NEWS

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-3
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o mantel.test() has a new argument 'alternative' which is
   7       "two-sided" by default. Previously, this test was one-tailed
   8       with no possibility to change.
   9
  10
  11 BUG FIXES
  12
  13     o Branch lengths were wrongly updated with bind.tree(, where = <tip>,
  14       position = 0). (Thanks to Liam Revell for digging this bug out.)
  15
  16     o Simulation of OU process with rTraitCont() did not work correctly.
  17       This now uses formula from Gillespie (1996) reduced to a BM
  18       process when alpha = 0 to avoid division by zero. The option
  19       'linear' has been removed.
  20
  21
  22
  23                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-2
  24
  25
  26 NEW FEATURES
  27
  28     o There is a new class "evonet" to code evolutionary networks, with
  29       a constructor function evonet(), a print() and a plot() methods,
  30       and four conversion methods to the classes "phylo", "networx",
  31       "network", and "igraph".
  32
  33     o The new function rTraitMult does multivariate traits simulation
  34       with user-defined models.
  35
  36     o plot.phylo() has a new option 'plot = TRUE'. If FALSE, the tree
  37       is not plotted but the graphical device is set and the
  38       coordinates are saved as usual.
  39
  40     o diversity.contrast.test() gains a fourth version of the test with
  41       method = "logratio"; the literature citations have been clarified.
  42
  43     o add.scale.bar() has two new options, 'lwd' and 'lcol', to modify
  44       the aspect of the bar.
  45
  46     o boot.phylo() now displays a progress bar by default (can be off
  47       if 'quiet = TRUE').
  48
  49     o There is a new predict() method for compar.gee().
  50
  51
  52 BUG FIXES
  53
  54     o bionj() made R crash if distances were too large. It now returns
  55       an error if at least one distance is greater than 100.
  56
  57     o drop.tip() returned a wrong tree if 'tip' was of zero length.
  58
  59     o read.nexus.data() failed with URLs.
  60
  61     o boot.phylo() returned overestimated support values in the
  62       presence of identical or nearly identical sequences.
  63
  64
  65 OTHER CHANGES
  66
  67     o The data bird.families, bird.orders, cynipids, and woodmouse are
  68       now provided as .rda files.
  69
  70
  71
  72                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-1
  73
  74
  75 NEW FEATURES
  76
  77     o The new function trex does tree exploration with multiple
  78       graphical devices.
  79
  80     o The new function kronoviz plots several rooted (dated) trees on
  81       the scale scale.
  82
  83     o identify.phylo() has a new option 'quiet' (FALSE by default).
  84
  85
  86 BUG FIXES
  87
  88     o A bug was introduced in read.nexus() in ape 2.7.
  89
  90     o image.DNAbin() did not colour correctly the bases if there were
  91       some '-' and no 'N'.
  92
  93     o .compressTipLabel() failed with a list with a single tree.
  94
  95     o identify.phylo() returned a wrong answer when the x- and y-scales
  96       are very different.
  97
  98     o write.nexus() failed with lists of trees with compressed labels.
  99
 100
 101 OTHER CHANGES
 102
 103     o identify.phylo() now returns NULL if the user right-(instead of
 104       left-)clicks (an error was returned previously).
 105
 106     o read.nexus() should be robust to commands inserted in the TREES
 107       block.
 108
 109
 110
 111                 CHANGES IN APE VERSION 2.7
 112
 113
 114 NEW FEATURES
 115
 116     o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
 117       alignments in a flexible and efficient way.
 118
 119     o Two new functions as.network.phylo and as.igraph.phylo convert
 120       trees of class "phylo" into these respective network classes
 121       defined in the packages of the same names.
 122
 123     o The three new functions clustal, muscle, and tcoffee perform
 124       nucleotide sequence alignment by calling the external programs
 125       of the same names.
 126
 127     o Four new functions, diversity.contrast.test, mcconwaysims.test,
 128       richness.yule.test, and slowinskiguyer.test, implement various
 129       tests of diversification shifts using sister-clade comparisons.
 130
 131     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
 132       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
 133
 134     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a
 135       list of trees with names.
 136
 137
 138 BUG FIXES
 139
 140     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
 141
 142     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
 143       present.
 144
 145     o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
 146
 147     o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
 148       was not the root.
 149
 150
 151 OTHER CHANGES
 152
 153     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
 154
 155     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
 156
 157     o The matching representation has now only two columns as the third
 158       column was redundant.
 159
 160
 161
 162                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
 163
 164
 165 NEW FEATURES
 166
 167     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
 168       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
 169
 170
 171 BUG FIXES
 172
 173     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
 174
 175     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 176       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
 177
 178     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
 179       length.
