NEWS

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-3
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o mantel.test() has a new argument 'alternative' which is
   7       "two-sided" by default. Previously, this test was one-tailed
   8       with no possibility to change.
   9
  10
  11 BUG FIXES
  12
  13     o Branch lengths were wrongly updated with bind.tree(, where = <tip>,
  14       position = 0). (Thanks to Liam Revell for digging this bug out.)
  15
  16     o Simulation of OU process with rTraitCont() did not work correctly.
  17       This now uses formula from Gillespie (1996) reduced to a BM
  18       process when alpha = 0 to avoid division by zero. The option
  19       'linear' has been removed.
  20
  21     o Cross-validation in chronopl() did not work when 'age.max' was
  22       used.
  23
  24
  25
  26                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-2
  27
  28
  29 NEW FEATURES
  30
  31     o There is a new class "evonet" to code evolutionary networks, with
  32       a constructor function evonet(), a print() and a plot() methods,
  33       and four conversion methods to the classes "phylo", "networx",
  34       "network", and "igraph".
  35
  36     o The new function rTraitMult does multivariate traits simulation
  37       with user-defined models.
  38
  39     o plot.phylo() has a new option 'plot = TRUE'. If FALSE, the tree
  40       is not plotted but the graphical device is set and the
  41       coordinates are saved as usual.
  42
  43     o diversity.contrast.test() gains a fourth version of the test with
  44       method = "logratio"; the literature citations have been clarified.
  45
  46     o add.scale.bar() has two new options, 'lwd' and 'lcol', to modify
  47       the aspect of the bar.
  48
  49     o boot.phylo() now displays a progress bar by default (can be off
  50       if 'quiet = TRUE').
  51
  52     o There is a new predict() method for compar.gee().
  53
  54
  55 BUG FIXES
  56
  57     o bionj() made R crash if distances were too large. It now returns
  58       an error if at least one distance is greater than 100.
  59
  60     o drop.tip() returned a wrong tree if 'tip' was of zero length.
  61
  62     o read.nexus.data() failed with URLs.
  63
  64     o boot.phylo() returned overestimated support values in the
  65       presence of identical or nearly identical sequences.
  66
  67
  68 OTHER CHANGES
  69
  70     o The data bird.families, bird.orders, cynipids, and woodmouse are
  71       now provided as .rda files.
  72
  73
  74
  75                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-1
  76
  77
  78 NEW FEATURES
  79
  80     o The new function trex does tree exploration with multiple
  81       graphical devices.
  82
  83     o The new function kronoviz plots several rooted (dated) trees on
  84       the scale scale.
  85
  86     o identify.phylo() has a new option 'quiet' (FALSE by default).
  87
  88
  89 BUG FIXES
  90
  91     o A bug was introduced in read.nexus() in ape 2.7.
  92
  93     o image.DNAbin() did not colour correctly the bases if there were
  94       some '-' and no 'N'.
  95
  96     o .compressTipLabel() failed with a list with a single tree.
  97
  98     o identify.phylo() returned a wrong answer when the x- and y-scales
  99       are very different.
 100
 101     o write.nexus() failed with lists of trees with compressed labels.
 102
 103
 104 OTHER CHANGES
 105
 106     o identify.phylo() now returns NULL if the user right-(instead of
 107       left-)clicks (an error was returned previously).
 108
 109     o read.nexus() should be robust to commands inserted in the TREES
 110       block.
 111
 112
 113
 114                 CHANGES IN APE VERSION 2.7
 115
 116
 117 NEW FEATURES
 118
 119     o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
 120       alignments in a flexible and efficient way.
 121
 122     o Two new functions as.network.phylo and as.igraph.phylo convert
 123       trees of class "phylo" into these respective network classes
 124       defined in the packages of the same names.
 125
 126     o The three new functions clustal, muscle, and tcoffee perform
 127       nucleotide sequence alignment by calling the external programs
 128       of the same names.
 129
 130     o Four new functions, diversity.contrast.test, mcconwaysims.test,
 131       richness.yule.test, and slowinskiguyer.test, implement various
 132       tests of diversification shifts using sister-clade comparisons.
 133
 134     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
 135       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
 136
 137     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a
 138       list of trees with names.
 139
 140
 141 BUG FIXES
 142
 143     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
 144
 145     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
 146       present.
 147
 148     o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
 149
 150     o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
 151       was not the root.
 152
 153
 154 OTHER CHANGES
 155
 156     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
 157
 158     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
 159
 160     o The matching representation has now only two columns as the third
 161       column was redundant.
 162
 163
 164
 165                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
 166
 167
 168 NEW FEATURES
 169
 170     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
 171       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
 172
 173
 174 BUG FIXES
 175
 176     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
 177
 178     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 179       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
 180
 181     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
 182       length.
