NEWS

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.8-1
   2
   3
   4 BUG FIXES
   5
   6     o mantel.test() could return P-values > 1 with the default
   7       two-tailed test.
   8
   9
  10 OTHER CHANGES
  11
  12     o The code of yule() has been simplified and is now much faster for
  13       big trees.
  14
  15
  16
  17                 CHANGES IN APE VERSION 2.8
  18
  19
  20 NEW FEATURES
  21
  22     o Twelve new functions have been written by Andrei-Alin Popescu:
  23       additive, ultrametric, is.compatible, arecompatible, mvr, mvrs,
  24       njs, bionjs, SDM, treePop, triangMtd, triangMtd*.
  25
  26     o A new class "bitsplits" has been created by Andrei-Alin Popescu
  27       to code splits (aka, bipartition).
  28
  29     o There is a new generic function as.bitsplits with a method to
  30       convert from the class "prop.part" to the class "bitsplits".
  31
  32     o The new function ltt.coplot plots on the same scales a tree and
  33       the derived LTT plot.
  34
  35     o ltt.plot() has two new options: backward and tol. It can now
  36       handle non-ultrametic trees and its internal coding has been
  37       improved. The coordinates of the plot can now be computed with
  38       the new function ltt.plot.coords.
  39
  40
  41 BUG FIXES
  42
  43     o prop.part() crashed if some trees had some multichotomies.
  44
  45
  46
  47                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-3
  48
  49
  50 NEW FEATURES
  51
  52     o The new function compute.brtime computes and sets branching times.
  53
  54     o mantel.test() has a new argument 'alternative' which is
  55       "two-sided" by default. Previously, this test was one-tailed
  56       with no possibility to change.
  57
  58     o ace() can now do REML estimation with continuous characters,
  59       giving better estimates of the variance of the Brownian motion
  60       process.
  61
  62
  63 BUG FIXES
  64
  65     o Branch lengths were wrongly updated with bind.tree(, where = <tip>,
  66       position = 0). (Thanks to Liam Revell for digging this bug out.)
  67
  68     o Simulation of OU process with rTraitCont() did not work correctly.
  69       This now uses formula from Gillespie (1996) reduced to a BM
  70       process when alpha = 0 to avoid division by zero. The option
  71       'linear' has been removed.
  72
  73     o Cross-validation in chronopl() did not work when 'age.max' was
  74       used.
  75
  76     o consensus(, p = 0.5) could return an incorrect tree if some
  77       incompatible splits occur in 50% of the trees (especially with
  78       small number of trees).
  79
  80     o c() with "multiPhylo" did not work correctly (thanks to Klaus
  81       Schliep for the fix).
  82
  83     o root() failed in some cases with an outgroup made of several tips.
  84       The help page has been clarified a bit.
  85
  86
  87
  88                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-2
  89
  90
  91 NEW FEATURES
  92
  93     o There is a new class "evonet" to code evolutionary networks, with
  94       a constructor function evonet(), a print() and a plot() methods,
  95       and four conversion methods to the classes "phylo", "networx",
  96       "network", and "igraph".
  97
  98     o The new function rTraitMult does multivariate traits simulation
  99       with user-defined models.
 100
 101     o plot.phylo() has a new option 'plot = TRUE'. If FALSE, the tree
 102       is not plotted but the graphical device is set and the
 103       coordinates are saved as usual.
 104
 105     o diversity.contrast.test() gains a fourth version of the test with
 106       method = "logratio"; the literature citations have been clarified.
 107
 108     o add.scale.bar() has two new options, 'lwd' and 'lcol', to modify
 109       the aspect of the bar.
 110
 111     o boot.phylo() now displays a progress bar by default (can be off
 112       if 'quiet = TRUE').
 113
 114     o There is a new predict() method for compar.gee().
 115
 116
 117 BUG FIXES
 118
 119     o bionj() made R crash if distances were too large. It now returns
 120       an error if at least one distance is greater than 100.
 121
 122     o drop.tip() returned a wrong tree if 'tip' was of zero length.
 123
 124     o read.nexus.data() failed with URLs.
 125
 126     o boot.phylo() returned overestimated support values in the
 127       presence of identical or nearly identical sequences.
 128
 129
 130 OTHER CHANGES
 131
 132     o The data bird.families, bird.orders, cynipids, and woodmouse are
 133       now provided as .rda files.
 134
 135
 136
 137                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-1
 138
 139
 140 NEW FEATURES
 141
 142     o The new function trex does tree exploration with multiple
 143       graphical devices.
 144
 145     o The new function kronoviz plots several rooted (dated) trees on
 146       the scale scale.
 147
 148     o identify.phylo() has a new option 'quiet' (FALSE by default).
 149
 150
 151 BUG FIXES
 152
 153     o A bug was introduced in read.nexus() in ape 2.7.
 154
 155     o image.DNAbin() did not colour correctly the bases if there were
 156       some '-' and no 'N'.
 157
 158     o .compressTipLabel() failed with a list with a single tree.
