrooted") && show.tip.label)
 241           y.lim[1] <- -max(nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(yy) * cex)
 242         if (type == "radial")
 243           y.lim[1] <- if (show.tip.label) -1 - max(nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(yy) * cex) else -1
 244     }
 245     if (phyloORclado && root.edge) {
 246         if (direction == "leftwards") x.lim[2] <- x.lim[2] + x$root.edge
 247         if (direction == "downwards") y.lim[2] <- y.lim[2] + x$root.edge
 248     }
 249     ## fix by Klaus Schliep (2008-03-28):
 250     asp <- if (type %in% c("fan", "radial")) 1 else NA
 251     plot(0, type = "n", xlim = x.lim, ylim = y.lim, xlab = "",
 252          ylab = "", xaxt = "n", yaxt = "n", bty = "n", asp = asp, ...)
 253     if (is.null(adj))
 254       adj <- if (phyloORclado && direction == "leftwards") 1 else 0
 255     if (phyloORclado) {
 256         MAXSTRING <- max(strwidth(x$tip.label, cex = cex))
 257         if (direction == "rightwards") {
 258             lox <- label.offset + MAXSTRING * 1.05 * adj
 259             loy <- 0
 260         }
 261         if (direction == "leftwards") {
 262             lox <- -label.offset - MAXSTRING * 1.05 * (1 - adj)
 263             loy <- 0
 264             xx <- xx + MAXSTRING
 265         }
 266         if (!horizontal) {
 267             psr <- par("usr")
 268             MAXSTRING <- MAXSTRING * 1.09 * (psr[4] - psr[3]) / (psr[2] - psr[1])
 269             loy <- label.offset + MAXSTRING * 1.05 * adj
 270             lox <- 0
 271             srt <- 90 + srt
 272             if (direction == "downwards") {
 273                 loy <- -loy
 274                 yy <- yy + MAXSTRING
 275                 srt <- 180 + srt
 276             }
 277         }
 278     }
 279     if (type == "phylogram") {
 280         phylogram.plot(x$edge, Ntip, Nnode, xx, yy,
 281                        horizontal, edge.color, edge.width, edge.lty)
 282     } else {
 283       if (type == "fan")
 284         circular.plot(x$edge, Ntip, Nnode, xx, yy, theta,
 285                       r, edge.color, edge.width, edge.lty)
 286       else
 287         cladogram.plot(x$edge, xx, yy, edge.color, edge.width, edge.lty)
 288     }
 289     if (root.edge)
 290       switch(direction,
 291              "rightwards" = segments(0, yy[ROOT], x$root.edge, yy[ROOT]),
 292              "leftwards" = segments(xx[ROOT], yy[ROOT], xx[ROOT] + x$root.edge, yy[ROOT]),
 293              "upwards" = segments(xx[ROOT], 0, xx[ROOT], x$root.edge),
 294              "downwards" = segments(xx[ROOT], yy[ROOT], xx[ROOT], yy[ROOT] + x$root.edge))
 295     if (show.tip.label) {
 296         if (!underscore) x$tip.label <- gsub("_", " ", x$tip.label)
 297         if (phyloORclado) {
 298             text(xx[1:Ntip] + lox, yy[1:Ntip] + loy, x$tip.label, adj = adj,
 299                  font = font, srt = srt, cex = cex, col = tip.color)
 300         }
 301         if (type == "unrooted") {
 302             if (lab4ut == "horizontal") {
 303                 y.adj <- x.adj <- numeric(Ntip)
 304                 sel <- abs(XY$axe) > 0.75 * pi
 305                 x.adj[sel] <- -strwidth(x$tip.label)[sel] * 1.05
 306                 sel <- abs(XY$axe) > pi/4 & abs(XY$axe) < 0.75 * pi
 307                 x.adj[sel] <- -strwidth(x$tip.label)[sel] * (2 * abs(XY$axe)[sel] / pi - 0.5)
 308                 sel <- XY$axe > pi / 4 & XY$axe < 0.75 * pi
 309                 y.adj[sel] <- strheight(x$tip.label)[sel] / 2
 310                 sel <- XY$axe < -pi / 4 & XY$axe > -0.75 * pi
 311                 y.adj[sel] <- -strheight(x$tip.label)[sel] * 0.75
 312                 text(xx[1:Ntip] + x.adj*cex, yy[1:Ntip] + y.adj*cex,
 313                      x$tip.label, adj = c(adj, 0), font = font,
 314                      srt = srt, cex = cex, col = tip.color)
 315             } else { # if lab4ut == "axial"
 316                 adj <- as.numeric(abs(XY$axe) > pi/2)
 317                 srt <- 180*XY$axe/pi
 318                 srt[as.logical(adj)] <- srt[as.logical(adj)] - 180
 319                 ## <FIXME> temporary check of the values of `srt':
 320                 ## set to 0 if "-0.000001 < srt < 0"
