NEWS

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-2
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o plot.phylo() has a new option 'draw = TRUE'. If FALSE, the tree
   7       is not plotted but the graphical device is set and the
   8       coordinates are saved as normal.
   9
  10     o diversity.contrast.test() gains a fourth version of the test with
  11       method = "logratio"; the literature citations have been clarified.
  12
  13
  14 BUG FIXES
  15
  16     o bionj() made R crash if distances were two large. It now returns
  17       an error if at least one distance is greater than 100.
  18
  19     o drop.tip() returned a wrong tree if 'tip' was of zero length.
  20
  21
  22
  23                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-1
  24
  25
  26 NEW FEATURES
  27
  28     o The new function trex does tree exploration with multiple
  29       graphical devices.
  30
  31     o The new function kronoviz plots several rooted (dated) trees on
  32       the scale scale.
  33
  34     o identify.phylo() has a new option 'quiet' (FALSE by default).
  35
  36
  37 BUG FIXES
  38
  39     o A bug was introduced in read.nexus() in ape 2.7.
  40
  41     o image.DNAbin() did not colour correctly the bases if there were
  42       some '-' and no 'N'.
  43
  44     o .compressTipLabel() failed with a list with a single tree.
  45
  46     o identify.phylo() returned a wrong answer when the x- and y-scales
  47       are very different.
  48
  49     o write.nexus() failed with lists of trees with compressed labels.
  50
  51
  52 OTHER CHANGES
  53
  54     o identify.phylo() now returns NULL if the user right-(instead of
  55       left-)clicks (an error was returned previously).
  56
  57     o read.nexus() should be robust to commands inserted in the TREES
  58       block.
  59
  60
  61
  62                 CHANGES IN APE VERSION 2.7
  63
  64
  65 NEW FEATURES
  66
  67     o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
  68       alignments in a flexible and efficient way.
  69
  70     o Two new functions as.network.phylo and as.igraph.phylo convert
  71       trees of class "phylo" into these respective network classes
  72       defined in the packages of the same names.
  73
  74     o The three new functions clustal, muscle, and tcoffee perform
  75       nucleotide sequence alignment by calling the external programs
  76       of the same names.
  77
  78     o Four new functions, diversity.contrast.test, mcconwaysims.test,
  79       richness.yule.test, and slowinskiguyer.test, implement various
  80       tests of diversification shifts using sister-clade comparisons.
  81
  82     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
  83       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
  84
  85     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a
  86       list of trees with names.
  87
  88
  89 BUG FIXES
  90
  91     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
  92
  93     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
  94       present.
  95
  96     o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
  97
  98     o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
  99       was not the root.
 100
 101
 102 OTHER CHANGES
 103
 104     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
 105
 106     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
 107
 108     o The matching representation has now only two columns as the third
 109       column was redundant.
 110
 111
 112
 113                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
 114
 115
 116 NEW FEATURES
 117
 118     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
 119       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
 120
 121
 122 BUG FIXES
 123
 124     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
 125
 126     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 127       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
 128
 129     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
 130       length.
 131
 132     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
 133       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
 134
 135     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
 136       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
 137       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
 138
 139
 140 OTHER CHANGES
 141
 142     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
 143
 144     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
 145       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
 146       man page of as.matching().
 147
 148
 149
 150                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
 151
 152
 153 NEW FEATURES
 154
 155     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
 156       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
 157       second function requires Phylip to be installed on the computer.
 158
 159     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
 160       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
 161
 162
 163 BUG FIXES
 164
 165     o write.tree() failed to output correctly tree names.
 166
 167     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
 168       multichotomous trees.
 169
 170     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
 171       turned off.
 172
 173     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
 174
 175     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
 176
 177     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
 178       = FALSE.
 179
 180     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 181       cutree() or rect.hclust().
 182
 183     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 184       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 185
 186     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 187       Jeremy Beaulieu.
 188
 189
 190
 191                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 192
 193
 194 NEW FEATURES
 195
 196     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 197       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 198       and shallowest divergence tree.
 199
 200
 201 BUG FIXES
 202
 203     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 204
 205     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 206
 207     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 208       Filipe Vieira for the fix).
 209
 210
 211
 212                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 213
 214
 215 NEW FEATURES
 216
 217     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 218       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 219       use continuous time algorithms.
 220
 221     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 222       phylogeny.
 223
 224     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 225       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 226       extinction into account.
 227
 228     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 229       discrete characters.
 230
 231     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 232       frequencies from a pair of sequences.