 159
 160     o identify.phylo() returned a wrong answer when the x- and y-scales
 161       are very different.
 162
 163     o write.nexus() failed with lists of trees with compressed labels.
 164
 165
 166 OTHER CHANGES
 167
 168     o identify.phylo() now returns NULL if the user right-(instead of
 169       left-)clicks (an error was returned previously).
 170
 171     o read.nexus() should be robust to commands inserted in the TREES
 172       block.
 173
 174
 175
 176                 CHANGES IN APE VERSION 2.7
 177
 178
 179 NEW FEATURES
 180
 181     o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
 182       alignments in a flexible and efficient way.
 183
 184     o Two new functions as.network.phylo and as.igraph.phylo convert
 185       trees of class "phylo" into these respective network classes
 186       defined in the packages of the same names.
 187
 188     o The three new functions clustal, muscle, and tcoffee perform
 189       nucleotide sequence alignment by calling the external programs
 190       of the same names.
 191
 192     o Four new functions, diversity.contrast.test, mcconwaysims.test,
 193       richness.yule.test, and slowinskiguyer.test, implement various
 194       tests of diversification shifts using sister-clade comparisons.
 195
 196     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
 197       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
 198
 199     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a
 200       list of trees with names.
 201
 202
 203 BUG FIXES
 204
 205     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
 206
 207     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
 208       present.
 209
 210     o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
 211
 212     o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
 213       was not the root.
 214
 215
 216 OTHER CHANGES
 217
 218     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
 219
 220     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
 221
 222     o The matching representation has now only two columns as the third
 223       column was redundant.
 224
 225
 226
 227                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
 228
 229
 230 NEW FEATURES
 231
 232     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
 233       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
 234
 235
 236 BUG FIXES
 237
 238     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
 239
 240     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 241       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
 242
 243     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
 244       length.
 245
 246     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
 247       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
 248
 249     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
 250       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
 251       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
 252
 253
 254 OTHER CHANGES
 255
 256     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
 257
 258     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
 259       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
 260       man page of as.matching().
 261
 262
 263
 264                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
 265
 266
 267 NEW FEATURES
 268
 269     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
 270       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
 271       second function requires Phylip to be installed on the computer.
 272
 273     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
 274       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
 275
 276
 277 BUG FIXES
 278
 279     o write.tree() failed to output correctly tree names.
 280
 281     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
 282       multichotomous trees.
 283
 284     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
 285       turned off.
 286
 287     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
 288
 289     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
 290
 291     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
 292       = FALSE.
 293
 294     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 295       cutree() or rect.hclust().
 296
 297     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 298       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 299
 300     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 301       Jeremy Beaulieu.
 302
 303
 304
 305                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 306
 307
 308 NEW FEATURES
 309
 310     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 311       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 312       and shallowest divergence tree.
 313
 314
 315 BUG FIXES
 316
 317     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 318
 319     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 320
 321     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 322       Filipe Vieira for the fix).
 323
 324
 325
 326                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 327
 328
 329 NEW FEATURES
 330
 331     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 332       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 333       use continuous time algorithms.
 334
 335     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 336       phylogeny.
 337
 338     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 339       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 340       extinction into account.
 341
 342     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 343       discrete characters.
 344
 345     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 346       frequencies from a pair of sequences.
 347
 348     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 349
 350     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 351       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 352
 353     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 354       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 355       and height = NULL.
 356
 357     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 358       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 359       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 360       results has also been improved.
 361
 362     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 363       the gene (FALSE by default).
 364
 365
 366 BUG FIXES
 367
 368     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 369
 370     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 371       Schliep for the fix)
 372
 373     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 374       documentation has been clarified on the formulae used.
 375
 376
 377 OTHER CHANGES
 378
 379     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 380       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 381
 382     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 383       available) as names.
 384
 385     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 386       to contributions by Klaus Schliep.
 387
 388
 389
 390                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 391
 392
 393 NEW FEATURES
 394
 395     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 396       text to be plotted in different fonts.
 397
 398     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 399       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 400       check that the tip labels are the same in all trees.
 401
 402     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 403       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 404
 405     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 406       now documented.
 407
 408
 409 BUG FIXES
 410
 411     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 412       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 413
 414     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 415       simulating a Brownian motion model.
 416
 417
 418
 419                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 420
 421
 422 NEW FEATURES
 423
 424     o There is now a print method for results from ace().
 425
 426     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 427
 428     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 429       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 430
 431
 432 BUG FIXES
 433
 434     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 435
 436     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 437
 438     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 439       failed).
 440
 441
 442 DEPRECATED & DEFUNCT
 443
 444     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 445
 446     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 447
 448
 449 OTHER CHANGES
 450
 451     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 452
 453     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 454       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 455
 456     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 457       removed.
 458
 459
 460
 461                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 462
 463
 464 NEW FEATURES
 465
 466     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 467
 468     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 469       details).
 470
 471     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 472       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 473
 474     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 475       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 476
 477
 478 BUG FIXES
 479
 480     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 481       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 482
 483     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 484       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 485       The same bug occurred with the 'pie' option.