 183
 184     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
 185       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
 186
 187     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
 188       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
 189       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
 190
 191
 192 OTHER CHANGES
 193
 194     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
 195
 196     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
 197       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
 198       man page of as.matching().
 199
 200
 201
 202                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
 203
 204
 205 NEW FEATURES
 206
 207     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
 208       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
 209       second function requires Phylip to be installed on the computer.
 210
 211     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
 212       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
 213
 214
 215 BUG FIXES
 216
 217     o write.tree() failed to output correctly tree names.
 218
 219     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
 220       multichotomous trees.
 221
 222     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
 223       turned off.
 224
 225     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
 226
 227     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
 228
 229     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
 230       = FALSE.
 231
 232     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 233       cutree() or rect.hclust().
 234
 235     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 236       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 237
 238     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 239       Jeremy Beaulieu.
 240
 241
 242
 243                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 244
 245
 246 NEW FEATURES
 247
 248     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 249       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 250       and shallowest divergence tree.
 251
 252
 253 BUG FIXES
 254
 255     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 256
 257     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 258
 259     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 260       Filipe Vieira for the fix).
 261
 262
 263
 264                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 265
 266
 267 NEW FEATURES
 268
 269     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 270       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 271       use continuous time algorithms.
 272
 273     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 274       phylogeny.
 275
 276     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 277       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 278       extinction into account.
 279
 280     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 281       discrete characters.
 282
 283     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 284       frequencies from a pair of sequences.
 285
 286     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 287
 288     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 289       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 290
 291     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 292       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 293       and height = NULL.
 294
 295     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 296       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 297       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 298       results has also been improved.
 299
 300     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 301       the gene (FALSE by default).
 302
 303
 304 BUG FIXES
 305
 306     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 307
 308     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 309       Schliep for the fix)
 310
 311     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 312       documentation has been clarified on the formulae used.
 313
 314
 315 OTHER CHANGES
 316
 317     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 318       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 319
 320     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 321       available) as names.
 322
 323     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 324       to contributions by Klaus Schliep.
 325
 326
 327
 328                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 329
 330
 331 NEW FEATURES
 332
 333     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 334       text to be plotted in different fonts.
 335
 336     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 337       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 338       check that the tip labels are the same in all trees.
 339
 340     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 341       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 342
 343     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 344       now documented.
 345
 346
 347 BUG FIXES
 348
 349     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 350       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 351
 352     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 353       simulating a Brownian motion model.
 354
 355
 356
 357                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 358
 359
 360 NEW FEATURES
 361
 362     o There is now a print method for results from ace().
 363
 364     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 365
 366     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 367       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 368
 369
 370 BUG FIXES
 371
 372     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 373
 374     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 375
 376     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 377       failed).
 378
 379
 380 DEPRECATED & DEFUNCT
 381
 382     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 383
 384     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 385
 386
 387 OTHER CHANGES
 388
 389     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 390
 391     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 392       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 393
 394     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 395       removed.
 396
 397
 398
 399                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 400
 401
 402 NEW FEATURES
 403
 404     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 405
 406     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 407       details).
 408
 409     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 410       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 411
 412     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 413       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 414
 415
 416 BUG FIXES
 417
 418     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 419       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 420
 421     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 422       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 423       The same bug occurred with the 'pie' option.
 424
 425     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 426
 427     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 428       more efficient.
 429
 430     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 431       vertical lines representing the nodes.
 432
 433     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 434       in the correct direction though the tip labels were displayed
 435       correctly.
 436
 437
 438 OTHER CHANGES
 439
 440     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 441       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 442       for the two other functions).
 443
 444
 445
 446                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 447
 448
 449 NEW FEATURES
 450
 451     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 452       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 453       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 454       The latter has a biplot method.
 455
 456     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 457       regression through the origin with testing by permutation.
 458
 459     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 460       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 461
 462     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 463       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 464
 465     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 466       and/or tips on a plotted tree.
 467
 468     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 469       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 470
 471     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 472
 473     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 474
 475     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 476       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 477       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 478       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 479
 480
 481 BUG FIXES
 482
 483     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 484       default options with unrooted or radial trees.
 485
 486     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 487       to Otto Cordero for the fix).
 488
 489
 490 OTHER CHANGES
 491
 492     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 493       in dist.topo().
 494
 495
 496
 497                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 498
 499
 500 NEW FEATURES
 501
 502     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 503       argument.
 504
 505     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 506       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 507       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 508       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 509
 510
 511 BUG FIXES
 512
 513     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 514
 515     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 516       lengths and there is a TRANSLATE block.
 517
 518     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 519       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 520       clarification on this behaviour.
