NEWS

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-3
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o The new function compute.brtime computes and sets branching times.
   7
   8     o mantel.test() has a new argument 'alternative' which is
   9       "two-sided" by default. Previously, this test was one-tailed
  10       with no possibility to change.
  11
  12     o ace() can now do REML estimation with continuous characters,
  13       giving better estimates of the variance of the Brownian motion
  14       process.
  15
  16
  17 BUG FIXES
  18
  19     o Branch lengths were wrongly updated with bind.tree(, where = <tip>,
  20       position = 0). (Thanks to Liam Revell for digging this bug out.)
  21
  22     o Simulation of OU process with rTraitCont() did not work correctly.
  23       This now uses formula from Gillespie (1996) reduced to a BM
  24       process when alpha = 0 to avoid division by zero. The option
  25       'linear' has been removed.
  26
  27     o Cross-validation in chronopl() did not work when 'age.max' was
  28       used.
  29
  30     o consensus(, p = 0.5) could return an incorrect tree if some
  31       incompatible splits occur in 50% of the trees (especially with
  32       small number of trees).
  33
  34     o c() with "multiPhylo" did not work correctly (thanks to Klaus
  35       Schliep for the fix).
  36
  37     o root() failed in some cases with an outgroup made of several tips.
  38
  39
  40
  41                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-2
  42
  43
  44 NEW FEATURES
  45
  46     o There is a new class "evonet" to code evolutionary networks, with
  47       a constructor function evonet(), a print() and a plot() methods,
  48       and four conversion methods to the classes "phylo", "networx",
  49       "network", and "igraph".
  50
  51     o The new function rTraitMult does multivariate traits simulation
  52       with user-defined models.
  53
  54     o plot.phylo() has a new option 'plot = TRUE'. If FALSE, the tree
  55       is not plotted but the graphical device is set and the
  56       coordinates are saved as usual.
  57
  58     o diversity.contrast.test() gains a fourth version of the test with
  59       method = "logratio"; the literature citations have been clarified.
  60
  61     o add.scale.bar() has two new options, 'lwd' and 'lcol', to modify
  62       the aspect of the bar.
  63
  64     o boot.phylo() now displays a progress bar by default (can be off
  65       if 'quiet = TRUE').
  66
  67     o There is a new predict() method for compar.gee().
  68
  69
  70 BUG FIXES
  71
  72     o bionj() made R crash if distances were too large. It now returns
  73       an error if at least one distance is greater than 100.
  74
  75     o drop.tip() returned a wrong tree if 'tip' was of zero length.
  76
  77     o read.nexus.data() failed with URLs.
  78
  79     o boot.phylo() returned overestimated support values in the
  80       presence of identical or nearly identical sequences.
  81
  82
  83 OTHER CHANGES
  84
  85     o The data bird.families, bird.orders, cynipids, and woodmouse are
  86       now provided as .rda files.
  87
  88
  89
  90                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-1
  91
  92
  93 NEW FEATURES
  94
  95     o The new function trex does tree exploration with multiple
  96       graphical devices.
  97
  98     o The new function kronoviz plots several rooted (dated) trees on
  99       the scale scale.
 100
 101     o identify.phylo() has a new option 'quiet' (FALSE by default).
 102
 103
 104 BUG FIXES
 105
 106     o A bug was introduced in read.nexus() in ape 2.7.
 107
 108     o image.DNAbin() did not colour correctly the bases if there were
 109       some '-' and no 'N'.
 110
 111     o .compressTipLabel() failed with a list with a single tree.
 112
 113     o identify.phylo() returned a wrong answer when the x- and y-scales
 114       are very different.
 115
 116     o write.nexus() failed with lists of trees with compressed labels.
 117
 118
 119 OTHER CHANGES
 120
 121     o identify.phylo() now returns NULL if the user right-(instead of
 122       left-)clicks (an error was returned previously).
 123
 124     o read.nexus() should be robust to commands inserted in the TREES
 125       block.
 126
 127
 128
 129                 CHANGES IN APE VERSION 2.7
 130
 131
 132 NEW FEATURES
 133
 134     o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
 135       alignments in a flexible and efficient way.
 136
 137     o Two new functions as.network.phylo and as.igraph.phylo convert
 138       trees of class "phylo" into these respective network classes
 139       defined in the packages of the same names.
 140
 141     o The three new functions clustal, muscle, and tcoffee perform
 142       nucleotide sequence alignment by calling the external programs
 143       of the same names.
 144
 145     o Four new functions, diversity.contrast.test, mcconwaysims.test,
 146       richness.yule.test, and slowinskiguyer.test, implement various
 147       tests of diversification shifts using sister-clade comparisons.