 233
 234     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 235
 236     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 237       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 238
 239     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 240       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 241       and height = NULL.
 242
 243     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 244       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 245       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 246       results has also been improved.
 247
 248     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 249       the gene (FALSE by default).
 250
 251
 252 BUG FIXES
 253
 254     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 255
 256     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 257       Schliep for the fix)
 258
 259     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 260       documentation has been clarified on the formulae used.
 261
 262
 263 OTHER CHANGES
 264
 265     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 266       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 267
 268     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 269       available) as names.
 270
 271     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 272       to contributions by Klaus Schliep.
 273
 274
 275
 276                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 277
 278
 279 NEW FEATURES
 280
 281     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 282       text to be plotted in different fonts.
 283
 284     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 285       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 286       check that the tip labels are the same in all trees.
 287
 288     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 289       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 290
 291     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 292       now documented.
 293
 294
 295 BUG FIXES
 296
 297     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 298       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 299
 300     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 301       simulating a Brownian motion model.
 302
 303
 304
 305                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 306
 307
 308 NEW FEATURES
 309
 310     o There is now a print method for results from ace().
 311
 312     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 313
 314     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 315       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 316
 317
 318 BUG FIXES
 319
 320     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 321
 322     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 323
 324     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 325       failed).
 326
 327
 328 DEPRECATED & DEFUNCT
 329
 330     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 331
 332     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 333
 334
 335 OTHER CHANGES
 336
 337     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 338
 339     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 340       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 341
 342     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 343       removed.
 344
 345
 346
 347                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 348
 349
 350 NEW FEATURES
 351
 352     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 353
 354     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 355       details).
 356
 357     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 358       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 359
 360     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 361       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 362
 363
 364 BUG FIXES
 365
 366     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 367       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 368
 369     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 370       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 371       The same bug occurred with the 'pie' option.
 372
 373     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 374
 375     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 376       more efficient.
 377
 378     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 379       vertical lines representing the nodes.
 380
 381     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 382       in the correct direction though the tip labels were displayed
 383       correctly.
 384
 385
 386 OTHER CHANGES
 387
 388     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 389       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 390       for the two other functions).
 391
 392
 393
 394                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 395
 396
 397 NEW FEATURES
 398
 399     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 400       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 401       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 402       The latter has a biplot method.
 403
 404     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 405       regression through the origin with testing by permutation.
 406
 407     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 408       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 409
 410     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 411       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 412
 413     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 414       and/or tips on a plotted tree.
 415
 416     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 417       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 418
 419     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 420
 421     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 422
 423     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 424       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 425       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 426       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 427
 428
 429 BUG FIXES
 430
 431     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 432       default options with unrooted or radial trees.
 433
 434     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 435       to Otto Cordero for the fix).
 436
 437
 438 OTHER CHANGES
 439
 440     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 441       in dist.topo().
 442
 443
 444
 445                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 446
 447
 448 NEW FEATURES
 449
 450     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 451       argument.
 452
 453     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 454       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 455       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 456       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 457
 458
 459 BUG FIXES
 460
 461     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 462
 463     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 464       lengths and there is a TRANSLATE block.
 465
 466     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 467       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 468       clarification on this behaviour.
 469
 470     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 471       compressed tip labels.
 472
 473     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 474
 475     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 476       when the tree has branch lengths.
 477
 478     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 479       negative (which resulted in an error).
 480
 481     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 482       returned.
 483
 484
 485
 486                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 487
 488
 489 NEW FEATURES
 490
 491     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 492       default is still to return the proportions.
 493
 494
 495 BUG FIXES
 496
 497     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 498       are now ignored.
 499
 500     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 501       the tree: the argument is now ignored.
 502
 503     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 504       Young for the fix).
 505
 506
 507 OTHER CHANGES
 508
 509     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 510       warning (it returned an error previously).
 511
 512     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 513       been modified (as well as their widths and types) following some
 514       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 515
 516     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 517       using 'pie' or 'thermo'.
 518
 519     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 520       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 521       done now).
 522
 523     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 524       help("ape-defunct") with the quotes.
 525
 526
 527 DEPRECATED & DEFUNCT
 528
 529     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 530       theta.s have been moved from ape to pegas.
 531
 532     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 533
 534
 535
 536                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 537
 538
 539 BUG FIXES
 540
 541     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 542
 543     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 544
 545     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 546       attribute.
 547
 548     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 549
 550     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 551       Phelan for the fix).
