R/branching.times.R

   1 ## branching.times.R (2009-05-10)
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   3 ##    Branching Times of a Phylogenetic Tree
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   5 ## Copyright 2002-2009 Emmanuel Paradis
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   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 branching.times <- function(phy)
  11 {
  12 ### the tree must be in cladewise order
  13     if (!inherits(phy, "phylo"))
  14       stop('object "phy" is not of class "phylo"')
  15     n <- length(phy$tip.label)
  16     N <- dim(phy$edge)[1]
  17     xx <- numeric(phy$Nnode)
  18     interns <- which(phy$edge[, 2] > n)
  19     ## we loop only on the internal edges, this assumes
  20     ## that `xx' is already set with 0
  21     for (i in interns)
  22       xx[phy$edge[i, 2] - n] <- xx[phy$edge[i, 1] - n] + phy$edge.length[i]
  23     depth <- xx[phy$edge[N, 1] - n] + phy$edge.length[N]
  24     xx <- depth - xx
  25     names(xx) <-
  26       if (is.null(phy$node.label)) (n + 1):(n + phy$Nnode) else phy$node.label
  27     xx
  28 }