NEWS

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-3
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o The new function compute.brtime computes and sets branching times.
   7
   8     o mantel.test() has a new argument 'alternative' which is
   9       "two-sided" by default. Previously, this test was one-tailed
  10       with no possibility to change.
  11
  12
  13 BUG FIXES
  14
  15     o Branch lengths were wrongly updated with bind.tree(, where = <tip>,
  16       position = 0). (Thanks to Liam Revell for digging this bug out.)
  17
  18     o Simulation of OU process with rTraitCont() did not work correctly.
  19       This now uses formula from Gillespie (1996) reduced to a BM
  20       process when alpha = 0 to avoid division by zero. The option
  21       'linear' has been removed.
  22
  23     o Cross-validation in chronopl() did not work when 'age.max' was
  24       used.
  25
  26     o consensus(, p = 0.5) could return an incorrect tree if some
  27       incompatible splits occur in 50% of the trees (especially with
  28       small number of trees).
  29
  30
  31
  32                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-2
  33
  34
  35 NEW FEATURES
  36
  37     o There is a new class "evonet" to code evolutionary networks, with
  38       a constructor function evonet(), a print() and a plot() methods,
  39       and four conversion methods to the classes "phylo", "networx",
  40       "network", and "igraph".
  41
  42     o The new function rTraitMult does multivariate traits simulation
  43       with user-defined models.
  44
  45     o plot.phylo() has a new option 'plot = TRUE'. If FALSE, the tree
  46       is not plotted but the graphical device is set and the
  47       coordinates are saved as usual.
  48
  49     o diversity.contrast.test() gains a fourth version of the test with
  50       method = "logratio"; the literature citations have been clarified.
  51
  52     o add.scale.bar() has two new options, 'lwd' and 'lcol', to modify
  53       the aspect of the bar.
  54
  55     o boot.phylo() now displays a progress bar by default (can be off
  56       if 'quiet = TRUE').
  57
  58     o There is a new predict() method for compar.gee().
  59
  60
  61 BUG FIXES
  62
  63     o bionj() made R crash if distances were too large. It now returns
  64       an error if at least one distance is greater than 100.
  65
  66     o drop.tip() returned a wrong tree if 'tip' was of zero length.
  67
  68     o read.nexus.data() failed with URLs.
  69
  70     o boot.phylo() returned overestimated support values in the
  71       presence of identical or nearly identical sequences.
  72
  73
  74 OTHER CHANGES
  75
  76     o The data bird.families, bird.orders, cynipids, and woodmouse are
  77       now provided as .rda files.
  78
  79
  80
  81                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-1
  82
  83
  84 NEW FEATURES
  85
  86     o The new function trex does tree exploration with multiple
  87       graphical devices.
  88
  89     o The new function kronoviz plots several rooted (dated) trees on
  90       the scale scale.
  91
  92     o identify.phylo() has a new option 'quiet' (FALSE by default).
  93
  94
  95 BUG FIXES
  96
  97     o A bug was introduced in read.nexus() in ape 2.7.
  98
  99     o image.DNAbin() did not colour correctly the bases if there were
 100       some '-' and no 'N'.
 101
 102     o .compressTipLabel() failed with a list with a single tree.
 103
 104     o identify.phylo() returned a wrong answer when the x- and y-scales
 105       are very different.
 106
 107     o write.nexus() failed with lists of trees with compressed labels.
 108
 109
 110 OTHER CHANGES
 111
 112     o identify.phylo() now returns NULL if the user right-(instead of
 113       left-)clicks (an error was returned previously).
 114
 115     o read.nexus() should be robust to commands inserted in the TREES
 116       block.
 117
 118
 119
 120                 CHANGES IN APE VERSION 2.7
 121
 122
 123 NEW FEATURES
 124
 125     o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
 126       alignments in a flexible and efficient way.
 127
 128     o Two new functions as.network.phylo and as.igraph.phylo convert
 129       trees of class "phylo" into these respective network classes
 130       defined in the packages of the same names.
 131
 132     o The three new functions clustal, muscle, and tcoffee perform
 133       nucleotide sequence alignment by calling the external programs
 134       of the same names.
 135
 136     o Four new functions, diversity.contrast.test, mcconwaysims.test,
 137       richness.yule.test, and slowinskiguyer.test, implement various
 138       tests of diversification shifts using sister-clade comparisons.
 139
 140     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
 141       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
 142
 143     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a
 144       list of trees with names.
 145
 146
 147 BUG FIXES
 148
 149     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
 150
 151     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
 152       present.
 153
 154     o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
 155
 156     o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
 157       was not the root.
 158
 159
 160 OTHER CHANGES
 161
 162     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
 163
 164     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
 165
 166     o The matching representation has now only two columns as the third
 167       column was redundant.
