R/is.compatible.R

   1 ## is.compatible.R (2011-10-11)
   2
   3 ##   Check Compatibility of Splits
   4
   5 ## Copyright 2011 Andrei-Alin Popescu
   6
   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
   9
  10 is.compatible <- function(obj) UseMethod("is.compatible")
  11
  12 is.compatible.bitsplits <- function(obj)
  13 {
  14     m <- obj$matsplit
  15     n <- ncol(m)
  16     ntaxa <- length(obj$labels)
  17     for (i in 1:(n - 1))
  18         for (j in (i + 1):n)
  19             if (!arecompatible(m[, i], m[, j], ntaxa))
  20                 return(FALSE)
  21     TRUE
  22 }
  23
  24 arecompatible <-function(x, y, n)
  25 {
  26     msk <- !as.raw(2^(8 - (n %% 8)) - 1)
  27
  28     foo <- function(v) {
  29         lv <- length(v)
  30         v[lv] <- v[lv] & msk
  31         as.integer(all(v == as.raw(0)))
  32     }
  33
  34     nE <- foo(x & y) + foo(x & !y) + foo(!x & y) + foo(!x & !y)
  35     if (nE == 1) TRUE else FALSE
  36 }