NEWS

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-2
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o plot.phylo() has a new option 'draw = TRUE'. If FALSE, the tree
   7       is not plotted but the graphical device is set and the
   8       coordinates are saved as usual.
   9
  10     o diversity.contrast.test() gains a fourth version of the test with
  11       method = "logratio"; the literature citations have been clarified.
  12
  13     o add.scale.bar() has two new options, 'lwd' and 'lcol', to modify
  14       the aspect of the bar.
  15
  16
  17 BUG FIXES
  18
  19     o bionj() made R crash if distances were too large. It now returns
  20       an error if at least one distance is greater than 100.
  21
  22     o drop.tip() returned a wrong tree if 'tip' was of zero length.
  23
  24     o read.nexus.data() failed with URLs.
  25
  26
  27
  28                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-1
  29
  30
  31 NEW FEATURES
  32
  33     o The new function trex does tree exploration with multiple
  34       graphical devices.
  35
  36     o The new function kronoviz plots several rooted (dated) trees on
  37       the scale scale.
  38
  39     o identify.phylo() has a new option 'quiet' (FALSE by default).
  40
  41
  42 BUG FIXES
  43
  44     o A bug was introduced in read.nexus() in ape 2.7.
  45
  46     o image.DNAbin() did not colour correctly the bases if there were
  47       some '-' and no 'N'.
  48
  49     o .compressTipLabel() failed with a list with a single tree.
  50
  51     o identify.phylo() returned a wrong answer when the x- and y-scales
  52       are very different.
  53
  54     o write.nexus() failed with lists of trees with compressed labels.
  55
  56
  57 OTHER CHANGES
  58
  59     o identify.phylo() now returns NULL if the user right-(instead of
  60       left-)clicks (an error was returned previously).
  61
  62     o read.nexus() should be robust to commands inserted in the TREES
  63       block.
  64
  65
  66
  67                 CHANGES IN APE VERSION 2.7
  68
  69
  70 NEW FEATURES
  71
  72     o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
  73       alignments in a flexible and efficient way.
  74
  75     o Two new functions as.network.phylo and as.igraph.phylo convert
  76       trees of class "phylo" into these respective network classes
  77       defined in the packages of the same names.
  78
  79     o The three new functions clustal, muscle, and tcoffee perform
  80       nucleotide sequence alignment by calling the external programs
  81       of the same names.
  82
  83     o Four new functions, diversity.contrast.test, mcconwaysims.test,
  84       richness.yule.test, and slowinskiguyer.test, implement various
  85       tests of diversification shifts using sister-clade comparisons.
  86
  87     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
  88       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
  89
  90     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a
  91       list of trees with names.
  92
  93
  94 BUG FIXES
  95
  96     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
  97
  98     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
  99       present.
 100
 101     o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
 102
 103     o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
 104       was not the root.
 105
 106
 107 OTHER CHANGES
 108
 109     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
 110
 111     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
 112
 113     o The matching representation has now only two columns as the third
 114       column was redundant.
 115
 116
 117
 118                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
 119
 120
 121 NEW FEATURES
 122
 123     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
 124       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
 125
 126
 127 BUG FIXES
 128
 129     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
 130
 131     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 132       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
 133
 134     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
 135       length.
 136
 137     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
 138       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
 139
 140     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
 141       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
 142       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
 143
 144
 145 OTHER CHANGES
 146
 147     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
 148
 149     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
 150       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
 151       man page of as.matching().
 152
 153
 154
 155                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
 156
 157
 158 NEW FEATURES
 159
 160     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
 161       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
 162       second function requires Phylip to be installed on the computer.
 163
 164     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
 165       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
 166
 167
 168 BUG FIXES
 169
 170     o write.tree() failed to output correctly tree names.
 171
 172     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
 173       multichotomous trees.
 174
 175     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
 176       turned off.
 177
 178     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
 179
 180     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
 181
 182     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
 183       = FALSE.
 184
 185     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 186       cutree() or rect.hclust().
 187
 188     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 189       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 190
 191     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 192       Jeremy Beaulieu.
 193
 194
 195
 196                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 197
 198
 199 NEW FEATURES
 200
 201     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 202       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 203       and shallowest divergence tree.
 204
 205
 206 BUG FIXES
 207
 208     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 209
 210     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 211
 212     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 213       Filipe Vieira for the fix).
 214
 215
 216
 217                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 218
 219
 220 NEW FEATURES
 221
 222     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 223       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 224       use continuous time algorithms.