 552
 553     o seg.sites() failed when passing a vector.
 554
 555     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 556
 557     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 558
 559
 560
 561                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 562
 563
 564 BUG FIXES
 565
 566     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 567
 568     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 569       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 570
 571     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 572       outgroup correctly.
 573
 574     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 575
 576     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 577       "pruningwise" order.
 578
 579     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 580       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 581       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 582
 583
 584
 585                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 586
 587
 588 NEW FEATURES
 589
 590     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 591
 592     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 593
 594     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 595       corrected with respect to this change.
 596
 597     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 598       to be treated as (un)rooted.
 599
 600
 601 BUG FIXES
 602
 603     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 604       pairwise.deletion = FALSE.
 605
 606     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 607
 608     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 609
 610     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 611
 612     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 613
 614     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 615       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 616       times faster.
 617
 618     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 619
 620     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 621
 622
 623 OTHER CHANGES
 624
 625     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 626
 627     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 628       by inherits(phy, "phylo").
 629
 630     o rcoal() is now faster.
 631
 632
 633 DEPRECATED & DEFUNCT
 634
 635     o klastorin() has been removed.
 636
 637
 638
 639                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 640
 641
 642 NEW FEATURES
 643
 644     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 645       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 646       matrices.
 647
 648     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 649       Yule model by maximum likelihood.
 650
 651     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 652       labels in a flexible way.
 653
 654     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 655       handle individual tree names.
 656
 657     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 658       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 659
 660     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 661
 662
 663 BUG FIXES
 664
 665     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 666
 667     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 668
 669     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 670
 671     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 672       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 673       lasting bug).
 674
 675
 676 OTHER CHANGES
 677
 678     o The data set xenarthra has been removed.
 679
 680
 681
 682                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 683
 684 BUG FIXES
 685
 686     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 687       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 688
 689     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 690
 691
 692 OTHER CHANGES
 693
 694     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 695
 696
 697
 698                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 699
 700
 701 NEW FEATURES
 702
 703     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 704       specifying a node number or label.
 705
 706     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 707       operations of the same names.
 708
 709     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 710       specifying model="N".
 711
 712
 713 BUG FIXES
 714
 715     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 716
 717     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 718       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 719       comments inserted within the trees).
 720
 721     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 722       the number of lineages with non-binary trees.
 723
 724
 725 OTHER CHANGES
 726
 727     o ape has now a namespace.
 728
 729     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 730       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 731
 732
 733
 734                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 735
 736
 737 NEW FEATURES
 738
 739     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 740       'pairwise.deletion'.
 741
 742     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 743       more flexible.
 744
 745
 746 BUG FIXES
 747
 748     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 749      'check.labels = TRUE'.
 750
 751    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 752      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 753      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 754
 755    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 756      breaks in the Newick string.
 757
 758    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 759      gaps.
 760
 761
 762 OTHER CHANGES
 763
 764     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 765       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 766
 767     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 768       which is returned unchanged (instead of an error).
 769
 770     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 771       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 772       read.tree().
 773
 774
 775
 776                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 777
 778
 779 NEW FEATURES
 780
 781     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 782       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 783       truncate and/or make them unique, substituting some
 784       characters, and so on.
 785
 786     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 787       set of DNA sequences.
 788
 789     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 790
 791
 792 BUG FIXES
 793
 794     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 795       already the specified root.
 796
 797     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 798
 799     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 800       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 801
 802     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 803       trees.
 804
 805     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 806       translation of tip labels.
 807
 808     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 809       a single tree with no edge lengths.
 810
 811     o A bug was fixed in sh.test().
 812
 813
 814 OTHER CHANGES
 815
 816     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 817       Minin.
 818
 819     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 820       TRUE by default.
 821
 822     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 823       the Phylip formats.
 824
 825
 826
 827                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 828
 829
 830 NEW FEATURES
 831
 832     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 833       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 834       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 835       (without plotting).
 836
 837     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 838       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 839
 840     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 841       help page for details.
 842
 843     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 844       bootstraped trees (the default is FALSE).
 845
 846     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 847       situations.
 848
 849
 850 BUG FIXES
 851
 852     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 853       first sequence.
 854
 855     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 856       circular tree (type = "r" or "f").
 857
 858     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 859       trees.
 860
 861     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 862       (thanks to Yan Wong for the fix).
 863
 864     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 865
 866     o seg.sites() failed with a list.
 867
 868     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 869       as well and is faster.
