R/ape-defunct.R

   1 klastorin <- function(phy)
   2     .Defunct(msg = '\'klastorin\' has been removed from ape,
   3     see help("ape-defunct") for details.')
   4
   5 mlphylo <-
   6     function(x, phy, model = DNAmodel(), search.tree = FALSE,
   7              quiet = FALSE, value = NULL, fixed = FALSE)
   8     .Defunct(msg = '\'mlphylo\' has been removed from ape,
   9     see help("ape-defunct") for details.')
  10
  11 DNAmodel <- function(model = "K80", partition = 1,
  12          ncat.isv = 1, invar = FALSE,
  13          equal.isv = TRUE, equal.invar = 1)
  14     .Defunct(msg = '\'DNAmodel\' has been removed from ape,
  15     see help("ape-defunct") for details.')
  16
  17 sh.test <- function(..., x, model = DNAmodel(), B = 100)
  18     .Defunct(msg = '\'sh.test\' has been removed from ape,
  19     see help("ape-defunct") for details.')
  20
  21 heterozygosity <- function (x, variance = FALSE)
  22     .Defunct(msg = '\'heterozygosity\' has been moved from ape to pegas,
  23     see help("ape-defunct") for details.')
  24
  25 H <- function(x, variance = FALSE)
  26     heterozygosity (x, variance = FALSE)
  27
  28 nuc.div <- function(x, variance = FALSE, pairwise.deletion = FALSE)
  29     .Defunct(msg = '\'nuc.div\' has been moved from ape to pegas,
  30     see help("ape-defunct") for details.')
  31
  32 theta.h <- function(x, standard.error = FALSE)
  33     .Defunct(msg = '\'theta.h\' has been moved from ape to pegas,
  34     see help("ape-defunct") for details.')
  35
  36 theta.k <- function(x, n = NULL, k = NULL)
  37     .Defunct(msg = '\'theta.k\' has been moved from ape to pegas,
  38     see help("ape-defunct") for details.')
  39
  40 theta.s <- function(s, n, variance = FALSE)
  41     .Defunct(msg = '\'theta.s\' has been moved from ape to pegas,
  42     see help("ape-defunct") for details.')