 486
 487     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 488
 489     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 490       more efficient.
 491
 492     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 493       vertical lines representing the nodes.
 494
 495     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 496       in the correct direction though the tip labels were displayed
 497       correctly.
 498
 499
 500 OTHER CHANGES
 501
 502     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 503       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 504       for the two other functions).
 505
 506
 507
 508                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 509
 510
 511 NEW FEATURES
 512
 513     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 514       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 515       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 516       The latter has a biplot method.
 517
 518     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 519       regression through the origin with testing by permutation.
 520
 521     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 522       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 523
 524     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 525       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 526
 527     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 528       and/or tips on a plotted tree.
 529
 530     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 531       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 532
 533     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 534
 535     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 536
 537     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 538       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 539       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 540       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 541
 542
 543 BUG FIXES
 544
 545     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 546       default options with unrooted or radial trees.
 547
 548     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 549       to Otto Cordero for the fix).
 550
 551
 552 OTHER CHANGES
 553
 554     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 555       in dist.topo().
 556
 557
 558
 559                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 560
 561
 562 NEW FEATURES
 563
 564     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 565       argument.
 566
 567     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 568       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 569       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 570       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 571
 572
 573 BUG FIXES
 574
 575     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 576
 577     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 578       lengths and there is a TRANSLATE block.
 579
 580     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 581       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 582       clarification on this behaviour.
 583
 584     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 585       compressed tip labels.
 586
 587     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 588
 589     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 590       when the tree has branch lengths.
 591
 592     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 593       negative (which resulted in an error).
 594
 595     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 596       returned.
 597
 598
 599
 600                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 601
 602
 603 NEW FEATURES
 604
 605     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 606       default is still to return the proportions.
 607
 608
 609 BUG FIXES
 610
 611     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 612       are now ignored.
 613
 614     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 615       the tree: the argument is now ignored.
 616
 617     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 618       Young for the fix).
 619
 620
 621 OTHER CHANGES
 622
 623     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 624       warning (it returned an error previously).
 625
 626     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 627       been modified (as well as their widths and types) following some
 628       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 629
 630     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 631       using 'pie' or 'thermo'.
 632
 633     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 634       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 635       done now).
 636
 637     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 638       help("ape-defunct") with the quotes.
 639
 640
 641 DEPRECATED & DEFUNCT
 642
 643     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 644       theta.s have been moved from ape to pegas.
 645
 646     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 647
 648
 649
 650                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 651
 652
 653 BUG FIXES
 654
 655     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 656
 657     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 658
 659     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 660       attribute.
 661
 662     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 663
 664     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 665       Phelan for the fix).
 666
 667     o seg.sites() failed when passing a vector.
 668
 669     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 670
 671     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 672
 673
 674
 675                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 676
 677
 678 BUG FIXES
 679
 680     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 681
 682     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 683       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 684
 685     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 686       outgroup correctly.
 687
 688     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 689
 690     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 691       "pruningwise" order.
 692
 693     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 694       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 695       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 696
 697
 698
 699                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 700
 701
 702 NEW FEATURES
 703
 704     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 705
 706     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 707
 708     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 709       corrected with respect to this change.
 710
 711     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 712       to be treated as (un)rooted.
 713
 714
 715 BUG FIXES
 716
 717     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 718       pairwise.deletion = FALSE.
 719
 720     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 721
 722     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 723
 724     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 725
 726     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 727
 728     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 729       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 730       times faster.
 731
 732     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 733
 734     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 735
 736
 737 OTHER CHANGES
 738
 739     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 740
 741     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 742       by inherits(phy, "phylo").
 743
 744     o rcoal() is now faster.
 745
 746
 747 DEPRECATED & DEFUNCT
 748
 749     o klastorin() has been removed.
 750
 751
 752
 753                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 754
 755
 756 NEW FEATURES
 757
 758     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 759       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 760       matrices.
 761
 762     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 763       Yule model by maximum likelihood.
 764
 765     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 766       labels in a flexible way.
 767
 768     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 769       handle individual tree names.
 770
 771     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 772       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 773
 774     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 775
 776
 777 BUG FIXES
 778
 779     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 780
 781     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 782
 783     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 784
 785     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 786       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 787       lasting bug).
 788
 789
 790 OTHER CHANGES
 791
 792     o The data set xenarthra has been removed.
 793
 794
 795
 796                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 797
 798 BUG FIXES
 799
 800     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 801       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 802
 803     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 804
 805
 806 OTHER CHANGES
 807
 808     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 809
 810
 811
 812                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 813
 814
 815 NEW FEATURES
 816
 817     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 818       specifying a node number or label.
 819
 820     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 821       operations of the same names.
 822
 823     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 824       specifying model="N".
 825
 826
 827 BUG FIXES
 828
 829     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 830
 831     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 832       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 833       comments inserted within the trees).
 834
 835     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 836       the number of lineages with non-binary trees.