 521
 522     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 523       compressed tip labels.
 524
 525     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 526
 527     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 528       when the tree has branch lengths.
 529
 530     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 531       negative (which resulted in an error).
 532
 533     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 534       returned.
 535
 536
 537
 538                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 539
 540
 541 NEW FEATURES
 542
 543     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 544       default is still to return the proportions.
 545
 546
 547 BUG FIXES
 548
 549     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 550       are now ignored.
 551
 552     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 553       the tree: the argument is now ignored.
 554
 555     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 556       Young for the fix).
 557
 558
 559 OTHER CHANGES
 560
 561     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 562       warning (it returned an error previously).
 563
 564     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 565       been modified (as well as their widths and types) following some
 566       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 567
 568     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 569       using 'pie' or 'thermo'.
 570
 571     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 572       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 573       done now).
 574
 575     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 576       help("ape-defunct") with the quotes.
 577
 578
 579 DEPRECATED & DEFUNCT
 580
 581     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 582       theta.s have been moved from ape to pegas.
 583
 584     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 585
 586
 587
 588                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 589
 590
 591 BUG FIXES
 592
 593     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 594
 595     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 596
 597     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 598       attribute.
 599
 600     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 601
 602     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 603       Phelan for the fix).
 604
 605     o seg.sites() failed when passing a vector.
 606
 607     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 608
 609     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 610
 611
 612
 613                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 614
 615
 616 BUG FIXES
 617
 618     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 619
 620     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 621       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 622
 623     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 624       outgroup correctly.
 625
 626     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 627
 628     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 629       "pruningwise" order.
 630
 631     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 632       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 633       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 634
 635
 636
 637                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 638
 639
 640 NEW FEATURES
 641
 642     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 643
 644     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 645
 646     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 647       corrected with respect to this change.
 648
 649     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 650       to be treated as (un)rooted.
 651
 652
 653 BUG FIXES
 654
 655     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 656       pairwise.deletion = FALSE.
 657
 658     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 659
 660     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 661
 662     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 663
 664     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 665
 666     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 667       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 668       times faster.
 669
 670     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 671
 672     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 673
 674
 675 OTHER CHANGES
 676
 677     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 678
 679     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 680       by inherits(phy, "phylo").
 681
 682     o rcoal() is now faster.
 683
 684
 685 DEPRECATED & DEFUNCT
 686
 687     o klastorin() has been removed.
 688
 689
 690
 691                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 692
 693
 694 NEW FEATURES
 695
 696     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 697       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 698       matrices.
 699
 700     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 701       Yule model by maximum likelihood.
 702
 703     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 704       labels in a flexible way.
 705
 706     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 707       handle individual tree names.
 708
 709     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 710       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 711
 712     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 713
 714
 715 BUG FIXES
 716
 717     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 718
 719     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 720
 721     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 722
 723     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 724       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 725       lasting bug).
 726
 727
 728 OTHER CHANGES
 729
 730     o The data set xenarthra has been removed.
 731
 732
 733
 734                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 735
 736 BUG FIXES
 737
 738     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 739       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 740
 741     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 742
 743
 744 OTHER CHANGES
 745
 746     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 747
 748
 749
 750                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 751
 752
 753 NEW FEATURES
 754
 755     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 756       specifying a node number or label.
 757
 758     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 759       operations of the same names.
 760
 761     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 762       specifying model="N".
 763
 764
 765 BUG FIXES
 766
 767     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 768
 769     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 770       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 771       comments inserted within the trees).
 772
 773     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 774       the number of lineages with non-binary trees.
 775
 776
 777 OTHER CHANGES
 778
 779     o ape has now a namespace.
 780
 781     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 782       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 783
 784
 785
 786                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 787
 788
 789 NEW FEATURES
 790
 791     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 792       'pairwise.deletion'.
 793
 794     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 795       more flexible.
 796
 797
 798 BUG FIXES
 799
 800     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 801      'check.labels = TRUE'.
 802
 803    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 804      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 805      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 806
 807    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 808      breaks in the Newick string.
 809
 810    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 811      gaps.
 812
 813
 814 OTHER CHANGES
 815
 816     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 817       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 818
 819     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 820       which is returned unchanged (instead of an error).
 821
 822     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 823       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 824       read.tree().
 825
 826
 827
 828                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 829
 830
 831 NEW FEATURES
 832
 833     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 834       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 835       truncate and/or make them unique, substituting some
 836       characters, and so on.
 837
 838     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 839       set of DNA sequences.
 840
 841     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 842
 843
 844 BUG FIXES
 845
 846     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 847       already the specified root.
 848
 849     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 850
 851     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 852       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 853
 854     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 855       trees.
 856
 857     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 858       translation of tip labels.
