NEWS

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.8-1
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o plot.phylo() has a new option 'rotate.tree' to rotate unrooted,
   7       fan or radial trees around the center of the plot.
   8
   9
  10 BUG FIXES
  11
  12     o mantel.test() could return P-values > 1 with the default
  13       two-tailed test.
  14
  15     o extract.clade() sometimes shuffled some tip labels (thanks to
  16       Ludovic Mallet and Mahendra Mariadassou for the fix).
  17
  18
  19 OTHER CHANGES
  20
  21     o The code of yule() has been simplified and is now much faster for
  22       big trees.
  23
  24     o The code of mantel.test() has been adjusted to be consistent
  25       with common permutation tests.
  26
  27
  28
  29                 CHANGES IN APE VERSION 2.8
  30
  31
  32 NEW FEATURES
  33
  34     o Twelve new functions have been written by Andrei-Alin Popescu:
  35       additive, ultrametric, is.compatible, arecompatible, mvr, mvrs,
  36       njs, bionjs, SDM, treePop, triangMtd, triangMtd*.
  37
  38     o A new class "bitsplits" has been created by Andrei-Alin Popescu
  39       to code splits (aka, bipartition).
  40
  41     o There is a new generic function as.bitsplits with a method to
  42       convert from the class "prop.part" to the class "bitsplits".
  43
  44     o The new function ltt.coplot plots on the same scales a tree and
  45       the derived LTT plot.
  46
  47     o ltt.plot() has two new options: backward and tol. It can now
  48       handle non-ultrametic trees and its internal coding has been
  49       improved. The coordinates of the plot can now be computed with
  50       the new function ltt.plot.coords.
  51
  52
  53 BUG FIXES
  54
  55     o prop.part() crashed if some trees had some multichotomies.
  56
  57
  58
  59                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-3
  60
  61
  62 NEW FEATURES
  63
  64     o The new function compute.brtime computes and sets branching times.
  65
  66     o mantel.test() has a new argument 'alternative' which is
  67       "two-sided" by default. Previously, this test was one-tailed
  68       with no possibility to change.
  69
  70     o ace() can now do REML estimation with continuous characters,
  71       giving better estimates of the variance of the Brownian motion
  72       process.
  73
  74
  75 BUG FIXES
  76
  77     o Branch lengths were wrongly updated with bind.tree(, where = <tip>,
  78       position = 0). (Thanks to Liam Revell for digging this bug out.)
  79
  80     o Simulation of OU process with rTraitCont() did not work correctly.
  81       This now uses formula from Gillespie (1996) reduced to a BM
  82       process when alpha = 0 to avoid division by zero. The option
  83       'linear' has been removed.
  84
  85     o Cross-validation in chronopl() did not work when 'age.max' was
  86       used.
  87
  88     o consensus(, p = 0.5) could return an incorrect tree if some
  89       incompatible splits occur in 50% of the trees (especially with
  90       small number of trees).
  91
  92     o c() with "multiPhylo" did not work correctly (thanks to Klaus
  93       Schliep for the fix).
  94
  95     o root() failed in some cases with an outgroup made of several tips.
  96       The help page has been clarified a bit.
  97
  98
  99
 100                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-2
 101
 102
 103 NEW FEATURES
 104
 105     o There is a new class "evonet" to code evolutionary networks, with
 106       a constructor function evonet(), a print() and a plot() methods,
 107       and four conversion methods to the classes "phylo", "networx",
 108       "network", and "igraph".
 109
 110     o The new function rTraitMult does multivariate traits simulation
 111       with user-defined models.
 112
 113     o plot.phylo() has a new option 'plot = TRUE'. If FALSE, the tree
 114       is not plotted but the graphical device is set and the
 115       coordinates are saved as usual.
 116
 117     o diversity.contrast.test() gains a fourth version of the test with
 118       method = "logratio"; the literature citations have been clarified.
 119
 120     o add.scale.bar() has two new options, 'lwd' and 'lcol', to modify
 121       the aspect of the bar.
 122
 123     o boot.phylo() now displays a progress bar by default (can be off
 124       if 'quiet = TRUE').
 125
 126     o There is a new predict() method for compar.gee().
 127
 128
 129 BUG FIXES
 130
 131     o bionj() made R crash if distances were too large. It now returns
 132       an error if at least one distance is greater than 100.
 133
 134     o drop.tip() returned a wrong tree if 'tip' was of zero length.
 135
 136     o read.nexus.data() failed with URLs.
 137
 138     o boot.phylo() returned overestimated support values in the
 139       presence of identical or nearly identical sequences.
 140
 141
 142 OTHER CHANGES
 143
 144     o The data bird.families, bird.orders, cynipids, and woodmouse are
 145       now provided as .rda files.
 146
 147
 148
 149                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-1
 150
 151
 152 NEW FEATURES
 153
 154     o The new function trex does tree exploration with multiple
 155       graphical devices.
 156
 157     o The new function kronoviz plots several rooted (dated) trees on
 158       the scale scale.
 159
 160     o identify.phylo() has a new option 'quiet' (FALSE by default).
