R/compar.lynch.R

   1 ## compar.lynch.R (2002-08-28)
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   3 ##   Lynch's Comparative Method
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   5 ## Copyright 2002 Julien Claude
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   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 compar.lynch <- function(x, G, eps = 1e-4)
  11 {
  12     if (is.vector(x) || is.data.frame(x)) x <- as.matrix(x)
  13     alea <- runif(1, 0, 1)
  14     z <- as.vector(x)
  15     uz <- apply(x, 2, mean)
  16     vcvz <- var(x)
  17     vz <- diag(vcvz)
  18     nsp <- nrow(x)
  19     k <- ncol(x)
  20     X1 <- matrix(0, k, k)
  21     diag(X1) <- 1
  22     I <- matrix(0, nsp, nsp)
  23     diag(I) <- 1
  24     vara <- trvare <- matrix(NA, k, k)
  25     nsp1 <- rep(1, nsp)
  26     X <- X1 %x% nsp1
  27     compteur <- 0
  28     vara <- A0 <- alea * vcvz
  29     vare <- E0 <- (1 - alea) * vcvz
  30     newu <- u0 <- uz
  31     Ginv <- solve(G)
  32     V0 <- vcvz %x% G
  33     a0 <- e0 <- matrix(0, nsp, k)
  34     a1 <- e1 <- matrix(1, nsp, k)
  35     while (any(abs((rbind(a1, e1) - rbind(a0, e0))) > eps)) {
  36         a1 <- a0
  37         e1 <- e0
  38         compteur <- compteur + 1
  39         Rinv <- solve(E0 %x% I)
  40         Dinv <- solve(A0 %x% G)
  41         info <- solve(Rinv + Dinv)
  42         newa <- solve(Rinv + Dinv) %*% Rinv %*% (z - X %*% u0)
  43         newe <- z - X %*% u0 - newa
  44         e0 <- mnewe <- matrix(newe, nsp, k)
  45         a0 <- mnewa <- matrix(newa, nsp, k)
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  47         for (i in 1:k) {
  48             for (j in 1:k) {
  49                 trvare[i, j] <- sum(diag(info[(((i - 1) * nsp) + 1):(i * nsp),
  50                                               (((j - 1) * nsp) + 1):(j * nsp)]))}
  51         }
  52         vare <- ((nsp - 1) * var(mnewe) + trvare) / nsp
  53
  54         for (i in 1:k) {
  55             for (j in 1:k) {
  56                 vara[i, j] <- (t(mnewa[, i]) %*% Ginv %*% mnewa[, j] +
  57                               sum(diag(Ginv %*%
  58                                        info[(((i - 1) * nsp) + 1):(i * nsp),
  59                                             (((j - 1) * nsp) + 1):(j * nsp)]))) / nsp
  60             }
  61         }
  62
  63         newu <- apply(x - mnewa, 2, mean)
  64         V  <-  vara %x% G + vare %x% I
  65
  66         p <- (2 * pi)^(-nsp) * det(V)^(-0.5) *
  67           exp(-0.5 * t(z - (X %*% newu)) %*% solve(V) %*% (z - (X %*% newu)))
  68         E0 <- vare
  69         A0 <- vara
  70         u0 <- newu
  71     }
  72     dimnames(vare) <- dimnames(vara)
  73     list(vare = vare, vara = vara, A = mnewa, E = mnewe, u = newu, lik = log(p))
  74 }