 148
 149     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
 150       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
 151
 152     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a
 153       list of trees with names.
 154
 155
 156 BUG FIXES
 157
 158     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
 159
 160     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
 161       present.
 162
 163     o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
 164
 165     o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
 166       was not the root.
 167
 168
 169 OTHER CHANGES
 170
 171     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
 172
 173     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
 174
 175     o The matching representation has now only two columns as the third
 176       column was redundant.
 177
 178
 179
 180                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
 181
 182
 183 NEW FEATURES
 184
 185     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
 186       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
 187
 188
 189 BUG FIXES
 190
 191     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
 192
 193     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 194       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
 195
 196     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
 197       length.
 198
 199     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
 200       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
 201
 202     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
 203       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
 204       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
 205
 206
 207 OTHER CHANGES
 208
 209     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
 210
 211     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
 212       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
 213       man page of as.matching().
 214
 215
 216
 217                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
 218
 219
 220 NEW FEATURES
 221
 222     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
 223       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
 224       second function requires Phylip to be installed on the computer.
 225
 226     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
 227       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
 228
 229
 230 BUG FIXES
 231
 232     o write.tree() failed to output correctly tree names.
 233
 234     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
 235       multichotomous trees.
 236
 237     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
 238       turned off.
 239
 240     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
 241
 242     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
 243
 244     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
 245       = FALSE.
 246
 247     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 248       cutree() or rect.hclust().
 249
 250     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 251       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 252
 253     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 254       Jeremy Beaulieu.
 255
 256
 257
 258                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 259
 260
 261 NEW FEATURES
 262
 263     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 264       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 265       and shallowest divergence tree.
 266
 267
 268 BUG FIXES
 269
 270     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 271
 272     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 273
 274     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 275       Filipe Vieira for the fix).
 276
 277
 278
 279                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 280
 281
 282 NEW FEATURES
 283
 284     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 285       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 286       use continuous time algorithms.
 287
 288     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 289       phylogeny.
 290
 291     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 292       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 293       extinction into account.
 294
 295     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 296       discrete characters.
 297
 298     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 299       frequencies from a pair of sequences.
 300
 301     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 302
 303     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 304       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 305
 306     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 307       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 308       and height = NULL.
 309
 310     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 311       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 312       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 313       results has also been improved.
 314
 315     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 316       the gene (FALSE by default).
 317
 318
 319 BUG FIXES
 320
 321     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 322
 323     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 324       Schliep for the fix)
 325
 326     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 327       documentation has been clarified on the formulae used.
 328
 329
 330 OTHER CHANGES
 331
 332     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 333       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 334
 335     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 336       available) as names.
 337
 338     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 339       to contributions by Klaus Schliep.
 340
 341
 342
 343                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 344
 345
 346 NEW FEATURES
 347
 348     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 349       text to be plotted in different fonts.
 350
 351     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 352       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 353       check that the tip labels are the same in all trees.
 354
 355     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 356       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 357
 358     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 359       now documented.
 360
 361
 362 BUG FIXES
 363
 364     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 365       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 366
 367     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 368       simulating a Brownian motion model.
 369
 370
 371
 372                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 373
 374
 375 NEW FEATURES
 376
 377     o There is now a print method for results from ace().
 378
 379     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 380
 381     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 382       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 383
 384
 385 BUG FIXES
 386
 387     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 388
 389     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 390
 391     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 392       failed).
 393
 394
 395 DEPRECATED & DEFUNCT
 396
 397     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 398
 399     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 400
 401
 402 OTHER CHANGES
 403
 404     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 405
 406     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 407       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 408
 409     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 410       removed.
 411
 412
 413
 414                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 415
 416
 417 NEW FEATURES
 418
 419     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 420
 421     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 422       details).
 423
 424     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 425       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 426
 427     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 428       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 429
 430
 431 BUG FIXES
 432
 433     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 434       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 435
 436     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 437       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 438       The same bug occurred with the 'pie' option.
 439
 440     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 441
 442     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 443       more efficient.
 444
 445     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 446       vertical lines representing the nodes.
 447
 448     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 449       in the correct direction though the tip labels were displayed
 450       correctly.
 451
 452
 453 OTHER CHANGES
 454
 455     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 456       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 457       for the two other functions).
 458
 459
 460
 461                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 462
 463
 464 NEW FEATURES
 465
 466     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 467       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 468       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 469       The latter has a biplot method.
 470
 471     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 472       regression through the origin with testing by permutation.
 473
 474     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 475       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 476
 477     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 478       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 479
 480     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 481       and/or tips on a plotted tree.