 870
 871
 872
 873                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 874
 875
 876 BUG FIXES
 877
 878     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 879
 880     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 881       states by generalized least squares in ace().
 882
 883     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 884
 885     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 886       "cladewise".
 887
 888
 889
 890                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 891
 892
 893 NEW FEATURES
 894
 895     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 896       and [[.
 897
 898     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 899       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 900
 901     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 902       than in plot.default().
 903
 904
 905 BUG FIXES
 906
 907     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 908       list of trees.
 909
 910     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 911       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 912       worked already for thermometers).
 913
 914     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 915
 916
 917 OTHER CHANGES
 918
 919     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 920       as well as a character string.
 921
 922     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 923       'tree.names = NULL'.
 924
 925     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 926       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 927       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 928       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 929       correctly when extracting trees.
 930
 931
 932
 933                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 934
 935
 936 NEW FEATURES
 937
 938     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 939
 940     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 941       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 942
 943
 944 BUG FIXES
 945
 946     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 947       pairwise.deletion = FALSE.
 948
 949
 950 OTHER CHANGES
 951
 952     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
 953       have been improved so that they are stabler and faster.
 954
 955     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
 956       are loaded only when needed.
 957
 958
 959
 960                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
 961
 962
 963 NEW FEATURES
 964
 965     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
 966       tree using the mouse.
 967
 968     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
 969       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
 970
 971     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
 972       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
 973       an object of class "DNAbin".
 974
 975     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 976       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 977
 978     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 979       as its main argument.
 980
 981     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 982       improved, and gain several options (see the help page for
 983       details). A legend is now plotted by default.
 984
 985
 986 BUG FIXES
 987
 988     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 989       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 990       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 991       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 992
 993     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 994       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
 995       single line).
 996
 997     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
 998       edges (see OTHER CHANGES).
 999
1000
1001 OTHER CHANGES
1002
1003     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
1004       should be much stabler. The options have been also greatly
1005       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
1006
1007     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
1008
1009     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
1010       been cleaned-up.
1011
1012     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
1013       improved.
1014
1015     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
1016       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
1017       correction applied in previous version did not work in all
1018       situations.
1019
1020     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
1021       "multiPhylo".
1022
1023
1024 DOCUMENTATION
1025
1026     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
1027
1028
1029 DEPRECATED & DEFUNCT
1030
1031     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
1032       lengths.
1033
1034     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
1035
1036
1037
1038                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
1039
1040
1041 NEW FEATURES
1042
1043     o The new function matexpo computes the exponential of a square
1044       matrix.
1045
1046     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
1047       a list.
1048
1049     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
1050       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
1051
1052
1053 BUG FIXES
1054
1055     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
1056       looked for.
1057
1058     o In diversi.time(), the values returned for model C were
1059       incorrect.
1060
1061     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
1062       likelihood in the presence of ties in the branching times.
1063
1064     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
1065       calculations of the transition probabilities for models HKY and
1066       GTR in mlphylo().
1067
1068     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
1069       Bullard).
1070
1071     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
1072       limited number of labelled topologies could be generated.
1073
1074
1075
1076                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
1077
1078
1079 NEW FEATURES
1080
1081     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1082       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1083       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1084       previous programs done by Vincent Lefort.
1085
1086     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1087       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1088       Evol. 24: 58).
1089
1090     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1091       two clades connected to the same node. It works also with
1092       multichotomous nodes.
1093
1094     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1095       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1096       keeping the names and the class.
1097
1098
1099 BUG FIXES
1100
1101     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1102       an error message is now returned.
1103
1104     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1105       to remove.
1106
1107
1108
1109                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1110
1111
1112 NEW FEATURES
1113
1114     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1115       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1116
1117     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1118       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1119       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1120       should be much faster.
1121
1122
1123 BUG FIXES
1124
1125     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1126       from ape 1.10: this is fixed in this version
1127
1128     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1129       object is now returned unchanged.
1130
1131
1132
1133                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1134
1135
1136 NEW FEATURES
1137
1138     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1139       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1140
1141
1142 BUG FIXES
1143
1144     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1145       object when reading multiple trees.
1146
1147     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1148       "phylo").
1149
1150     o unroot() did not work correctly in most cases.
1151
1152     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1153
1154     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1155
1156     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1157       correctly positioned if the option `cex' was used.
1158
1159
1160
1161                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1162
1163
1164 NEW FEATURES
1165
1166     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1167       DNA sequences in binary format (see below).
1168
1169     o Three new functions have been introduced to convert between the
1170       new binary and the character formats.