 161
 162
 163 BUG FIXES
 164
 165     o A bug was introduced in read.nexus() in ape 2.7.
 166
 167     o image.DNAbin() did not colour correctly the bases if there were
 168       some '-' and no 'N'.
 169
 170     o .compressTipLabel() failed with a list with a single tree.
 171
 172     o identify.phylo() returned a wrong answer when the x- and y-scales
 173       are very different.
 174
 175     o write.nexus() failed with lists of trees with compressed labels.
 176
 177
 178 OTHER CHANGES
 179
 180     o identify.phylo() now returns NULL if the user right-(instead of
 181       left-)clicks (an error was returned previously).
 182
 183     o read.nexus() should be robust to commands inserted in the TREES
 184       block.
 185
 186
 187
 188                 CHANGES IN APE VERSION 2.7
 189
 190
 191 NEW FEATURES
 192
 193     o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
 194       alignments in a flexible and efficient way.
 195
 196     o Two new functions as.network.phylo and as.igraph.phylo convert
 197       trees of class "phylo" into these respective network classes
 198       defined in the packages of the same names.
 199
 200     o The three new functions clustal, muscle, and tcoffee perform
 201       nucleotide sequence alignment by calling the external programs
 202       of the same names.
 203
 204     o Four new functions, diversity.contrast.test, mcconwaysims.test,
 205       richness.yule.test, and slowinskiguyer.test, implement various
 206       tests of diversification shifts using sister-clade comparisons.
 207
 208     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
 209       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
 210
 211     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a
 212       list of trees with names.
 213
 214
 215 BUG FIXES
 216
 217     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
 218
 219     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
 220       present.
 221
 222     o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
 223
 224     o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
 225       was not the root.
 226
 227
 228 OTHER CHANGES
 229
 230     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
 231
 232     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
 233
 234     o The matching representation has now only two columns as the third
 235       column was redundant.
 236
 237
 238
 239                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
 240
 241
 242 NEW FEATURES
 243
 244     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
 245       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
 246
 247
 248 BUG FIXES
 249
 250     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
 251
 252     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 253       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
 254
 255     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
 256       length.
 257
 258     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
 259       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
 260
 261     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
 262       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
 263       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
 264
 265
 266 OTHER CHANGES
 267
 268     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
 269
 270     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
 271       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
 272       man page of as.matching().
 273
 274
 275
 276                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
 277
 278
 279 NEW FEATURES
 280
 281     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
 282       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
 283       second function requires Phylip to be installed on the computer.
 284
 285     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
 286       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
 287
 288
 289 BUG FIXES
 290
 291     o write.tree() failed to output correctly tree names.
 292
 293     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
 294       multichotomous trees.
 295
 296     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
 297       turned off.
 298
 299     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
 300
 301     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
 302
 303     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
 304       = FALSE.
 305
 306     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 307       cutree() or rect.hclust().
 308
 309     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 310       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 311
 312     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 313       Jeremy Beaulieu.
 314
 315
 316
 317                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 318
 319
 320 NEW FEATURES
 321
 322     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 323       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 324       and shallowest divergence tree.
 325
 326
 327 BUG FIXES
 328
 329     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 330
 331     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 332
 333     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 334       Filipe Vieira for the fix).
 335
 336
 337
 338                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 339
 340
 341 NEW FEATURES
 342
 343     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 344       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 345       use continuous time algorithms.
 346
 347     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 348       phylogeny.
 349
 350     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 351       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 352       extinction into account.
 353
 354     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 355       discrete characters.
 356
 357     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 358       frequencies from a pair of sequences.
 359
 360     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 361
 362     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 363       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 364
 365     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 366       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 367       and height = NULL.
 368
 369     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 370       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 371       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 372       results has also been improved.
 373
 374     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 375       the gene (FALSE by default).
 376
 377
 378 BUG FIXES
 379
 380     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 381
 382     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 383       Schliep for the fix)
 384
 385     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 386       documentation has been clarified on the formulae used.
 387
 388
 389 OTHER CHANGES
 390
 391     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 392       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 393
 394     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 395       available) as names.
 396
 397     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 398       to contributions by Klaus Schliep.
 399
 400
 401
 402                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 403
 404
 405 NEW FEATURES
 406
 407     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 408       text to be plotted in different fonts.
 409
 410     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 411       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 412       check that the tip labels are the same in all trees.
 413
 414     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 415       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 416
 417     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 418       now documented.
 419
 420
 421 BUG FIXES
 422
 423     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 424       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 425
 426     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 427       simulating a Brownian motion model.
 428
 429
 430
 431                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 432
 433
 434 NEW FEATURES
 435
 436     o There is now a print method for results from ace().
 437
 438     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 439
 440     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 441       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 442
 443
 444 BUG FIXES
 445
 446     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 447
 448     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 449
 450     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 451       failed).
 452
 453
 454 DEPRECATED & DEFUNCT
 455
 456     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 457
 458     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 459
 460
 461 OTHER CHANGES
 462
 463     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 464
 465     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 466       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 467
 468     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 469       removed.