 180
 181     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
 182       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
 183
 184     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
 185       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
 186       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
 187
 188
 189 OTHER CHANGES
 190
 191     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
 192
 193     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
 194       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
 195       man page of as.matching().
 196
 197
 198
 199                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
 200
 201
 202 NEW FEATURES
 203
 204     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
 205       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
 206       second function requires Phylip to be installed on the computer.
 207
 208     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
 209       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
 210
 211
 212 BUG FIXES
 213
 214     o write.tree() failed to output correctly tree names.
 215
 216     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
 217       multichotomous trees.
 218
 219     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
 220       turned off.
 221
 222     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
 223
 224     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
 225
 226     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
 227       = FALSE.
 228
 229     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 230       cutree() or rect.hclust().
 231
 232     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 233       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 234
 235     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 236       Jeremy Beaulieu.
 237
 238
 239
 240                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 241
 242
 243 NEW FEATURES
 244
 245     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 246       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 247       and shallowest divergence tree.
 248
 249
 250 BUG FIXES
 251
 252     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 253
 254     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 255
 256     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 257       Filipe Vieira for the fix).
 258
 259
 260
 261                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 262
 263
 264 NEW FEATURES
 265
 266     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 267       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 268       use continuous time algorithms.
 269
 270     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 271       phylogeny.
 272
 273     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 274       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 275       extinction into account.
 276
 277     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 278       discrete characters.
 279
 280     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 281       frequencies from a pair of sequences.
 282
 283     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 284
 285     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 286       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 287
 288     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 289       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 290       and height = NULL.
 291
 292     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 293       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 294       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 295       results has also been improved.
 296
 297     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 298       the gene (FALSE by default).
 299
 300
 301 BUG FIXES
 302
 303     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 304
 305     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 306       Schliep for the fix)
 307
 308     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 309       documentation has been clarified on the formulae used.
 310
 311
 312 OTHER CHANGES
 313
 314     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 315       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 316
 317     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 318       available) as names.
 319
 320     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 321       to contributions by Klaus Schliep.
 322
 323
 324
 325                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 326
 327
 328 NEW FEATURES
 329
 330     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 331       text to be plotted in different fonts.
 332
 333     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 334       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 335       check that the tip labels are the same in all trees.
 336
 337     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 338       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 339
 340     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 341       now documented.
 342
 343
 344 BUG FIXES
 345
 346     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 347       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 348
 349     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 350       simulating a Brownian motion model.
 351
 352
 353
 354                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 355
 356
 357 NEW FEATURES
 358
 359     o There is now a print method for results from ace().
 360
 361     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 362
 363     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 364       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 365
 366
 367 BUG FIXES
 368
 369     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 370
 371     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 372
 373     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 374       failed).
 375
 376
 377 DEPRECATED & DEFUNCT
 378
 379     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 380
 381     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 382
 383
 384 OTHER CHANGES
 385
 386     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 387
 388     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 389       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 390
 391     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 392       removed.
 393
 394
 395
 396                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 397
 398
 399 NEW FEATURES
 400
 401     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 402
 403     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 404       details).
 405
 406     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 407       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 408
 409     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 410       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 411
 412
 413 BUG FIXES
 414
 415     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 416       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 417
 418     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 419       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 420       The same bug occurred with the 'pie' option.
 421
 422     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 423
 424     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 425       more efficient.
 426
 427     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 428       vertical lines representing the nodes.
 429
 430     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 431       in the correct direction though the tip labels were displayed
 432       correctly.
 433
 434
 435 OTHER CHANGES
 436
 437     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 438       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 439       for the two other functions).
 440
 441
 442
 443                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 444
 445
 446 NEW FEATURES
 447
 448     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 449       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 450       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 451       The latter has a biplot method.
 452
 453     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 454       regression through the origin with testing by permutation.
 455
 456     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 457       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 458
 459     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 460       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 461
 462     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 463       and/or tips on a plotted tree.
 464
 465     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 466       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 467
 468     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 469
 470     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 471
 472     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 473       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 474       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 475       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 476
 477
 478 BUG FIXES
 479
 480     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 481       default options with unrooted or radial trees.
 482
 483     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 484       to Otto Cordero for the fix).
 485
 486
 487 OTHER CHANGES
 488
 489     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 490       in dist.topo().
 491
 492
 493
 494                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 495
 496
 497 NEW FEATURES
 498
 499     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 500       argument.
 501
 502     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 503       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 504       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 505       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 506
 507
 508 BUG FIXES
 509
 510     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 511
 512     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 513       lengths and there is a TRANSLATE block.
 514
 515     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 516       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 517       clarification on this behaviour.
 518
 519     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 520       compressed tip labels.
 521
 522     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 523
 524     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 525       when the tree has branch lengths.
