R/additive.R

   1 ## additive.R (2011-10-11)
   2
   3 ##   Incomplete Distance Matrix Filling
   4
   5 ## Copyright 2011 Andrei-Alin Popescu
   6
   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
   9
  10 .addit_ultra <- function(libs, X)
  11 {
  12     if (is.matrix(X)) X <- as.dist(X)
  13     X[is.na(X)] <- -1
  14     X[X < 0] <- -1
  15     X[is.nan(X)] <- -1
  16     N <- attr(X, "Size")
  17     labels <- attr(X, "Labels")
  18     if (is.null(labels)) labels <- as.character(1:N)
  19     m <- sum(X == -1)
  20     ans <- .C(libs, as.double(X), as.integer(N),
  21               as.integer(m), double(N*N), PACKAGE = "ape")
  22     matrix(ans[[4]], N, N)
  23 }
  24
  25 additive <- function(X) .addit_ultra("additive", X)
  26
  27 ultrametric <- function(X) .addit_ultra("ultrametric", X)