R/plot.phylo.R

   1 ## plot.phylo.R (2008-05-08)
   2
   3 ##   Plot Phylogenies
   4
   5 ## Copyright 2002-2008 Emmanuel Paradis
   6
   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
   9
  10 plot.phylo <- function(x, type = "phylogram", use.edge.length = TRUE,
  11                        node.pos = NULL, show.tip.label = TRUE,
  12                        show.node.label = FALSE, edge.color = "black",
  13                        edge.width = 1, font = 3, cex = par("cex"),
  14                        adj = NULL, srt = 0, no.margin = FALSE,
  15                        root.edge = FALSE, label.offset = 0, underscore = FALSE,
  16                        x.lim = NULL, y.lim = NULL, direction = "rightwards",
  17                        lab4ut = "horizontal", tip.color = "black", ...)
  18 {
  19     Ntip <- length(x$tip.label)
  20     if (Ntip == 1) stop("found only one tip in the tree!")
  21     Nedge <- dim(x$edge)[1]
  22     if (any(tabulate(x$edge[, 1]) == 1))
  23       stop("there are single (non-splitting) nodes in your tree; you may need to use collapse.singles().")
  24     Nnode <- x$Nnode
  25     ROOT <- Ntip + 1
  26     type <- match.arg(type, c("phylogram", "cladogram", "fan",
  27                               "unrooted", "radial"))
  28     direction <- match.arg(direction, c("rightwards", "leftwards",
  29                                         "upwards", "downwards"))
  30     if (is.null(x$edge.length)) use.edge.length <- FALSE
  31     if (type == "unrooted" || !use.edge.length) root.edge <- FALSE
  32     phyloORclado <- type %in% c("phylogram", "cladogram")
  33     horizontal <- direction %in% c("rightwards", "leftwards")
  34     if (phyloORclado) {
  35         ## we first compute the y-coordinates of the tips.
  36         ## Fix from Klaus Schliep (2007-06-16):
  37         if (!is.null(attr(x, "order")))
  38           if (attr(x, "order") == "pruningwise")
  39             x <- reorder(x)
  40         ## End of fix
  41         yy <- numeric(Ntip + Nnode)
  42         TIPS <- x$edge[x$edge[, 2] <= Ntip, 2]
  43         yy[TIPS] <- 1:Ntip
  44     }
  45     edge.color <- rep(edge.color, length.out = Nedge)
  46     edge.width <- rep(edge.width, length.out = Nedge)
  47     ## fix from Li-San Wang (2007-01-23):
  48     xe <- x$edge
  49     x <- reorder(x, order = "pruningwise")
  50     ereorder <- match(x$edge[, 2], xe[, 2])
  51     edge.color <- edge.color[ereorder]
  52     edge.width <- edge.width[ereorder]
  53     ## End of fix
  54     if (phyloORclado) {
  55         if (is.null(node.pos)) {
  56             node.pos <- 1
  57             if (type == "cladogram" && !use.edge.length) node.pos <- 2
  58         }
  59         if (node.pos == 1)
  60           yy <- .C("node_height", as.integer(Ntip), as.integer(Nnode),
  61                    as.integer(x$edge[, 1]), as.integer(x$edge[, 2]),
  62                    as.integer(Nedge), as.double(yy),
  63                    DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[6]]
  64         else {
  65           ## node_height_clado requires the number of descendants
  66           ## for each node, so we compute `xx' at the same time
  67           ans <- .C("node_height_clado", as.integer(Ntip),
  68                     as.integer(Nnode), as.integer(x$edge[, 1]),
  69                     as.integer(x$edge[, 2]), as.integer(Nedge),
  70                     double(Ntip + Nnode), as.double(yy),
  71                     DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")
  72           xx <- ans[[6]] - 1
  73           yy <- ans[[7]]
  74         }
  75         if (!use.edge.length) {
  76             if(node.pos != 2)
  77               xx <- .C("node_depth", as.integer(Ntip), as.integer(Nnode),
  78                        as.integer(x$edge[, 1]), as.integer(x$edge[, 2]),
  79                        as.integer(Nedge), double(Ntip + Nnode),
  80                        DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[6]] - 1
  81             xx <- max(xx) - xx