 470
 471
 472
 473                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 474
 475
 476 NEW FEATURES
 477
 478     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 479
 480     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 481       details).
 482
 483     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 484       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 485
 486     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 487       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 488
 489
 490 BUG FIXES
 491
 492     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 493       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 494
 495     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 496       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 497       The same bug occurred with the 'pie' option.
 498
 499     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 500
 501     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 502       more efficient.
 503
 504     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 505       vertical lines representing the nodes.
 506
 507     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 508       in the correct direction though the tip labels were displayed
 509       correctly.
 510
 511
 512 OTHER CHANGES
 513
 514     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 515       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 516       for the two other functions).
 517
 518
 519
 520                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 521
 522
 523 NEW FEATURES
 524
 525     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 526       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 527       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 528       The latter has a biplot method.
 529
 530     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 531       regression through the origin with testing by permutation.
 532
 533     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 534       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 535
 536     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 537       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 538
 539     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 540       and/or tips on a plotted tree.
 541
 542     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 543       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 544
 545     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 546
 547     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 548
 549     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 550       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 551       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 552       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 553
 554
 555 BUG FIXES
 556
 557     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 558       default options with unrooted or radial trees.
 559
 560     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 561       to Otto Cordero for the fix).
 562
 563
 564 OTHER CHANGES
 565
 566     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 567       in dist.topo().
 568
 569
 570
 571                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 572
 573
 574 NEW FEATURES
 575
 576     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 577       argument.
 578
 579     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 580       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 581       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 582       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 583
 584
 585 BUG FIXES
 586
 587     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 588
 589     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 590       lengths and there is a TRANSLATE block.
 591
 592     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 593       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 594       clarification on this behaviour.
 595
 596     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 597       compressed tip labels.
 598
 599     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 600
 601     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 602       when the tree has branch lengths.
 603
 604     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 605       negative (which resulted in an error).
 606
 607     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 608       returned.
 609
 610
 611
 612                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 613
 614
 615 NEW FEATURES
 616
 617     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 618       default is still to return the proportions.
 619
 620
 621 BUG FIXES
 622
 623     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 624       are now ignored.
 625
 626     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 627       the tree: the argument is now ignored.
 628
 629     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 630       Young for the fix).
 631
 632
 633 OTHER CHANGES
 634
 635     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 636       warning (it returned an error previously).
 637
 638     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 639       been modified (as well as their widths and types) following some
 640       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 641
 642     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 643       using 'pie' or 'thermo'.
 644
 645     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 646       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 647       done now).
 648
 649     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 650       help("ape-defunct") with the quotes.
 651
 652
 653 DEPRECATED & DEFUNCT
 654
 655     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 656       theta.s have been moved from ape to pegas.
 657
 658     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 659
 660
 661
 662                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 663
 664
 665 BUG FIXES
 666
 667     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 668
 669     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 670
 671     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 672       attribute.
 673
 674     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 675
 676     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 677       Phelan for the fix).
 678
 679     o seg.sites() failed when passing a vector.
 680
 681     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 682
 683     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 684
 685
 686
 687                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 688
 689
 690 BUG FIXES
 691
 692     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 693
 694     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 695       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 696
 697     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 698       outgroup correctly.
 699
 700     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 701
 702     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 703       "pruningwise" order.
 704
 705     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 706       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 707       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 708
 709
 710
 711                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 712
 713
 714 NEW FEATURES
 715
 716     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 717
 718     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 719
 720     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 721       corrected with respect to this change.
 722
 723     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 724       to be treated as (un)rooted.
 725
 726
 727 BUG FIXES
 728
 729     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 730       pairwise.deletion = FALSE.
 731
 732     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 733
 734     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 735
 736     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 737
 738     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 739
 740     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 741       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 742       times faster.
 743
 744     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 745
 746     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 747
 748
 749 OTHER CHANGES
 750
 751     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 752
 753     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 754       by inherits(phy, "phylo").
 755
 756     o rcoal() is now faster.
 757
 758
 759 DEPRECATED & DEFUNCT
 760
 761     o klastorin() has been removed.
 762
 763
 764
 765                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 766
 767
 768 NEW FEATURES
 769
 770     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 771       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 772       matrices.
 773
 774     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 775       Yule model by maximum likelihood.
 776
 777     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 778       labels in a flexible way.
 779
 780     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 781       handle individual tree names.
 782
 783     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 784       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 785
 786     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 787
 788
 789 BUG FIXES
 790
 791     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 792
 793     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 794
 795     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 796
 797     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 798       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 799       lasting bug).
 800
 801
 802 OTHER CHANGES
 803
 804     o The data set xenarthra has been removed.
 805
 806
 807
 808                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 809
 810 BUG FIXES
 811
 812     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 813       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 814
 815     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 816
 817
 818 OTHER CHANGES
 819
 820     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 821
 822
 823
 824                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 825
 826
 827 NEW FEATURES
 828
 829     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 830       specifying a node number or label.
 831
 832     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 833       operations of the same names.
 834
 835     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 836       specifying model="N".