 225
 226     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 227       phylogeny.
 228
 229     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 230       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 231       extinction into account.
 232
 233     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 234       discrete characters.
 235
 236     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 237       frequencies from a pair of sequences.
 238
 239     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 240
 241     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 242       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 243
 244     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 245       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 246       and height = NULL.
 247
 248     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 249       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 250       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 251       results has also been improved.
 252
 253     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 254       the gene (FALSE by default).
 255
 256
 257 BUG FIXES
 258
 259     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 260
 261     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 262       Schliep for the fix)
 263
 264     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 265       documentation has been clarified on the formulae used.
 266
 267
 268 OTHER CHANGES
 269
 270     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 271       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 272
 273     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 274       available) as names.
 275
 276     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 277       to contributions by Klaus Schliep.
 278
 279
 280
 281                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 282
 283
 284 NEW FEATURES
 285
 286     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 287       text to be plotted in different fonts.
 288
 289     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 290       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 291       check that the tip labels are the same in all trees.
 292
 293     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 294       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 295
 296     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 297       now documented.
 298
 299
 300 BUG FIXES
 301
 302     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 303       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 304
 305     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 306       simulating a Brownian motion model.
 307
 308
 309
 310                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 311
 312
 313 NEW FEATURES
 314
 315     o There is now a print method for results from ace().
 316
 317     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 318
 319     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 320       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 321
 322
 323 BUG FIXES
 324
 325     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 326
 327     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 328
 329     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 330       failed).
 331
 332
 333 DEPRECATED & DEFUNCT
 334
 335     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 336
 337     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 338
 339
 340 OTHER CHANGES
 341
 342     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 343
 344     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 345       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 346
 347     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 348       removed.
 349
 350
 351
 352                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 353
 354
 355 NEW FEATURES
 356
 357     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 358
 359     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 360       details).
 361
 362     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 363       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 364
 365     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 366       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 367
 368
 369 BUG FIXES
 370
 371     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 372       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 373
 374     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 375       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 376       The same bug occurred with the 'pie' option.
 377
 378     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 379
 380     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 381       more efficient.
 382
 383     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 384       vertical lines representing the nodes.
 385
 386     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 387       in the correct direction though the tip labels were displayed
 388       correctly.
 389
 390
 391 OTHER CHANGES
 392
 393     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 394       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 395       for the two other functions).
 396
 397
 398
 399                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 400
 401
 402 NEW FEATURES
 403
 404     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 405       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 406       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 407       The latter has a biplot method.
 408
 409     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 410       regression through the origin with testing by permutation.
 411
 412     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 413       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 414
 415     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 416       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 417
 418     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 419       and/or tips on a plotted tree.
 420
 421     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 422       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 423
 424     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 425
 426     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 427
 428     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 429       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 430       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 431       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 432
 433
 434 BUG FIXES
 435
 436     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 437       default options with unrooted or radial trees.
 438
 439     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 440       to Otto Cordero for the fix).
 441
 442
 443 OTHER CHANGES
 444
 445     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 446       in dist.topo().
 447
 448
 449
 450                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 451
 452
 453 NEW FEATURES
 454
 455     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 456       argument.
 457
 458     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 459       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 460       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 461       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 462
 463
 464 BUG FIXES
 465
 466     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 467
 468     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 469       lengths and there is a TRANSLATE block.
 470
 471     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 472       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 473       clarification on this behaviour.
 474
 475     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 476       compressed tip labels.
 477
 478     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 479
 480     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 481       when the tree has branch lengths.
 482
 483     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 484       negative (which resulted in an error).
 485
 486     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 487       returned.
 488
 489
 490
 491                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 492
 493
 494 NEW FEATURES
 495
 496     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 497       default is still to return the proportions.
 498
 499
 500 BUG FIXES
 501
 502     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 503       are now ignored.
 504
 505     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 506       the tree: the argument is now ignored.
 507
 508     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 509       Young for the fix).
 510
 511
 512 OTHER CHANGES
 513
 514     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 515       warning (it returned an error previously).
 516
 517     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 518       been modified (as well as their widths and types) following some
 519       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 520
 521     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 522       using 'pie' or 'thermo'.
 523
 524     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 525       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 526       done now).
 527
 528     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 529       help("ape-defunct") with the quotes.
 530
 531
 532 DEPRECATED & DEFUNCT
 533
 534     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 535       theta.s have been moved from ape to pegas.
 536
 537     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 538
 539
 540
 541                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 542
 543
 544 BUG FIXES
 545
 546     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 547
 548     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 549
 550     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 551       attribute.