1171
1172     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1173       single characters into the class "alignment" used by the package
1174       seqinr.
1175
1176     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1177       controlling whether the sequences are returned in binary format
1178       or as character.
1179
1180
1181 BUG FIXES
1182
1183     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1184
1185     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1186       the default setting: this is fixed.
1187
1188     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1189       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1190
1191
1192 OTHER CHANGES
1193
1194     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1195       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1196       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1197       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1198       ca. 60 times faster).
1199
1200
1201
1202                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1203
1204
1205 BUG FIXES
1206
1207     o A bug was fixed in edgelabels().
1208
1209     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1210       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1211       now its tip labels set to "1", "2", ...
1212
1213     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1214       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1215
1216     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1217       initial tree were greater than one: an error message is now
1218       issued.
1219
1220     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1221       invariants: this is fixed.
1222
1223
1224
1225                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1226
1227
1228 NEW FEATURES
1229
1230     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1231       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1232
1233
1234 BUG FIXES
1235
1236     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1237       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1238
1239     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1240
1241     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1242       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1243       prop.clades, and boot.phylo.
1244
1245     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1246       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1247
1248
1249
1250                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1251
1252
1253 NEW FEATURES
1254
1255     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1256       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1257
1258     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1259       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1260       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1261
1262
1263 BUG FIXES
1264
1265     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1266
1267     o Some bugs were fixed in chronopl().
1268
1269     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1270       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1271
1272     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1273       fixed.
1274
1275
1276 OTHER CHANGES
1277
1278     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1279       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1280       format are still returned in a list.
1281
1282     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1283       it could not be used from the generic.
1284
1285
1286 DEPRECATED & DEFUNCT
1287
1288     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1289       since ape 1.9.
1290
1291
1292
1293                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1294
1295
1296 BUG FIXES
1297
1298     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1299       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1300
1301     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1302       unrooted tree in most cases.
1303
1304     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1305       particularly of the BX-series.
1306
1307     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1308       fixed
1309
1310
1311
1312                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1313
1314
1315 NEW FEATURES
1316
1317     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1318       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1319       displayed in a compact and informative way.
1320
1321     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1322       for converting between the old and new coding of the class
1323       "phylo".
1324
1325     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1326       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1327
1328     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1329       available to compute branch lengths.
1330
1331     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1332
1333
1334 BUG FIXES
1335
1336     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1337       multichotomous trees: this is fixed.
1338
1339     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1340       returned unchanged.
1341
1342     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1343       models: this is fixed.
1344
1345     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1346       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1347       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1348       accepts trees with no branch lengths.
1349
1350     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1351       user distribution was specified. This has been corrected, and
1352       the help page of this function has been expanded.
1353
1354
1355 OTHER CHANGES
1356
1357     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1358       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1359       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1360       functions has been improved.
1361
1362     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1363       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1364
1365     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1366
1367     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1368       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1369
1370     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1371       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1372       labels.
1373
1374     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1375
1376     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1377       been removed.
1378
1379     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1380
1381     o The use of node.depth() has been simplified.
1382
1383
1384
1385                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1386
1387
1388 NEW FEATURES
1389
1390     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1391       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1392       sequences in NEXUS files.
1393
1394     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1395       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1396       reorder(tr).
1397
1398     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1399       edge.
1400
1401     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1402       in NEXUS format.
1403
1404
1405 BUG FIXES
1406
1407     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1408       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1409
1410     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1411       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1412       Newick format (parentheses, etc.)
1413
1414     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1415       now fixed.
1416
1417
1418
1419                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1420
1421
1422 NEW FEATURES
1423
1424     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1425       Hasegawa test.
1426
1427     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1428       single descendant from a tree.
1429
1430     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1431       colours of the tips.
1432
1433     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1434       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1435
1436
1437 BUG FIXES
1438
1439     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1440       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1441
1442     o ace() returned a list with no class so that the generic
1443       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1444       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1445
1446     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1447       of freedom: this is fixed.
1448
1449     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1450       a data frame: this is fixed.
1451
1452     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1453       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1454
1455
1456 OTHER CHANGES
1457
1458     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1459       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1460       respectively.
1461
1462
1463
1464                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1465
1466
1467 NEW FEATURES
1468
1469     o There are four new `method' functions to be used with the
1470       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1471
1472     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1473       change the title, and `col' to control the colour of the
1474       segments showing the AIC values.