 321                 sel <- srt > -1e-6 & srt < 0
 322                 if (any(sel)) srt[sel] <- 0
 323                 ## </FIXME>
 324                 ## `srt' takes only a single value, so we cannot vectorize this:
 325                 for (i in 1:Ntip)
 326                   text(xx[i], yy[i], cex = cex, x$tip.label[i], adj = adj[i],
 327                        font = font, srt = srt[i], col = tip.color[i])
 328             }
 329         }
 330         if (type %in% c("fan", "radial")) {
 331             xx.scaled <- xx[1:Ntip]
 332             if (type == "fan") { # no need if type == "radial"
 333                 maxx <- max(abs(xx.scaled))
 334                 if (maxx > 1) xx.scaled <- xx.scaled/maxx
 335             }
 336             angle <- acos(xx.scaled)*180/pi
 337             s1 <- angle > 90 & yy[1:Ntip] > 0
 338             s2 <- angle < 90 & yy[1:Ntip] < 0
 339             s3 <- angle > 90 & yy[1:Ntip] < 0
 340             angle[s1] <- angle[s1] + 180
 341             angle[s2] <- -angle[s2]
 342             angle[s3] <- 180 - angle[s3]
 343             adj <- numeric(Ntip)
 344             adj[xx[1:Ntip] < 0] <- 1
 345             ## `srt' takes only a single value, so we cannot vectorize this:
 346             for (i in 1:Ntip)
 347               text(xx[i], yy[i], x$tip.label[i], font = font, cex = cex,
 348                    srt = angle[i], adj = adj[i], col = tip.color[i])
 349         }
 350     }
 351     if (show.node.label)
 352       text(xx[ROOT:length(xx)] + label.offset, yy[ROOT:length(yy)],
 353            x$node.label, adj = adj, font = font, srt = srt, cex = cex)
 354     L <- list(type = type, use.edge.length = use.edge.length,
 355               node.pos = node.pos, show.tip.label = show.tip.label,
 356               show.node.label = show.node.label, font = font,
 357               cex = cex, adj = adj, srt = srt, no.margin = no.margin,
 358               label.offset = label.offset, x.lim = x.lim, y.lim = y.lim,
 359               direction = direction, tip.color = tip.color,
 360               Ntip = Ntip, Nnode = Nnode)
 361     assign("last_plot.phylo", c(L, list(edge = xe, xx = xx, yy = yy)),
 362            envir = .PlotPhyloEnv)
 363     invisible(L)
 364 }
 365
 366 phylogram.plot <- function(edge, Ntip, Nnode, xx, yy, horizontal,
 367                            edge.color, edge.width, edge.lty)
 368 {
 369     nodes <- (Ntip + 1):(Ntip + Nnode)
 370     if (!horizontal) {
 371         tmp <- yy
 372         yy <- xx
 373         xx <- tmp
 374     }
 375     ## un trait vertical à chaque noeud...
 376     x0v <- xx[nodes]
 377     y0v <- y1v <- numeric(Nnode)
 378     for (i in nodes) {
 379         j <- edge[which(edge[, 1] == i), 2]
 380         y0v[i - Ntip] <- min(yy[j])
 381         y1v[i - Ntip] <- max(yy[j])
 382     }
 383     ## ... et un trait horizontal partant de chaque tip et chaque noeud
 384     ##  vers la racine
 385     sq <- if (Nnode == 1) 1:Ntip else c(1:Ntip, nodes[-1])
 386     y0h <- yy[sq]
 387     x1h <- xx[sq]
 388     ## match() is very useful here becoz each element in edge[, 2] is
 389     ## unique (not sure this is so useful in edge[, 1]; needs to be checked)
 390     ## `pos' gives for each element in `sq' its index in edge[, 2]
 391     pos <- match(sq, edge[, 2])
 392     x0h <- xx[edge[pos, 1]]
 393
 394     ## function dispatching the features to the vertical edges
 395     foo <- function(edge.feat, default) {
 396         e <- unique(edge.feat)
 397         if (length(e) == 1) return(rep(e, Nnode)) else {
 398             feat.v <- rep(default, Nnode)
 399             for (i in 1:Nnode) {
 400                 br <- which(edge[, 1] == i + Ntip)
 401                 x <- unique(edge.feat[br])
 402                 if (length(x) == 1) feat.v[i] <- x
 403             }
 404         }
 405         feat.v
 406     }
 407     color.v <- foo(edge.color, "black")
 408     width.v <- foo(edge.width, 1)
 409     lty.v <- foo(edge.lty, 1)
 410
 411     ## we need to reorder:
 412     edge.width <- edge.width[pos]
 413     edge.color <- edge.color[pos]
 414     edge.lty <- edge.lty[pos]
 415     if (horizontal) {