 837
 838
 839 BUG FIXES
 840
 841     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 842
 843     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 844       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 845       comments inserted within the trees).
 846
 847     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 848       the number of lineages with non-binary trees.
 849
 850
 851 OTHER CHANGES
 852
 853     o ape has now a namespace.
 854
 855     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 856       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 857
 858
 859
 860                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 861
 862
 863 NEW FEATURES
 864
 865     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 866       'pairwise.deletion'.
 867
 868     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 869       more flexible.
 870
 871
 872 BUG FIXES
 873
 874     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 875      'check.labels = TRUE'.
 876
 877    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 878      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 879      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 880
 881    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 882      breaks in the Newick string.
 883
 884    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 885      gaps.
 886
 887
 888 OTHER CHANGES
 889
 890     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 891       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 892
 893     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 894       which is returned unchanged (instead of an error).
 895
 896     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 897       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 898       read.tree().
 899
 900
 901
 902                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 903
 904
 905 NEW FEATURES
 906
 907     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 908       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 909       truncate and/or make them unique, substituting some
 910       characters, and so on.
 911
 912     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 913       set of DNA sequences.
 914
 915     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 916
 917
 918 BUG FIXES
 919
 920     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 921       already the specified root.
 922
 923     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 924
 925     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 926       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 927
 928     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 929       trees.
 930
 931     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 932       translation of tip labels.
 933
 934     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 935       a single tree with no edge lengths.
 936
 937     o A bug was fixed in sh.test().
 938
 939
 940 OTHER CHANGES
 941
 942     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 943       Minin.
 944
 945     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 946       TRUE by default.
 947
 948     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 949       the Phylip formats.
 950
 951
 952
 953                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 954
 955
 956 NEW FEATURES
 957
 958     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 959       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 960       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 961       (without plotting).
 962
 963     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 964       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 965
 966     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 967       help page for details.
 968
 969     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 970       bootstraped trees (the default is FALSE).
 971
 972     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 973       situations.
 974
 975
 976 BUG FIXES
 977
 978     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 979       first sequence.
 980
 981     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 982       circular tree (type = "r" or "f").
 983
 984     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 985       trees.
 986
 987     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 988       (thanks to Yan Wong for the fix).
 989
 990     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 991
 992     o seg.sites() failed with a list.
 993
 994     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 995       as well and is faster.
 996
 997
 998
 999                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
1000
1001
1002 BUG FIXES
1003
1004     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
1005
1006     o An error was fixed in the computation of ancestral character
1007       states by generalized least squares in ace().
1008
1009     o di2multi() did not modify node labels correctly.
1010
1011     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
1012       "cladewise".
1013
1014
1015
1016                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
1017
1018
1019 NEW FEATURES
1020
1021     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
1022       and [[.
1023
1024     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
1025       (FALSE by default) as well as its code being improved.
1026
1027     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
1028       than in plot.default().
1029
1030
1031 BUG FIXES
1032
1033     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
1034       list of trees.
1035
1036     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
1037       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
1038       worked already for thermometers).
1039
1040     o read.nexus() generally failed to read very big files.
1041
1042
1043 OTHER CHANGES
1044
1045     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
1046       as well as a character string.
1047
1048     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
1049       'tree.names = NULL'.
1050
1051     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
1052       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
1053       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
1054       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
1055       correctly when extracting trees.
1056
1057
1058
1059                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
1060
1061
1062 NEW FEATURES
1063
1064     o The new function rmtree generates lists of random trees.
1065
1066     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
1067       (thanks to Vladimir Minin for the code).
1068
1069
1070 BUG FIXES
1071
1072     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
1073       pairwise.deletion = FALSE.
1074
1075
1076 OTHER CHANGES
1077
1078     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
1079       have been improved so that they are stabler and faster.
1080
1081     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
1082       are loaded only when needed.
1083
1084
1085
1086                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
1087
1088
1089 NEW FEATURES
1090
1091     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
1092       tree using the mouse.
1093
1094     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
1095       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
1096
1097     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
1098       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
1099       an object of class "DNAbin".
1100
1101     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
1102       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
1103
1104     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
1105       as its main argument.
1106
1107     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
1108       improved, and gain several options (see the help page for
1109       details). A legend is now plotted by default.
1110
1111
1112 BUG FIXES
1113
1114     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
1115       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
1116       distances involving sequences with missing values. (Thanks
1117       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
1118
1119     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
1120       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
1121       single line).
1122
1123     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
1124       edges (see OTHER CHANGES).
1125
1126
1127 OTHER CHANGES
1128
1129     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
1130       should be much stabler. The options have been also greatly
1131       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
1132
1133     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
1134
1135     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
1136       been cleaned-up.
1137
1138     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
1139       improved.
1140
1141     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
1142       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
1143       correction applied in previous version did not work in all
1144       situations.
1145
1146     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
1147       "multiPhylo".
1148
1149
1150 DOCUMENTATION
1151
1152     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
1153
1154
1155 DEPRECATED & DEFUNCT
1156
1157     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
1158       lengths.