 552
 553     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 554
 555     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 556       Phelan for the fix).
 557
 558     o seg.sites() failed when passing a vector.
 559
 560     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 561
 562     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 563
 564
 565
 566                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 567
 568
 569 BUG FIXES
 570
 571     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 572
 573     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 574       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 575
 576     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 577       outgroup correctly.
 578
 579     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 580
 581     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 582       "pruningwise" order.
 583
 584     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 585       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 586       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 587
 588
 589
 590                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 591
 592
 593 NEW FEATURES
 594
 595     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 596
 597     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 598
 599     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 600       corrected with respect to this change.
 601
 602     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 603       to be treated as (un)rooted.
 604
 605
 606 BUG FIXES
 607
 608     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 609       pairwise.deletion = FALSE.
 610
 611     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 612
 613     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 614
 615     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 616
 617     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 618
 619     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 620       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 621       times faster.
 622
 623     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 624
 625     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 626
 627
 628 OTHER CHANGES
 629
 630     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 631
 632     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 633       by inherits(phy, "phylo").
 634
 635     o rcoal() is now faster.
 636
 637
 638 DEPRECATED & DEFUNCT
 639
 640     o klastorin() has been removed.
 641
 642
 643
 644                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 645
 646
 647 NEW FEATURES
 648
 649     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 650       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 651       matrices.
 652
 653     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 654       Yule model by maximum likelihood.
 655
 656     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 657       labels in a flexible way.
 658
 659     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 660       handle individual tree names.
 661
 662     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 663       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 664
 665     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 666
 667
 668 BUG FIXES
 669
 670     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 671
 672     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 673
 674     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 675
 676     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 677       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 678       lasting bug).
 679
 680
 681 OTHER CHANGES
 682
 683     o The data set xenarthra has been removed.
 684
 685
 686
 687                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 688
 689 BUG FIXES
 690
 691     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 692       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 693
 694     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 695
 696
 697 OTHER CHANGES
 698
 699     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 700
 701
 702
 703                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 704
 705
 706 NEW FEATURES
 707
 708     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 709       specifying a node number or label.
 710
 711     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 712       operations of the same names.
 713
 714     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 715       specifying model="N".
 716
 717
 718 BUG FIXES
 719
 720     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 721
 722     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 723       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 724       comments inserted within the trees).
 725
 726     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 727       the number of lineages with non-binary trees.
 728
 729
 730 OTHER CHANGES
 731
 732     o ape has now a namespace.
 733
 734     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 735       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 736
 737
 738
 739                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 740
 741
 742 NEW FEATURES
 743
 744     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 745       'pairwise.deletion'.
 746
 747     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 748       more flexible.
 749
 750
 751 BUG FIXES
 752
 753     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 754      'check.labels = TRUE'.
 755
 756    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 757      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 758      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 759
 760    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 761      breaks in the Newick string.
 762
 763    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 764      gaps.
 765
 766
 767 OTHER CHANGES
 768
 769     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 770       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 771
 772     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 773       which is returned unchanged (instead of an error).
 774
 775     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 776       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 777       read.tree().
 778
 779
 780
 781                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 782
 783
 784 NEW FEATURES
 785
 786     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 787       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 788       truncate and/or make them unique, substituting some
 789       characters, and so on.
 790
 791     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 792       set of DNA sequences.
 793
 794     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 795
 796
 797 BUG FIXES
 798
 799     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 800       already the specified root.
 801
 802     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 803
 804     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 805       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 806
 807     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 808       trees.
 809
 810     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 811       translation of tip labels.
 812
 813     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 814       a single tree with no edge lengths.
 815
 816     o A bug was fixed in sh.test().
 817
 818
 819 OTHER CHANGES
 820
 821     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 822       Minin.
 823
 824     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 825       TRUE by default.
 826
 827     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 828       the Phylip formats.
 829
 830
 831
 832                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 833
 834
 835 NEW FEATURES
 836
 837     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 838       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 839       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 840       (without plotting).
 841
 842     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 843       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 844
 845     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 846       help page for details.
 847
 848     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 849       bootstraped trees (the default is FALSE).
 850
 851     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 852       situations.
 853
 854
 855 BUG FIXES
 856
 857     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 858       first sequence.
 859
 860     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 861       circular tree (type = "r" or "f").
 862
 863     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 864       trees.
 865
 866     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 867       (thanks to Yan Wong for the fix).
 868
 869     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 870
 871     o seg.sites() failed with a list.