 837
 838
 839 OTHER CHANGES
 840
 841     o ape has now a namespace.
 842
 843     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 844       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 845
 846
 847
 848                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 849
 850
 851 NEW FEATURES
 852
 853     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 854       'pairwise.deletion'.
 855
 856     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 857       more flexible.
 858
 859
 860 BUG FIXES
 861
 862     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 863      'check.labels = TRUE'.
 864
 865    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 866      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 867      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 868
 869    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 870      breaks in the Newick string.
 871
 872    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 873      gaps.
 874
 875
 876 OTHER CHANGES
 877
 878     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 879       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 880
 881     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 882       which is returned unchanged (instead of an error).
 883
 884     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 885       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 886       read.tree().
 887
 888
 889
 890                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 891
 892
 893 NEW FEATURES
 894
 895     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 896       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 897       truncate and/or make them unique, substituting some
 898       characters, and so on.
 899
 900     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 901       set of DNA sequences.
 902
 903     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 904
 905
 906 BUG FIXES
 907
 908     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 909       already the specified root.
 910
 911     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 912
 913     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 914       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 915
 916     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 917       trees.
 918
 919     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 920       translation of tip labels.
 921
 922     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 923       a single tree with no edge lengths.
 924
 925     o A bug was fixed in sh.test().
 926
 927
 928 OTHER CHANGES
 929
 930     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 931       Minin.
 932
 933     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 934       TRUE by default.
 935
 936     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 937       the Phylip formats.
 938
 939
 940
 941                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 942
 943
 944 NEW FEATURES
 945
 946     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 947       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 948       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 949       (without plotting).
 950
 951     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 952       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 953
 954     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 955       help page for details.
 956
 957     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 958       bootstraped trees (the default is FALSE).
 959
 960     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 961       situations.
 962
 963
 964 BUG FIXES
 965
 966     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 967       first sequence.
 968
 969     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 970       circular tree (type = "r" or "f").
 971
 972     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 973       trees.
 974
 975     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 976       (thanks to Yan Wong for the fix).
 977
 978     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 979
 980     o seg.sites() failed with a list.
 981
 982     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 983       as well and is faster.
 984
 985
 986
 987                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 988
 989
 990 BUG FIXES
 991
 992     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 993
 994     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 995       states by generalized least squares in ace().
 996
 997     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 998
 999     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
1000       "cladewise".
1001
1002
1003
1004                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
1005
1006
1007 NEW FEATURES
1008
1009     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
1010       and [[.
1011
1012     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
1013       (FALSE by default) as well as its code being improved.
1014
1015     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
1016       than in plot.default().
1017
1018
1019 BUG FIXES
1020
1021     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
1022       list of trees.
1023
1024     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
1025       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
1026       worked already for thermometers).
1027
1028     o read.nexus() generally failed to read very big files.
1029
1030
1031 OTHER CHANGES
1032
1033     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
1034       as well as a character string.
1035
1036     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
1037       'tree.names = NULL'.
1038
1039     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
1040       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
1041       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
1042       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
1043       correctly when extracting trees.
1044
1045
1046
1047                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
1048
1049
1050 NEW FEATURES
1051
1052     o The new function rmtree generates lists of random trees.
1053
1054     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
1055       (thanks to Vladimir Minin for the code).
1056
1057
1058 BUG FIXES
1059
1060     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
1061       pairwise.deletion = FALSE.
1062
1063
1064 OTHER CHANGES
1065
1066     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
1067       have been improved so that they are stabler and faster.
1068
1069     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
1070       are loaded only when needed.
1071
1072
1073
1074                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
1075
1076
1077 NEW FEATURES
1078
1079     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
1080       tree using the mouse.
1081
1082     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
1083       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
1084
1085     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
1086       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
1087       an object of class "DNAbin".
1088
1089     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
1090       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
1091
1092     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
1093       as its main argument.
1094
1095     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
1096       improved, and gain several options (see the help page for
1097       details). A legend is now plotted by default.
1098
1099
1100 BUG FIXES
1101
1102     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
1103       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
1104       distances involving sequences with missing values. (Thanks
1105       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
1106
1107     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
1108       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
1109       single line).
1110
1111     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
1112       edges (see OTHER CHANGES).
1113
1114
1115 OTHER CHANGES
1116
1117     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
1118       should be much stabler. The options have been also greatly
1119       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
1120
1121     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
1122
1123     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
1124       been cleaned-up.
1125
1126     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
1127       improved.
1128
1129     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
1130       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
1131       correction applied in previous version did not work in all
1132       situations.
1133
1134     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
1135       "multiPhylo".
1136
1137
1138 DOCUMENTATION
1139
1140     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
1141
1142
1143 DEPRECATED & DEFUNCT
1144
1145     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
1146       lengths.
1147
1148     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
1149
1150
1151
1152                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
1153
1154
1155 NEW FEATURES
1156
1157     o The new function matexpo computes the exponential of a square
1158       matrix.
1159
1160     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
1161       a list.
1162
1163     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
1164       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
1165
1166
1167 BUG FIXES
1168
1169     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
1170       looked for.