 526
 527     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 528       negative (which resulted in an error).
 529
 530     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 531       returned.
 532
 533
 534
 535                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 536
 537
 538 NEW FEATURES
 539
 540     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 541       default is still to return the proportions.
 542
 543
 544 BUG FIXES
 545
 546     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 547       are now ignored.
 548
 549     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 550       the tree: the argument is now ignored.
 551
 552     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 553       Young for the fix).
 554
 555
 556 OTHER CHANGES
 557
 558     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 559       warning (it returned an error previously).
 560
 561     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 562       been modified (as well as their widths and types) following some
 563       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 564
 565     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 566       using 'pie' or 'thermo'.
 567
 568     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 569       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 570       done now).
 571
 572     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 573       help("ape-defunct") with the quotes.
 574
 575
 576 DEPRECATED & DEFUNCT
 577
 578     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 579       theta.s have been moved from ape to pegas.
 580
 581     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 582
 583
 584
 585                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 586
 587
 588 BUG FIXES
 589
 590     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 591
 592     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 593
 594     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 595       attribute.
 596
 597     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 598
 599     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 600       Phelan for the fix).
 601
 602     o seg.sites() failed when passing a vector.
 603
 604     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 605
 606     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 607
 608
 609
 610                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 611
 612
 613 BUG FIXES
 614
 615     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 616
 617     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 618       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 619
 620     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 621       outgroup correctly.
 622
 623     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 624
 625     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 626       "pruningwise" order.
 627
 628     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 629       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 630       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 631
 632
 633
 634                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 635
 636
 637 NEW FEATURES
 638
 639     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 640
 641     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 642
 643     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 644       corrected with respect to this change.
 645
 646     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 647       to be treated as (un)rooted.
 648
 649
 650 BUG FIXES
 651
 652     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 653       pairwise.deletion = FALSE.
 654
 655     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 656
 657     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 658
 659     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 660
 661     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 662
 663     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 664       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 665       times faster.
 666
 667     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 668
 669     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 670
 671
 672 OTHER CHANGES
 673
 674     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 675
 676     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 677       by inherits(phy, "phylo").
 678
 679     o rcoal() is now faster.
 680
 681
 682 DEPRECATED & DEFUNCT
 683
 684     o klastorin() has been removed.
 685
 686
 687
 688                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 689
 690
 691 NEW FEATURES
 692
 693     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 694       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 695       matrices.
 696
 697     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 698       Yule model by maximum likelihood.
 699
 700     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 701       labels in a flexible way.
 702
 703     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 704       handle individual tree names.
 705
 706     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 707       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 708
 709     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 710
 711
 712 BUG FIXES
 713
 714     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 715
 716     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 717
 718     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 719
 720     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 721       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 722       lasting bug).
 723
 724
 725 OTHER CHANGES
 726
 727     o The data set xenarthra has been removed.
 728
 729
 730
 731                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 732
 733 BUG FIXES
 734
 735     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 736       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 737
 738     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 739
 740
 741 OTHER CHANGES
 742
 743     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 744
 745
 746
 747                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 748
 749
 750 NEW FEATURES
 751
 752     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 753       specifying a node number or label.
 754
 755     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 756       operations of the same names.
 757
 758     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 759       specifying model="N".
 760
 761
 762 BUG FIXES
 763
 764     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 765
 766     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 767       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 768       comments inserted within the trees).
 769
 770     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 771       the number of lineages with non-binary trees.
 772
 773
 774 OTHER CHANGES
 775
 776     o ape has now a namespace.
 777
 778     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 779       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 780
 781
 782
 783                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 784
 785
 786 NEW FEATURES
 787
 788     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 789       'pairwise.deletion'.
 790
 791     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 792       more flexible.
 793
 794
 795 BUG FIXES
 796
 797     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 798      'check.labels = TRUE'.
 799
 800    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 801      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 802      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 803
 804    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 805      breaks in the Newick string.
 806
 807    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 808      gaps.
 809
 810
 811 OTHER CHANGES
 812
 813     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 814       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 815
 816     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 817       which is returned unchanged (instead of an error).
 818
 819     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 820       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 821       read.tree().
 822
 823
 824
 825                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 826
 827
 828 NEW FEATURES
 829
 830     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 831       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 832       truncate and/or make them unique, substituting some
 833       characters, and so on.
 834
 835     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 836       set of DNA sequences.
 837
 838     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 839
 840
 841 BUG FIXES
 842
 843     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 844       already the specified root.
 845
 846     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 847
 848     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 849       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 850
 851     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 852       trees.
 853
 854     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 855       translation of tip labels.
 856
 857     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 858       a single tree with no edge lengths.
