R/identify.phylo.R

   1 ## identify.phylo.R (2011-03-23)
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   3 ##   Graphical Identification of Nodes and Tips
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   5 ## Copyright 2008-2011 Emmanuel Paradis
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   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 identify.phylo <- function(x, nodes = TRUE, tips = FALSE,
  11                            labels = FALSE, quiet = FALSE, ...)
  12 {
  13     if (!quiet)
  14         cat("Click close to a node of the tree...\n")
  15     xy <- locator(1)
  16     if (is.null(xy)) return(NULL)
  17     lastPP <- get("last_plot.phylo", envir = .PlotPhyloEnv)
  18     ## rescale the coordinates (especially if the x- and
  19     ## y-scales are very different):
  20     pin <- par("pin")
  21     rescaleX <- pin[1]/max(lastPP$xx)
  22     xx <- rescaleX * lastPP$xx
  23     rescaleY <- pin[2]/max(lastPP$yy)
  24     yy <- rescaleY * lastPP$yy
  25     xy$x <- rescaleX * xy$x
  26     xy$y <- rescaleY * xy$y
  27     ## end of rescaling
  28     d <- (xy$x - xx)^2 + (xy$y - yy)^2 # no need to sqrt()
  29     NODE <- which.min(d)
  30     res <- list()
  31     if (NODE <= lastPP$Ntip) {
  32         res$tips <- if (labels) x$tip.label[NODE] else NODE
  33         return(res)
  34     }
  35     if (tips) {
  36         TIPS <- prop.part(x)[[NODE - lastPP$Ntip]]
  37         res$tips <- if (labels) x$tip.label[TIPS] else TIPS
  38     }
  39     if (nodes) {
  40         if (is.null(x$node.label)) labels <- FALSE
  41         res$nodes <- if (labels) x$node.label[NODE - lastPP$Ntip] else NODE
  42     }
  43     res
  44 }