 168
 169
 170
 171                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
 172
 173
 174 NEW FEATURES
 175
 176     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
 177       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
 178
 179
 180 BUG FIXES
 181
 182     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
 183
 184     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 185       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
 186
 187     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
 188       length.
 189
 190     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
 191       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
 192
 193     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
 194       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
 195       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
 196
 197
 198 OTHER CHANGES
 199
 200     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
 201
 202     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
 203       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
 204       man page of as.matching().
 205
 206
 207
 208                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
 209
 210
 211 NEW FEATURES
 212
 213     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
 214       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
 215       second function requires Phylip to be installed on the computer.
 216
 217     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
 218       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
 219
 220
 221 BUG FIXES
 222
 223     o write.tree() failed to output correctly tree names.
 224
 225     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
 226       multichotomous trees.
 227
 228     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
 229       turned off.
 230
 231     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
 232
 233     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
 234
 235     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
 236       = FALSE.
 237
 238     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 239       cutree() or rect.hclust().
 240
 241     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 242       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 243
 244     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 245       Jeremy Beaulieu.
 246
 247
 248
 249                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 250
 251
 252 NEW FEATURES
 253
 254     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 255       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 256       and shallowest divergence tree.
 257
 258
 259 BUG FIXES
 260
 261     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 262
 263     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 264
 265     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 266       Filipe Vieira for the fix).
 267
 268
 269
 270                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 271
 272
 273 NEW FEATURES
 274
 275     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 276       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 277       use continuous time algorithms.
 278
 279     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 280       phylogeny.
 281
 282     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 283       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 284       extinction into account.
 285
 286     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 287       discrete characters.
 288
 289     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 290       frequencies from a pair of sequences.
 291
 292     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 293
 294     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 295       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 296
 297     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 298       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 299       and height = NULL.
 300
 301     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 302       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 303       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 304       results has also been improved.
 305
 306     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 307       the gene (FALSE by default).
 308
 309
 310 BUG FIXES
 311
 312     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 313
 314     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 315       Schliep for the fix)
 316
 317     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 318       documentation has been clarified on the formulae used.
 319
 320
 321 OTHER CHANGES
 322
 323     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 324       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 325
 326     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 327       available) as names.
 328
 329     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 330       to contributions by Klaus Schliep.
 331
 332
 333
 334                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 335
 336
 337 NEW FEATURES
 338
 339     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 340       text to be plotted in different fonts.
 341
 342     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 343       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 344       check that the tip labels are the same in all trees.
 345
 346     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 347       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 348
 349     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 350       now documented.
 351
 352
 353 BUG FIXES
 354
 355     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 356       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 357
 358     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 359       simulating a Brownian motion model.
 360
 361
 362
 363                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 364
 365
 366 NEW FEATURES
 367
 368     o There is now a print method for results from ace().
 369
 370     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 371
 372     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 373       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 374
 375
 376 BUG FIXES
 377
 378     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 379
 380     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 381
 382     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 383       failed).
 384
 385
 386 DEPRECATED & DEFUNCT
 387
 388     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 389
 390     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 391
 392
 393 OTHER CHANGES
 394
 395     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 396
 397     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 398       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 399
 400     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 401       removed.
 402
 403
 404
 405                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 406
 407
 408 NEW FEATURES
 409
 410     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 411
 412     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 413       details).
 414
 415     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 416       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 417
 418     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 419       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 420
 421
 422 BUG FIXES
 423
 424     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 425       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 426
 427     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 428       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 429       The same bug occurred with the 'pie' option.
 430
 431     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 432
 433     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 434       more efficient.
 435
 436     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 437       vertical lines representing the nodes.
 438
 439     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 440       in the correct direction though the tip labels were displayed
 441       correctly.
 442
 443
 444 OTHER CHANGES
 445
 446     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 447       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 448       for the two other functions).
 449
 450
 451
 452                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 453
 454
 455 NEW FEATURES
 456
 457     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 458       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 459       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 460       The latter has a biplot method.
 461
 462     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 463       regression through the origin with testing by permutation.
 464
 465     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 466       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 467
 468     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 469       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 470
 471     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 472       and/or tips on a plotted tree.
 473
 474     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 475       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 476
 477     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 478
 479     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 480
 481     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 482       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 483       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 484       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 485
 486
 487 BUG FIXES
 488
 489     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 490       default options with unrooted or radial trees.
 491
 492     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 493       to Otto Cordero for the fix).
 494
 495
 496 OTHER CHANGES
 497
 498     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 499       in dist.topo().
 500
 501
 502
 503                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 504
 505
 506 NEW FEATURES
 507
 508     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 509       argument.
 510
 511     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 512       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 513       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 514       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 515
 516
 517 BUG FIXES
 518
 519     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 520
 521     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 522       lengths and there is a TRANSLATE block.