1159
1160     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
1161
1162
1163
1164                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
1165
1166
1167 NEW FEATURES
1168
1169     o The new function matexpo computes the exponential of a square
1170       matrix.
1171
1172     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
1173       a list.
1174
1175     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
1176       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
1177
1178
1179 BUG FIXES
1180
1181     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
1182       looked for.
1183
1184     o In diversi.time(), the values returned for model C were
1185       incorrect.
1186
1187     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
1188       likelihood in the presence of ties in the branching times.
1189
1190     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
1191       calculations of the transition probabilities for models HKY and
1192       GTR in mlphylo().
1193
1194     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
1195       Bullard).
1196
1197     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
1198       limited number of labelled topologies could be generated.
1199
1200
1201
1202                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
1203
1204
1205 NEW FEATURES
1206
1207     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1208       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1209       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1210       previous programs done by Vincent Lefort.
1211
1212     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1213       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1214       Evol. 24: 58).
1215
1216     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1217       two clades connected to the same node. It works also with
1218       multichotomous nodes.
1219
1220     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1221       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1222       keeping the names and the class.
1223
1224
1225 BUG FIXES
1226
1227     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1228       an error message is now returned.
1229
1230     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1231       to remove.
1232
1233
1234
1235                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1236
1237
1238 NEW FEATURES
1239
1240     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1241       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1242
1243     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1244       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1245       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1246       should be much faster.
1247
1248
1249 BUG FIXES
1250
1251     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1252       from ape 1.10: this is fixed in this version
1253
1254     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1255       object is now returned unchanged.
1256
1257
1258
1259                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1260
1261
1262 NEW FEATURES
1263
1264     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1265       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1266
1267
1268 BUG FIXES
1269
1270     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1271       object when reading multiple trees.
1272
1273     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1274       "phylo").
1275
1276     o unroot() did not work correctly in most cases.
1277
1278     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1279
1280     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1281
1282     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1283       correctly positioned if the option `cex' was used.
1284
1285
1286
1287                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1288
1289
1290 NEW FEATURES
1291
1292     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1293       DNA sequences in binary format (see below).
1294
1295     o Three new functions have been introduced to convert between the
1296       new binary and the character formats.
1297
1298     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1299       single characters into the class "alignment" used by the package
1300       seqinr.
1301
1302     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1303       controlling whether the sequences are returned in binary format
1304       or as character.
1305
1306
1307 BUG FIXES
1308
1309     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1310
1311     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1312       the default setting: this is fixed.
1313
1314     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1315       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1316
1317
1318 OTHER CHANGES
1319
1320     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1321       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1322       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1323       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1324       ca. 60 times faster).
1325
1326
1327
1328                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1329
1330
1331 BUG FIXES
1332
1333     o A bug was fixed in edgelabels().
1334
1335     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1336       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1337       now its tip labels set to "1", "2", ...
1338
1339     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1340       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1341
1342     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1343       initial tree were greater than one: an error message is now
1344       issued.
1345
1346     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1347       invariants: this is fixed.
1348
1349
1350
1351                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1352
1353
1354 NEW FEATURES
1355
1356     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1357       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1358
1359
1360 BUG FIXES
1361
1362     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1363       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1364
1365     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1366
1367     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1368       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1369       prop.clades, and boot.phylo.
1370
1371     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1372       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1373
1374
1375
1376                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1377
1378
1379 NEW FEATURES
1380
1381     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1382       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1383
1384     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1385       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1386       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1387
1388
1389 BUG FIXES
1390
1391     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1392
1393     o Some bugs were fixed in chronopl().
1394
1395     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1396       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1397
1398     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1399       fixed.
1400
1401
1402 OTHER CHANGES
1403
1404     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1405       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1406       format are still returned in a list.
1407
1408     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1409       it could not be used from the generic.
1410
1411
1412 DEPRECATED & DEFUNCT
1413
1414     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1415       since ape 1.9.
1416
1417
1418
1419                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1420
1421
1422 BUG FIXES
1423
1424     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1425       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1426
1427     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1428       unrooted tree in most cases.
1429
1430     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1431       particularly of the BX-series.
1432
1433     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1434       fixed
1435
1436
1437
1438                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1439
1440
1441 NEW FEATURES
1442
1443     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1444       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1445       displayed in a compact and informative way.
1446
1447     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1448       for converting between the old and new coding of the class
1449       "phylo".
1450
1451     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1452       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1453
1454     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1455       available to compute branch lengths.
1456
1457     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1458
1459
1460 BUG FIXES
1461
1462     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1463       multichotomous trees: this is fixed.
1464
1465     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1466       returned unchanged.
1467
1468     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1469       models: this is fixed.
1470
1471     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1472       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1473       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1474       accepts trees with no branch lengths.
1475
1476     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1477       user distribution was specified. This has been corrected, and
1478       the help page of this function has been expanded.
1479
1480
1481 OTHER CHANGES
1482
1483     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1484       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1485       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1486       functions has been improved.
1487
1488     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1489       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1490
1491     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1492
1493     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1494       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1495
1496     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1497       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1498       labels.
