R/njs.R

   1 ## njs.R (2012-03-30)
   2
   3 ## Tree Reconstruction from Incomplete Distances With NJ* or bio-NJ*
   4
   5 ## Copyright 2011 Andrei-Alin Popescu
   6
   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
   9
  10 .NJS_BIONJS <- function(libs, X, fs = 15)
  11 {
  12     if (fs < 1)
  13         stop("argument 'fs' must be a non-zero positive integer")
  14     if (is.matrix(X)) X <- as.dist(X)
  15     X[is.na(X)] <- -1
  16     X[X < 0] <- -1
  17     X[is.nan(X)] <- -1
  18     N <- attr(X, "Size")
  19     labels <- attr(X, "Labels")
  20     if (is.null(labels)) labels <- as.character(1:N)
  21     ans <- .C(libs, as.double(X), as.integer(N), integer(2*N - 3),
  22               integer(2*N - 3), double(2*N - 3), as.integer(fs),
  23               DUP = FALSE, NAOK = TRUE, PACKAGE = "ape")
  24     obj <- list(edge = cbind(ans[[3]], ans[[4]]), edge.length = ans[[5]],
  25                 tip.label = labels, Nnode = N - 2L)
  26     class(obj) <- "phylo"
  27     reorder(obj)
  28 }
  29
  30
  31 njs <- function(X, fs = 15) .NJS_BIONJS("njs", X = X, fs = fs)
  32
  33 bionjs <- function(X, fs = 15) .NJS_BIONJS("bionjs", X = X, fs = fs)