 482
 483     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 484       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 485
 486     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 487
 488     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 489
 490     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 491       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 492       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 493       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 494
 495
 496 BUG FIXES
 497
 498     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 499       default options with unrooted or radial trees.
 500
 501     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 502       to Otto Cordero for the fix).
 503
 504
 505 OTHER CHANGES
 506
 507     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 508       in dist.topo().
 509
 510
 511
 512                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 513
 514
 515 NEW FEATURES
 516
 517     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 518       argument.
 519
 520     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 521       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 522       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 523       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 524
 525
 526 BUG FIXES
 527
 528     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 529
 530     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 531       lengths and there is a TRANSLATE block.
 532
 533     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 534       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 535       clarification on this behaviour.
 536
 537     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 538       compressed tip labels.
 539
 540     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 541
 542     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 543       when the tree has branch lengths.
 544
 545     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 546       negative (which resulted in an error).
 547
 548     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 549       returned.
 550
 551
 552
 553                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 554
 555
 556 NEW FEATURES
 557
 558     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 559       default is still to return the proportions.
 560
 561
 562 BUG FIXES
 563
 564     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 565       are now ignored.
 566
 567     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 568       the tree: the argument is now ignored.
 569
 570     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 571       Young for the fix).
 572
 573
 574 OTHER CHANGES
 575
 576     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 577       warning (it returned an error previously).
 578
 579     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 580       been modified (as well as their widths and types) following some
 581       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 582
 583     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 584       using 'pie' or 'thermo'.
 585
 586     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 587       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 588       done now).
 589
 590     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 591       help("ape-defunct") with the quotes.
 592
 593
 594 DEPRECATED & DEFUNCT
 595
 596     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 597       theta.s have been moved from ape to pegas.
 598
 599     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 600
 601
 602
 603                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 604
 605
 606 BUG FIXES
 607
 608     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 609
 610     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 611
 612     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 613       attribute.
 614
 615     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 616
 617     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 618       Phelan for the fix).
 619
 620     o seg.sites() failed when passing a vector.
 621
 622     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 623
 624     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 625
 626
 627
 628                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 629
 630
 631 BUG FIXES
 632
 633     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 634
 635     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 636       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 637
 638     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 639       outgroup correctly.
 640
 641     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 642
 643     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 644       "pruningwise" order.
 645
 646     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 647       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 648       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 649
 650
 651
 652                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 653
 654
 655 NEW FEATURES
 656
 657     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 658
 659     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 660
 661     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 662       corrected with respect to this change.
 663
 664     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 665       to be treated as (un)rooted.
 666
 667
 668 BUG FIXES
 669
 670     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 671       pairwise.deletion = FALSE.
 672
 673     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 674
 675     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 676
 677     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 678
 679     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 680
 681     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 682       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 683       times faster.
 684
 685     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 686
 687     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 688
 689
 690 OTHER CHANGES
 691
 692     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 693
 694     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 695       by inherits(phy, "phylo").
 696
 697     o rcoal() is now faster.
 698
 699
 700 DEPRECATED & DEFUNCT
 701
 702     o klastorin() has been removed.
 703
 704
 705
 706                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 707
 708
 709 NEW FEATURES
 710
 711     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 712       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 713       matrices.
 714
 715     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 716       Yule model by maximum likelihood.
 717
 718     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 719       labels in a flexible way.
 720
 721     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 722       handle individual tree names.
 723
 724     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 725       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 726
 727     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 728
 729
 730 BUG FIXES
 731
 732     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 733
 734     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 735
 736     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 737
 738     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 739       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 740       lasting bug).
 741
 742
 743 OTHER CHANGES
 744
 745     o The data set xenarthra has been removed.
 746
 747
 748
 749                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 750
 751 BUG FIXES
 752
 753     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 754       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 755
 756     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 757
 758
 759 OTHER CHANGES
 760
 761     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 762
 763
 764
 765                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 766
 767
 768 NEW FEATURES
 769
 770     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 771       specifying a node number or label.
 772
 773     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 774       operations of the same names.
 775
 776     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 777       specifying model="N".
 778
 779
 780 BUG FIXES
 781
 782     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 783
 784     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 785       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 786       comments inserted within the trees).
 787
 788     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 789       the number of lineages with non-binary trees.
 790
 791
 792 OTHER CHANGES
 793
 794     o ape has now a namespace.
 795
 796     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 797       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 798
 799
 800
 801                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 802
 803
 804 NEW FEATURES
 805
 806     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 807       'pairwise.deletion'.
 808
 809     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 810       more flexible.
 811
 812
 813 BUG FIXES
 814
 815     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 816      'check.labels = TRUE'.
