R/identify.phylo.R

   1 ## identify.phylo.R (2008-01-14)
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   3 ##   Graphical Identification of Nodes and Tips
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   5 ## Copyright 2008 Emmanuel Paradis
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   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 identify.phylo <- function(x, nodes = TRUE, tips = FALSE,
  11                            labels = FALSE, ...)
  12 {
  13     cat("Click close to a node of the tree...\n")
  14     xy <- locator(1)
  15     Ntip <- .last_plot.phylo$Ntip
  16     d <- sqrt((xy$x - .last_plot.phylo$xx)^2 +
  17               (xy$y - .last_plot.phylo$yy)^2)
  18     NODE <- which.min(d)
  19     res <- list()
  20     if (NODE <= Ntip) {
  21         res$tips <- if (labels) x$tip.label[NODE] else NODE
  22         return(res)
  23     }
  24     if (tips) {
  25         TIPS <- prop.part(x)[[NODE - Ntip]]
  26         res$tips <- if (labels) x$tip.label[TIPS] else TIPS
  27     }
  28     if (nodes) {
  29         if (is.null(x$node.label)) labels <- FALSE
  30         res$nodes <- if (labels) x$node.label[NODE - Ntip] else NODE
  31     }
  32     res
  33 }