  82         } else  {
  83               xx <- .C("node_depth_edgelength", as.integer(Ntip),
  84                        as.integer(Nnode), as.integer(x$edge[, 1]),
  85                        as.integer(x$edge[, 2]), as.integer(Nedge),
  86                        as.double(x$edge.length), double(Ntip + Nnode),
  87                        DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[7]]
  88         }
  89     }
  90     if (type == "fan") {
  91         ## if the tips are not in the same order in tip.label
  92         ## and in edge[, 2], we must reorder the angles: we
  93         ## use `xx' to store temporarily the angles
  94         TIPS <- xe[which(xe[, 2] <= Ntip), 2]
  95         xx <- seq(0, 2*pi*(1 - 1/Ntip), 2*pi/Ntip)
  96         theta <- double(Ntip)
  97         theta[TIPS] <- xx
  98         theta <- c(theta, numeric(Nnode))
  99         theta <- .C("node_height", as.integer(Ntip), as.integer(Nnode),
 100                   as.integer(x$edge[, 1]), as.integer(x$edge[, 2]),
 101                   as.integer(Nedge), theta, DUP = FALSE,
 102                   PACKAGE = "ape")[[6]]
 103         if (use.edge.length) {
 104             r <- .C("node_depth_edgelength", as.integer(Ntip),
 105                     as.integer(Nnode), as.integer(x$edge[, 1]),
 106                     as.integer(x$edge[, 2]), as.integer(Nedge),
 107                     as.double(x$edge.length), double(Ntip + Nnode),
 108                     DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[7]]
 109         } else {
 110             r <- .C("node_depth", as.integer(Ntip), as.integer(Nnode),
 111                     as.integer(x$edge[, 1]), as.integer(x$edge[, 2]),
 112                     as.integer(Nedge), double(Ntip + Nnode),
 113                     DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[6]]
 114             r <- 1/r
 115         }
 116         xx <- r*cos(theta)
 117         yy <- r*sin(theta)
 118
 119     }
 120     if (type == "unrooted") {
 121         XY <- if (use.edge.length)
 122           unrooted.xy(Ntip, Nnode, x$edge, x$edge.length)
 123         else
 124           unrooted.xy(Ntip, Nnode, x$edge, rep(1, Nedge))
 125         ## rescale so that we have only positive values
 126         xx <- XY$M[, 1] - min(XY$M[, 1])
 127         yy <- XY$M[, 2] - min(XY$M[, 2])
 128     }
 129     if (type == "radial") {
 130         X <- .C("node_depth", as.integer(Ntip), as.integer(Nnode),
 131                 as.integer(x$edge[, 1]), as.integer(x$edge[, 2]),
 132                 as.integer(Nedge), double(Ntip + Nnode),
 133                 DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[6]]
 134         X[X == 1] <- 0
 135         ## radius:
 136         X <- 1 - X/Ntip
 137         ## angle (1st compute the angles for the tips):
 138         yy <- c((1:Ntip)*2*pi/Ntip, rep(0, Nnode))
 139         Y <- .C("node_height", as.integer(Ntip), as.integer(Nnode),
 140                 as.integer(x$edge[, 1]), as.integer(x$edge[, 2]),
 141                 as.integer(Nedge), as.double(yy),
 142                 DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[6]]
 143         xx <- X * cos(Y)
 144         yy <- X * sin(Y)
 145     }
 146     if (phyloORclado && direction != "rightwards") {
 147         if (direction == "leftwards") {
 148             xx <- -xx
 149             xx <- xx - min(xx)
 150         }
 151         if (!horizontal) {
 152             tmp <- yy
 153             yy <- xx
 154             xx <- tmp - min(tmp) + 1
 155             if (direction == "downwards") {
 156                 yy <- -yy
 157                 yy <- yy - min(yy)
 158             }
 159         }
 160     }
 161     if (phyloORclado && root.edge) {
 162         if (direction == "rightwards") xx <- xx + x$root.edge
 163         if (direction == "upwards") yy <- yy + x$root.edge
 164     }
 165     if (no.margin) par(mai = rep(0, 4))
 166     if (is.null(x.lim)) {
 167         if (phyloORclado) {
 168             if (horizontal) {
 169                 x.lim <- c(0, NA)