1171
1172     o In diversi.time(), the values returned for model C were
1173       incorrect.
1174
1175     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
1176       likelihood in the presence of ties in the branching times.
1177
1178     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
1179       calculations of the transition probabilities for models HKY and
1180       GTR in mlphylo().
1181
1182     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
1183       Bullard).
1184
1185     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
1186       limited number of labelled topologies could be generated.
1187
1188
1189
1190                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
1191
1192
1193 NEW FEATURES
1194
1195     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1196       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1197       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1198       previous programs done by Vincent Lefort.
1199
1200     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1201       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1202       Evol. 24: 58).
1203
1204     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1205       two clades connected to the same node. It works also with
1206       multichotomous nodes.
1207
1208     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1209       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1210       keeping the names and the class.
1211
1212
1213 BUG FIXES
1214
1215     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1216       an error message is now returned.
1217
1218     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1219       to remove.
1220
1221
1222
1223                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1224
1225
1226 NEW FEATURES
1227
1228     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1229       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1230
1231     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1232       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1233       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1234       should be much faster.
1235
1236
1237 BUG FIXES
1238
1239     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1240       from ape 1.10: this is fixed in this version
1241
1242     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1243       object is now returned unchanged.
1244
1245
1246
1247                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1248
1249
1250 NEW FEATURES
1251
1252     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1253       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1254
1255
1256 BUG FIXES
1257
1258     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1259       object when reading multiple trees.
1260
1261     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1262       "phylo").
1263
1264     o unroot() did not work correctly in most cases.
1265
1266     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1267
1268     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1269
1270     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1271       correctly positioned if the option `cex' was used.
1272
1273
1274
1275                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1276
1277
1278 NEW FEATURES
1279
1280     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1281       DNA sequences in binary format (see below).
1282
1283     o Three new functions have been introduced to convert between the
1284       new binary and the character formats.
1285
1286     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1287       single characters into the class "alignment" used by the package
1288       seqinr.
1289
1290     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1291       controlling whether the sequences are returned in binary format
1292       or as character.
1293
1294
1295 BUG FIXES
1296
1297     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1298
1299     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1300       the default setting: this is fixed.
1301
1302     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1303       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1304
1305
1306 OTHER CHANGES
1307
1308     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1309       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1310       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1311       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1312       ca. 60 times faster).
1313
1314
1315
1316                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1317
1318
1319 BUG FIXES
1320
1321     o A bug was fixed in edgelabels().
1322
1323     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1324       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1325       now its tip labels set to "1", "2", ...
1326
1327     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1328       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1329
1330     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1331       initial tree were greater than one: an error message is now
1332       issued.
1333
1334     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1335       invariants: this is fixed.
1336
1337
1338
1339                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1340
1341
1342 NEW FEATURES
1343
1344     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1345       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1346
1347
1348 BUG FIXES
1349
1350     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1351       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1352
1353     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1354
1355     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1356       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1357       prop.clades, and boot.phylo.
1358
1359     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1360       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1361
1362
1363
1364                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1365
1366
1367 NEW FEATURES
1368
1369     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1370       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1371
1372     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1373       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1374       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1375
1376
1377 BUG FIXES
1378
1379     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1380
1381     o Some bugs were fixed in chronopl().
1382
1383     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1384       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1385
1386     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1387       fixed.
1388
1389
1390 OTHER CHANGES
1391
1392     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1393       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1394       format are still returned in a list.
1395
1396     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1397       it could not be used from the generic.
1398
1399
1400 DEPRECATED & DEFUNCT
1401
1402     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1403       since ape 1.9.
1404
1405
1406
1407                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1408
1409
1410 BUG FIXES
1411
1412     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1413       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1414
1415     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1416       unrooted tree in most cases.
1417
1418     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1419       particularly of the BX-series.
1420
1421     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1422       fixed
1423
1424
1425
1426                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1427
1428
1429 NEW FEATURES
1430
1431     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1432       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1433       displayed in a compact and informative way.
1434
1435     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1436       for converting between the old and new coding of the class
1437       "phylo".
1438
1439     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1440       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1441
1442     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1443       available to compute branch lengths.
1444
1445     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1446
1447
1448 BUG FIXES
1449
1450     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1451       multichotomous trees: this is fixed.
1452
1453     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1454       returned unchanged.
1455
1456     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1457       models: this is fixed.
1458
1459     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1460       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1461       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1462       accepts trees with no branch lengths.
1463
1464     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1465       user distribution was specified. This has been corrected, and
1466       the help page of this function has been expanded.
1467
1468
1469 OTHER CHANGES
1470
1471     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1472       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1473       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1474       functions has been improved.
1475
1476     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1477       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1478
1479     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1480
1481     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1482       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1483
1484     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1485       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1486       labels.
1487
1488     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1489
1490     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1491       been removed.
1492
1493     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1494
1495     o The use of node.depth() has been simplified.