1475
1476     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1477       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1478       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1479       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1480
1481     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1482       represent proportions, with any number of categories, as
1483       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1484       there is now no limitation on the number of categories.
1485
1486
1487 BUG FIXES
1488
1489     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1490       fixed.
1491
1492     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1493       in the tree: this is fixed.
1494
1495     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1496       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1497
1498     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1499       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1500
1501     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1502       is fixed and a message error is now returned.
1503
1504     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1505       the calculation of P-values.
1506
1507     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1508       and in the variables were different: this is fixed.
1509
1510
1511
1512                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1513
1514
1515 NEW FEATURES
1516
1517     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1518       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1519       is used to define the substitution model which may include
1520       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1521       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1522       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1523       functionality is limited to estimating the substitution and
1524       associated parameters and computing the likelihood.
1525
1526     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1527       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1528       warning message is printed if there is not enough degrees of
1529       freedom.
1530
1531
1532 BUG FIXES
1533
1534     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1535       though with no consequence.
1536
1537
1538
1539                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1540
1541
1542 NEW FEATURES
1543
1544     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1545       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1546       documented on the same help page.
1547
1548
1549 BUG FIXES
1550
1551     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1552       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1553       boot.phylo, or consensus.
1554
1555     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1556       more than one element: this is fixed.
1557
1558     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1559       has been corrected.
1560
1561     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1562       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1563       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1564
1565
1566 OTHER CHANGES
1567
1568     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1569       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1570       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1571
1572
1573
1574                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1575
1576
1577 NEW FEATURES
1578
1579     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1580       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1581
1582     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1583       list of trees.
1584
1585     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1586       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1587
1588     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1589       tree together with ancestral values, as returned by the above
1590       function.
1591
1592     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1593       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1594
1595     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1596
1597     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1598       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1599
1600     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1601
1602     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1603       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1604
1605     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1606       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1607       and summary (to extract the numbers) methods.
1608
1609     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1610       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1611
1612     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1613       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1614       respectively.
1615
1616     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1617
1618
1619 BUG FIXES
1620
1621     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1622       handled corretly, and node labels are now output normally.
1623
1624     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1625       in some cases.
1626
1627     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1628       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1629       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1630       warning message is now returned; this latter bug was also
1631       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1632
1633     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1634       is now returned.
1635
1636     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1637       was not always correctly dispatched.
1638
1639     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1640       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1641
1642
1643 OTHER CHANGES
1644
1645     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1646
1647     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1648
1649     o Various error and warning messages have been improved.
1650
1651
1652
1653                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1654 NEW FEATURES
1655
1656     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1657       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1658       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1659
1660     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1661       of directional evolution for continuous characters. The user
1662       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1663       changes.
1664
1665     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1666       "phylo") is rooted.
1667
1668     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1669       the possibility to specify the function that generates the
1670       inter-nodes distances.
1671
1672     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1673       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1674
1675     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1676       to three classes) on the nodes of a tree.
1677
1678     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1679       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1680       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1681       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1682       3) are now handled correctly.
1683
1684     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1685       for Penny and Henny's method (already available before and now
1686       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1687       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1688
1689     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1690       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1691       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1692       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1693
1694     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1695       DNA sequences by specifying model = "raw".
1696
1697     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1698       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1699       `full = FALSE'.
1700
1701
1702 BUG FIXES
1703
1704     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1705
1706     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1707       they are now considered as missing data.
1708
1709     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1710       fixed.
1711
1712     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1713       and the function has been improved and is now faster.
1714
1715     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1716       incorrect.
1717
1718     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1719       this is fixed.
1720
1721     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1722       rooted and unrooted trees.
1723
1724     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1725       fixed.
1726
1727     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1728
1729
1730
1731                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1732
1733
1734 NEW FEATURES
1735
1736     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1737       between two trees.
1738
1739     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1740       phylogeny estimation.
1741
1742     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1743       bipartitions from a series of trees.
1744
1745
1746 OTHER CHANGES
1747
1748     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1749       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1750       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1751
1752
1753 BUG FIXES
1754
1755     o Several bugs were fixed in read.dna().
1756
1757     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1758
1759     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1760       lengths: this is fixed.
1761
1762     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1763       tree: this is fixed.
1764
1765
1766
1767                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1768
1769
1770 NEW FEATURES
1771
1772     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1773       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1774       latter implements the representation of binary trees introduced by
1775       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1776       as.matching() has been introduced as well.
1777
1778     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1779       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1780
1781     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1782       from a sample a DNA sequences.
