R/clustal.R

   1 ## clustal.R (2012-11-28)
   2
   3 ##   Multiple Sequence Alignment with External Applications
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   5 ## Copyright 2011-2012 Emmanuel Paradis
   6
   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 clustal <- function(x, pw.gapopen = 10, pw.gapext = 0.1,
  11                     gapopen = 10, gapext = 0.2, exec = NULL,
  12                     MoreArgs = "", quiet = TRUE, original.ordering = TRUE)
  13 {
  14     os <- Sys.info()[1]
  15     if (is.null(exec)) {
  16         if (os == "Linux") exec <- "clustalw"
  17         if (os == "Darwin") exec <- "clustalw2"
  18         if (os == "Windows") shortPathName("C:/Program Files/ClustalW2/clustalw2.exe")
  19     }
  20
  21     if (missing(x)) {
  22         system(paste(exec, "-help"))
  23         return(invisible(NULL))
  24     }
  25
  26     d <- tempdir()
  27     inf <- paste(d, "input_clustal.fas", sep = "/")
  28     outf <- paste(d, "input_clustal.aln", sep = "/")
  29     write.dna(x, inf, "fasta")
  30     prefix <- c("-INFILE", "-PWGAPOPEN", "-PWGAPEXT", "-GAPOPEN", "-GAPEXT")
  31     suffix <- c(inf, pw.gapopen, pw.gapext, gapopen, gapext)
  32     opts <- paste(prefix, suffix, sep = "=", collapse = " ")
  33     opts <- paste(opts, MoreArgs)
  34     system(paste(exec, opts), ignore.stdout = quiet)
  35     res <- read.dna(outf, "clustal")
  36     if (original.ordering) res <- res[labels(x), ]
  37     res
  38 }
  39
  40 muscle <- function(x, exec = "muscle", MoreArgs = "", quiet = TRUE, original.ordering = TRUE)
  41 {
  42     if (missing(x)) {
  43         system(exec)
  44         return(invisible(NULL))
  45     }
  46
  47     d <- tempdir()
  48     inf <- paste(d, "input_muscle.fas", sep = "/")
  49     outf <- paste(d, "output_muscle.fas", sep = "/")
  50     write.dna(x, inf, "fasta")
  51     opts <- paste("-in", inf, "-out", outf)
  52     if (quiet) opts <- paste(opts, "-quiet")
  53     opts <- paste(opts, MoreArgs)
  54     system(paste(exec, opts))
  55     res <- read.dna(outf, "fasta")
  56     if (original.ordering) res <- res[labels(x), ]
  57     res
  58 }
  59
  60 tcoffee <- function(x, exec = "t_coffee", MoreArgs = "", quiet = TRUE, original.ordering = TRUE)
  61 {
  62     if (missing(x)) {
  63         system(exec)
  64         return(invisible(NULL))
  65     }
  66
  67     d <- tempdir()
  68     od <- setwd(d)
  69     on.exit(setwd(od))
  70     inf <- "input_tcoffee.fas"
  71     write.dna(x, inf, "fasta")
  72     opts <- paste(inf, MoreArgs)
  73     if (quiet) opts <- paste(opts, "-quiet=nothing")
  74     system(paste(exec, opts))
  75     res <- read.dna("input_tcoffee.aln", "clustal")
  76     if (original.ordering) res <- res[labels(x), ]
  77     res
  78 }