 170                 tmp <-
 171                   if (show.tip.label) nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(xx) * cex
 172                   else 0
 173                 x.lim[2] <-
 174                   if (direction == "leftwards") max(xx[ROOT] + tmp)
 175                   else max(xx[1:Ntip] + tmp)
 176             } else x.lim <- c(1, Ntip)
 177         }
 178         if (type == "fan") {
 179             if (show.tip.label) {
 180                 offset <- max(nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(yy) * cex)
 181                 x.lim <- c(min(xx) - offset, max(xx) + offset)
 182             } else x.lim <- c(min(xx), max(xx))
 183         }
 184         if (type == "unrooted") {
 185             if (show.tip.label) {
 186                 offset <- max(nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(yy) * cex)
 187                 x.lim <- c(0 - offset, max(xx) + offset)
 188             } else x.lim <- c(0, max(xx))
 189         }
 190         if (type == "radial") {
 191             if (show.tip.label) {
 192                 offset <- max(nchar(x$tip.label) * 0.03 * cex)
 193                 x.lim <- c(-1 - offset, 1 + offset)
 194             } else x.lim <- c(-1, 1)
 195         }
 196     } else if (length(x.lim) == 1) {
 197         x.lim <- c(0, x.lim)
 198         if (phyloORclado && !horizontal) x.lim[1] <- 1
 199         if (type %in% c("fan", "unrooted") && show.tip.label)
 200           x.lim[1] <- -max(nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(yy) * cex)
 201         if (type == "radial")
 202           x.lim[1] <-
 203             if (show.tip.label) -1 - max(nchar(x$tip.label) * 0.03 * cex)
 204             else -1
 205     }
 206     if (is.null(y.lim)) {
 207         if (phyloORclado) {
 208             if (horizontal) y.lim <- c(1, Ntip) else {
 209                 y.lim <- c(0, NA)
 210                 tmp <-
 211                   if (show.tip.label) nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(yy) * cex
 212                   else 0
 213                 y.lim[2] <-
 214                   if (direction == "downwards") max(yy[ROOT] + tmp)
 215                   else max(yy[1:Ntip] + tmp)
 216             }
 217         }
 218         if (type == "fan") {
 219             if (show.tip.label) {
 220                 offset <- max(nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(yy) * cex)
 221                 y.lim <- c(min(yy) - offset, max(yy) + offset)
 222             } else y.lim <- c(min(yy), max(yy))
 223         }
 224         if (type == "unrooted") {
 225             if (show.tip.label) {
 226                 offset <- max(nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(yy) * cex)
 227                 y.lim <- c(0 - offset, max(yy) + offset)
 228             } else y.lim <- c(0, max(yy))
 229         }
 230         if (type == "radial") {
 231             if (show.tip.label) {
 232                 offset <- max(nchar(x$tip.label) * 0.03 * cex)
 233                 y.lim <- c(-1 - offset, 1 + offset)
 234             } else y.lim <- c(-1, 1)
 235         }
 236     } else if (length(y.lim) == 1) {
 237         y.lim <- c(0, y.lim)
 238         if (phyloORclado && horizontal) y.lim[1] <- 1
 239         if (type %in% c("fan", "unrooted") && show.tip.label)
 240           y.lim[1] <- -max(nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(yy) * cex)
 241         if (type == "radial")
 242           y.lim[1] <- if (show.tip.label) -1 - max(nchar(x$tip.label) * 0.018 * max(yy) * cex) else -1
 243     }
 244     if (phyloORclado && root.edge) {
 245         if (direction == "leftwards") x.lim[2] <- x.lim[2] + x$root.edge
 246         if (direction == "downwards") y.lim[2] <- y.lim[2] + x$root.edge
 247     }
 248     ## fix by Klaus Schliep (2008-03-28):
 249     asp <- if (type %in% c("fan", "radial")) 1 else NA
 250     plot(0, type = "n", xlim = x.lim, ylim = y.lim, xlab = "",
 251          ylab = "", xaxt = "n", yaxt = "n", bty = "n", asp = asp, ...)
