R/me.R

   1 ## me.R (2012-09-14)
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   3 ##   Tree Estimation Based on Minimum Evolution Algorithm
   4
   5 ## Copyright 2007 Vincent Lefort with modifications by
   6 ##                Emmanuel Paradis (2008-2012)
   7
   8 ## This file is part of the R-package `ape'.
   9 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  11 fastme.bal <- function(X, nni = TRUE, spr = TRUE, tbr = TRUE)
  12 {
  13     if (is.matrix(X)) X <- as.dist(X)
  14     N <- as.integer(attr(X, "Size"))
  15     nedge <- 2L * N - 3L
  16     ans <- .C("me_b", as.double(X), N, 1:N, as.integer(nni),
  17               as.integer(spr), as.integer(tbr), integer(nedge),
  18               integer(nedge), double(nedge),
  19               DUP = FALSE, NAOK = TRUE, PACKAGE = "ape")
  20     labels <- attr(X, "Labels")
  21     if (is.null(labels)) labels <- as.character(1:N)
  22     labels <- labels[ans[[3]]]
  23     obj <- list(edge =  cbind(ans[[7]], ans[[8]]),
  24                 edge.length = ans[[9]],
  25                 tip.label = labels, Nnode = N - 2L)
  26     class(obj) <- "phylo"
  27     attr(obj, "order") <- "cladewise"
  28     obj
  29 }
  30
  31 fastme.ols <- function(X, nni = TRUE)
  32 {
  33     if (is.matrix(X)) X <- as.dist(X)
  34     N <- as.integer(attr(X, "Size"))
  35     nedge <- 2L * N - 3L
  36     ans <- .C("me_o", as.double(X), N, 1:N, as.integer(nni),
  37               integer(nedge), integer(nedge), double(nedge),
  38               DUP = FALSE, NAOK = TRUE, PACKAGE = "ape")
  39     labels <- attr(X, "Labels")
  40     if (is.null(labels)) labels <- as.character(1:N)
  41     labels <- labels[ans[[3]]]
  42     obj <- list(edge =  cbind(ans[[5]], ans[[6]]),
  43                 edge.length = ans[[7]],
  44                 tip.label = labels, Nnode = N - 2L)
  45     class(obj) <- "phylo"
  46     attr(obj, "order") <- "cladewise"
  47     obj
  48 }
  49
  50 bionj <- function(X)
  51 {
  52     if (is.matrix(X)) X <- as.dist(X)
  53     if (any(is.na(X)))
  54         stop("missing values are not allowed in the distance matrix.\nConsider using bionjs()")
  55     if (any(X > 100))
  56         stop("at least one distance was greater than 100")
  57     N <- as.integer(attr(X, "Size"))
  58
  59     ans <- .C("bionj", as.double(X), N, integer(2 * N - 3),
  60               integer(2 * N - 3), double(2*N - 3),
  61               DUP = FALSE, NAOK = TRUE, PACKAGE = "ape")
  62     labels <- attr(X, "Labels")
  63     if (is.null(labels)) labels <- as.character(1:N)
  64     obj <- list(edge =  cbind(ans[[3]], ans[[4]]), edge.length = ans[[5]],
  65                 tip.label = labels, Nnode = N - 2L)
  66     class(obj) <- "phylo"
  67     reorder(obj)
  68 }