 523
 524     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 525       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 526       clarification on this behaviour.
 527
 528     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 529       compressed tip labels.
 530
 531     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 532
 533     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 534       when the tree has branch lengths.
 535
 536     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 537       negative (which resulted in an error).
 538
 539     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 540       returned.
 541
 542
 543
 544                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 545
 546
 547 NEW FEATURES
 548
 549     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 550       default is still to return the proportions.
 551
 552
 553 BUG FIXES
 554
 555     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 556       are now ignored.
 557
 558     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 559       the tree: the argument is now ignored.
 560
 561     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 562       Young for the fix).
 563
 564
 565 OTHER CHANGES
 566
 567     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 568       warning (it returned an error previously).
 569
 570     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 571       been modified (as well as their widths and types) following some
 572       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 573
 574     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 575       using 'pie' or 'thermo'.
 576
 577     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 578       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 579       done now).
 580
 581     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 582       help("ape-defunct") with the quotes.
 583
 584
 585 DEPRECATED & DEFUNCT
 586
 587     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 588       theta.s have been moved from ape to pegas.
 589
 590     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 591
 592
 593
 594                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 595
 596
 597 BUG FIXES
 598
 599     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 600
 601     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 602
 603     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 604       attribute.
 605
 606     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 607
 608     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 609       Phelan for the fix).
 610
 611     o seg.sites() failed when passing a vector.
 612
 613     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 614
 615     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 616
 617
 618
 619                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 620
 621
 622 BUG FIXES
 623
 624     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 625
 626     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 627       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 628
 629     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 630       outgroup correctly.
 631
 632     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 633
 634     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 635       "pruningwise" order.
 636
 637     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 638       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 639       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 640
 641
 642
 643                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 644
 645
 646 NEW FEATURES
 647
 648     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 649
 650     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 651
 652     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 653       corrected with respect to this change.
 654
 655     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 656       to be treated as (un)rooted.
 657
 658
 659 BUG FIXES
 660
 661     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 662       pairwise.deletion = FALSE.
 663
 664     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 665
 666     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 667
 668     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 669
 670     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 671
 672     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 673       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 674       times faster.
 675
 676     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 677
 678     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 679
 680
 681 OTHER CHANGES
 682
 683     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 684
 685     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 686       by inherits(phy, "phylo").
 687
 688     o rcoal() is now faster.
 689
 690
 691 DEPRECATED & DEFUNCT
 692
 693     o klastorin() has been removed.
 694
 695
 696
 697                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 698
 699
 700 NEW FEATURES
 701
 702     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 703       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 704       matrices.
 705
 706     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 707       Yule model by maximum likelihood.
 708
 709     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 710       labels in a flexible way.
 711
 712     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 713       handle individual tree names.
 714
 715     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 716       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 717
 718     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 719
 720
 721 BUG FIXES
 722
 723     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 724
 725     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 726
 727     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 728
 729     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 730       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 731       lasting bug).
 732
 733
 734 OTHER CHANGES
 735
 736     o The data set xenarthra has been removed.
 737
 738
 739
 740                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 741
 742 BUG FIXES
 743
 744     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 745       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 746
 747     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 748
 749
 750 OTHER CHANGES
 751
 752     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 753
 754
 755
 756                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 757
 758
 759 NEW FEATURES
 760
 761     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 762       specifying a node number or label.
 763
 764     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 765       operations of the same names.
 766
 767     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 768       specifying model="N".
 769
 770
 771 BUG FIXES
 772
 773     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 774
 775     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 776       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 777       comments inserted within the trees).
 778
 779     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 780       the number of lineages with non-binary trees.
 781
 782
 783 OTHER CHANGES
 784
 785     o ape has now a namespace.
 786
 787     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 788       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 789
 790
 791
 792                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 793
 794
 795 NEW FEATURES
 796
 797     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 798       'pairwise.deletion'.
 799
 800     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 801       more flexible.
 802
 803
 804 BUG FIXES
 805
 806     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 807      'check.labels = TRUE'.
 808
 809    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 810      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 811      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 812
 813    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 814      breaks in the Newick string.
 815
 816    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 817      gaps.
 818
 819
 820 OTHER CHANGES
 821
 822     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 823       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 824
 825     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 826       which is returned unchanged (instead of an error).
 827
 828     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 829       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 830       read.tree().
 831
 832
 833
 834                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 835
 836
 837 NEW FEATURES
 838
 839     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 840       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 841       truncate and/or make them unique, substituting some
 842       characters, and so on.
 843
 844     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 845       set of DNA sequences.
 846
 847     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 848
 849
 850 BUG FIXES
 851
 852     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 853       already the specified root.