1783
1784     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1785       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1786       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1787       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1788       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1789       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1790       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1791       `GCcontent' has been removed.
1792
1793     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1794       whether to return the species names of the organisms in addition
1795       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1796       behaviour).
1797
1798     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1799
1800     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1801       new root edge if internal branches are trimmed.
1802
1803
1804 BUG FIXES
1805
1806     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1807       is fixed.
1808
1809     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1810       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1811       different representations (a report was printed previously).
1812
1813     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1814       this is fixed.
1815
1816
1817 OTHER CHANGES
1818
1819     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1820       which there is a print method.
1821
1822
1823
1824                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1825
1826
1827 NEW FEATURES
1828
1829     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1830       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1831       Evol., 4:406).
1832
1833     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1834       that belong to a group specified as a set of tips.
1835
1836     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1837       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1838       "phylo".
1839
1840     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1841       phylogeny plot.
1842
1843     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1844       in different cases and giving a number of tips.
1845
1846     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1847       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1848       line.
1849
1850     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1851       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1852       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1853       marked with the option `subtree' (see below).
1854
1855     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1856       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1857       deleted and where.
1858
1859     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1860       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1861       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1862
1863     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1864       edge lengths into account.
1865
1866     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1867       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1868       they are propagated to the vertical line that link them.
1869
1870
1871 BUG FIXES
1872
1873     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1874       crashing. This is fixed.
1875
1876     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1877       now properly recycled; their default values are now "black" and
1878       1, respectively.
1879
1880     o A bug has been fixed in write.nexus().
1881
1882
1883 OTHER CHANGES
1884
1885     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1886       replaced by a C code.
1887
1888
1889
1890                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1891
1892
1893 NEW FEATURES
1894
1895     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1896       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1897
1898     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1899       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1900       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1901       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1902       limit (as before).
1903
1904
1905
1906                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1907
1908
1909 NEW FEATURES
1910
1911     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1912       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1913       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1914       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1915       display graphically the AIC values of each model.
1916
1917     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1918       a model where the speciation rate is affected by several species
1919       traits through a generalized linear model. The parameters are
1920       estimated by maximum likelihood.
1921
1922     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1923       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1924       species given a phylogeny under different models of evolution.
1925       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1926       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1927       Initialize.corPhyl() function associated.
1928
1929     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1930       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1931
1932     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1933       a plot method.
1934
1935     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1936       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1937       correlograms.
1938
1939     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1940       of a subtree defined by a particular node.
1941
1942     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1943       given parent node.
1944
1945     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1946       a tree according to a specified method.
1947
1948     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1949       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1950       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1951       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1952       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1953
1954
1955 BUG FIXES
1956
1957     o Some functions which try to match tip labels and names of
1958       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1959       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1960       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1961       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1962       have been clarified on this point.
1963
1964
1965
1966                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1967
1968
1969 NEW FEATURES
1970
1971     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1972       to a specified outgroup.
1973
1974     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1975
1976     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1977       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1978       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1979       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1980       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1981       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1982       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1983
1984     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1985
1986
1987 BUG FIXES
1988
1989     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1990       lengths: this is fixed.
1991
1992     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1993       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1994
1995
1996
1997                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
1998
1999
2000 NEW FEATURES
2001
2002     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
2003       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
2004       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
2005
2006     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
2007       has been included.
2008
2009
2010 BUG FIXES
2011
2012     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
2013
2014
2015 OTHER CHANGES
2016
2017     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
2018       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
2019
2020
2021
2022                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
2023
2024
2025 NEW FEATURES
2026
2027     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
2028       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
2029       speciation and extinction rates.
2030
2031
2032 OTHER CHANGES
2033
2034     o The package gee is no more required by ape but only suggested
2035       since only the function compar.gee() calls gee.
2036
2037
2038
2039                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
2040
2041
2042 NEW FEATURES
2043
2044     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
2045       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
2046       demographic history from genealogies using a reversible jump
2047       MCMC have been introduced.
2048
2049     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
2050       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
2051
2052
2053
2054                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
2055
2056
2057 NEW FEATURES
2058
2059     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
2060       without branch lengths.
2061
2062     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
2063       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
2064       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
2065       arguments (see `?ltt.plot' for details).
2066
2067
2068 BUG FIXES
2069
2070     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
2071       this is fixed.
2072
2073     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
2074       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
2075
2076
2077 OTHER CHANGES
2078
2079     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
2080       algorithm: it is now about four times faster.
2081
2082     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2083       twice faster.