 859
 860     o A bug was fixed in sh.test().
 861
 862
 863 OTHER CHANGES
 864
 865     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 866       Minin.
 867
 868     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 869       TRUE by default.
 870
 871     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 872       the Phylip formats.
 873
 874
 875
 876                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 877
 878
 879 NEW FEATURES
 880
 881     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 882       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 883       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 884       (without plotting).
 885
 886     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 887       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 888
 889     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 890       help page for details.
 891
 892     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 893       bootstraped trees (the default is FALSE).
 894
 895     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 896       situations.
 897
 898
 899 BUG FIXES
 900
 901     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 902       first sequence.
 903
 904     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 905       circular tree (type = "r" or "f").
 906
 907     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 908       trees.
 909
 910     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 911       (thanks to Yan Wong for the fix).
 912
 913     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 914
 915     o seg.sites() failed with a list.
 916
 917     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 918       as well and is faster.
 919
 920
 921
 922                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 923
 924
 925 BUG FIXES
 926
 927     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 928
 929     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 930       states by generalized least squares in ace().
 931
 932     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 933
 934     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 935       "cladewise".
 936
 937
 938
 939                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 940
 941
 942 NEW FEATURES
 943
 944     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 945       and [[.
 946
 947     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 948       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 949
 950     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 951       than in plot.default().
 952
 953
 954 BUG FIXES
 955
 956     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 957       list of trees.
 958
 959     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 960       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 961       worked already for thermometers).
 962
 963     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 964
 965
 966 OTHER CHANGES
 967
 968     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 969       as well as a character string.
 970
 971     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 972       'tree.names = NULL'.
 973
 974     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 975       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 976       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 977       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 978       correctly when extracting trees.
 979
 980
 981
 982                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 983
 984
 985 NEW FEATURES
 986
 987     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 988
 989     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 990       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 991
 992
 993 BUG FIXES
 994
 995     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 996       pairwise.deletion = FALSE.
 997
 998
 999 OTHER CHANGES
1000
1001     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
1002       have been improved so that they are stabler and faster.
1003
1004     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
1005       are loaded only when needed.
1006
1007
1008
1009                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
1010
1011
1012 NEW FEATURES
1013
1014     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
1015       tree using the mouse.
1016
1017     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
1018       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
1019
1020     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
1021       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
1022       an object of class "DNAbin".
1023
1024     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
1025       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
1026
1027     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
1028       as its main argument.
1029
1030     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
1031       improved, and gain several options (see the help page for
1032       details). A legend is now plotted by default.
1033
1034
1035 BUG FIXES
1036
1037     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
1038       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
1039       distances involving sequences with missing values. (Thanks
1040       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
1041
1042     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
1043       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
1044       single line).
1045
1046     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
1047       edges (see OTHER CHANGES).
1048
1049
1050 OTHER CHANGES
1051
1052     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
1053       should be much stabler. The options have been also greatly
1054       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
1055
1056     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
1057
1058     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
1059       been cleaned-up.
1060
1061     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
1062       improved.
1063
1064     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
1065       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
1066       correction applied in previous version did not work in all
1067       situations.
1068
1069     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
1070       "multiPhylo".
1071
1072
1073 DOCUMENTATION
1074
1075     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
1076
1077
1078 DEPRECATED & DEFUNCT
1079
1080     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
1081       lengths.
1082
1083     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
1084
1085
1086
1087                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
1088
1089
1090 NEW FEATURES
1091
1092     o The new function matexpo computes the exponential of a square
1093       matrix.
1094
1095     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
1096       a list.
1097
1098     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
1099       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
1100
1101
1102 BUG FIXES
1103
1104     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
1105       looked for.
1106
1107     o In diversi.time(), the values returned for model C were
1108       incorrect.
1109
1110     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
1111       likelihood in the presence of ties in the branching times.
1112
1113     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
1114       calculations of the transition probabilities for models HKY and
1115       GTR in mlphylo().
1116
1117     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
1118       Bullard).
1119
1120     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
1121       limited number of labelled topologies could be generated.
1122
1123
1124
1125                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
1126
1127
1128 NEW FEATURES
1129
1130     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1131       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1132       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1133       previous programs done by Vincent Lefort.
1134
1135     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1136       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1137       Evol. 24: 58).
1138
1139     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1140       two clades connected to the same node. It works also with
1141       multichotomous nodes.
1142
1143     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1144       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1145       keeping the names and the class.
1146
1147
1148 BUG FIXES
1149
1150     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1151       an error message is now returned.
1152
1153     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1154       to remove.
1155
1156
1157
1158                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1159
1160
1161 NEW FEATURES
1162
1163     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1164       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1165
1166     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1167       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1168       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1169       should be much faster.