 872
 873     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 874       as well and is faster.
 875
 876
 877
 878                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 879
 880
 881 BUG FIXES
 882
 883     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 884
 885     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 886       states by generalized least squares in ace().
 887
 888     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 889
 890     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 891       "cladewise".
 892
 893
 894
 895                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 896
 897
 898 NEW FEATURES
 899
 900     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 901       and [[.
 902
 903     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 904       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 905
 906     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 907       than in plot.default().
 908
 909
 910 BUG FIXES
 911
 912     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 913       list of trees.
 914
 915     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 916       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 917       worked already for thermometers).
 918
 919     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 920
 921
 922 OTHER CHANGES
 923
 924     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 925       as well as a character string.
 926
 927     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 928       'tree.names = NULL'.
 929
 930     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 931       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 932       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 933       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 934       correctly when extracting trees.
 935
 936
 937
 938                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 939
 940
 941 NEW FEATURES
 942
 943     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 944
 945     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 946       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 947
 948
 949 BUG FIXES
 950
 951     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 952       pairwise.deletion = FALSE.
 953
 954
 955 OTHER CHANGES
 956
 957     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
 958       have been improved so that they are stabler and faster.
 959
 960     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
 961       are loaded only when needed.
 962
 963
 964
 965                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
 966
 967
 968 NEW FEATURES
 969
 970     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
 971       tree using the mouse.
 972
 973     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
 974       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
 975
 976     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
 977       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
 978       an object of class "DNAbin".
 979
 980     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 981       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 982
 983     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 984       as its main argument.
 985
 986     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 987       improved, and gain several options (see the help page for
 988       details). A legend is now plotted by default.
 989
 990
 991 BUG FIXES
 992
 993     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 994       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 995       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 996       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 997
 998     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 999       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
1000       single line).
1001
1002     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
1003       edges (see OTHER CHANGES).
1004
1005
1006 OTHER CHANGES
1007
1008     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
1009       should be much stabler. The options have been also greatly
1010       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
1011
1012     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
1013
1014     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
1015       been cleaned-up.
1016
1017     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
1018       improved.
1019
1020     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
1021       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
1022       correction applied in previous version did not work in all
1023       situations.
1024
1025     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
1026       "multiPhylo".
1027
1028
1029 DOCUMENTATION
1030
1031     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
1032
1033
1034 DEPRECATED & DEFUNCT
1035
1036     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
1037       lengths.
1038
1039     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
1040
1041
1042
1043                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
1044
1045
1046 NEW FEATURES
1047
1048     o The new function matexpo computes the exponential of a square
1049       matrix.
1050
1051     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
1052       a list.
1053
1054     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
1055       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
1056
1057
1058 BUG FIXES
1059
1060     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
1061       looked for.
1062
1063     o In diversi.time(), the values returned for model C were
1064       incorrect.
1065
1066     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
1067       likelihood in the presence of ties in the branching times.
1068
1069     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
1070       calculations of the transition probabilities for models HKY and
1071       GTR in mlphylo().
1072
1073     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
1074       Bullard).
1075
1076     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
1077       limited number of labelled topologies could be generated.
1078
1079
1080
1081                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
1082
1083
1084 NEW FEATURES
1085
1086     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1087       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1088       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1089       previous programs done by Vincent Lefort.
1090
1091     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1092       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1093       Evol. 24: 58).
1094
1095     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1096       two clades connected to the same node. It works also with
1097       multichotomous nodes.
1098
1099     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1100       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1101       keeping the names and the class.
1102
1103
1104 BUG FIXES
1105
1106     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1107       an error message is now returned.
1108
1109     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1110       to remove.
1111
1112
1113
1114                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1115
1116
1117 NEW FEATURES
1118
1119     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1120       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1121
1122     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1123       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1124       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1125       should be much faster.
1126
1127
1128 BUG FIXES
1129
1130     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1131       from ape 1.10: this is fixed in this version
1132
1133     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1134       object is now returned unchanged.
1135
1136
1137
1138                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1139
1140
1141 NEW FEATURES
1142
1143     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1144       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1145
1146
1147 BUG FIXES
1148
1149     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1150       object when reading multiple trees.
1151
1152     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1153       "phylo").
1154
1155     o unroot() did not work correctly in most cases.
1156
1157     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1158
1159     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1160
1161     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1162       correctly positioned if the option `cex' was used.
1163
1164
1165
1166                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1167
1168
1169 NEW FEATURES
1170
1171     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1172       DNA sequences in binary format (see below).
