R/clustal.R

   1 ## clustal.R (2012-01-12)
   2
   3 ##   Multiple Sequence Alignment with External Applications
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   5 ## Copyright 2011-2012 Emmanuel Paradis
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   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 clustal <- function(x, pw.gapopen = 10, pw.gapext = 0.1,
  11                     gapopen = 10, gapext = 0.2, exec = NULL,
  12                     MoreArgs = "", quiet = TRUE)
  13 {
  14     os <- Sys.info()[1]
  15     if (is.null(exec)) {
  16         if (os == "Linux") exec <- "clustalw"
  17         if (os == "Darwin") exec <- "clustalw2"
  18         if (os == "Windows") shortPathName("C:/Program Files/ClustalW2/clustalw2.exe")
  19     }
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  21     if (missing(x)) {
  22         system(paste(exec, "-help"))
  23         return(invisible(NULL))
  24     }
  25
  26     d <- tempdir()
  27     inf <- paste(d, "input_clustal.fas", sep = "/")
  28     outf <- paste(d, "input_clustal.aln", sep = "/")
  29     write.dna(x, inf, "fasta")
  30     prefix <- c("-INFILE", "-PWGAPOPEN", "-PWGAPEXT", "-GAPOPEN", "-GAPEXT")
  31     suffix <- c(inf, pw.gapopen, pw.gapext, gapopen, gapext)
  32     opts <- paste(prefix, suffix, sep = "=", collapse = " ")
  33     opts <- paste(opts, MoreArgs)
  34     system(paste(exec, opts), ignore.stdout = quiet)
  35     read.dna(outf, "clustal")
  36 }
  37
  38 muscle <- function(x, exec = "muscle", MoreArgs = "", quiet = TRUE)
  39 {
  40     if (missing(x)) {
  41         system(exec)
  42         return(invisible(NULL))
  43     }
  44
  45     d <- tempdir()
  46     inf <- paste(d, "input_muscle.fas", sep = "/")
  47     outf <- paste(d, "output_muscle.fas", sep = "/")
  48     write.dna(x, inf, "fasta")
  49     opts <- paste("-in", inf, "-out", outf)
  50     if (quiet) opts <- paste(opts, "-quiet")
  51     opts <- paste(opts, MoreArgs)
  52     system(paste(exec, opts))
  53     read.dna(outf, "fasta")
  54 }
  55
  56 tcoffee <- function(x, exec = "t_coffee", MoreArgs = "", quiet = TRUE)
  57 {
  58     if (missing(x)) {
  59         system(exec)
  60         return(invisible(NULL))
  61     }
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  63     d <- tempdir()
  64     od <- setwd(d)
  65     on.exit(setwd(od))
  66     inf <- "input_tcoffee.fas"
  67     write.dna(x, inf, "fasta")
  68     opts <- paste(inf, MoreArgs)
  69     if (quiet) opts <- paste(opts, "-quiet=nothing")
  70     system(paste(exec, opts))
  71     read.dna("input_tcoffee.aln", "clustal")
  72 }