2084
2085
2086
2087                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2088
2089
2090 NEW FEATURES
2091
2092     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2093       sample of DNA sequences.
2094
2095
2096 BUG FIXES
2097
2098     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2099       1.2-1 was fixed.
2100
2101     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2102       help pages.
2103
2104
2105
2106                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2107
2108
2109 NEW FEATURES
2110
2111     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2112       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2113
2114
2115 BUG FIXES
2116
2117     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2118       comment blocks were not read correctly.
2119
2120     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2121       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2122       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2123       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2124       a warning message is now issued.
2125
2126
2127
2128                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2129
2130
2131 NEW FEATURES
2132
2133     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2134       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2135       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2136       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2137       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2138       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2139       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2140       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2141       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2142       see the respective help pages for details.
2143
2144     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2145       focusing on a small portion of it.
2146
2147     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2148       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2149
2150     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2151       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2152       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2153       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2154       (see below); the default behaviour is no more to display the
2155       sequences on the standard output. Several options have been
2156       introduced to control the sequence printing in a flexible
2157       way. The help page has been extended.
2158
2159     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2160
2161
2162 BUG FIXES
2163
2164     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2165       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2166
2167     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2168
2169     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2170       function did not work with `format = "interleaved"'.
2171
2172     o Various errors were corrected in the help pages.
2173
2174
2175 OTHER CHANGES
2176
2177     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2178       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2179       the corresponding generic function.
2180
2181     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2182       since gamma() is a generic function.
2183
2184
2185
2186                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2187
2188
2189 BUG FIXES
2190
2191     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2192       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2193       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2194       vector of length 4 is always returned).
2195
2196     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2197       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2198       command in the NEXUS file, and that the commands were
2199       case-sensitive.
2200
2201
2202
2203                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2204
2205
2206 NEW FEATURES
2207
2208     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2209       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2210
2211     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2212       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2213       sylvaticus).
2214
2215
2216 BUG FIXES
2217
2218     o A bug in read.nexus() was fixed.
2219
2220     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2221       The function has been completely re-written and its help page
2222       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2223       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2224       spaces (this behaviour was undocumented).
2225
2226     o A bug was fixed in write.dna().
2227
2228
2229
2230                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2231
2232
2233 BUG FIXES
2234
2235     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2236
2237     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2238       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2239
2240
2241
2242                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2243
2244
2245 NEW FEATURES
2246
2247     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2248       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2249       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2250       the function klastorin()).
2251
2252     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2253       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2254       as.phylo for details).
2255
2256     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2257       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2258       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2259       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2260       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2261
2262     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2263       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2264
2265     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2266       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2267       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2268       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2269       (this behaviour was undocumented).
2270
2271     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2272       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2273       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2274
2275     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2276       the estimated parameters using profile likelihood.
2277
2278     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2279       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2280       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2281
2282
2283 BUG FIXES
2284
2285     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2286
2287     o A bug in plot.mst() was fixed.
2288
2289     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2290       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2291
2292
2293
2294                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2295
2296
2297 NEW FEATURES
2298
2299     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2300       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2301
2302     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2303       in a NEXUS file.
2304
2305     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2306       possibly handling root edges to give internal branches.
2307
2308     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2309       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2310
2311     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2312
2313     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2314       branches with different colours and/or different widths, showing the
2315       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2316       the labels, and controling the space around the plot.
2317
2318     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2319       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2320       objects of class "phylo" is now optional.
2321
2322     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2323       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2324       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2325       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2326
2327     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2328       to read the tree in a variable of mode character.
2329
2330     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2331       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2332
2333
2334
2335                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2336
2337
2338 BUG FIXES
2339
2340     o Several bugs were fixed in the help pages.
2341
2342
2343
2344                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2345
2346
2347 NEW FEATURES
2348
2349     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2350       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2351
2352     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2353       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2354       extinction rates.
2355
2356     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2357       tree.
2358
2359     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2360
2361     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2362       as well as some methods are introduced.
2363
2364     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2365       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2366       population size through time are introduced and replace the function
2367       skyline.plot() in version 0.1.
2368
2369     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2370       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2371       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2372       Democratic Republic of Congo.
2373
2374
2375 DEPRECATED & DEFUNCT
2376
2377     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2378       replaced by more elaborate functions (see above).
2379
2380
2381 BUG FIXES
2382
2383     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2384       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2385       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2386       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2387
2388     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2389       AICs and LRTs.
2390
2391     o Various errors were corrected in the help pages.