R/nj.R

   1 ## nj.R (2006-09-15)
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   3 ##   Neighbor-Joining Tree Estimation
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   5 ## Copyright 2004-2006 Emmanuel Paradis
   6
   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 nj <- function(X)
  11 {
  12     if (is.matrix(X)) X <- as.dist(X)
  13     N <- attr(X, "Size")
  14     labels <- attr(X, "Labels")
  15     if (is.null(labels)) labels <- as.character(1:N)
  16     edge1 <- edge2 <- integer(2*N - 3)
  17     edge.length <- numeric(2*N - 3)
  18     ans <- .C("nj", as.double(X), as.integer(N), as.integer(edge1),
  19               as.integer(edge2), as.double(edge.length), PACKAGE = "ape")
  20     obj <- list(edge = cbind(ans[[3]], ans[[4]]),
  21                 edge.length = ans[[5]], tip.label = labels)
  22     obj$Nnode <- N - 2
  23     class(obj) <- "phylo"
  24     reorder(obj)
  25 }