1170
1171
1172 BUG FIXES
1173
1174     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1175       from ape 1.10: this is fixed in this version
1176
1177     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1178       object is now returned unchanged.
1179
1180
1181
1182                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1183
1184
1185 NEW FEATURES
1186
1187     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1188       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1189
1190
1191 BUG FIXES
1192
1193     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1194       object when reading multiple trees.
1195
1196     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1197       "phylo").
1198
1199     o unroot() did not work correctly in most cases.
1200
1201     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1202
1203     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1204
1205     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1206       correctly positioned if the option `cex' was used.
1207
1208
1209
1210                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1211
1212
1213 NEW FEATURES
1214
1215     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1216       DNA sequences in binary format (see below).
1217
1218     o Three new functions have been introduced to convert between the
1219       new binary and the character formats.
1220
1221     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1222       single characters into the class "alignment" used by the package
1223       seqinr.
1224
1225     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1226       controlling whether the sequences are returned in binary format
1227       or as character.
1228
1229
1230 BUG FIXES
1231
1232     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1233
1234     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1235       the default setting: this is fixed.
1236
1237     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1238       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1239
1240
1241 OTHER CHANGES
1242
1243     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1244       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1245       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1246       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1247       ca. 60 times faster).
1248
1249
1250
1251                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1252
1253
1254 BUG FIXES
1255
1256     o A bug was fixed in edgelabels().
1257
1258     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1259       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1260       now its tip labels set to "1", "2", ...
1261
1262     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1263       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1264
1265     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1266       initial tree were greater than one: an error message is now
1267       issued.
1268
1269     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1270       invariants: this is fixed.
1271
1272
1273
1274                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1275
1276
1277 NEW FEATURES
1278
1279     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1280       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1281
1282
1283 BUG FIXES
1284
1285     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1286       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1287
1288     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1289
1290     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1291       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1292       prop.clades, and boot.phylo.
1293
1294     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1295       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1296
1297
1298
1299                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1300
1301
1302 NEW FEATURES
1303
1304     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1305       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1306
1307     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1308       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1309       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1310
1311
1312 BUG FIXES
1313
1314     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1315
1316     o Some bugs were fixed in chronopl().
1317
1318     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1319       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1320
1321     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1322       fixed.
1323
1324
1325 OTHER CHANGES
1326
1327     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1328       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1329       format are still returned in a list.
1330
1331     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1332       it could not be used from the generic.
1333
1334
1335 DEPRECATED & DEFUNCT
1336
1337     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1338       since ape 1.9.
1339
1340
1341
1342                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1343
1344
1345 BUG FIXES
1346
1347     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1348       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1349
1350     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1351       unrooted tree in most cases.
1352
1353     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1354       particularly of the BX-series.
1355
1356     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1357       fixed
1358
1359
1360
1361                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1362
1363
1364 NEW FEATURES
1365
1366     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1367       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1368       displayed in a compact and informative way.
1369
1370     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1371       for converting between the old and new coding of the class
1372       "phylo".
1373
1374     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1375       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1376
1377     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1378       available to compute branch lengths.
1379
1380     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1381
1382
1383 BUG FIXES
1384
1385     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1386       multichotomous trees: this is fixed.
1387
1388     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1389       returned unchanged.
1390
1391     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1392       models: this is fixed.
1393
1394     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1395       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1396       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1397       accepts trees with no branch lengths.
1398
1399     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1400       user distribution was specified. This has been corrected, and
1401       the help page of this function has been expanded.
1402
1403
1404 OTHER CHANGES
1405
1406     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1407       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1408       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1409       functions has been improved.
1410
1411     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1412       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1413
1414     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1415
1416     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1417       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1418
1419     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1420       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1421       labels.
1422
1423     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1424
1425     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1426       been removed.
1427
1428     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1429
1430     o The use of node.depth() has been simplified.
1431
1432
1433
1434                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1435
1436
1437 NEW FEATURES
1438
1439     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1440       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1441       sequences in NEXUS files.
1442
1443     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1444       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1445       reorder(tr).
1446
1447     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1448       edge.
1449
1450     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1451       in NEXUS format.
1452
1453
1454 BUG FIXES
1455
1456     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1457       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1458
1459     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1460       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1461       Newick format (parentheses, etc.)
1462
1463     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1464       now fixed.
1465
1466
1467
1468                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1469
1470
1471 NEW FEATURES
1472
1473     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1474       Hasegawa test.
1475
1476     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1477       single descendant from a tree.
1478
1479     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1480       colours of the tips.
1481
1482     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1483       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1484
1485
1486 BUG FIXES
1487
1488     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1489       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1490
1491     o ace() returned a list with no class so that the generic
1492       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1493       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1494
1495     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1496       of freedom: this is fixed.