1496
1497
1498
1499                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1500
1501
1502 NEW FEATURES
1503
1504     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1505       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1506       sequences in NEXUS files.
1507
1508     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1509       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1510       reorder(tr).
1511
1512     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1513       edge.
1514
1515     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1516       in NEXUS format.
1517
1518
1519 BUG FIXES
1520
1521     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1522       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1523
1524     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1525       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1526       Newick format (parentheses, etc.)
1527
1528     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1529       now fixed.
1530
1531
1532
1533                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1534
1535
1536 NEW FEATURES
1537
1538     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1539       Hasegawa test.
1540
1541     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1542       single descendant from a tree.
1543
1544     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1545       colours of the tips.
1546
1547     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1548       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1549
1550
1551 BUG FIXES
1552
1553     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1554       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1555
1556     o ace() returned a list with no class so that the generic
1557       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1558       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1559
1560     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1561       of freedom: this is fixed.
1562
1563     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1564       a data frame: this is fixed.
1565
1566     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1567       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1568
1569
1570 OTHER CHANGES
1571
1572     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1573       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1574       respectively.
1575
1576
1577
1578                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1579
1580
1581 NEW FEATURES
1582
1583     o There are four new `method' functions to be used with the
1584       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1585
1586     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1587       change the title, and `col' to control the colour of the
1588       segments showing the AIC values.
1589
1590     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1591       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1592       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1593       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1594
1595     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1596       represent proportions, with any number of categories, as
1597       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1598       there is now no limitation on the number of categories.
1599
1600
1601 BUG FIXES
1602
1603     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1604       fixed.
1605
1606     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1607       in the tree: this is fixed.
1608
1609     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1610       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1611
1612     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1613       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1614
1615     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1616       is fixed and a message error is now returned.
1617
1618     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1619       the calculation of P-values.
1620
1621     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1622       and in the variables were different: this is fixed.
1623
1624
1625
1626                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1627
1628
1629 NEW FEATURES
1630
1631     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1632       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1633       is used to define the substitution model which may include
1634       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1635       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1636       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1637       functionality is limited to estimating the substitution and
1638       associated parameters and computing the likelihood.
1639
1640     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1641       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1642       warning message is printed if there is not enough degrees of
1643       freedom.
1644
1645
1646 BUG FIXES
1647
1648     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1649       though with no consequence.
1650
1651
1652
1653                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1654
1655
1656 NEW FEATURES
1657
1658     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1659       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1660       documented on the same help page.
1661
1662
1663 BUG FIXES
1664
1665     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1666       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1667       boot.phylo, or consensus.
1668
1669     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1670       more than one element: this is fixed.
1671
1672     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1673       has been corrected.
1674
1675     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1676       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1677       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1678
1679
1680 OTHER CHANGES
1681
1682     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1683       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1684       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1685
1686
1687
1688                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1689
1690
1691 NEW FEATURES
1692
1693     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1694       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1695
1696     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1697       list of trees.
1698
1699     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1700       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1701
1702     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1703       tree together with ancestral values, as returned by the above
1704       function.
1705
1706     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1707       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1708
1709     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1710
1711     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1712       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1713
1714     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1715
1716     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1717       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1718
1719     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1720       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1721       and summary (to extract the numbers) methods.
1722
1723     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1724       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1725
1726     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1727       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1728       respectively.
1729
1730     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1731
1732
1733 BUG FIXES
1734
1735     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1736       handled corretly, and node labels are now output normally.
1737
1738     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1739       in some cases.
1740
1741     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1742       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1743       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1744       warning message is now returned; this latter bug was also
1745       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1746
1747     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1748       is now returned.
1749
1750     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1751       was not always correctly dispatched.
1752
1753     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1754       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1755
1756
1757 OTHER CHANGES
1758
1759     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1760
1761     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1762
1763     o Various error and warning messages have been improved.
1764
1765
1766
1767                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1768 NEW FEATURES
1769
1770     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1771       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1772       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1773
1774     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1775       of directional evolution for continuous characters. The user
1776       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1777       changes.
1778
1779     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1780       "phylo") is rooted.
1781
1782     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1783       the possibility to specify the function that generates the
1784       inter-nodes distances.
1785
1786     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1787       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1788
1789     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1790       to three classes) on the nodes of a tree.
1791
1792     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1793       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1794       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1795       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1796       3) are now handled correctly.
1797
1798     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1799       for Penny and Henny's method (already available before and now
1800       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1801       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1802
1803     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1804       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1805       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1806       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1807
1808     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1809       DNA sequences by specifying model = "raw".
1810
1811     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1812       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1813       `full = FALSE'.
1814
1815
1816 BUG FIXES
1817
1818     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1819
1820     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1821       they are now considered as missing data.
1822
1823     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1824       fixed.
1825
1826     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1827       and the function has been improved and is now faster.
1828
1829     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1830       incorrect.
1831
1832     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1833       this is fixed.
1834
1835     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1836       rooted and unrooted trees.
1837
1838     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1839       fixed.
1840
1841     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1842
1843
1844
1845                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1846
1847
1848 NEW FEATURES
1849
1850     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1851       between two trees.