 817
 818    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 819      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 820      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 821
 822    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 823      breaks in the Newick string.
 824
 825    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 826      gaps.
 827
 828
 829 OTHER CHANGES
 830
 831     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 832       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 833
 834     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 835       which is returned unchanged (instead of an error).
 836
 837     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 838       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 839       read.tree().
 840
 841
 842
 843                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 844
 845
 846 NEW FEATURES
 847
 848     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 849       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 850       truncate and/or make them unique, substituting some
 851       characters, and so on.
 852
 853     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 854       set of DNA sequences.
 855
 856     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 857
 858
 859 BUG FIXES
 860
 861     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 862       already the specified root.
 863
 864     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 865
 866     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 867       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 868
 869     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 870       trees.
 871
 872     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 873       translation of tip labels.
 874
 875     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 876       a single tree with no edge lengths.
 877
 878     o A bug was fixed in sh.test().
 879
 880
 881 OTHER CHANGES
 882
 883     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 884       Minin.
 885
 886     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 887       TRUE by default.
 888
 889     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 890       the Phylip formats.
 891
 892
 893
 894                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 895
 896
 897 NEW FEATURES
 898
 899     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 900       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 901       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 902       (without plotting).
 903
 904     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 905       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 906
 907     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 908       help page for details.
 909
 910     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 911       bootstraped trees (the default is FALSE).
 912
 913     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 914       situations.
 915
 916
 917 BUG FIXES
 918
 919     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 920       first sequence.
 921
 922     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 923       circular tree (type = "r" or "f").
 924
 925     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 926       trees.
 927
 928     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 929       (thanks to Yan Wong for the fix).
 930
 931     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 932
 933     o seg.sites() failed with a list.
 934
 935     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 936       as well and is faster.
 937
 938
 939
 940                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 941
 942
 943 BUG FIXES
 944
 945     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 946
 947     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 948       states by generalized least squares in ace().
 949
 950     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 951
 952     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 953       "cladewise".
 954
 955
 956
 957                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 958
 959
 960 NEW FEATURES
 961
 962     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 963       and [[.
 964
 965     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 966       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 967
 968     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 969       than in plot.default().
 970
 971
 972 BUG FIXES
 973
 974     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 975       list of trees.
 976
 977     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 978       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 979       worked already for thermometers).
 980
 981     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 982
 983
 984 OTHER CHANGES
 985
 986     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 987       as well as a character string.
 988
 989     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 990       'tree.names = NULL'.
 991
 992     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 993       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 994       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 995       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 996       correctly when extracting trees.
 997
 998
 999
1000                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
1001
1002
1003 NEW FEATURES
1004
1005     o The new function rmtree generates lists of random trees.
1006
1007     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
1008       (thanks to Vladimir Minin for the code).
1009
1010
1011 BUG FIXES
1012
1013     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
1014       pairwise.deletion = FALSE.
1015
1016
1017 OTHER CHANGES
1018
1019     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
1020       have been improved so that they are stabler and faster.
1021
1022     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
1023       are loaded only when needed.
1024
1025
1026
1027                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
1028
1029
1030 NEW FEATURES
1031
1032     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
1033       tree using the mouse.
1034
1035     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
1036       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
1037
1038     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
1039       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
1040       an object of class "DNAbin".
1041
1042     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
1043       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
1044
1045     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
1046       as its main argument.
1047
1048     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
1049       improved, and gain several options (see the help page for
1050       details). A legend is now plotted by default.
1051
1052
1053 BUG FIXES
1054
1055     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
1056       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
1057       distances involving sequences with missing values. (Thanks
1058       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
1059
1060     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
1061       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
1062       single line).
1063
1064     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
1065       edges (see OTHER CHANGES).
1066
1067
1068 OTHER CHANGES
1069
1070     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
1071       should be much stabler. The options have been also greatly
1072       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
1073
1074     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
1075
1076     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
1077       been cleaned-up.
1078
1079     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
1080       improved.
1081
1082     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
1083       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
1084       correction applied in previous version did not work in all
1085       situations.
1086
1087     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
1088       "multiPhylo".
1089
1090
1091 DOCUMENTATION
1092
1093     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
1094
1095
1096 DEPRECATED & DEFUNCT
1097
1098     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
1099       lengths.
1100
1101     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
1102
1103
1104
1105                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
1106
1107
1108 NEW FEATURES
1109
1110     o The new function matexpo computes the exponential of a square
1111       matrix.
1112
1113     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
1114       a list.
1115
1116     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
1117       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
1118
1119
1120 BUG FIXES
1121
1122     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
1123       looked for.
1124
1125     o In diversi.time(), the values returned for model C were
1126       incorrect.
