R/me.R

   1 ## me.R (2012-04-30)
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   3 ##   Tree Estimation Based on Minimum Evolution Algorithm
   4
   5 ## Copyright 2007 Vincent Lefort with modifications by
   6 ##                Emmanuel Paradis (2008-2012)
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   8 ## This file is part of the R-package `ape'.
   9 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  11 fastme.bal <- function(X, nni = TRUE, spr = TRUE, tbr = TRUE)
  12 {
  13     if (is.matrix(X)) X <- as.dist(X)
  14     N <- as.integer(attr(X, "Size"))
  15     nedge <- 2L * N - 3L
  16     ans <- .C("me_b", as.double(X), N, 1:N, as.integer(nni),
  17               as.integer(spr), as.integer(tbr), integer(nedge),
  18               integer(nedge), double(nedge),
  19               DUP = FALSE, NAOK = TRUE, PACKAGE = "ape")
  20     labels <- attr(X, "Labels")
  21     if (is.null(labels)) labels <- as.character(1:N)
  22     labels <- labels[ans[[3]]]
  23     structure(list(edge =  cbind(ans[[7]], ans[[8]]),
  24                    edge.length = ans[[9]],
  25                    tip.label = labels, Nnode = N - 2L),
  26               class = "phylo")
  27 }
  28
  29 fastme.ols <- function(X, nni = TRUE)
  30 {
  31     if (is.matrix(X)) X <- as.dist(X)
  32     N <- as.integer(attr(X, "Size"))
  33     nedge <- 2L * N - 3L
  34     ans <- .C("me_o", as.double(X), N, 1:N, as.integer(nni),
  35               integer(nedge), integer(nedge), double(nedge),
  36               DUP = FALSE, NAOK = TRUE, PACKAGE = "ape")
  37     labels <- attr(X, "Labels")
  38     if (is.null(labels)) labels <- as.character(1:N)
  39     labels <- labels[ans[[3]]]
  40     structure(list(edge =  cbind(ans[[5]], ans[[6]]),
  41                    edge.length = ans[[7]],
  42                    tip.label = labels, Nnode = N - 2L),
  43               class = "phylo")
  44 }
  45
  46 bionj <- function(X)
  47 {
  48     if (is.matrix(X)) X <- as.dist(X)
  49     if (any(is.na(X)))
  50         stop("missing values are not allowed in the distance matrix.\nConsider using bionjs()")
  51     if (any(X > 100))
  52         stop("at least one distance was greater than 100")
  53     N <- as.integer(attr(X, "Size"))
  54
  55     ans <- .C("bionj", as.double(X), N, integer(2 * N - 3),
  56               integer(2 * N - 3), double(2*N - 3),
  57               DUP = FALSE, NAOK = TRUE, PACKAGE = "ape")
  58     labels <- attr(X, "Labels")
  59     if (is.null(labels)) labels <- as.character(1:N)
  60     obj <- list(edge =  cbind(ans[[3]], ans[[4]]), edge.length = ans[[5]],
  61                 tip.label = labels, Nnode = N - 2L)
  62     class(obj) <- "phylo"
  63     reorder(obj)
  64 }