1852
1853     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1854       phylogeny estimation.
1855
1856     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1857       bipartitions from a series of trees.
1858
1859
1860 OTHER CHANGES
1861
1862     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1863       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1864       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1865
1866
1867 BUG FIXES
1868
1869     o Several bugs were fixed in read.dna().
1870
1871     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1872
1873     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1874       lengths: this is fixed.
1875
1876     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1877       tree: this is fixed.
1878
1879
1880
1881                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1882
1883
1884 NEW FEATURES
1885
1886     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1887       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1888       latter implements the representation of binary trees introduced by
1889       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1890       as.matching() has been introduced as well.
1891
1892     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1893       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1894
1895     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1896       from a sample a DNA sequences.
1897
1898     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1899       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1900       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1901       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1902       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1903       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1904       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1905       `GCcontent' has been removed.
1906
1907     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1908       whether to return the species names of the organisms in addition
1909       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1910       behaviour).
1911
1912     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1913
1914     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1915       new root edge if internal branches are trimmed.
1916
1917
1918 BUG FIXES
1919
1920     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1921       is fixed.
1922
1923     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1924       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1925       different representations (a report was printed previously).
1926
1927     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1928       this is fixed.
1929
1930
1931 OTHER CHANGES
1932
1933     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1934       which there is a print method.
1935
1936
1937
1938                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1939
1940
1941 NEW FEATURES
1942
1943     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1944       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1945       Evol., 4:406).
1946
1947     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1948       that belong to a group specified as a set of tips.
1949
1950     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1951       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1952       "phylo".
1953
1954     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1955       phylogeny plot.
1956
1957     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1958       in different cases and giving a number of tips.
1959
1960     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1961       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1962       line.
1963
1964     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1965       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1966       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1967       marked with the option `subtree' (see below).
1968
1969     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1970       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1971       deleted and where.
1972
1973     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1974       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1975       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1976
1977     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1978       edge lengths into account.
1979
1980     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1981       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1982       they are propagated to the vertical line that link them.
1983
1984
1985 BUG FIXES
1986
1987     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1988       crashing. This is fixed.
1989
1990     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1991       now properly recycled; their default values are now "black" and
1992       1, respectively.
1993
1994     o A bug has been fixed in write.nexus().
1995
1996
1997 OTHER CHANGES
1998
1999     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
2000       replaced by a C code.
2001
2002
2003
2004                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
2005
2006
2007 NEW FEATURES
2008
2009     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
2010       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
2011
2012     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
2013       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
2014       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
2015       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
2016       limit (as before).
2017
2018
2019
2020                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
2021
2022
2023 NEW FEATURES
2024
2025     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
2026       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
2027       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
2028       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
2029       display graphically the AIC values of each model.
2030
2031     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
2032       a model where the speciation rate is affected by several species
2033       traits through a generalized linear model. The parameters are
2034       estimated by maximum likelihood.
2035
2036     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
2037       corMartins(), compute the expected correlation structures among
2038       species given a phylogeny under different models of evolution.
2039       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
2040       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
2041       Initialize.corPhyl() function associated.
2042
2043     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
2044       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
2045
2046     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
2047       a plot method.
2048
2049     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
2050       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
2051       correlograms.
2052
2053     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
2054       of a subtree defined by a particular node.
2055
2056     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
2057       given parent node.
2058
2059     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
2060       a tree according to a specified method.
2061
2062     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
2063       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
2064       the global graphical parameter), "direction" which allows to
2065       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
2066       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
2067
2068
2069 BUG FIXES
2070
2071     o Some functions which try to match tip labels and names of
2072       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
2073       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
2074       match, they are ignored and a warning message is now issued.
2075       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
2076       have been clarified on this point.
2077
2078
2079
2080                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
2081
2082
2083 NEW FEATURES
2084
2085     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
2086       to a specified outgroup.
2087
2088     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
2089
2090     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
2091       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
2092       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
2093       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
2094       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
2095       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
2096       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
2097
2098     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
2099
2100
2101 BUG FIXES
2102
2103     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
2104       lengths: this is fixed.
2105
2106     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
2107       plotted with some line crossings: this is now fixed.
2108
2109
2110
2111                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
2112
2113
2114 NEW FEATURES
2115
2116     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
2117       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
2118       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
2119
2120     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
2121       has been included.
2122
2123
2124 BUG FIXES
2125
2126     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
2127
2128
2129 OTHER CHANGES
2130
2131     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
2132       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
2133
2134
2135
2136                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
2137
2138
2139 NEW FEATURES
2140
2141     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
2142       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
2143       speciation and extinction rates.
2144
2145
2146 OTHER CHANGES
2147
2148     o The package gee is no more required by ape but only suggested
2149       since only the function compar.gee() calls gee.
2150
2151
2152
2153                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
2154
2155
2156 NEW FEATURES
2157
2158     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
2159       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
2160       demographic history from genealogies using a reversible jump
2161       MCMC have been introduced.
2162
2163     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
2164       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
2165
2166
2167
2168                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
2169
2170
2171 NEW FEATURES
2172
2173     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
2174       without branch lengths.