1499
1500     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1501
1502     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1503       been removed.
1504
1505     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1506
1507     o The use of node.depth() has been simplified.
1508
1509
1510
1511                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1512
1513
1514 NEW FEATURES
1515
1516     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1517       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1518       sequences in NEXUS files.
1519
1520     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1521       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1522       reorder(tr).
1523
1524     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1525       edge.
1526
1527     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1528       in NEXUS format.
1529
1530
1531 BUG FIXES
1532
1533     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1534       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1535
1536     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1537       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1538       Newick format (parentheses, etc.)
1539
1540     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1541       now fixed.
1542
1543
1544
1545                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1546
1547
1548 NEW FEATURES
1549
1550     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1551       Hasegawa test.
1552
1553     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1554       single descendant from a tree.
1555
1556     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1557       colours of the tips.
1558
1559     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1560       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1561
1562
1563 BUG FIXES
1564
1565     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1566       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1567
1568     o ace() returned a list with no class so that the generic
1569       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1570       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1571
1572     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1573       of freedom: this is fixed.
1574
1575     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1576       a data frame: this is fixed.
1577
1578     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1579       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1580
1581
1582 OTHER CHANGES
1583
1584     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1585       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1586       respectively.
1587
1588
1589
1590                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1591
1592
1593 NEW FEATURES
1594
1595     o There are four new `method' functions to be used with the
1596       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1597
1598     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1599       change the title, and `col' to control the colour of the
1600       segments showing the AIC values.
1601
1602     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1603       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1604       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1605       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1606
1607     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1608       represent proportions, with any number of categories, as
1609       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1610       there is now no limitation on the number of categories.
1611
1612
1613 BUG FIXES
1614
1615     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1616       fixed.
1617
1618     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1619       in the tree: this is fixed.
1620
1621     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1622       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1623
1624     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1625       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1626
1627     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1628       is fixed and a message error is now returned.
1629
1630     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1631       the calculation of P-values.
1632
1633     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1634       and in the variables were different: this is fixed.
1635
1636
1637
1638                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1639
1640
1641 NEW FEATURES
1642
1643     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1644       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1645       is used to define the substitution model which may include
1646       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1647       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1648       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1649       functionality is limited to estimating the substitution and
1650       associated parameters and computing the likelihood.
1651
1652     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1653       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1654       warning message is printed if there is not enough degrees of
1655       freedom.
1656
1657
1658 BUG FIXES
1659
1660     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1661       though with no consequence.
1662
1663
1664
1665                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1666
1667
1668 NEW FEATURES
1669
1670     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1671       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1672       documented on the same help page.
1673
1674
1675 BUG FIXES
1676
1677     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1678       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1679       boot.phylo, or consensus.
1680
1681     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1682       more than one element: this is fixed.
1683
1684     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1685       has been corrected.
1686
1687     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1688       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1689       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1690
1691
1692 OTHER CHANGES
1693
1694     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1695       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1696       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1697
1698
1699
1700                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1701
1702
1703 NEW FEATURES
1704
1705     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1706       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1707
1708     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1709       list of trees.
1710
1711     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1712       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1713
1714     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1715       tree together with ancestral values, as returned by the above
1716       function.
1717
1718     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1719       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1720
1721     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1722
1723     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1724       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1725
1726     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1727
1728     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1729       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1730
1731     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1732       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1733       and summary (to extract the numbers) methods.
1734
1735     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1736       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1737
1738     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1739       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1740       respectively.
1741
1742     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1743
1744
1745 BUG FIXES
1746
1747     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1748       handled corretly, and node labels are now output normally.
1749
1750     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1751       in some cases.
1752
1753     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1754       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1755       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1756       warning message is now returned; this latter bug was also
1757       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1758
1759     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1760       is now returned.
1761
1762     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1763       was not always correctly dispatched.
1764
1765     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1766       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1767
1768
1769 OTHER CHANGES
1770
1771     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1772
1773     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1774
1775     o Various error and warning messages have been improved.
1776
1777
1778
1779                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1780 NEW FEATURES
1781
1782     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1783       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1784       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1785
1786     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1787       of directional evolution for continuous characters. The user
1788       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1789       changes.
1790
1791     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1792       "phylo") is rooted.
1793
1794     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1795       the possibility to specify the function that generates the
1796       inter-nodes distances.
1797
1798     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1799       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1800
1801     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1802       to three classes) on the nodes of a tree.
1803
1804     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1805       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1806       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1807       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1808       3) are now handled correctly.
1809
1810     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1811       for Penny and Henny's method (already available before and now
1812       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1813       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1814
1815     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1816       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1817       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1818       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1819
1820     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1821       DNA sequences by specifying model = "raw".
1822
1823     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1824       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1825       `full = FALSE'.
1826
1827
1828 BUG FIXES
1829
1830     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1831
1832     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1833       they are now considered as missing data.
1834
1835     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1836       fixed.
1837
1838     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1839       and the function has been improved and is now faster.
1840
1841     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1842       incorrect.
1843
1844     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1845       this is fixed.
1846
1847     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1848       rooted and unrooted trees.