 854
 855     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 856
 857     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 858       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 859
 860     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 861       trees.
 862
 863     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 864       translation of tip labels.
 865
 866     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 867       a single tree with no edge lengths.
 868
 869     o A bug was fixed in sh.test().
 870
 871
 872 OTHER CHANGES
 873
 874     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 875       Minin.
 876
 877     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 878       TRUE by default.
 879
 880     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 881       the Phylip formats.
 882
 883
 884
 885                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 886
 887
 888 NEW FEATURES
 889
 890     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 891       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 892       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 893       (without plotting).
 894
 895     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 896       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 897
 898     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 899       help page for details.
 900
 901     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 902       bootstraped trees (the default is FALSE).
 903
 904     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 905       situations.
 906
 907
 908 BUG FIXES
 909
 910     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 911       first sequence.
 912
 913     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 914       circular tree (type = "r" or "f").
 915
 916     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 917       trees.
 918
 919     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 920       (thanks to Yan Wong for the fix).
 921
 922     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 923
 924     o seg.sites() failed with a list.
 925
 926     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 927       as well and is faster.
 928
 929
 930
 931                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 932
 933
 934 BUG FIXES
 935
 936     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 937
 938     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 939       states by generalized least squares in ace().
 940
 941     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 942
 943     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 944       "cladewise".
 945
 946
 947
 948                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 949
 950
 951 NEW FEATURES
 952
 953     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 954       and [[.
 955
 956     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 957       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 958
 959     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 960       than in plot.default().
 961
 962
 963 BUG FIXES
 964
 965     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 966       list of trees.
 967
 968     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 969       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 970       worked already for thermometers).
 971
 972     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 973
 974
 975 OTHER CHANGES
 976
 977     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 978       as well as a character string.
 979
 980     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 981       'tree.names = NULL'.
 982
 983     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 984       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 985       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 986       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 987       correctly when extracting trees.
 988
 989
 990
 991                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 992
 993
 994 NEW FEATURES
 995
 996     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 997
 998     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 999       (thanks to Vladimir Minin for the code).
1000
1001
1002 BUG FIXES
1003
1004     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
1005       pairwise.deletion = FALSE.
1006
1007
1008 OTHER CHANGES
1009
1010     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
1011       have been improved so that they are stabler and faster.
1012
1013     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
1014       are loaded only when needed.
1015
1016
1017
1018                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
1019
1020
1021 NEW FEATURES
1022
1023     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
1024       tree using the mouse.
1025
1026     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
1027       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
1028
1029     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
1030       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
1031       an object of class "DNAbin".
1032
1033     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
1034       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
1035
1036     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
1037       as its main argument.
1038
1039     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
1040       improved, and gain several options (see the help page for
1041       details). A legend is now plotted by default.
1042
1043
1044 BUG FIXES
1045
1046     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
1047       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
1048       distances involving sequences with missing values. (Thanks
1049       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
1050
1051     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
1052       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
1053       single line).
1054
1055     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
1056       edges (see OTHER CHANGES).
1057
1058
1059 OTHER CHANGES
1060
1061     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
1062       should be much stabler. The options have been also greatly
1063       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
1064
1065     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
1066
1067     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
1068       been cleaned-up.
1069
1070     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
1071       improved.
1072
1073     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
1074       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
1075       correction applied in previous version did not work in all
1076       situations.
1077
1078     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
1079       "multiPhylo".
1080
1081
1082 DOCUMENTATION
1083
1084     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
1085
1086
1087 DEPRECATED & DEFUNCT
1088
1089     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
1090       lengths.
1091
1092     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
1093
1094
1095
1096                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
1097
1098
1099 NEW FEATURES
1100
1101     o The new function matexpo computes the exponential of a square
1102       matrix.
1103
1104     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
1105       a list.
1106
1107     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
1108       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
1109
1110
1111 BUG FIXES
1112
1113     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
1114       looked for.
1115
1116     o In diversi.time(), the values returned for model C were
1117       incorrect.
1118
1119     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
1120       likelihood in the presence of ties in the branching times.
1121
1122     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
1123       calculations of the transition probabilities for models HKY and
1124       GTR in mlphylo().
1125
1126     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
1127       Bullard).
1128
1129     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
1130       limited number of labelled topologies could be generated.
1131
1132
1133
1134                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
1135
1136
1137 NEW FEATURES
1138
1139     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1140       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1141       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1142       previous programs done by Vincent Lefort.
1143
1144     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1145       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1146       Evol. 24: 58).
1147
1148     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1149       two clades connected to the same node. It works also with
1150       multichotomous nodes.
1151
1152     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1153       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1154       keeping the names and the class.
1155
1156
1157 BUG FIXES
1158
1159     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1160       an error message is now returned.
1161
1162     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1163       to remove.