1173
1174     o Three new functions have been introduced to convert between the
1175       new binary and the character formats.
1176
1177     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1178       single characters into the class "alignment" used by the package
1179       seqinr.
1180
1181     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1182       controlling whether the sequences are returned in binary format
1183       or as character.
1184
1185
1186 BUG FIXES
1187
1188     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1189
1190     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1191       the default setting: this is fixed.
1192
1193     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1194       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1195
1196
1197 OTHER CHANGES
1198
1199     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1200       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1201       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1202       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1203       ca. 60 times faster).
1204
1205
1206
1207                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1208
1209
1210 BUG FIXES
1211
1212     o A bug was fixed in edgelabels().
1213
1214     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1215       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1216       now its tip labels set to "1", "2", ...
1217
1218     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1219       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1220
1221     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1222       initial tree were greater than one: an error message is now
1223       issued.
1224
1225     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1226       invariants: this is fixed.
1227
1228
1229
1230                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1231
1232
1233 NEW FEATURES
1234
1235     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1236       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1237
1238
1239 BUG FIXES
1240
1241     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1242       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1243
1244     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1245
1246     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1247       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1248       prop.clades, and boot.phylo.
1249
1250     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1251       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1252
1253
1254
1255                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1256
1257
1258 NEW FEATURES
1259
1260     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1261       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1262
1263     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1264       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1265       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1266
1267
1268 BUG FIXES
1269
1270     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1271
1272     o Some bugs were fixed in chronopl().
1273
1274     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1275       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1276
1277     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1278       fixed.
1279
1280
1281 OTHER CHANGES
1282
1283     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1284       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1285       format are still returned in a list.
1286
1287     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1288       it could not be used from the generic.
1289
1290
1291 DEPRECATED & DEFUNCT
1292
1293     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1294       since ape 1.9.
1295
1296
1297
1298                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1299
1300
1301 BUG FIXES
1302
1303     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1304       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1305
1306     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1307       unrooted tree in most cases.
1308
1309     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1310       particularly of the BX-series.
1311
1312     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1313       fixed
1314
1315
1316
1317                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1318
1319
1320 NEW FEATURES
1321
1322     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1323       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1324       displayed in a compact and informative way.
1325
1326     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1327       for converting between the old and new coding of the class
1328       "phylo".
1329
1330     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1331       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1332
1333     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1334       available to compute branch lengths.
1335
1336     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1337
1338
1339 BUG FIXES
1340
1341     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1342       multichotomous trees: this is fixed.
1343
1344     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1345       returned unchanged.
1346
1347     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1348       models: this is fixed.
1349
1350     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1351       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1352       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1353       accepts trees with no branch lengths.
1354
1355     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1356       user distribution was specified. This has been corrected, and
1357       the help page of this function has been expanded.
1358
1359
1360 OTHER CHANGES
1361
1362     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1363       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1364       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1365       functions has been improved.
1366
1367     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1368       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1369
1370     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1371
1372     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1373       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1374
1375     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1376       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1377       labels.
1378
1379     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1380
1381     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1382       been removed.
1383
1384     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1385
1386     o The use of node.depth() has been simplified.
1387
1388
1389
1390                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1391
1392
1393 NEW FEATURES
1394
1395     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1396       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1397       sequences in NEXUS files.
1398
1399     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1400       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1401       reorder(tr).
1402
1403     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1404       edge.
1405
1406     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1407       in NEXUS format.
1408
1409
1410 BUG FIXES
1411
1412     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1413       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1414
1415     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1416       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1417       Newick format (parentheses, etc.)
1418
1419     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1420       now fixed.
1421
1422
1423
1424                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1425
1426
1427 NEW FEATURES
1428
1429     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1430       Hasegawa test.
1431
1432     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1433       single descendant from a tree.
1434
1435     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1436       colours of the tips.
1437
1438     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1439       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1440
1441
1442 BUG FIXES
1443
1444     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1445       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1446
1447     o ace() returned a list with no class so that the generic
1448       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1449       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1450
1451     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1452       of freedom: this is fixed.
1453
1454     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1455       a data frame: this is fixed.
1456
1457     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1458       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1459
1460
1461 OTHER CHANGES
1462
1463     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1464       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1465       respectively.
1466
1467
1468
1469                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1470
1471
1472 NEW FEATURES
1473
1474     o There are four new `method' functions to be used with the
1475       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1476
1477     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1478       change the title, and `col' to control the colour of the
1479       segments showing the AIC values.