 252     if (is.null(adj))
 253       adj <- if (phyloORclado && direction == "leftwards") 1 else 0
 254     if (phyloORclado) {
 255         MAXSTRING <- max(strwidth(x$tip.label, cex = cex))
 256         if (direction == "rightwards") {
 257             lox <- label.offset + MAXSTRING * 1.05 * adj
 258             loy <- 0
 259         }
 260         if (direction == "leftwards") {
 261             lox <- -label.offset - MAXSTRING * 1.05 * (1 - adj)
 262             loy <- 0
 263             xx <- xx + MAXSTRING
 264         }
 265         if (!horizontal) {
 266             psr <- par("usr")
 267             MAXSTRING <- MAXSTRING * 1.09 * (psr[4] - psr[3]) / (psr[2] - psr[1])
 268             loy <- label.offset + MAXSTRING * 1.05 * adj
 269             lox <- 0
 270             srt <- 90 + srt
 271             if (direction == "downwards") {
 272                 loy <- -loy
 273                 yy <- yy + MAXSTRING
 274                 srt <- 180 + srt
 275             }
 276         }
 277     }
 278     if (type == "phylogram") {
 279         phylogram.plot(x$edge, Ntip, Nnode, xx, yy,
 280                        horizontal, edge.color, edge.width)
 281     } else {
 282       if (type == "fan")
 283         circular.plot(x$edge, Ntip, Nnode, xx, yy, theta,
 284                       r, edge.color, edge.width)
 285       else
 286         cladogram.plot(x$edge, xx, yy, edge.color, edge.width)
 287     }
 288     if (root.edge)
 289       switch(direction,
 290              "rightwards" = segments(0, yy[ROOT], x$root.edge, yy[ROOT]),
 291              "leftwards" = segments(xx[ROOT], yy[ROOT], xx[ROOT] + x$root.edge, yy[ROOT]),
 292              "upwards" = segments(xx[ROOT], 0, xx[ROOT], x$root.edge),
 293              "downwards" = segments(xx[ROOT], yy[ROOT], xx[ROOT], yy[ROOT] + x$root.edge))
 294     if (show.tip.label) {
 295         if (!underscore) x$tip.label <- gsub("_", " ", x$tip.label)
 296         if (phyloORclado) {
 297             text(xx[1:Ntip] + lox, yy[1:Ntip] + loy, x$tip.label, adj = adj,
 298                  font = font, srt = srt, cex = cex, col = tip.color)
 299         }
 300         if (type == "unrooted") {
 301             if (lab4ut == "horizontal") {
 302                 y.adj <- x.adj <- numeric(Ntip)
 303                 sel <- abs(XY$axe) > 0.75 * pi
 304                 x.adj[sel] <- -strwidth(x$tip.label)[sel] * 1.05
 305                 sel <- abs(XY$axe) > pi/4 & abs(XY$axe) < 0.75 * pi
 306                 x.adj[sel] <- -strwidth(x$tip.label)[sel] * (2 * abs(XY$axe)[sel] / pi - 0.5)
 307                 sel <- XY$axe > pi / 4 & XY$axe < 0.75 * pi
 308                 y.adj[sel] <- strheight(x$tip.label)[sel] / 2
 309                 sel <- XY$axe < -pi / 4 & XY$axe > -0.75 * pi
 310                 y.adj[sel] <- -strheight(x$tip.label)[sel] * 0.75
 311                 text(xx[1:Ntip] + x.adj*cex, yy[1:Ntip] + y.adj*cex,
 312                      x$tip.label, adj = c(adj, 0), font = font,
 313                      srt = srt, cex = cex, col = tip.color)
 314             } else { # if lab4ut == "axial"
 315                 adj <- as.numeric(abs(XY$axe) > pi/2)
 316                 srt <- 180*XY$axe/pi
 317                 srt[as.logical(adj)] <- srt[as.logical(adj)] - 180
 318                 ## <FIXME> temporary check of the values of `srt':
 319                 ## set to 0 if "-0.000001 < srt < 0"
 320                 sel <- srt > -1e-6 & srt < 0
 321                 if (any(sel)) srt[sel] <- 0
 322                 ## </FIXME>
 323                 ## `srt' takes only a single value, so we cannot vectorize this:
 324                 for (i in 1:Ntip)
 325                   text(xx[i], yy[i], cex = cex, x$tip.label[i], adj = adj[i],
 326                        font = font, srt = srt[i], col = tip.color[i])
 327             }
 328         }
 329         if (type %in% c("fan", "radial")) {
