R/dist.gene.R

   1 ## dist.gene.R (2009-04-01)
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   3 ##   Pairwise Distances from Genetic Data
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   5 ## Copyright 2002-2009 Emmanuel Paradis
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   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 dist.gene <-
  11     function(x, method = "pairwise", pairwise.deletion = FALSE,
  12              variance = FALSE)
  13 {
  14     if (!is.data.frame(x) && !is.matrix(x))
  15         stop("'x' should be a matrix or a data.frame")
  16     method <- match.arg(method, c("pairwise", "percentage"))
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  18     if (!pairwise.deletion) {
  19         ## delete the columns with at least one NA:
  20         del <- apply(x, 2, function(xx) any(is.na(xx)))
  21         x <- x[, !del]
  22     }
  23     n <- dim(x)
  24     L <- n[2]
  25     n <- n[1]
  26     D <- double(n*(n - 1)/2)
  27     if (pairwise.deletion) L <- D
  28     k <- 1
  29     for (i in 1:(n - 1)) {
  30         for (j in (i + 1):n) {
  31             y <- x[i, ] != x[j, ]
  32             if (pairwise.deletion) L[k] <- sum(!is.na(y))
  33             D[k] <-  sum(y, na.rm = TRUE)
  34             k <- k + 1
  35         }
  36     }
  37     ## L is either a single integer value if pairwise.deletion = FALSE,
  38     ## or a vector of integers if pairwise.deletion = TRUE
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  40     if (method == "percentage") D <- D/L
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  42     attr(D, "Size") <- n
  43     attr(D, "Labels") <-  dimnames(x)[[1]]
  44     attr(D, "Diag") <- attr(D, "Upper") <- FALSE
  45     attr(D, "call") <- match.call()
  46     attr(D, "method") <- method
  47     class(D) <- "dist"
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  49     if (variance) {
  50         y <- if (method == "pairwise") L else 1
  51         attr(D, "variance") <- D*(y - D)/L
  52     }
  53     D
  54 }