1480
1481     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1482       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1483       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1484       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1485
1486     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1487       represent proportions, with any number of categories, as
1488       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1489       there is now no limitation on the number of categories.
1490
1491
1492 BUG FIXES
1493
1494     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1495       fixed.
1496
1497     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1498       in the tree: this is fixed.
1499
1500     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1501       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1502
1503     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1504       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1505
1506     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1507       is fixed and a message error is now returned.
1508
1509     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1510       the calculation of P-values.
1511
1512     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1513       and in the variables were different: this is fixed.
1514
1515
1516
1517                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1518
1519
1520 NEW FEATURES
1521
1522     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1523       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1524       is used to define the substitution model which may include
1525       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1526       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1527       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1528       functionality is limited to estimating the substitution and
1529       associated parameters and computing the likelihood.
1530
1531     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1532       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1533       warning message is printed if there is not enough degrees of
1534       freedom.
1535
1536
1537 BUG FIXES
1538
1539     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1540       though with no consequence.
1541
1542
1543
1544                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1545
1546
1547 NEW FEATURES
1548
1549     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1550       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1551       documented on the same help page.
1552
1553
1554 BUG FIXES
1555
1556     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1557       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1558       boot.phylo, or consensus.
1559
1560     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1561       more than one element: this is fixed.
1562
1563     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1564       has been corrected.
1565
1566     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1567       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1568       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1569
1570
1571 OTHER CHANGES
1572
1573     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1574       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1575       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1576
1577
1578
1579                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1580
1581
1582 NEW FEATURES
1583
1584     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1585       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1586
1587     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1588       list of trees.
1589
1590     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1591       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1592
1593     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1594       tree together with ancestral values, as returned by the above
1595       function.
1596
1597     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1598       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1599
1600     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1601
1602     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1603       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1604
1605     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1606
1607     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1608       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1609
1610     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1611       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1612       and summary (to extract the numbers) methods.
1613
1614     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1615       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1616
1617     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1618       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1619       respectively.
1620
1621     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1622
1623
1624 BUG FIXES
1625
1626     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1627       handled corretly, and node labels are now output normally.
1628
1629     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1630       in some cases.
1631
1632     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1633       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1634       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1635       warning message is now returned; this latter bug was also
1636       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1637
1638     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1639       is now returned.
1640
1641     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1642       was not always correctly dispatched.
1643
1644     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1645       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1646
1647
1648 OTHER CHANGES
1649
1650     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1651
1652     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1653
1654     o Various error and warning messages have been improved.
1655
1656
1657
1658                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1659 NEW FEATURES
1660
1661     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1662       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1663       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1664
1665     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1666       of directional evolution for continuous characters. The user
1667       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1668       changes.
1669
1670     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1671       "phylo") is rooted.
1672
1673     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1674       the possibility to specify the function that generates the
1675       inter-nodes distances.
1676
1677     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1678       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1679
1680     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1681       to three classes) on the nodes of a tree.
1682
1683     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1684       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1685       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1686       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1687       3) are now handled correctly.
1688
1689     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1690       for Penny and Henny's method (already available before and now
1691       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1692       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1693
1694     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1695       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1696       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1697       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1698
1699     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1700       DNA sequences by specifying model = "raw".
1701
1702     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1703       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1704       `full = FALSE'.
1705
1706
1707 BUG FIXES
1708
1709     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1710
1711     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1712       they are now considered as missing data.
1713
1714     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1715       fixed.
1716
1717     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1718       and the function has been improved and is now faster.
1719
1720     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1721       incorrect.
1722
1723     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1724       this is fixed.
1725
1726     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1727       rooted and unrooted trees.
1728
1729     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1730       fixed.
1731
1732     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1733
1734
1735
1736                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1737
1738
1739 NEW FEATURES
1740
1741     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1742       between two trees.
1743
1744     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1745       phylogeny estimation.
1746
1747     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1748       bipartitions from a series of trees.
1749
1750
1751 OTHER CHANGES
1752
1753     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1754       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1755       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1756
1757
1758 BUG FIXES
1759
1760     o Several bugs were fixed in read.dna().
1761
1762     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1763
1764     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1765       lengths: this is fixed.
1766
1767     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1768       tree: this is fixed.
1769
1770
1771
1772                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1773
1774
1775 NEW FEATURES
1776
1777     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1778       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1779       latter implements the representation of binary trees introduced by
1780       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1781       as.matching() has been introduced as well.
1782
1783     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1784       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1785
1786     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1787       from a sample a DNA sequences.