1164
1165
1166
1167                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1168
1169
1170 NEW FEATURES
1171
1172     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1173       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1174
1175     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1176       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1177       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1178       should be much faster.
1179
1180
1181 BUG FIXES
1182
1183     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1184       from ape 1.10: this is fixed in this version
1185
1186     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1187       object is now returned unchanged.
1188
1189
1190
1191                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1192
1193
1194 NEW FEATURES
1195
1196     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1197       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1198
1199
1200 BUG FIXES
1201
1202     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1203       object when reading multiple trees.
1204
1205     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1206       "phylo").
1207
1208     o unroot() did not work correctly in most cases.
1209
1210     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1211
1212     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1213
1214     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1215       correctly positioned if the option `cex' was used.
1216
1217
1218
1219                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1220
1221
1222 NEW FEATURES
1223
1224     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1225       DNA sequences in binary format (see below).
1226
1227     o Three new functions have been introduced to convert between the
1228       new binary and the character formats.
1229
1230     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1231       single characters into the class "alignment" used by the package
1232       seqinr.
1233
1234     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1235       controlling whether the sequences are returned in binary format
1236       or as character.
1237
1238
1239 BUG FIXES
1240
1241     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1242
1243     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1244       the default setting: this is fixed.
1245
1246     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1247       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1248
1249
1250 OTHER CHANGES
1251
1252     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1253       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1254       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1255       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1256       ca. 60 times faster).
1257
1258
1259
1260                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1261
1262
1263 BUG FIXES
1264
1265     o A bug was fixed in edgelabels().
1266
1267     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1268       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1269       now its tip labels set to "1", "2", ...
1270
1271     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1272       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1273
1274     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1275       initial tree were greater than one: an error message is now
1276       issued.
1277
1278     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1279       invariants: this is fixed.
1280
1281
1282
1283                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1284
1285
1286 NEW FEATURES
1287
1288     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1289       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1290
1291
1292 BUG FIXES
1293
1294     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1295       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1296
1297     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1298
1299     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1300       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1301       prop.clades, and boot.phylo.
1302
1303     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1304       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1305
1306
1307
1308                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1309
1310
1311 NEW FEATURES
1312
1313     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1314       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1315
1316     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1317       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1318       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1319
1320
1321 BUG FIXES
1322
1323     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1324
1325     o Some bugs were fixed in chronopl().
1326
1327     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1328       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1329
1330     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1331       fixed.
1332
1333
1334 OTHER CHANGES
1335
1336     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1337       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1338       format are still returned in a list.
1339
1340     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1341       it could not be used from the generic.
1342
1343
1344 DEPRECATED & DEFUNCT
1345
1346     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1347       since ape 1.9.
1348
1349
1350
1351                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1352
1353
1354 BUG FIXES
1355
1356     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1357       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1358
1359     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1360       unrooted tree in most cases.
1361
1362     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1363       particularly of the BX-series.
1364
1365     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1366       fixed
1367
1368
1369
1370                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1371
1372
1373 NEW FEATURES
1374
1375     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1376       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1377       displayed in a compact and informative way.
1378
1379     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1380       for converting between the old and new coding of the class
1381       "phylo".
1382
1383     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1384       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1385
1386     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1387       available to compute branch lengths.
1388
1389     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1390
1391
1392 BUG FIXES
1393
1394     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1395       multichotomous trees: this is fixed.
1396
1397     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1398       returned unchanged.
1399
1400     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1401       models: this is fixed.
1402
1403     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1404       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1405       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1406       accepts trees with no branch lengths.
1407
1408     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1409       user distribution was specified. This has been corrected, and
1410       the help page of this function has been expanded.
1411
1412
1413 OTHER CHANGES
1414
1415     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1416       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1417       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1418       functions has been improved.
1419
1420     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1421       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1422
1423     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1424
1425     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1426       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1427
1428     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1429       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1430       labels.
1431
1432     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1433
1434     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1435       been removed.
1436
1437     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1438
1439     o The use of node.depth() has been simplified.
1440
1441
1442
1443                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1444
1445
1446 NEW FEATURES
1447
1448     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1449       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1450       sequences in NEXUS files.
1451
1452     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1453       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1454       reorder(tr).
1455
1456     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1457       edge.
1458
1459     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1460       in NEXUS format.
1461
1462
1463 BUG FIXES
1464
1465     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1466       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1467
1468     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1469       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1470       Newick format (parentheses, etc.)
1471
1472     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1473       now fixed.
1474
1475
1476
1477                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1478
1479
1480 NEW FEATURES
1481
1482     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1483       Hasegawa test.
1484
1485     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1486       single descendant from a tree.
1487
1488     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1489       colours of the tips.
