R/ewLasso.R

   1 ## ewLasso.R (2013-03-30)
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   3 ##   Lasso Tree
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   5 ## Copyright 2013 Andrei-Alin Popescu
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   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 ewLasso <- function(X, phy)
  11 {
  12     if (is.matrix(X)) X <- as.dist(X)
  13     X[is.na(X)] <- -1
  14     X[X < 0] <- -1
  15     X[is.nan(X)] <- -1
  16
  17     N <- attr(X, "Size")
  18     labels <- attr(X, "Labels")
  19     if (is.null(labels)) labels <- as.character(1:N)
  20     ans <- .C("ewLasso", as.double(X), as.integer(N),
  21               phy$edge[, 1], phy$edge[, 2],
  22               DUP = FALSE, NAOK = TRUE, PACKAGE = "ape")
  23 }