R/me.R

   1 ## me.R (2007-07-12)
   2
   3 ##      Tree Estimation Based on Minimum Evolution Algorithm
   4
   5 ## Copyright 2007 Vincent Lefort
   6
   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 fastme.bal <- function(X, nni = TRUE)
  11 {
  12     if (is.matrix(X)) X <- as.dist(X)
  13     N <- attr(X, "Size")
  14     labels <- attr(X, "Labels")
  15     if (is.null(labels)) labels <- as.character(1:N)
  16     ans <- .C("me_b", as.double(X), as.integer(N), as.character(labels),
  17               "", as.integer(nni), PACKAGE = "ape")
  18     read.tree(text = ans[[4]])
  19 }
  20
  21 fastme.ols <- function(X, nni = TRUE)
  22 {
  23     if (is.matrix(X)) X <- as.dist(X)
  24     N <- attr(X, "Size")
  25     labels <- attr(X, "Labels")
  26     if (is.null(labels)) labels <- as.character(1:N)
  27     ans <- .C("me_o", as.double(X), as.integer(N), as.character(labels),
  28               "", as.integer(nni), PACKAGE = "ape")
  29     read.tree(text = ans[[4]])
  30 }
  31
  32 bionj <- function(X)
  33 {
  34     if (is.matrix(X)) X <- as.dist(X)
  35     N <- attr(X, "Size")
  36     labels <- attr(X, "Labels")
  37     if (is.null(labels)) labels <- as.character(1:N)
  38     ans <- .C("bionj", as.double(X), as.integer(N),
  39               as.character(labels), "", PACKAGE = "ape")
  40     read.tree(text = ans[[4]])
  41 }