1490
1491     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1492       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1493
1494
1495 BUG FIXES
1496
1497     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1498       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1499
1500     o ace() returned a list with no class so that the generic
1501       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1502       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1503
1504     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1505       of freedom: this is fixed.
1506
1507     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1508       a data frame: this is fixed.
1509
1510     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1511       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1512
1513
1514 OTHER CHANGES
1515
1516     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1517       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1518       respectively.
1519
1520
1521
1522                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1523
1524
1525 NEW FEATURES
1526
1527     o There are four new `method' functions to be used with the
1528       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1529
1530     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1531       change the title, and `col' to control the colour of the
1532       segments showing the AIC values.
1533
1534     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1535       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1536       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1537       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1538
1539     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1540       represent proportions, with any number of categories, as
1541       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1542       there is now no limitation on the number of categories.
1543
1544
1545 BUG FIXES
1546
1547     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1548       fixed.
1549
1550     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1551       in the tree: this is fixed.
1552
1553     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1554       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1555
1556     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1557       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1558
1559     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1560       is fixed and a message error is now returned.
1561
1562     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1563       the calculation of P-values.
1564
1565     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1566       and in the variables were different: this is fixed.
1567
1568
1569
1570                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1571
1572
1573 NEW FEATURES
1574
1575     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1576       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1577       is used to define the substitution model which may include
1578       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1579       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1580       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1581       functionality is limited to estimating the substitution and
1582       associated parameters and computing the likelihood.
1583
1584     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1585       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1586       warning message is printed if there is not enough degrees of
1587       freedom.
1588
1589
1590 BUG FIXES
1591
1592     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1593       though with no consequence.
1594
1595
1596
1597                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1598
1599
1600 NEW FEATURES
1601
1602     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1603       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1604       documented on the same help page.
1605
1606
1607 BUG FIXES
1608
1609     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1610       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1611       boot.phylo, or consensus.
1612
1613     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1614       more than one element: this is fixed.
1615
1616     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1617       has been corrected.
1618
1619     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1620       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1621       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1622
1623
1624 OTHER CHANGES
1625
1626     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1627       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1628       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1629
1630
1631
1632                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1633
1634
1635 NEW FEATURES
1636
1637     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1638       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1639
1640     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1641       list of trees.
1642
1643     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1644       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1645
1646     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1647       tree together with ancestral values, as returned by the above
1648       function.
1649
1650     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1651       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1652
1653     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1654
1655     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1656       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1657
1658     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1659
1660     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1661       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1662
1663     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1664       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1665       and summary (to extract the numbers) methods.
1666
1667     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1668       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1669
1670     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1671       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1672       respectively.
1673
1674     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1675
1676
1677 BUG FIXES
1678
1679     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1680       handled corretly, and node labels are now output normally.
1681
1682     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1683       in some cases.
1684
1685     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1686       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1687       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1688       warning message is now returned; this latter bug was also
1689       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1690
1691     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1692       is now returned.
1693
1694     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1695       was not always correctly dispatched.
1696
1697     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1698       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1699
1700
1701 OTHER CHANGES
1702
1703     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1704
1705     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1706
1707     o Various error and warning messages have been improved.
1708
1709
1710
1711                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1712 NEW FEATURES
1713
1714     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1715       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1716       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1717
1718     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1719       of directional evolution for continuous characters. The user
1720       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1721       changes.
1722
1723     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1724       "phylo") is rooted.
1725
1726     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1727       the possibility to specify the function that generates the
1728       inter-nodes distances.
1729
1730     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1731       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1732
1733     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1734       to three classes) on the nodes of a tree.
1735
1736     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1737       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1738       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1739       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1740       3) are now handled correctly.
1741
1742     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1743       for Penny and Henny's method (already available before and now
1744       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1745       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1746
1747     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1748       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1749       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1750       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1751
1752     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1753       DNA sequences by specifying model = "raw".
1754
1755     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1756       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1757       `full = FALSE'.
1758
1759
1760 BUG FIXES
1761
1762     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1763
1764     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1765       they are now considered as missing data.
1766
1767     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1768       fixed.
1769
1770     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1771       and the function has been improved and is now faster.
1772
1773     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1774       incorrect.
1775
1776     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1777       this is fixed.
1778
1779     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1780       rooted and unrooted trees.
1781
1782     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1783       fixed.
1784
1785     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1786
1787
1788
1789                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1790
1791
1792 NEW FEATURES
1793
1794     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1795       between two trees.
1796
1797     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1798       phylogeny estimation.
1799
1800     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1801       bipartitions from a series of trees.
1802
1803
1804 OTHER CHANGES
1805
1806     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1807       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1808       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1809
1810
1811 BUG FIXES
1812
1813     o Several bugs were fixed in read.dna().
1814
1815     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1816
1817     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1818       lengths: this is fixed.