1497
1498     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1499       a data frame: this is fixed.
1500
1501     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1502       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1503
1504
1505 OTHER CHANGES
1506
1507     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1508       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1509       respectively.
1510
1511
1512
1513                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1514
1515
1516 NEW FEATURES
1517
1518     o There are four new `method' functions to be used with the
1519       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1520
1521     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1522       change the title, and `col' to control the colour of the
1523       segments showing the AIC values.
1524
1525     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1526       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1527       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1528       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1529
1530     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1531       represent proportions, with any number of categories, as
1532       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1533       there is now no limitation on the number of categories.
1534
1535
1536 BUG FIXES
1537
1538     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1539       fixed.
1540
1541     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1542       in the tree: this is fixed.
1543
1544     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1545       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1546
1547     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1548       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1549
1550     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1551       is fixed and a message error is now returned.
1552
1553     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1554       the calculation of P-values.
1555
1556     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1557       and in the variables were different: this is fixed.
1558
1559
1560
1561                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1562
1563
1564 NEW FEATURES
1565
1566     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1567       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1568       is used to define the substitution model which may include
1569       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1570       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1571       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1572       functionality is limited to estimating the substitution and
1573       associated parameters and computing the likelihood.
1574
1575     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1576       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1577       warning message is printed if there is not enough degrees of
1578       freedom.
1579
1580
1581 BUG FIXES
1582
1583     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1584       though with no consequence.
1585
1586
1587
1588                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1589
1590
1591 NEW FEATURES
1592
1593     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1594       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1595       documented on the same help page.
1596
1597
1598 BUG FIXES
1599
1600     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1601       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1602       boot.phylo, or consensus.
1603
1604     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1605       more than one element: this is fixed.
1606
1607     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1608       has been corrected.
1609
1610     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1611       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1612       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1613
1614
1615 OTHER CHANGES
1616
1617     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1618       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1619       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1620
1621
1622
1623                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1624
1625
1626 NEW FEATURES
1627
1628     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1629       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1630
1631     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1632       list of trees.
1633
1634     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1635       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1636
1637     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1638       tree together with ancestral values, as returned by the above
1639       function.
1640
1641     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1642       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1643
1644     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1645
1646     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1647       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1648
1649     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1650
1651     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1652       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1653
1654     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1655       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1656       and summary (to extract the numbers) methods.
1657
1658     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1659       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1660
1661     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1662       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1663       respectively.
1664
1665     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1666
1667
1668 BUG FIXES
1669
1670     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1671       handled corretly, and node labels are now output normally.
1672
1673     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1674       in some cases.
1675
1676     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1677       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1678       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1679       warning message is now returned; this latter bug was also
1680       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1681
1682     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1683       is now returned.
1684
1685     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1686       was not always correctly dispatched.
1687
1688     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1689       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1690
1691
1692 OTHER CHANGES
1693
1694     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1695
1696     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1697
1698     o Various error and warning messages have been improved.
1699
1700
1701
1702                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1703 NEW FEATURES
1704
1705     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1706       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1707       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1708
1709     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1710       of directional evolution for continuous characters. The user
1711       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1712       changes.
1713
1714     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1715       "phylo") is rooted.
1716
1717     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1718       the possibility to specify the function that generates the
1719       inter-nodes distances.
1720
1721     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1722       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1723
1724     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1725       to three classes) on the nodes of a tree.
1726
1727     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1728       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1729       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1730       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1731       3) are now handled correctly.
1732
1733     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1734       for Penny and Henny's method (already available before and now
1735       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1736       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1737
1738     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1739       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1740       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1741       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1742
1743     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1744       DNA sequences by specifying model = "raw".
1745
1746     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1747       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1748       `full = FALSE'.
1749
1750
1751 BUG FIXES
1752
1753     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1754
1755     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1756       they are now considered as missing data.
1757
1758     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1759       fixed.
1760
1761     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1762       and the function has been improved and is now faster.
1763
1764     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1765       incorrect.
1766
1767     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1768       this is fixed.
1769
1770     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1771       rooted and unrooted trees.
1772
1773     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1774       fixed.
1775
1776     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1777
1778
1779
1780                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1781
1782
1783 NEW FEATURES
1784
1785     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1786       between two trees.
1787
1788     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1789       phylogeny estimation.
1790
1791     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1792       bipartitions from a series of trees.
1793
1794
1795 OTHER CHANGES
1796
1797     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1798       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1799       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1800
1801
1802 BUG FIXES
1803
1804     o Several bugs were fixed in read.dna().
1805
1806     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1807
1808     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1809       lengths: this is fixed.
1810
1811     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1812       tree: this is fixed.