 330             xx.scaled <- xx[1:Ntip]
 331             if (type == "fan") { # no need if type == "radial"
 332                 maxx <- max(abs(xx.scaled))
 333                 if (maxx > 1) xx.scaled <- xx.scaled/maxx
 334             }
 335             angle <- acos(xx.scaled)*180/pi
 336             s1 <- angle > 90 & yy[1:Ntip] > 0
 337             s2 <- angle < 90 & yy[1:Ntip] < 0
 338             s3 <- angle > 90 & yy[1:Ntip] < 0
 339             angle[s1] <- angle[s1] + 180
 340             angle[s2] <- -angle[s2]
 341             angle[s3] <- 180 - angle[s3]
 342             adj <- numeric(Ntip)
 343             adj[xx[1:Ntip] < 0] <- 1
 344             ## `srt' takes only a single value, so we cannot vectorize this:
 345             for (i in 1:Ntip)
 346               text(xx[i], yy[i], x$tip.label[i], font = font, cex = cex,
 347                    srt = angle[i], adj = adj[i], col = tip.color[i])
 348         }
 349     }
 350     if (show.node.label)
 351       text(xx[ROOT:length(xx)] + label.offset, yy[ROOT:length(yy)],
 352            x$node.label, adj = adj, font = font, srt = srt, cex = cex)
 353     L <- list(type = type, use.edge.length = use.edge.length,
 354               node.pos = node.pos, show.tip.label = show.tip.label,
 355               show.node.label = show.node.label, font = font,
 356               cex = cex, adj = adj, srt = srt, no.margin = no.margin,
 357               label.offset = label.offset, x.lim = x.lim, y.lim = y.lim,
 358               direction = direction, tip.color = tip.color,
 359               Ntip = Ntip, Nnode = Nnode)
 360     assign("last_plot.phylo", c(L, list(edge = xe, xx = xx, yy = yy)),
 361            envir = .PlotPhyloEnv)
 362     invisible(L)
 363 }
 364
 365 phylogram.plot <- function(edge, Ntip, Nnode, xx, yy,
 366                            horizontal, edge.color, edge.width)
 367 {
 368     nodes <- (Ntip + 1):(Ntip + Nnode)
 369     if (!horizontal) {
 370         tmp <- yy
 371         yy <- xx
 372         xx <- tmp
 373     }
 374     ## un trait vertical à chaque noeud...
 375     x0v <- xx[nodes]
 376     y0v <- y1v <- numeric(Nnode)
 377     for (i in nodes) {
 378         j <- edge[which(edge[, 1] == i), 2]
 379         y0v[i - Ntip] <- min(yy[j])
 380         y1v[i - Ntip] <- max(yy[j])
 381     }
 382     ## ... et un trait horizontal partant de chaque tip et chaque noeud
 383     ##  vers la racine
 384     sq <- if (Nnode == 1) 1:Ntip else c(1:Ntip, nodes[-1])
 385     y0h <- yy[sq]
 386     x1h <- xx[sq]
 387     ## match() is very useful here becoz each element in edge[, 2] is
 388     ## unique (not sure this is so useful in edge[, 1]; needs to be checked)
 389     ## `pos' gives for each element in `sq' its index in edge[, 2]
 390     pos <- match(sq, edge[, 2])
 391     x0h <- xx[edge[pos, 1]]
 392
 393     e.w <- unique(edge.width)
 394     if (length(e.w) == 1) width.v <- rep(e.w, Nnode)
 395     else {
 396         width.v <- rep(1, Nnode)
 397         for (i in 1:Nnode) {
 398             br <- edge[which(edge[, 1] == i + Ntip), 2]
 399             width <- unique(edge.width[br])
 400             if (length(width) == 1) width.v[i] <- width
 401         }
 402     }
 403     e.c <- unique(edge.color)
 404     if (length(e.c) == 1) color.v <- rep(e.c, Nnode)
 405     else {
 406         color.v <- rep("black", Nnode)
 407         for (i in 1:Nnode) {
 408             br <- which(edge[, 1] == i + Ntip)
 409             #br <- edge[which(edge[, 1] == i + Ntip), 2]
 410             color <- unique(edge.color[br])
 411             if (length(color) == 1) color.v[i] <- color
 412         }
 413     }
 414
 415     ## we need to reorder `edge.color' and `edge.width':
 416     edge.width <- edge.width[pos]
 417     edge.color <- edge.color[pos]
 418     if (horizontal) {
 419         segments(x0v, y0v, x0v, y1v, col = color.v, lwd = width.v) # draws vertical lines