1849
1850     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1851       fixed.
1852
1853     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1854
1855
1856
1857                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1858
1859
1860 NEW FEATURES
1861
1862     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1863       between two trees.
1864
1865     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1866       phylogeny estimation.
1867
1868     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1869       bipartitions from a series of trees.
1870
1871
1872 OTHER CHANGES
1873
1874     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1875       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1876       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1877
1878
1879 BUG FIXES
1880
1881     o Several bugs were fixed in read.dna().
1882
1883     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1884
1885     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1886       lengths: this is fixed.
1887
1888     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1889       tree: this is fixed.
1890
1891
1892
1893                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1894
1895
1896 NEW FEATURES
1897
1898     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1899       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1900       latter implements the representation of binary trees introduced by
1901       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1902       as.matching() has been introduced as well.
1903
1904     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1905       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1906
1907     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1908       from a sample a DNA sequences.
1909
1910     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1911       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1912       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1913       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1914       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1915       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1916       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1917       `GCcontent' has been removed.
1918
1919     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1920       whether to return the species names of the organisms in addition
1921       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1922       behaviour).
1923
1924     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1925
1926     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1927       new root edge if internal branches are trimmed.
1928
1929
1930 BUG FIXES
1931
1932     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1933       is fixed.
1934
1935     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1936       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1937       different representations (a report was printed previously).
1938
1939     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1940       this is fixed.
1941
1942
1943 OTHER CHANGES
1944
1945     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1946       which there is a print method.
1947
1948
1949
1950                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1951
1952
1953 NEW FEATURES
1954
1955     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1956       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1957       Evol., 4:406).
1958
1959     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1960       that belong to a group specified as a set of tips.
1961
1962     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1963       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1964       "phylo".
1965
1966     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1967       phylogeny plot.
1968
1969     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1970       in different cases and giving a number of tips.
1971
1972     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1973       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1974       line.
1975
1976     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1977       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1978       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1979       marked with the option `subtree' (see below).
1980
1981     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1982       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1983       deleted and where.
1984
1985     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1986       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1987       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1988
1989     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1990       edge lengths into account.
1991
1992     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1993       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1994       they are propagated to the vertical line that link them.
1995
1996
1997 BUG FIXES
1998
1999     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
2000       crashing. This is fixed.
2001
2002     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
2003       now properly recycled; their default values are now "black" and
2004       1, respectively.
2005
2006     o A bug has been fixed in write.nexus().
2007
2008
2009 OTHER CHANGES
2010
2011     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
2012       replaced by a C code.
2013
2014
2015
2016                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
2017
2018
2019 NEW FEATURES
2020
2021     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
2022       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
2023
2024     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
2025       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
2026       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
2027       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
2028       limit (as before).
2029
2030
2031
2032                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
2033
2034
2035 NEW FEATURES
2036
2037     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
2038       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
2039       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
2040       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
2041       display graphically the AIC values of each model.
2042
2043     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
2044       a model where the speciation rate is affected by several species
2045       traits through a generalized linear model. The parameters are
2046       estimated by maximum likelihood.
2047
2048     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
2049       corMartins(), compute the expected correlation structures among
2050       species given a phylogeny under different models of evolution.
2051       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
2052       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
2053       Initialize.corPhyl() function associated.
2054
2055     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
2056       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
2057
2058     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
2059       a plot method.
2060
2061     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
2062       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
2063       correlograms.
2064
2065     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
2066       of a subtree defined by a particular node.
2067
2068     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
2069       given parent node.
2070
2071     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
2072       a tree according to a specified method.
2073
2074     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
2075       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
2076       the global graphical parameter), "direction" which allows to
2077       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
2078       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
2079
2080
2081 BUG FIXES
2082
2083     o Some functions which try to match tip labels and names of
2084       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
2085       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
2086       match, they are ignored and a warning message is now issued.
2087       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
2088       have been clarified on this point.
2089
2090
2091
2092                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
2093
2094
2095 NEW FEATURES
2096
2097     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
2098       to a specified outgroup.
2099
2100     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
2101
2102     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
2103       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
2104       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
2105       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
2106       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
2107       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
2108       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
2109
2110     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
2111
2112
2113 BUG FIXES
2114
2115     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
2116       lengths: this is fixed.
2117
2118     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
2119       plotted with some line crossings: this is now fixed.
2120
2121
2122
2123                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
2124
2125
2126 NEW FEATURES
2127
2128     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
2129       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
2130       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
2131
2132     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
2133       has been included.
2134
2135
2136 BUG FIXES
2137
2138     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
2139
2140
2141 OTHER CHANGES
2142
2143     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
2144       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
2145
2146
2147
2148                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
2149
2150
2151 NEW FEATURES
2152
2153     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
2154       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
2155       speciation and extinction rates.
2156
2157
2158 OTHER CHANGES
2159
2160     o The package gee is no more required by ape but only suggested
2161       since only the function compar.gee() calls gee.