2175
2176     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
2177       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
2178       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
2179       arguments (see `?ltt.plot' for details).
2180
2181
2182 BUG FIXES
2183
2184     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
2185       this is fixed.
2186
2187     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
2188       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
2189
2190
2191 OTHER CHANGES
2192
2193     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
2194       algorithm: it is now about four times faster.
2195
2196     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2197       twice faster.
2198
2199
2200
2201                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2202
2203
2204 NEW FEATURES
2205
2206     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2207       sample of DNA sequences.
2208
2209
2210 BUG FIXES
2211
2212     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2213       1.2-1 was fixed.
2214
2215     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2216       help pages.
2217
2218
2219
2220                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2221
2222
2223 NEW FEATURES
2224
2225     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2226       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2227
2228
2229 BUG FIXES
2230
2231     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2232       comment blocks were not read correctly.
2233
2234     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2235       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2236       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2237       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2238       a warning message is now issued.
2239
2240
2241
2242                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2243
2244
2245 NEW FEATURES
2246
2247     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2248       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2249       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2250       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2251       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2252       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2253       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2254       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2255       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2256       see the respective help pages for details.
2257
2258     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2259       focusing on a small portion of it.
2260
2261     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2262       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2263
2264     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2265       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2266       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2267       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2268       (see below); the default behaviour is no more to display the
2269       sequences on the standard output. Several options have been
2270       introduced to control the sequence printing in a flexible
2271       way. The help page has been extended.
2272
2273     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2274
2275
2276 BUG FIXES
2277
2278     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2279       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2280
2281     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2282
2283     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2284       function did not work with `format = "interleaved"'.
2285
2286     o Various errors were corrected in the help pages.
2287
2288
2289 OTHER CHANGES
2290
2291     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2292       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2293       the corresponding generic function.
2294
2295     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2296       since gamma() is a generic function.
2297
2298
2299
2300                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2301
2302
2303 BUG FIXES
2304
2305     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2306       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2307       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2308       vector of length 4 is always returned).
2309
2310     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2311       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2312       command in the NEXUS file, and that the commands were
2313       case-sensitive.
2314
2315
2316
2317                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2318
2319
2320 NEW FEATURES
2321
2322     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2323       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2324
2325     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2326       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2327       sylvaticus).
2328
2329
2330 BUG FIXES
2331
2332     o A bug in read.nexus() was fixed.
2333
2334     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2335       The function has been completely re-written and its help page
2336       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2337       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2338       spaces (this behaviour was undocumented).
2339
2340     o A bug was fixed in write.dna().
2341
2342
2343
2344                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2345
2346
2347 BUG FIXES
2348
2349     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2350
2351     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2352       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2353
2354
2355
2356                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2357
2358
2359 NEW FEATURES
2360
2361     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2362       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2363       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2364       the function klastorin()).
2365
2366     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2367       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2368       as.phylo for details).
2369
2370     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2371       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2372       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2373       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2374       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2375
2376     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2377       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2378
2379     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2380       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2381       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2382       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2383       (this behaviour was undocumented).
2384
2385     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2386       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2387       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2388
2389     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2390       the estimated parameters using profile likelihood.
2391
2392     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2393       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2394       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2395
2396
2397 BUG FIXES
2398
2399     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2400
2401     o A bug in plot.mst() was fixed.
2402
2403     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2404       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2405
2406
2407
2408                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2409
2410
2411 NEW FEATURES
2412
2413     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2414       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2415
2416     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2417       in a NEXUS file.
2418
2419     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2420       possibly handling root edges to give internal branches.
2421
2422     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2423       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2424
2425     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2426
2427     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2428       branches with different colours and/or different widths, showing the
2429       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2430       the labels, and controling the space around the plot.
2431
2432     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2433       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2434       objects of class "phylo" is now optional.
2435
2436     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2437       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2438       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2439       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2440
2441     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2442       to read the tree in a variable of mode character.
2443
2444     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2445       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2446
2447
2448
2449                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2450
2451
2452 BUG FIXES
2453
2454     o Several bugs were fixed in the help pages.
2455
2456
2457
2458                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2459
2460
2461 NEW FEATURES
2462
2463     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2464       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2465
2466     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2467       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2468       extinction rates.
2469
2470     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2471       tree.
2472
2473     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2474
2475     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2476       as well as some methods are introduced.
2477
2478     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2479       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2480       population size through time are introduced and replace the function
2481       skyline.plot() in version 0.1.
2482
2483     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2484       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2485       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2486       Democratic Republic of Congo.
2487
2488
2489 DEPRECATED & DEFUNCT
2490
2491     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2492       replaced by more elaborate functions (see above).
2493
2494
2495 BUG FIXES
2496
2497     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2498       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2499       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2500       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2501
2502     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2503       AICs and LRTs.
2504
2505     o Various errors were corrected in the help pages.