R/cophenetic.phylo.R

   1 ## cophenetic.phylo.R (2012-08-14)
   2
   3 ##   Pairwise Distances from a Phylogenetic Tree
   4
   5 ## Copyright 2006-2012 Emmanuel Paradis
   6
   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
   9
  10 dist.nodes <- function(x)
  11 {
  12     x <- reorder(x) # required for the C code
  13     n <- Ntip(x)
  14     m <- x$Nnode
  15     nm <- n + m
  16
  17     d <- .C("dist_nodes", as.integer(n), as.integer(m),
  18             as.integer(x$edge[, 1] - 1L), as.integer(x$edge[, 2] - 1L),
  19             as.double(x$edge.length), as.integer(Nedge(x)),
  20             double(nm * nm), DUP = FALSE, NAOK = TRUE,
  21             PACKAGE = "ape")[[7]]
  22     dim(d) <- c(nm, nm)
  23     dimnames(d) <- list(1:nm, 1:nm)
  24     d
  25 }
  26
  27 cophenetic.phylo <- function(x)
  28 {
  29     n <- length(x$tip.label)
  30     ans <- dist.nodes(x)[1:n, 1:n]
  31     dimnames(ans)[1:2] <- list(x$tip.label)
  32     ans
  33 }