 859
 860     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 861       a single tree with no edge lengths.
 862
 863     o A bug was fixed in sh.test().
 864
 865
 866 OTHER CHANGES
 867
 868     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 869       Minin.
 870
 871     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 872       TRUE by default.
 873
 874     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 875       the Phylip formats.
 876
 877
 878
 879                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 880
 881
 882 NEW FEATURES
 883
 884     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 885       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 886       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 887       (without plotting).
 888
 889     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 890       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 891
 892     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 893       help page for details.
 894
 895     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 896       bootstraped trees (the default is FALSE).
 897
 898     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 899       situations.
 900
 901
 902 BUG FIXES
 903
 904     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 905       first sequence.
 906
 907     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 908       circular tree (type = "r" or "f").
 909
 910     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 911       trees.
 912
 913     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 914       (thanks to Yan Wong for the fix).
 915
 916     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 917
 918     o seg.sites() failed with a list.
 919
 920     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 921       as well and is faster.
 922
 923
 924
 925                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 926
 927
 928 BUG FIXES
 929
 930     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 931
 932     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 933       states by generalized least squares in ace().
 934
 935     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 936
 937     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 938       "cladewise".
 939
 940
 941
 942                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 943
 944
 945 NEW FEATURES
 946
 947     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 948       and [[.
 949
 950     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 951       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 952
 953     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 954       than in plot.default().
 955
 956
 957 BUG FIXES
 958
 959     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 960       list of trees.
 961
 962     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 963       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 964       worked already for thermometers).
 965
 966     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 967
 968
 969 OTHER CHANGES
 970
 971     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 972       as well as a character string.
 973
 974     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 975       'tree.names = NULL'.
 976
 977     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 978       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 979       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 980       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 981       correctly when extracting trees.
 982
 983
 984
 985                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 986
 987
 988 NEW FEATURES
 989
 990     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 991
 992     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 993       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 994
 995
 996 BUG FIXES
 997
 998     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 999       pairwise.deletion = FALSE.
1000
1001
1002 OTHER CHANGES
1003
1004     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
1005       have been improved so that they are stabler and faster.
1006
1007     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
1008       are loaded only when needed.
1009
1010
1011
1012                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
1013
1014
1015 NEW FEATURES
1016
1017     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
1018       tree using the mouse.
1019
1020     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
1021       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
1022
1023     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
1024       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
1025       an object of class "DNAbin".
1026
1027     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
1028       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
1029
1030     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
1031       as its main argument.
1032
1033     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
1034       improved, and gain several options (see the help page for
1035       details). A legend is now plotted by default.
1036
1037
1038 BUG FIXES
1039
1040     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
1041       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
1042       distances involving sequences with missing values. (Thanks
1043       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
1044
1045     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
1046       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
1047       single line).
1048
1049     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
1050       edges (see OTHER CHANGES).
1051
1052
1053 OTHER CHANGES
1054
1055     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
1056       should be much stabler. The options have been also greatly
1057       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
1058
1059     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
1060
1061     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
1062       been cleaned-up.
1063
1064     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
1065       improved.
1066
1067     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
1068       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
1069       correction applied in previous version did not work in all
1070       situations.
1071
1072     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
1073       "multiPhylo".
1074
1075
1076 DOCUMENTATION
1077
1078     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
1079
1080
1081 DEPRECATED & DEFUNCT
1082
1083     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
1084       lengths.
1085
1086     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
1087
1088
1089
1090                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
1091
1092
1093 NEW FEATURES
1094
1095     o The new function matexpo computes the exponential of a square
1096       matrix.
1097
1098     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
1099       a list.
1100
1101     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
1102       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
1103
1104
1105 BUG FIXES
1106
1107     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
1108       looked for.
1109
1110     o In diversi.time(), the values returned for model C were
1111       incorrect.
1112
1113     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
1114       likelihood in the presence of ties in the branching times.
1115
1116     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
1117       calculations of the transition probabilities for models HKY and
1118       GTR in mlphylo().
1119
1120     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
1121       Bullard).
1122
1123     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
1124       limited number of labelled topologies could be generated.
1125
1126
1127
1128                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
1129
1130
1131 NEW FEATURES
1132
1133     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1134       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1135       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1136       previous programs done by Vincent Lefort.
1137
1138     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1139       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1140       Evol. 24: 58).
1141
1142     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1143       two clades connected to the same node. It works also with
1144       multichotomous nodes.
1145
1146     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1147       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1148       keeping the names and the class.
1149
1150
1151 BUG FIXES
1152
1153     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1154       an error message is now returned.
1155
1156     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1157       to remove.
1158
1159
1160
1161                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1162
1163
1164 NEW FEATURES
1165
1166     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1167       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1168
1169     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1170       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1171       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1172       should be much faster.