2162
2163
2164
2165                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
2166
2167
2168 NEW FEATURES
2169
2170     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
2171       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
2172       demographic history from genealogies using a reversible jump
2173       MCMC have been introduced.
2174
2175     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
2176       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
2177
2178
2179
2180                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
2181
2182
2183 NEW FEATURES
2184
2185     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
2186       without branch lengths.
2187
2188     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
2189       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
2190       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
2191       arguments (see `?ltt.plot' for details).
2192
2193
2194 BUG FIXES
2195
2196     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
2197       this is fixed.
2198
2199     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
2200       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
2201
2202
2203 OTHER CHANGES
2204
2205     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
2206       algorithm: it is now about four times faster.
2207
2208     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2209       twice faster.
2210
2211
2212
2213                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2214
2215
2216 NEW FEATURES
2217
2218     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2219       sample of DNA sequences.
2220
2221
2222 BUG FIXES
2223
2224     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2225       1.2-1 was fixed.
2226
2227     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2228       help pages.
2229
2230
2231
2232                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2233
2234
2235 NEW FEATURES
2236
2237     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2238       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2239
2240
2241 BUG FIXES
2242
2243     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2244       comment blocks were not read correctly.
2245
2246     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2247       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2248       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2249       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2250       a warning message is now issued.
2251
2252
2253
2254                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2255
2256
2257 NEW FEATURES
2258
2259     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2260       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2261       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2262       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2263       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2264       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2265       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2266       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2267       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2268       see the respective help pages for details.
2269
2270     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2271       focusing on a small portion of it.
2272
2273     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2274       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2275
2276     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2277       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2278       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2279       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2280       (see below); the default behaviour is no more to display the
2281       sequences on the standard output. Several options have been
2282       introduced to control the sequence printing in a flexible
2283       way. The help page has been extended.
2284
2285     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2286
2287
2288 BUG FIXES
2289
2290     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2291       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2292
2293     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2294
2295     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2296       function did not work with `format = "interleaved"'.
2297
2298     o Various errors were corrected in the help pages.
2299
2300
2301 OTHER CHANGES
2302
2303     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2304       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2305       the corresponding generic function.
2306
2307     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2308       since gamma() is a generic function.
2309
2310
2311
2312                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2313
2314
2315 BUG FIXES
2316
2317     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2318       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2319       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2320       vector of length 4 is always returned).
2321
2322     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2323       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2324       command in the NEXUS file, and that the commands were
2325       case-sensitive.
2326
2327
2328
2329                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2330
2331
2332 NEW FEATURES
2333
2334     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2335       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2336
2337     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2338       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2339       sylvaticus).
2340
2341
2342 BUG FIXES
2343
2344     o A bug in read.nexus() was fixed.
2345
2346     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2347       The function has been completely re-written and its help page
2348       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2349       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2350       spaces (this behaviour was undocumented).
2351
2352     o A bug was fixed in write.dna().
2353
2354
2355
2356                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2357
2358
2359 BUG FIXES
2360
2361     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2362
2363     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2364       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2365
2366
2367
2368                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2369
2370
2371 NEW FEATURES
2372
2373     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2374       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2375       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2376       the function klastorin()).
2377
2378     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2379       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2380       as.phylo for details).
2381
2382     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2383       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2384       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2385       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2386       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2387
2388     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2389       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2390
2391     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2392       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2393       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2394       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2395       (this behaviour was undocumented).
2396
2397     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2398       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2399       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2400
2401     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2402       the estimated parameters using profile likelihood.
2403
2404     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2405       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2406       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2407
2408
2409 BUG FIXES
2410
2411     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2412
2413     o A bug in plot.mst() was fixed.
2414
2415     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2416       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2417
2418
2419
2420                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2421
2422
2423 NEW FEATURES
2424
2425     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2426       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2427
2428     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2429       in a NEXUS file.
2430
2431     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2432       possibly handling root edges to give internal branches.
2433
2434     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2435       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2436
2437     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2438
2439     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2440       branches with different colours and/or different widths, showing the
2441       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2442       the labels, and controling the space around the plot.
2443
2444     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2445       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2446       objects of class "phylo" is now optional.
2447
2448     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2449       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2450       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2451       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2452
2453     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2454       to read the tree in a variable of mode character.
2455
2456     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2457       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2458
2459
2460
2461                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2462
2463
2464 BUG FIXES
2465
2466     o Several bugs were fixed in the help pages.
2467
2468
2469
2470                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2471
2472
2473 NEW FEATURES
2474
2475     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2476       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2477
2478     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2479       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2480       extinction rates.
2481
2482     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2483       tree.
2484
2485     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2486
2487     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2488       as well as some methods are introduced.
2489
2490     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2491       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2492       population size through time are introduced and replace the function
2493       skyline.plot() in version 0.1.
2494
2495     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2496       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2497       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2498       Democratic Republic of Congo.
2499
2500
2501 DEPRECATED & DEFUNCT
2502
2503     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2504       replaced by more elaborate functions (see above).
2505
2506
2507 BUG FIXES
2508
2509     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2510       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2511       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2512       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2513
2514     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2515       AICs and LRTs.
2516
2517     o Various errors were corrected in the help pages.