R/plot.ancestral.R

   1 ## plot.ancestral.R (2005-12-04)
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   3 ##   Plotting Ancestral Characters on a Tree
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   5 ## Copyright 2005 Julien Dutheil
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   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 plot.ancestral <- function(x, which=names(x$node.character),
  11     n.col=10, col.fun=function(n) rainbow(n, start=0.4, end=0),
  12     plot.node.values=FALSE,
  13     ask = prod(par("mfcol")) < length(which) && dev.interactive(),
  14     ...)
  15 {
  16   if (!("ancestral" %in% class(x)))
  17       stop("object \"phy\" is not of class \"ancestral\"")
  18   states <- rbind(x$node.character, x$tip.character)
  19   cols <- col.fun(n.col)
  20   if(ask) {
  21     op <- par(ask = TRUE)
  22     on.exit(par(op))
  23   }
  24   for(state in which) {
  25     a <- states[x$edge[,2],state]
  26     b <- round((n.col-1)*(a-min(a))/(max(a)-min(a)))+1
  27     if(plot.node.values) {
  28       x$node.label <- x$node.character[,state]
  29       plot.phylo(x, edge.color=cols[b], show.node.label=TRUE, sub=state, ...)
  30     } else {
  31       plot.phylo(x, edge.color=cols[b], sub=state, ...)
  32     }
  33   }
  34 }