1788
1789     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1790       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1791       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1792       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1793       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1794       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1795       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1796       `GCcontent' has been removed.
1797
1798     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1799       whether to return the species names of the organisms in addition
1800       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1801       behaviour).
1802
1803     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1804
1805     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1806       new root edge if internal branches are trimmed.
1807
1808
1809 BUG FIXES
1810
1811     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1812       is fixed.
1813
1814     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1815       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1816       different representations (a report was printed previously).
1817
1818     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1819       this is fixed.
1820
1821
1822 OTHER CHANGES
1823
1824     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1825       which there is a print method.
1826
1827
1828
1829                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1830
1831
1832 NEW FEATURES
1833
1834     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1835       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1836       Evol., 4:406).
1837
1838     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1839       that belong to a group specified as a set of tips.
1840
1841     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1842       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1843       "phylo".
1844
1845     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1846       phylogeny plot.
1847
1848     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1849       in different cases and giving a number of tips.
1850
1851     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1852       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1853       line.
1854
1855     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1856       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1857       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1858       marked with the option `subtree' (see below).
1859
1860     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1861       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1862       deleted and where.
1863
1864     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1865       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1866       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1867
1868     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1869       edge lengths into account.
1870
1871     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1872       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1873       they are propagated to the vertical line that link them.
1874
1875
1876 BUG FIXES
1877
1878     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1879       crashing. This is fixed.
1880
1881     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1882       now properly recycled; their default values are now "black" and
1883       1, respectively.
1884
1885     o A bug has been fixed in write.nexus().
1886
1887
1888 OTHER CHANGES
1889
1890     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1891       replaced by a C code.
1892
1893
1894
1895                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1896
1897
1898 NEW FEATURES
1899
1900     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1901       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1902
1903     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1904       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1905       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1906       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1907       limit (as before).
1908
1909
1910
1911                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1912
1913
1914 NEW FEATURES
1915
1916     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1917       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1918       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1919       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1920       display graphically the AIC values of each model.
1921
1922     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1923       a model where the speciation rate is affected by several species
1924       traits through a generalized linear model. The parameters are
1925       estimated by maximum likelihood.
1926
1927     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1928       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1929       species given a phylogeny under different models of evolution.
1930       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1931       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1932       Initialize.corPhyl() function associated.
1933
1934     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1935       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1936
1937     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1938       a plot method.
1939
1940     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1941       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1942       correlograms.
1943
1944     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1945       of a subtree defined by a particular node.
1946
1947     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1948       given parent node.
1949
1950     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1951       a tree according to a specified method.
1952
1953     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1954       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1955       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1956       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1957       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1958
1959
1960 BUG FIXES
1961
1962     o Some functions which try to match tip labels and names of
1963       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1964       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1965       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1966       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1967       have been clarified on this point.
1968
1969
1970
1971                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1972
1973
1974 NEW FEATURES
1975
1976     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1977       to a specified outgroup.
1978
1979     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1980
1981     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1982       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1983       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1984       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1985       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1986       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1987       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1988
1989     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1990
1991
1992 BUG FIXES
1993
1994     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1995       lengths: this is fixed.
1996
1997     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1998       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1999
2000
2001
2002                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
2003
2004
2005 NEW FEATURES
2006
2007     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
2008       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
2009       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
2010
2011     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
2012       has been included.
2013
2014
2015 BUG FIXES
2016
2017     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
2018
2019
2020 OTHER CHANGES
2021
2022     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
2023       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
2024
2025
2026
2027                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
2028
2029
2030 NEW FEATURES
2031
2032     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
2033       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
2034       speciation and extinction rates.
2035
2036
2037 OTHER CHANGES
2038
2039     o The package gee is no more required by ape but only suggested
2040       since only the function compar.gee() calls gee.
2041
2042
2043
2044                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
2045
2046
2047 NEW FEATURES
2048
2049     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
2050       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
2051       demographic history from genealogies using a reversible jump
2052       MCMC have been introduced.
2053
2054     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
2055       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
2056
2057
2058
2059                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
2060
2061
2062 NEW FEATURES
2063
2064     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
2065       without branch lengths.
2066
2067     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
2068       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
2069       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
2070       arguments (see `?ltt.plot' for details).
2071
2072
2073 BUG FIXES
2074
2075     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
2076       this is fixed.
2077
2078     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
2079       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
2080
2081
2082 OTHER CHANGES
2083
2084     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
2085       algorithm: it is now about four times faster.
2086
2087     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2088       twice faster.