1819
1820     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1821       tree: this is fixed.
1822
1823
1824
1825                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1826
1827
1828 NEW FEATURES
1829
1830     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1831       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1832       latter implements the representation of binary trees introduced by
1833       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1834       as.matching() has been introduced as well.
1835
1836     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1837       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1838
1839     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1840       from a sample a DNA sequences.
1841
1842     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1843       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1844       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1845       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1846       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1847       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1848       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1849       `GCcontent' has been removed.
1850
1851     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1852       whether to return the species names of the organisms in addition
1853       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1854       behaviour).
1855
1856     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1857
1858     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1859       new root edge if internal branches are trimmed.
1860
1861
1862 BUG FIXES
1863
1864     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1865       is fixed.
1866
1867     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1868       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1869       different representations (a report was printed previously).
1870
1871     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1872       this is fixed.
1873
1874
1875 OTHER CHANGES
1876
1877     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1878       which there is a print method.
1879
1880
1881
1882                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1883
1884
1885 NEW FEATURES
1886
1887     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1888       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1889       Evol., 4:406).
1890
1891     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1892       that belong to a group specified as a set of tips.
1893
1894     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1895       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1896       "phylo".
1897
1898     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1899       phylogeny plot.
1900
1901     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1902       in different cases and giving a number of tips.
1903
1904     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1905       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1906       line.
1907
1908     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1909       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1910       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1911       marked with the option `subtree' (see below).
1912
1913     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1914       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1915       deleted and where.
1916
1917     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1918       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1919       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1920
1921     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1922       edge lengths into account.
1923
1924     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1925       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1926       they are propagated to the vertical line that link them.
1927
1928
1929 BUG FIXES
1930
1931     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1932       crashing. This is fixed.
1933
1934     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1935       now properly recycled; their default values are now "black" and
1936       1, respectively.
1937
1938     o A bug has been fixed in write.nexus().
1939
1940
1941 OTHER CHANGES
1942
1943     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1944       replaced by a C code.
1945
1946
1947
1948                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1949
1950
1951 NEW FEATURES
1952
1953     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1954       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1955
1956     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1957       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1958       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1959       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1960       limit (as before).
1961
1962
1963
1964                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1965
1966
1967 NEW FEATURES
1968
1969     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1970       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1971       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1972       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1973       display graphically the AIC values of each model.
1974
1975     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1976       a model where the speciation rate is affected by several species
1977       traits through a generalized linear model. The parameters are
1978       estimated by maximum likelihood.
1979
1980     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1981       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1982       species given a phylogeny under different models of evolution.
1983       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1984       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1985       Initialize.corPhyl() function associated.
1986
1987     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1988       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1989
1990     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1991       a plot method.
1992
1993     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1994       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1995       correlograms.
1996
1997     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1998       of a subtree defined by a particular node.
1999
2000     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
2001       given parent node.
2002
2003     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
2004       a tree according to a specified method.
2005
2006     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
2007       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
2008       the global graphical parameter), "direction" which allows to
2009       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
2010       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
2011
2012
2013 BUG FIXES
2014
2015     o Some functions which try to match tip labels and names of
2016       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
2017       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
2018       match, they are ignored and a warning message is now issued.
2019       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
2020       have been clarified on this point.
2021
2022
2023
2024                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
2025
2026
2027 NEW FEATURES
2028
2029     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
2030       to a specified outgroup.
2031
2032     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
2033
2034     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
2035       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
2036       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
2037       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
2038       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
2039       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
2040       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
2041
2042     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
2043
2044
2045 BUG FIXES
2046
2047     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
2048       lengths: this is fixed.
2049
2050     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
2051       plotted with some line crossings: this is now fixed.
2052
2053
2054
2055                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
2056
2057
2058 NEW FEATURES
2059
2060     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
2061       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
2062       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
2063
2064     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
2065       has been included.
2066
2067
2068 BUG FIXES
2069
2070     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
2071
2072
2073 OTHER CHANGES
2074
2075     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
2076       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
2077
2078
2079
2080                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
2081
2082
2083 NEW FEATURES
2084
2085     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
2086       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
2087       speciation and extinction rates.
2088
2089
2090 OTHER CHANGES
2091
2092     o The package gee is no more required by ape but only suggested
2093       since only the function compar.gee() calls gee.
2094
2095
2096
2097                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
2098
2099
2100 NEW FEATURES
2101
2102     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
2103       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
2104       demographic history from genealogies using a reversible jump
2105       MCMC have been introduced.
2106
2107     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
2108       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
2109
2110
2111
2112                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
2113
2114
2115 NEW FEATURES
2116
2117     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
2118       without branch lengths.
2119
2120     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
2121       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
2122       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
2123       arguments (see `?ltt.plot' for details).