1173
1174
1175 BUG FIXES
1176
1177     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1178       from ape 1.10: this is fixed in this version
1179
1180     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1181       object is now returned unchanged.
1182
1183
1184
1185                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1186
1187
1188 NEW FEATURES
1189
1190     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1191       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1192
1193
1194 BUG FIXES
1195
1196     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1197       object when reading multiple trees.
1198
1199     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1200       "phylo").
1201
1202     o unroot() did not work correctly in most cases.
1203
1204     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1205
1206     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1207
1208     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1209       correctly positioned if the option `cex' was used.
1210
1211
1212
1213                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1214
1215
1216 NEW FEATURES
1217
1218     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1219       DNA sequences in binary format (see below).
1220
1221     o Three new functions have been introduced to convert between the
1222       new binary and the character formats.
1223
1224     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1225       single characters into the class "alignment" used by the package
1226       seqinr.
1227
1228     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1229       controlling whether the sequences are returned in binary format
1230       or as character.
1231
1232
1233 BUG FIXES
1234
1235     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1236
1237     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1238       the default setting: this is fixed.
1239
1240     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1241       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1242
1243
1244 OTHER CHANGES
1245
1246     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1247       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1248       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1249       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1250       ca. 60 times faster).
1251
1252
1253
1254                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1255
1256
1257 BUG FIXES
1258
1259     o A bug was fixed in edgelabels().
1260
1261     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1262       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1263       now its tip labels set to "1", "2", ...
1264
1265     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1266       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1267
1268     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1269       initial tree were greater than one: an error message is now
1270       issued.
1271
1272     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1273       invariants: this is fixed.
1274
1275
1276
1277                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1278
1279
1280 NEW FEATURES
1281
1282     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1283       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1284
1285
1286 BUG FIXES
1287
1288     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1289       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1290
1291     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1292
1293     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1294       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1295       prop.clades, and boot.phylo.
1296
1297     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1298       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1299
1300
1301
1302                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1303
1304
1305 NEW FEATURES
1306
1307     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1308       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1309
1310     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1311       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1312       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1313
1314
1315 BUG FIXES
1316
1317     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1318
1319     o Some bugs were fixed in chronopl().
1320
1321     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1322       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1323
1324     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1325       fixed.
1326
1327
1328 OTHER CHANGES
1329
1330     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1331       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1332       format are still returned in a list.
1333
1334     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1335       it could not be used from the generic.
1336
1337
1338 DEPRECATED & DEFUNCT
1339
1340     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1341       since ape 1.9.
1342
1343
1344
1345                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1346
1347
1348 BUG FIXES
1349
1350     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1351       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1352
1353     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1354       unrooted tree in most cases.
1355
1356     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1357       particularly of the BX-series.
1358
1359     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1360       fixed
1361
1362
1363
1364                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1365
1366
1367 NEW FEATURES
1368
1369     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1370       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1371       displayed in a compact and informative way.
1372
1373     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1374       for converting between the old and new coding of the class
1375       "phylo".
1376
1377     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1378       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1379
1380     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1381       available to compute branch lengths.
1382
1383     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1384
1385
1386 BUG FIXES
1387
1388     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1389       multichotomous trees: this is fixed.
1390
1391     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1392       returned unchanged.
1393
1394     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1395       models: this is fixed.
1396
1397     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1398       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1399       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1400       accepts trees with no branch lengths.
1401
1402     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1403       user distribution was specified. This has been corrected, and
1404       the help page of this function has been expanded.
1405
1406
1407 OTHER CHANGES
1408
1409     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1410       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1411       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1412       functions has been improved.
1413
1414     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1415       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1416
1417     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1418
1419     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1420       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1421
1422     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1423       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1424       labels.
1425
1426     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1427
1428     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1429       been removed.
1430
1431     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1432
1433     o The use of node.depth() has been simplified.
1434
1435
1436
1437                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1438
1439
1440 NEW FEATURES
1441
1442     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1443       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1444       sequences in NEXUS files.
1445
1446     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1447       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1448       reorder(tr).
1449
1450     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1451       edge.
1452
1453     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1454       in NEXUS format.
1455
1456
1457 BUG FIXES
1458
1459     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1460       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1461
1462     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1463       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1464       Newick format (parentheses, etc.)
1465
1466     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1467       now fixed.
1468
1469
1470
1471                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1472
1473
1474 NEW FEATURES
1475
1476     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1477       Hasegawa test.
1478
1479     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1480       single descendant from a tree.
1481
1482     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1483       colours of the tips.
1484
1485     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1486       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1487
1488
1489 BUG FIXES
1490
1491     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1492       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1493
1494     o ace() returned a list with no class so that the generic
1495       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1496       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1497
1498     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1499       of freedom: this is fixed.