1813
1814
1815
1816                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1817
1818
1819 NEW FEATURES
1820
1821     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1822       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1823       latter implements the representation of binary trees introduced by
1824       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1825       as.matching() has been introduced as well.
1826
1827     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1828       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1829
1830     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1831       from a sample a DNA sequences.
1832
1833     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1834       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1835       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1836       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1837       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1838       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1839       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1840       `GCcontent' has been removed.
1841
1842     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1843       whether to return the species names of the organisms in addition
1844       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1845       behaviour).
1846
1847     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1848
1849     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1850       new root edge if internal branches are trimmed.
1851
1852
1853 BUG FIXES
1854
1855     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1856       is fixed.
1857
1858     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1859       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1860       different representations (a report was printed previously).
1861
1862     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1863       this is fixed.
1864
1865
1866 OTHER CHANGES
1867
1868     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1869       which there is a print method.
1870
1871
1872
1873                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1874
1875
1876 NEW FEATURES
1877
1878     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1879       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1880       Evol., 4:406).
1881
1882     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1883       that belong to a group specified as a set of tips.
1884
1885     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1886       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1887       "phylo".
1888
1889     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1890       phylogeny plot.
1891
1892     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1893       in different cases and giving a number of tips.
1894
1895     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1896       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1897       line.
1898
1899     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1900       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1901       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1902       marked with the option `subtree' (see below).
1903
1904     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1905       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1906       deleted and where.
1907
1908     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1909       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1910       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1911
1912     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1913       edge lengths into account.
1914
1915     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1916       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1917       they are propagated to the vertical line that link them.
1918
1919
1920 BUG FIXES
1921
1922     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1923       crashing. This is fixed.
1924
1925     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1926       now properly recycled; their default values are now "black" and
1927       1, respectively.
1928
1929     o A bug has been fixed in write.nexus().
1930
1931
1932 OTHER CHANGES
1933
1934     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1935       replaced by a C code.
1936
1937
1938
1939                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1940
1941
1942 NEW FEATURES
1943
1944     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1945       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1946
1947     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1948       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1949       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1950       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1951       limit (as before).
1952
1953
1954
1955                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1956
1957
1958 NEW FEATURES
1959
1960     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1961       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1962       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1963       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1964       display graphically the AIC values of each model.
1965
1966     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1967       a model where the speciation rate is affected by several species
1968       traits through a generalized linear model. The parameters are
1969       estimated by maximum likelihood.
1970
1971     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1972       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1973       species given a phylogeny under different models of evolution.
1974       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1975       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1976       Initialize.corPhyl() function associated.
1977
1978     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1979       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1980
1981     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1982       a plot method.
1983
1984     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1985       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1986       correlograms.
1987
1988     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1989       of a subtree defined by a particular node.
1990
1991     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1992       given parent node.
1993
1994     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1995       a tree according to a specified method.
1996
1997     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1998       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1999       the global graphical parameter), "direction" which allows to
2000       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
2001       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
2002
2003
2004 BUG FIXES
2005
2006     o Some functions which try to match tip labels and names of
2007       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
2008       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
2009       match, they are ignored and a warning message is now issued.
2010       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
2011       have been clarified on this point.
2012
2013
2014
2015                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
2016
2017
2018 NEW FEATURES
2019
2020     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
2021       to a specified outgroup.
2022
2023     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
2024
2025     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
2026       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
2027       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
2028       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
2029       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
2030       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
2031       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
2032
2033     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
2034
2035
2036 BUG FIXES
2037
2038     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
2039       lengths: this is fixed.
2040
2041     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
2042       plotted with some line crossings: this is now fixed.
2043
2044
2045
2046                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
2047
2048
2049 NEW FEATURES
2050
2051     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
2052       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
2053       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
2054
2055     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
2056       has been included.
2057
2058
2059 BUG FIXES
2060
2061     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
2062
2063
2064 OTHER CHANGES
2065
2066     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
2067       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
2068
2069
2070
2071                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
2072
2073
2074 NEW FEATURES
2075
2076     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
2077       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
2078       speciation and extinction rates.
2079
2080
2081 OTHER CHANGES
2082
2083     o The package gee is no more required by ape but only suggested
2084       since only the function compar.gee() calls gee.
2085
2086
2087
2088                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
2089
2090
2091 NEW FEATURES
2092
2093     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
2094       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
2095       demographic history from genealogies using a reversible jump
2096       MCMC have been introduced.
2097
2098     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
2099       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
2100
2101
2102
2103                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
2104
2105
2106 NEW FEATURES
2107
2108     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
2109       without branch lengths.
2110
2111     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
2112       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
2113       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
2114       arguments (see `?ltt.plot' for details).
