R/dist.gene.R

   1 ## dist.gene.R (2002-08-28)
   2
   3 ##   Pairwise Distances from Genetic Data
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   5 ## Copyright 2002 Emmanuel Paradis
   6
   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 dist.gene.pairwise <- function(x, variance = FALSE)
  11 {
  12     if (is.data.frame(x)) x <- as.matrix(x)
  13     L <- ncol(x)
  14     n <- nrow(x)
  15     D <- matrix(NA, n, n)
  16     diag(D) <- 0
  17     for (i in 1:(n - 1)) {
  18         for (j in (i + 1):n) {
  19             D[i, j] <- D[j, i] <- L - sum(x[i, ] == x[j, ])
  20         }
  21     }
  22     if (!is.null(rownames(x))) rownames(D) <- colnames(D) <- rownames(x)
  23     if (variance) {
  24         var.D <- D * (L - D) / L
  25         return(list(distances = D, variance = var.D))
  26     }
  27     else return(D)
  28 }
  29
  30 dist.gene.percentage <- function(x, variance = FALSE)
  31 {
  32     L <- ncol(x)
  33     D <- dist.gene.pairwise(x) / L
  34     if (variance) {
  35         var.D <- D * (1 - D) / L
  36         return(list(pairwise.distances = D, variance = var.D))
  37     }
  38     else return(D)
  39 }
  40
  41 dist.gene <- function(x, method = "pairwise", variance = FALSE)
  42 {
  43     if (method == "pairwise")
  44       return(dist.gene.pairwise(x, variance = variance))
  45     if (method == "percentage")
  46       return(dist.gene.percentage(x, variance = variance))
  47 }