2089
2090
2091
2092                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2093
2094
2095 NEW FEATURES
2096
2097     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2098       sample of DNA sequences.
2099
2100
2101 BUG FIXES
2102
2103     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2104       1.2-1 was fixed.
2105
2106     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2107       help pages.
2108
2109
2110
2111                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2112
2113
2114 NEW FEATURES
2115
2116     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2117       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2118
2119
2120 BUG FIXES
2121
2122     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2123       comment blocks were not read correctly.
2124
2125     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2126       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2127       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2128       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2129       a warning message is now issued.
2130
2131
2132
2133                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2134
2135
2136 NEW FEATURES
2137
2138     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2139       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2140       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2141       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2142       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2143       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2144       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2145       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2146       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2147       see the respective help pages for details.
2148
2149     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2150       focusing on a small portion of it.
2151
2152     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2153       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2154
2155     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2156       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2157       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2158       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2159       (see below); the default behaviour is no more to display the
2160       sequences on the standard output. Several options have been
2161       introduced to control the sequence printing in a flexible
2162       way. The help page has been extended.
2163
2164     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2165
2166
2167 BUG FIXES
2168
2169     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2170       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2171
2172     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2173
2174     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2175       function did not work with `format = "interleaved"'.
2176
2177     o Various errors were corrected in the help pages.
2178
2179
2180 OTHER CHANGES
2181
2182     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2183       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2184       the corresponding generic function.
2185
2186     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2187       since gamma() is a generic function.
2188
2189
2190
2191                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2192
2193
2194 BUG FIXES
2195
2196     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2197       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2198       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2199       vector of length 4 is always returned).
2200
2201     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2202       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2203       command in the NEXUS file, and that the commands were
2204       case-sensitive.
2205
2206
2207
2208                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2209
2210
2211 NEW FEATURES
2212
2213     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2214       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2215
2216     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2217       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2218       sylvaticus).
2219
2220
2221 BUG FIXES
2222
2223     o A bug in read.nexus() was fixed.
2224
2225     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2226       The function has been completely re-written and its help page
2227       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2228       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2229       spaces (this behaviour was undocumented).
2230
2231     o A bug was fixed in write.dna().
2232
2233
2234
2235                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2236
2237
2238 BUG FIXES
2239
2240     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2241
2242     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2243       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2244
2245
2246
2247                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2248
2249
2250 NEW FEATURES
2251
2252     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2253       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2254       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2255       the function klastorin()).
2256
2257     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2258       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2259       as.phylo for details).
2260
2261     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2262       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2263       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2264       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2265       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2266
2267     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2268       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2269
2270     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2271       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2272       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2273       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2274       (this behaviour was undocumented).
2275
2276     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2277       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2278       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2279
2280     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2281       the estimated parameters using profile likelihood.
2282
2283     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2284       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2285       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2286
2287
2288 BUG FIXES
2289
2290     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2291
2292     o A bug in plot.mst() was fixed.
2293
2294     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2295       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2296
2297
2298
2299                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2300
2301
2302 NEW FEATURES
2303
2304     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2305       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2306
2307     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2308       in a NEXUS file.
2309
2310     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2311       possibly handling root edges to give internal branches.
2312
2313     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2314       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2315
2316     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2317
2318     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2319       branches with different colours and/or different widths, showing the
2320       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2321       the labels, and controling the space around the plot.
2322
2323     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2324       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2325       objects of class "phylo" is now optional.
2326
2327     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2328       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2329       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2330       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2331
2332     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2333       to read the tree in a variable of mode character.
2334
2335     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2336       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2337
2338
2339
2340                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2341
2342
2343 BUG FIXES
2344
2345     o Several bugs were fixed in the help pages.
2346
2347
2348
2349                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2350
2351
2352 NEW FEATURES
2353
2354     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2355       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2356
2357     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2358       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2359       extinction rates.
2360
2361     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2362       tree.
2363
2364     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2365
2366     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2367       as well as some methods are introduced.
2368
2369     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2370       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2371       population size through time are introduced and replace the function
2372       skyline.plot() in version 0.1.
2373
2374     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2375       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2376       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2377       Democratic Republic of Congo.
2378
2379
2380 DEPRECATED & DEFUNCT
2381
2382     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2383       replaced by more elaborate functions (see above).
2384
2385
2386 BUG FIXES
2387
2388     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2389       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2390       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2391       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2392
2393     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2394       AICs and LRTs.
2395
2396     o Various errors were corrected in the help pages.