1500
1501     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1502       a data frame: this is fixed.
1503
1504     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1505       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1506
1507
1508 OTHER CHANGES
1509
1510     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1511       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1512       respectively.
1513
1514
1515
1516                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1517
1518
1519 NEW FEATURES
1520
1521     o There are four new `method' functions to be used with the
1522       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1523
1524     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1525       change the title, and `col' to control the colour of the
1526       segments showing the AIC values.
1527
1528     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1529       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1530       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1531       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1532
1533     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1534       represent proportions, with any number of categories, as
1535       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1536       there is now no limitation on the number of categories.
1537
1538
1539 BUG FIXES
1540
1541     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1542       fixed.
1543
1544     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1545       in the tree: this is fixed.
1546
1547     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1548       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1549
1550     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1551       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1552
1553     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1554       is fixed and a message error is now returned.
1555
1556     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1557       the calculation of P-values.
1558
1559     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1560       and in the variables were different: this is fixed.
1561
1562
1563
1564                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1565
1566
1567 NEW FEATURES
1568
1569     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1570       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1571       is used to define the substitution model which may include
1572       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1573       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1574       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1575       functionality is limited to estimating the substitution and
1576       associated parameters and computing the likelihood.
1577
1578     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1579       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1580       warning message is printed if there is not enough degrees of
1581       freedom.
1582
1583
1584 BUG FIXES
1585
1586     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1587       though with no consequence.
1588
1589
1590
1591                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1592
1593
1594 NEW FEATURES
1595
1596     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1597       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1598       documented on the same help page.
1599
1600
1601 BUG FIXES
1602
1603     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1604       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1605       boot.phylo, or consensus.
1606
1607     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1608       more than one element: this is fixed.
1609
1610     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1611       has been corrected.
1612
1613     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1614       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1615       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1616
1617
1618 OTHER CHANGES
1619
1620     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1621       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1622       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1623
1624
1625
1626                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1627
1628
1629 NEW FEATURES
1630
1631     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1632       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1633
1634     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1635       list of trees.
1636
1637     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1638       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1639
1640     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1641       tree together with ancestral values, as returned by the above
1642       function.
1643
1644     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1645       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1646
1647     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1648
1649     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1650       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1651
1652     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1653
1654     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1655       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1656
1657     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1658       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1659       and summary (to extract the numbers) methods.
1660
1661     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1662       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1663
1664     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1665       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1666       respectively.
1667
1668     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1669
1670
1671 BUG FIXES
1672
1673     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1674       handled corretly, and node labels are now output normally.
1675
1676     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1677       in some cases.
1678
1679     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1680       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1681       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1682       warning message is now returned; this latter bug was also
1683       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1684
1685     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1686       is now returned.
1687
1688     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1689       was not always correctly dispatched.
1690
1691     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1692       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1693
1694
1695 OTHER CHANGES
1696
1697     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1698
1699     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1700
1701     o Various error and warning messages have been improved.
1702
1703
1704
1705                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1706 NEW FEATURES
1707
1708     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1709       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1710       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1711
1712     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1713       of directional evolution for continuous characters. The user
1714       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1715       changes.
1716
1717     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1718       "phylo") is rooted.
1719
1720     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1721       the possibility to specify the function that generates the
1722       inter-nodes distances.
1723
1724     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1725       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1726
1727     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1728       to three classes) on the nodes of a tree.
1729
1730     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1731       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1732       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1733       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1734       3) are now handled correctly.
1735
1736     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1737       for Penny and Henny's method (already available before and now
1738       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1739       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1740
1741     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1742       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1743       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1744       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1745
1746     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1747       DNA sequences by specifying model = "raw".
1748
1749     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1750       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1751       `full = FALSE'.
1752
1753
1754 BUG FIXES
1755
1756     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1757
1758     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1759       they are now considered as missing data.
1760
1761     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1762       fixed.
1763
1764     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1765       and the function has been improved and is now faster.
1766
1767     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1768       incorrect.
1769
1770     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1771       this is fixed.
1772
1773     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1774       rooted and unrooted trees.
1775
1776     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1777       fixed.
1778
1779     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1780
1781
1782
1783                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1784
1785
1786 NEW FEATURES
1787
1788     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1789       between two trees.
1790
1791     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1792       phylogeny estimation.
1793
1794     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1795       bipartitions from a series of trees.
1796
1797
1798 OTHER CHANGES
1799
1800     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1801       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1802       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1803
1804
1805 BUG FIXES
1806
1807     o Several bugs were fixed in read.dna().
1808
1809     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1810
1811     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1812       lengths: this is fixed.
1813
1814     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1815       tree: this is fixed.