 420         segments(x0h, y0h, x1h, y0h, col = edge.color, lwd = edge.width) # draws horizontal lines
 421     } else {
 422         segments(y0v, x0v, y1v, x0v, col = color.v, lwd = width.v) # draws horizontal lines
 423         segments(y0h, x0h, y0h, x1h, col = edge.color, lwd = edge.width) # draws vertical lines
 424     }
 425 }
 426
 427 cladogram.plot <- function(edge, xx, yy, edge.color, edge.width)
 428   segments(xx[edge[, 1]], yy[edge[, 1]], xx[edge[, 2]], yy[edge[, 2]],
 429            col = edge.color, lwd = edge.width)
 430
 431 circular.plot <- function(edge, Ntip, Nnode, xx, yy, theta,
 432                           r, edge.color, edge.width)
 433 {
 434     r0 <- r[edge[, 1]]
 435     r1 <- r[edge[, 2]]
 436     theta0 <- theta[edge[, 2]]
 437
 438     x0 <- r0*cos(theta0)
 439     y0 <- r0*sin(theta0)
 440     x1 <- r1*cos(theta0)
 441     y1 <- r1*sin(theta0)
 442
 443     segments(x0, y0, x1, y1, col = edge.color, lwd = edge.width)
 444
 445     tmp <- which(diff(edge[, 1]) != 0)
 446     start <- c(1, tmp + 1)
 447     end <- c(tmp, dim(edge)[1])
 448
 449     for (k in 1:Nnode) {
 450         i <- start[k]
 451         j <- end[k]
 452         X <- rep(r[edge[i, 1]], 100)
 453         Y <- seq(theta[edge[i, 2]], theta[edge[j, 2]], length.out = 100)
 454         co <- if (edge.color[i] == edge.color[j]) edge.color[i] else "black"
 455         lw <- if (edge.width[i] == edge.width[j]) edge.width[i] else 1
 456         lines(X*cos(Y), X*sin(Y), col = co, lwd = lw)
 457     }
 458 }
 459
 460 unrooted.xy <- function(Ntip, Nnode, edge, edge.length)
 461 {
 462     foo <- function(node, ANGLE, AXIS) {
 463         ind <- which(edge[, 1] == node)
 464         sons <- edge[ind, 2]
 465         start <- AXIS - ANGLE/2
 466         for (i in 1:length(sons)) {
 467             h <- edge.length[ind[i]]
 468             angle[sons[i]] <<- alpha <- ANGLE*nb.sp[sons[i]]/nb.sp[node]
 469             axis[sons[i]] <<- beta <- start + alpha/2
 470             start <- start + alpha
 471             xx[sons[i]] <<- h*cos(beta) + xx[node]
 472             yy[sons[i]] <<- h*sin(beta) + yy[node]
 473         }
 474         for (i in sons)
 475           if (i > Ntip) foo(i, angle[i], axis[i])
 476     }
 477     root <- Ntip + 1
 478     Nedge <- dim(edge)[1]
 479     yy <- xx <- numeric(Ntip + Nnode)
 480     nb.sp <- .C("node_depth", as.integer(Ntip), as.integer(Nnode),
 481                 as.integer(edge[, 1]), as.integer(edge[, 2]),
 482                 as.integer(Nedge), double(Ntip + Nnode),
 483                 DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[6]]
 484     ## `angle': the angle allocated to each node wrt their nb of tips
 485     ## `axis': the axis of each branch
 486     axis <- angle <- numeric(Ntip + Nnode)
 487     ## start with the root...
 488     ## xx[root] <- yy[root] <- 0 # already set!
 489     foo(root, 2*pi, 0)
 490
 491     M <- cbind(xx, yy)
 492     axe <- axis[1:Ntip] # the axis of the terminal branches (for export)
 493     axeGTpi <- axe > pi
 494     ## insures that returned angles are in [-PI, +PI]:
 495     axe[axeGTpi] <- axe[axeGTpi] - 2*pi
 496     list(M = M, axe = axe)
 497 }
 498
 499 node.depth <- function(phy)
 500 {
 501     n <- length(phy$tip.label)
 502     m <- phy$Nnode
 503     N <- dim(phy$edge)[1]
 504     phy <- reorder(phy, order = "pruningwise")
 505     .C("node_depth", as.integer(n), as.integer(m),
 506        as.integer(phy$edge[, 1]), as.integer(phy$edge[, 2]),
 507        as.integer(N), double(n + m), DUP = FALSE, PACKAGE = "ape")[[6]]
 508 }
 509
 510 plot.multiPhylo <- function(x, layout = 1, ...)
 511 {
 512     if (layout > 1)
 513       layout(matrix(1:layout, ceiling(sqrt(layout)), byrow = TRUE))
 514     else layout(matrix(1))
 515     if (!par("ask")) {
 516         par(ask = TRUE)
 517         on.exit(par(ask = FALSE))
 518     }
 519     for (i in 1:length(x)) plot(x[[i]], ...)
 520 }