 416         segments(x0v, y0v, x0v, y1v, col = color.v, lwd = width.v, lty = lty.v) # draws vertical lines
 417         segments(x0h, y0h, x1h, y0h, col = edge.color, lwd = edge.width, lty = edge.lty) # draws horizontal lines
 418     } else {
 419         segments(y0v, x0v, y1v, x0v, col = color.v, lwd = width.v, lty = lty.v) # draws horizontal lines
 420         segments(y0h, x0h, y0h, x1h, col = edge.color, lwd = edge.width, lty = edge.lty) # draws vertical lines
 421     }
 422 }
 423
 424 cladogram.plot <- function(edge, xx, yy, edge.color, edge.width, edge.lty)
 425   segments(xx[edge[, 1]], yy[edge[, 1]], xx[edge[, 2]], yy[edge[, 2]],
 426            col = edge.color, lwd = edge.width, lty = edge.lty)
 427
 428 circular.plot <- function(edge, Ntip, Nnode, xx, yy, theta,
 429                           r, edge.color, edge.width, edge.lty)
 430 {
 431     r0 <- r[edge[, 1]]
 432     r1 <- r[edge[, 2]]
 433     theta0 <- theta[edge[, 2]]
 434
 435     x0 <- r0*cos(theta0)
 436     y0 <- r0*sin(theta0)
 437     x1 <- r1*cos(theta0)
 438     y1 <- r1*sin(theta0)
 439
 440     segments(x0, y0, x1, y1, col = edge.color, lwd = edge.width, lty = edge.lty)
 441
 442     tmp <- which(diff(edge[, 1]) != 0)
 443     start <- c(1, tmp + 1)
 444     end <- c(tmp, dim(edge)[1])
 445
 446     for (k in 1:Nnode) {
 447         i <- start[k]
 448         j <- end[k]
 449         X <- rep(r[edge[i, 1]], 100)
 450         Y <- seq(theta[edge[i, 2]], theta[edge[j, 2]], length.out = 100)
 451         co <- if (edge.color[i] == edge.color[j]) edge.color[i] else "black"
 452         lw <- if (edge.width[i] == edge.width[j]) edge.width[i] else 1
 453         ly <- if (edge.lty[i] == edge.lty[j]) edge.lty[i] else 1
 454         lines(X*cos(Y), X*sin(Y), col = co, lwd = lw, lty = ly)
 455     }
 456 }
 457
 458 unrooted.xy <- function(Ntip, Nnode, edge, edge.length)
 459 {
 460     foo <- function(node, ANGLE, AXIS) {
 461         ind <- which(edge[, 1] == node)
 462         sons <- edge[ind, 2]
 463         start <- AXIS - ANGLE/2
 464         for (i in 1:length(sons)) {
 465             h <- edge.length[ind[i]]
 466             angle[sons[i]] <<- alpha <- ANGLE*nb.sp[sons[i]]/nb.sp[node]
 467             axis[sons[i]] <<- beta <- start + alpha/2
 468             start <- start + alpha
 469             xx[sons[i]] <<- h*cos(beta) + xx[node]
 470             yy[sons[i]] <<- h*sin(beta) + yy[node]
 471         }
 472         for (i in sons)
 473           if (i > Ntip) foo(i, angle[i], axis[i])
 474     }
 475     root <- Ntip + 1
 476     Nedge <- dim(edge)[1]
 477     yy <- xx <- numeric(Ntip + Nnode)
 478     nb.sp <- .C("node_depth", as.integer(Ntip), as.integer(Nnode),
 479                 as.integer(edge[, 1]), as.integer(edge[, 2]),
 480                 as.integer(Nedge), double(Ntip + Nnode),
 481                 DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[6]]
 482     ## `angle': the angle allocated to each node wrt their nb of tips
 483     ## `axis': the axis of each branch
 484     axis <- angle <- numeric(Ntip + Nnode)
 485     ## start with the root...
 486     ## xx[root] <- yy[root] <- 0 # already set!
 487     foo(root, 2*pi, 0)
 488
 489     M <- cbind(xx, yy)
 490     axe <- axis[1:Ntip] # the axis of the terminal branches (for export)
 491     axeGTpi <- axe > pi
 492     ## insures that returned angles are in [-PI, +PI]:
 493     axe[axeGTpi] <- axe[axeGTpi] - 2*pi
 494     list(M = M, axe = axe)
 495 }
 496
 497 node.depth <- function(phy)
 498 {
 499     n <- length(phy$tip.label)
 500     m <- phy$Nnode
 501     N <- dim(phy$edge)[1]
 502     phy <- reorder(phy, order = "pruningwise")
 503     .C("node_depth", as.integer(n), as.integer(m),
 504        as.integer(phy$edge[, 1]), as.integer(phy$edge[, 2]),
 505        as.integer(N), double(n + m), DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[6]]
 506 }
 507
 508 plot.multiPhylo <- function(x, layout = 1, ...)
 509 {
 510     if (layout > 1)
 511       layout(matrix(1:layout, ceiling(sqrt(layout)), byrow = TRUE))
 512     else layout(matrix(1))
 513     if (!par("ask")) {
 514         par(ask = TRUE)
 515         on.exit(par(ask = FALSE))
 516     }
 517     for (i in 1:length(x)) plot(x[[i]], ...)
 518 }