R/nj.R

   1 ## nj.R (2009-11-23)
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   3 ##   Neighbor-Joining Tree Estimation
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   5 ## Copyright 2004-2009 Emmanuel Paradis
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   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 nj <- function(X)
  11 {
  12     if (is.matrix(X)) X <- as.dist(X)
  13     if (any(is.na(X)))
  14         stop("missing values are not allowed in the distance matrix\nConsider using njs()")
  15     N <- attr(X, "Size")
  16     labels <- attr(X, "Labels")
  17     if (is.null(labels)) labels <- as.character(1:N)
  18     ans <- .C("nj", as.double(X), as.integer(N), integer(2*N - 3),
  19               integer(2*N - 3), double(2*N - 3),
  20               DUP = FALSE, NAOK = TRUE, PACKAGE = "ape")
  21     obj <- list(edge = cbind(ans[[3]], ans[[4]]), edge.length = ans[[5]],
  22                 tip.label = labels, Nnode = N - 2L)
  23     class(obj) <- "phylo"
  24     reorder(obj)
  25 }