R/ewLasso.R

   1 ## ewLasso.R (2013-04-02)
   2
   3 ##   Lasso Tree
   4
   5 ## Copyright 2013 Andrei-Alin Popescu
   6
   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
   9
  10 ewLasso <- function(X, phy)
  11 {
  12     if (is.matrix(X)) X <- as.dist(X)
  13     X[is.na(X)] <- -1
  14     X[X < 0] <- -1
  15     X[is.nan(X)] <- -1
  16
  17     if (is.rooted(phy)) {
  18         phy <- unroot(phy)
  19         warning("'phy' is rooted: it was unrooted for this operation")
  20     }
  21
  22     N <- attr(X, "Size")
  23     labels <- attr(X, "Labels")
  24     if (is.null(labels)) labels <- as.character(1:N)
  25     ans <- .C("ewLasso", as.double(X), as.integer(N),
  26               as.integer(phy$edge[, 1]), as.integer(phy$edge[, 2]),
  27               DUP = FALSE, NAOK = TRUE, PACKAGE = "ape")
  28 }