R/me.R

   1 ## me.R (2008-01-12)
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   3 ##   Tree Estimation Based on Minimum Evolution Algorithm
   4
   5 ## Copyright 2007 Vincent Lefort with modifications by
   6 ##                 Emmanuel Paradis (2008)
   7
   8 ## This file is part of the R-package `ape'.
   9 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  11 .fastme <- function(X, nni, lib)
  12 {
  13     if (is.matrix(X)) X <- as.dist(X)
  14     N <- as.integer(attr(X, "Size"))
  15     labels <- sprintf("%6s", 1:N)
  16     edge1 <- edge2 <- integer(2*N - 3)
  17     ans <- .C(lib, as.double(X), N, labels, as.integer(nni),
  18               edge1, edge2, double(2*N - 3), character(N),
  19               PACKAGE = "ape")
  20     labels <- substr(ans[[8]], 1, 6)
  21     LABS <- attr(X, "Labels")
  22     labels <- if (!is.null(LABS)) LABS[as.numeric(labels)]
  23     else gsub("^ ", "", labels)
  24     structure(list(edge =  cbind(ans[[5]], ans[[6]]), edge.length = ans[[7]],
  25                    tip.label = labels, Nnode = N - 2),
  26               class = "phylo")
  27 }
  28
  29 fastme.bal <- function(X, nni = TRUE) .fastme(X, nni, "me_b")
  30
  31 fastme.ols <- function(X, nni = TRUE) .fastme(X, nni, "me_o")
  32
  33 bionj <- function(X)
  34 {
  35     if (is.matrix(X)) X <- as.dist(X)
  36     N <- as.integer(attr(X, "Size"))
  37     labels <- sprintf("%6s", 1:N)
  38     edge1 <- edge2 <- integer(2*N - 3)
  39     ans <- .C("bionj", as.double(X), N, labels, edge1, edge2,
  40               double(2*N - 3), character(N), PACKAGE = "ape")
  41     labels <- substr(ans[[7]], 1, 6)
  42     LABS <- attr(X, "Labels")
  43     labels <- if (!is.null(LABS)) LABS[as.numeric(labels)]
  44     else gsub("^ ", "", labels)
  45     structure(list(edge =  cbind(ans[[4]], ans[[5]]), edge.length = ans[[6]],
  46                    tip.label = labels, Nnode = N - 2),
  47               class = "phylo")
  48 }