2115
2116
2117 BUG FIXES
2118
2119     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
2120       this is fixed.
2121
2122     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
2123       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
2124
2125
2126 OTHER CHANGES
2127
2128     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
2129       algorithm: it is now about four times faster.
2130
2131     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2132       twice faster.
2133
2134
2135
2136                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2137
2138
2139 NEW FEATURES
2140
2141     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2142       sample of DNA sequences.
2143
2144
2145 BUG FIXES
2146
2147     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2148       1.2-1 was fixed.
2149
2150     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2151       help pages.
2152
2153
2154
2155                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2156
2157
2158 NEW FEATURES
2159
2160     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2161       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2162
2163
2164 BUG FIXES
2165
2166     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2167       comment blocks were not read correctly.
2168
2169     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2170       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2171       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2172       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2173       a warning message is now issued.
2174
2175
2176
2177                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2178
2179
2180 NEW FEATURES
2181
2182     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2183       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2184       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2185       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2186       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2187       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2188       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2189       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2190       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2191       see the respective help pages for details.
2192
2193     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2194       focusing on a small portion of it.
2195
2196     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2197       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2198
2199     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2200       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2201       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2202       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2203       (see below); the default behaviour is no more to display the
2204       sequences on the standard output. Several options have been
2205       introduced to control the sequence printing in a flexible
2206       way. The help page has been extended.
2207
2208     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2209
2210
2211 BUG FIXES
2212
2213     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2214       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2215
2216     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2217
2218     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2219       function did not work with `format = "interleaved"'.
2220
2221     o Various errors were corrected in the help pages.
2222
2223
2224 OTHER CHANGES
2225
2226     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2227       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2228       the corresponding generic function.
2229
2230     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2231       since gamma() is a generic function.
2232
2233
2234
2235                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2236
2237
2238 BUG FIXES
2239
2240     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2241       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2242       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2243       vector of length 4 is always returned).
2244
2245     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2246       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2247       command in the NEXUS file, and that the commands were
2248       case-sensitive.
2249
2250
2251
2252                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2253
2254
2255 NEW FEATURES
2256
2257     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2258       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2259
2260     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2261       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2262       sylvaticus).
2263
2264
2265 BUG FIXES
2266
2267     o A bug in read.nexus() was fixed.
2268
2269     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2270       The function has been completely re-written and its help page
2271       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2272       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2273       spaces (this behaviour was undocumented).
2274
2275     o A bug was fixed in write.dna().
2276
2277
2278
2279                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2280
2281
2282 BUG FIXES
2283
2284     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2285
2286     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2287       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2288
2289
2290
2291                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2292
2293
2294 NEW FEATURES
2295
2296     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2297       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2298       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2299       the function klastorin()).
2300
2301     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2302       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2303       as.phylo for details).
2304
2305     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2306       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2307       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2308       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2309       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2310
2311     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2312       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2313
2314     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2315       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2316       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2317       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2318       (this behaviour was undocumented).
2319
2320     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2321       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2322       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2323
2324     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2325       the estimated parameters using profile likelihood.
2326
2327     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2328       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2329       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2330
2331
2332 BUG FIXES
2333
2334     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2335
2336     o A bug in plot.mst() was fixed.
2337
2338     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2339       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2340
2341
2342
2343                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2344
2345
2346 NEW FEATURES
2347
2348     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2349       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2350
2351     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2352       in a NEXUS file.
2353
2354     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2355       possibly handling root edges to give internal branches.
2356
2357     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2358       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2359
2360     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2361
2362     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2363       branches with different colours and/or different widths, showing the
2364       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2365       the labels, and controling the space around the plot.
2366
2367     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2368       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2369       objects of class "phylo" is now optional.
2370
2371     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2372       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2373       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2374       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2375
2376     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2377       to read the tree in a variable of mode character.
2378
2379     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2380       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2381
2382
2383
2384                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2385
2386
2387 BUG FIXES
2388
2389     o Several bugs were fixed in the help pages.
2390
2391
2392
2393                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2394
2395
2396 NEW FEATURES
2397
2398     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2399       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2400
2401     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2402       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2403       extinction rates.
2404
2405     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2406       tree.
2407
2408     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2409
2410     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2411       as well as some methods are introduced.
2412
2413     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2414       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2415       population size through time are introduced and replace the function
2416       skyline.plot() in version 0.1.
2417
2418     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2419       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2420       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2421       Democratic Republic of Congo.
2422
2423
2424 DEPRECATED & DEFUNCT
2425
2426     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2427       replaced by more elaborate functions (see above).
2428
2429
2430 BUG FIXES
2431
2432     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2433       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2434       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2435       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2436
2437     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2438       AICs and LRTs.
2439
2440     o Various errors were corrected in the help pages.