1816
1817
1818
1819                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1820
1821
1822 NEW FEATURES
1823
1824     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1825       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1826       latter implements the representation of binary trees introduced by
1827       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1828       as.matching() has been introduced as well.
1829
1830     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1831       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1832
1833     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1834       from a sample a DNA sequences.
1835
1836     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1837       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1838       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1839       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1840       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1841       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1842       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1843       `GCcontent' has been removed.
1844
1845     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1846       whether to return the species names of the organisms in addition
1847       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1848       behaviour).
1849
1850     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1851
1852     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1853       new root edge if internal branches are trimmed.
1854
1855
1856 BUG FIXES
1857
1858     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1859       is fixed.
1860
1861     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1862       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1863       different representations (a report was printed previously).
1864
1865     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1866       this is fixed.
1867
1868
1869 OTHER CHANGES
1870
1871     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1872       which there is a print method.
1873
1874
1875
1876                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1877
1878
1879 NEW FEATURES
1880
1881     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1882       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1883       Evol., 4:406).
1884
1885     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1886       that belong to a group specified as a set of tips.
1887
1888     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1889       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1890       "phylo".
1891
1892     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1893       phylogeny plot.
1894
1895     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1896       in different cases and giving a number of tips.
1897
1898     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1899       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1900       line.
1901
1902     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1903       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1904       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1905       marked with the option `subtree' (see below).
1906
1907     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1908       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1909       deleted and where.
1910
1911     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1912       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1913       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1914
1915     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1916       edge lengths into account.
1917
1918     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1919       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1920       they are propagated to the vertical line that link them.
1921
1922
1923 BUG FIXES
1924
1925     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1926       crashing. This is fixed.
1927
1928     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1929       now properly recycled; their default values are now "black" and
1930       1, respectively.
1931
1932     o A bug has been fixed in write.nexus().
1933
1934
1935 OTHER CHANGES
1936
1937     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1938       replaced by a C code.
1939
1940
1941
1942                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1943
1944
1945 NEW FEATURES
1946
1947     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1948       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1949
1950     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1951       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1952       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1953       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1954       limit (as before).
1955
1956
1957
1958                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1959
1960
1961 NEW FEATURES
1962
1963     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1964       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1965       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1966       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1967       display graphically the AIC values of each model.
1968
1969     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1970       a model where the speciation rate is affected by several species
1971       traits through a generalized linear model. The parameters are
1972       estimated by maximum likelihood.
1973
1974     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1975       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1976       species given a phylogeny under different models of evolution.
1977       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1978       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1979       Initialize.corPhyl() function associated.
1980
1981     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1982       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1983
1984     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1985       a plot method.
1986
1987     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1988       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1989       correlograms.
1990
1991     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1992       of a subtree defined by a particular node.
1993
1994     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1995       given parent node.
1996
1997     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1998       a tree according to a specified method.
1999
2000     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
2001       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
2002       the global graphical parameter), "direction" which allows to
2003       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
2004       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
2005
2006
2007 BUG FIXES
2008
2009     o Some functions which try to match tip labels and names of
2010       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
2011       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
2012       match, they are ignored and a warning message is now issued.
2013       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
2014       have been clarified on this point.
2015
2016
2017
2018                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
2019
2020
2021 NEW FEATURES
2022
2023     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
2024       to a specified outgroup.
2025
2026     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
2027
2028     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
2029       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
2030       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
2031       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
2032       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
2033       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
2034       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
2035
2036     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
2037
2038
2039 BUG FIXES
2040
2041     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
2042       lengths: this is fixed.
2043
2044     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
2045       plotted with some line crossings: this is now fixed.
2046
2047
2048
2049                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
2050
2051
2052 NEW FEATURES
2053
2054     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
2055       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
2056       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
2057
2058     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
2059       has been included.
2060
2061
2062 BUG FIXES
2063
2064     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
2065
2066
2067 OTHER CHANGES
2068
2069     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
2070       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
2071
2072
2073
2074                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
2075
2076
2077 NEW FEATURES
2078
2079     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
2080       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
2081       speciation and extinction rates.
2082
2083
2084 OTHER CHANGES
2085
2086     o The package gee is no more required by ape but only suggested
2087       since only the function compar.gee() calls gee.
2088
2089
2090
2091                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
2092
2093
2094 NEW FEATURES
2095
2096     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
2097       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
2098       demographic history from genealogies using a reversible jump
2099       MCMC have been introduced.
2100
2101     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
2102       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
2103
2104
2105
2106                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
2107
2108
2109 NEW FEATURES
2110
2111     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
2112       without branch lengths.
2113
2114     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
2115       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
2116       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
2117       arguments (see `?ltt.plot' for details).