2124
2125
2126 BUG FIXES
2127
2128     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
2129       this is fixed.
2130
2131     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
2132       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
2133
2134
2135 OTHER CHANGES
2136
2137     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
2138       algorithm: it is now about four times faster.
2139
2140     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2141       twice faster.
2142
2143
2144
2145                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2146
2147
2148 NEW FEATURES
2149
2150     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2151       sample of DNA sequences.
2152
2153
2154 BUG FIXES
2155
2156     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2157       1.2-1 was fixed.
2158
2159     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2160       help pages.
2161
2162
2163
2164                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2165
2166
2167 NEW FEATURES
2168
2169     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2170       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2171
2172
2173 BUG FIXES
2174
2175     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2176       comment blocks were not read correctly.
2177
2178     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2179       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2180       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2181       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2182       a warning message is now issued.
2183
2184
2185
2186                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2187
2188
2189 NEW FEATURES
2190
2191     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2192       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2193       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2194       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2195       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2196       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2197       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2198       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2199       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2200       see the respective help pages for details.
2201
2202     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2203       focusing on a small portion of it.
2204
2205     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2206       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2207
2208     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2209       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2210       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2211       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2212       (see below); the default behaviour is no more to display the
2213       sequences on the standard output. Several options have been
2214       introduced to control the sequence printing in a flexible
2215       way. The help page has been extended.
2216
2217     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2218
2219
2220 BUG FIXES
2221
2222     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2223       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2224
2225     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2226
2227     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2228       function did not work with `format = "interleaved"'.
2229
2230     o Various errors were corrected in the help pages.
2231
2232
2233 OTHER CHANGES
2234
2235     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2236       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2237       the corresponding generic function.
2238
2239     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2240       since gamma() is a generic function.
2241
2242
2243
2244                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2245
2246
2247 BUG FIXES
2248
2249     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2250       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2251       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2252       vector of length 4 is always returned).
2253
2254     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2255       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2256       command in the NEXUS file, and that the commands were
2257       case-sensitive.
2258
2259
2260
2261                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2262
2263
2264 NEW FEATURES
2265
2266     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2267       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2268
2269     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2270       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2271       sylvaticus).
2272
2273
2274 BUG FIXES
2275
2276     o A bug in read.nexus() was fixed.
2277
2278     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2279       The function has been completely re-written and its help page
2280       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2281       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2282       spaces (this behaviour was undocumented).
2283
2284     o A bug was fixed in write.dna().
2285
2286
2287
2288                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2289
2290
2291 BUG FIXES
2292
2293     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2294
2295     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2296       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2297
2298
2299
2300                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2301
2302
2303 NEW FEATURES
2304
2305     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2306       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2307       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2308       the function klastorin()).
2309
2310     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2311       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2312       as.phylo for details).
2313
2314     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2315       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2316       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2317       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2318       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2319
2320     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2321       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2322
2323     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2324       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2325       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2326       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2327       (this behaviour was undocumented).
2328
2329     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2330       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2331       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2332
2333     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2334       the estimated parameters using profile likelihood.
2335
2336     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2337       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2338       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2339
2340
2341 BUG FIXES
2342
2343     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2344
2345     o A bug in plot.mst() was fixed.
2346
2347     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2348       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2349
2350
2351
2352                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2353
2354
2355 NEW FEATURES
2356
2357     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2358       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2359
2360     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2361       in a NEXUS file.
2362
2363     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2364       possibly handling root edges to give internal branches.
2365
2366     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2367       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2368
2369     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2370
2371     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2372       branches with different colours and/or different widths, showing the
2373       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2374       the labels, and controling the space around the plot.
2375
2376     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2377       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2378       objects of class "phylo" is now optional.
2379
2380     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2381       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2382       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2383       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2384
2385     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2386       to read the tree in a variable of mode character.
2387
2388     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2389       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2390
2391
2392
2393                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2394
2395
2396 BUG FIXES
2397
2398     o Several bugs were fixed in the help pages.
2399
2400
2401
2402                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2403
2404
2405 NEW FEATURES
2406
2407     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2408       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2409
2410     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2411       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2412       extinction rates.
2413
2414     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2415       tree.
2416
2417     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2418
2419     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2420       as well as some methods are introduced.
2421
2422     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2423       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2424       population size through time are introduced and replace the function
2425       skyline.plot() in version 0.1.
2426
2427     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2428       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2429       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2430       Democratic Republic of Congo.
2431
2432
2433 DEPRECATED & DEFUNCT
2434
2435     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2436       replaced by more elaborate functions (see above).
2437
2438
2439 BUG FIXES
2440
2441     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2442       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2443       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2444       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2445
2446     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2447       AICs and LRTs.
2448
2449     o Various errors were corrected in the help pages.