R/identify.phylo.R

   1 ## identify.phylo.R (2008-02-28)
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   3 ##   Graphical Identification of Nodes and Tips
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   5 ## Copyright 2008 Emmanuel Paradis
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   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 identify.phylo <- function(x, nodes = TRUE, tips = FALSE,
  11                            labels = FALSE, ...)
  12 {
  13     cat("Click close to a node of the tree...\n")
  14     xy <- locator(1)
  15     lastPP <- get("last_plot.phylo", envir = .PlotPhyloEnv)
  16     d <- sqrt((xy$x - lastPP$xx)^2 + (xy$y - lastPP$yy)^2)
  17     NODE <- which.min(d)
  18     res <- list()
  19     if (NODE <= lastPP$Ntip) {
  20         res$tips <- if (labels) x$tip.label[NODE] else NODE
  21         return(res)
  22     }
  23     if (tips) {
  24         TIPS <- prop.part(x)[[NODE - lastPP$Ntip]]
  25         res$tips <- if (labels) x$tip.label[TIPS] else TIPS
  26     }
  27     if (nodes) {
  28         if (is.null(x$node.label)) labels <- FALSE
  29         res$nodes <- if (labels) x$node.label[NODE - lastPP$Ntip] else NODE
  30     }
  31     res
  32 }