R/is.binary.tree.R

   1 ## is.binary.tree.R (2002-09-12) [modified by EP 2005-05-31, 2005-08-18,
   2 ##                                2006-10-04, 2009-05-10]
   3
   4 ##    Tests whether a given phylogenetic tree is binary
   5
   6 ## Copyright 2002 Korbinian Strimmer
   7
   8 ## This file is part of the R-package `ape'.
   9 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
  10
  11 is.binary.tree <- function(phy)
  12 {
  13     if (!inherits(phy, "phylo")) stop('object "phy" is not of class "phylo"')
  14     ## modified by EP so that it works without edge lengths too (2005-05-31):
  15     nb.tip <- length(phy$tip.label)
  16     nb.node <- phy$Nnode
  17     ## modified by EP so that it works with both rooted and unrooted
  18     ## trees (2005-08-18):
  19     if (is.rooted(phy)) {
  20         if (nb.tip - 1 ==  nb.node) return(TRUE)
  21         else return(FALSE)
  22     } else {
  23         if (nb.tip - 2 ==  nb.node) return(TRUE)
  24         else return(FALSE)
  25     }
  26 }