2118
2119
2120 BUG FIXES
2121
2122     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
2123       this is fixed.
2124
2125     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
2126       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
2127
2128
2129 OTHER CHANGES
2130
2131     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
2132       algorithm: it is now about four times faster.
2133
2134     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2135       twice faster.
2136
2137
2138
2139                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2140
2141
2142 NEW FEATURES
2143
2144     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2145       sample of DNA sequences.
2146
2147
2148 BUG FIXES
2149
2150     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2151       1.2-1 was fixed.
2152
2153     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2154       help pages.
2155
2156
2157
2158                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2159
2160
2161 NEW FEATURES
2162
2163     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2164       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2165
2166
2167 BUG FIXES
2168
2169     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2170       comment blocks were not read correctly.
2171
2172     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2173       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2174       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2175       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2176       a warning message is now issued.
2177
2178
2179
2180                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2181
2182
2183 NEW FEATURES
2184
2185     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2186       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2187       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2188       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2189       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2190       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2191       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2192       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2193       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2194       see the respective help pages for details.
2195
2196     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2197       focusing on a small portion of it.
2198
2199     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2200       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2201
2202     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2203       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2204       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2205       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2206       (see below); the default behaviour is no more to display the
2207       sequences on the standard output. Several options have been
2208       introduced to control the sequence printing in a flexible
2209       way. The help page has been extended.
2210
2211     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2212
2213
2214 BUG FIXES
2215
2216     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2217       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2218
2219     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2220
2221     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2222       function did not work with `format = "interleaved"'.
2223
2224     o Various errors were corrected in the help pages.
2225
2226
2227 OTHER CHANGES
2228
2229     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2230       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2231       the corresponding generic function.
2232
2233     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2234       since gamma() is a generic function.
2235
2236
2237
2238                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2239
2240
2241 BUG FIXES
2242
2243     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2244       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2245       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2246       vector of length 4 is always returned).
2247
2248     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2249       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2250       command in the NEXUS file, and that the commands were
2251       case-sensitive.
2252
2253
2254
2255                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2256
2257
2258 NEW FEATURES
2259
2260     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2261       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2262
2263     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2264       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2265       sylvaticus).
2266
2267
2268 BUG FIXES
2269
2270     o A bug in read.nexus() was fixed.
2271
2272     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2273       The function has been completely re-written and its help page
2274       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2275       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2276       spaces (this behaviour was undocumented).
2277
2278     o A bug was fixed in write.dna().
2279
2280
2281
2282                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2283
2284
2285 BUG FIXES
2286
2287     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2288
2289     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2290       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2291
2292
2293
2294                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2295
2296
2297 NEW FEATURES
2298
2299     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2300       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2301       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2302       the function klastorin()).
2303
2304     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2305       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2306       as.phylo for details).
2307
2308     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2309       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2310       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2311       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2312       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2313
2314     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2315       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2316
2317     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2318       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2319       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2320       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2321       (this behaviour was undocumented).
2322
2323     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2324       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2325       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2326
2327     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2328       the estimated parameters using profile likelihood.
2329
2330     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2331       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2332       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2333
2334
2335 BUG FIXES
2336
2337     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2338
2339     o A bug in plot.mst() was fixed.
2340
2341     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2342       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2343
2344
2345
2346                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2347
2348
2349 NEW FEATURES
2350
2351     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2352       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2353
2354     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2355       in a NEXUS file.
2356
2357     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2358       possibly handling root edges to give internal branches.
2359
2360     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2361       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2362
2363     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2364
2365     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2366       branches with different colours and/or different widths, showing the
2367       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2368       the labels, and controling the space around the plot.
2369
2370     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2371       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2372       objects of class "phylo" is now optional.
2373
2374     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2375       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2376       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2377       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2378
2379     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2380       to read the tree in a variable of mode character.
2381
2382     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2383       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2384
2385
2386
2387                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2388
2389
2390 BUG FIXES
2391
2392     o Several bugs were fixed in the help pages.
2393
2394
2395
2396                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2397
2398
2399 NEW FEATURES
2400
2401     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2402       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2403
2404     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2405       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2406       extinction rates.
2407
2408     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2409       tree.
2410
2411     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2412
2413     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2414       as well as some methods are introduced.
2415
2416     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2417       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2418       population size through time are introduced and replace the function
2419       skyline.plot() in version 0.1.
2420
2421     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2422       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2423       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2424       Democratic Republic of Congo.
2425
2426
2427 DEPRECATED & DEFUNCT
2428
2429     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2430       replaced by more elaborate functions (see above).
2431
2432
2433 BUG FIXES
2434
2435     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2436       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2437       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2438       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2439
2440     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2441       AICs and LRTs.
2442
2443     o Various errors were corrected in the help pages.