1127
1128     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
1129       likelihood in the presence of ties in the branching times.
1130
1131     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
1132       calculations of the transition probabilities for models HKY and
1133       GTR in mlphylo().
1134
1135     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
1136       Bullard).
1137
1138     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
1139       limited number of labelled topologies could be generated.
1140
1141
1142
1143                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
1144
1145
1146 NEW FEATURES
1147
1148     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1149       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1150       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1151       previous programs done by Vincent Lefort.
1152
1153     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1154       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1155       Evol. 24: 58).
1156
1157     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1158       two clades connected to the same node. It works also with
1159       multichotomous nodes.
1160
1161     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1162       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1163       keeping the names and the class.
1164
1165
1166 BUG FIXES
1167
1168     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1169       an error message is now returned.
1170
1171     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1172       to remove.
1173
1174
1175
1176                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1177
1178
1179 NEW FEATURES
1180
1181     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1182       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1183
1184     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1185       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1186       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1187       should be much faster.
1188
1189
1190 BUG FIXES
1191
1192     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1193       from ape 1.10: this is fixed in this version
1194
1195     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1196       object is now returned unchanged.
1197
1198
1199
1200                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1201
1202
1203 NEW FEATURES
1204
1205     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1206       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1207
1208
1209 BUG FIXES
1210
1211     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1212       object when reading multiple trees.
1213
1214     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1215       "phylo").
1216
1217     o unroot() did not work correctly in most cases.
1218
1219     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1220
1221     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1222
1223     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1224       correctly positioned if the option `cex' was used.
1225
1226
1227
1228                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1229
1230
1231 NEW FEATURES
1232
1233     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1234       DNA sequences in binary format (see below).
1235
1236     o Three new functions have been introduced to convert between the
1237       new binary and the character formats.
1238
1239     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1240       single characters into the class "alignment" used by the package
1241       seqinr.
1242
1243     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1244       controlling whether the sequences are returned in binary format
1245       or as character.
1246
1247
1248 BUG FIXES
1249
1250     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1251
1252     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1253       the default setting: this is fixed.
1254
1255     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1256       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1257
1258
1259 OTHER CHANGES
1260
1261     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1262       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1263       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1264       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1265       ca. 60 times faster).
1266
1267
1268
1269                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1270
1271
1272 BUG FIXES
1273
1274     o A bug was fixed in edgelabels().
1275
1276     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1277       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1278       now its tip labels set to "1", "2", ...
1279
1280     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1281       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1282
1283     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1284       initial tree were greater than one: an error message is now
1285       issued.
1286
1287     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1288       invariants: this is fixed.
1289
1290
1291
1292                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1293
1294
1295 NEW FEATURES
1296
1297     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1298       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1299
1300
1301 BUG FIXES
1302
1303     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1304       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1305
1306     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1307
1308     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1309       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1310       prop.clades, and boot.phylo.
1311
1312     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1313       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1314
1315
1316
1317                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1318
1319
1320 NEW FEATURES
1321
1322     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1323       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1324
1325     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1326       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1327       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1328
1329
1330 BUG FIXES
1331
1332     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1333
1334     o Some bugs were fixed in chronopl().
1335
1336     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1337       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1338
1339     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1340       fixed.
1341
1342
1343 OTHER CHANGES
1344
1345     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1346       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1347       format are still returned in a list.
1348
1349     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1350       it could not be used from the generic.
1351
1352
1353 DEPRECATED & DEFUNCT
1354
1355     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1356       since ape 1.9.
1357
1358
1359
1360                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1361
1362
1363 BUG FIXES
1364
1365     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1366       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1367
1368     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1369       unrooted tree in most cases.
1370
1371     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1372       particularly of the BX-series.
1373
1374     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1375       fixed
1376
1377
1378
1379                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1380
1381
1382 NEW FEATURES
1383
1384     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1385       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1386       displayed in a compact and informative way.
1387
1388     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1389       for converting between the old and new coding of the class
1390       "phylo".
1391
1392     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1393       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1394
1395     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1396       available to compute branch lengths.
1397
1398     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1399
1400
1401 BUG FIXES
1402
1403     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1404       multichotomous trees: this is fixed.
1405
1406     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1407       returned unchanged.
1408
1409     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1410       models: this is fixed.
1411
1412     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1413       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1414       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1415       accepts trees with no branch lengths.
1416
1417     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1418       user distribution was specified. This has been corrected, and
1419       the help page of this function has been expanded.
1420
1421
1422 OTHER CHANGES
1423
1424     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1425       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1426       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1427       functions has been improved.
1428
1429     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1430       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1431
1432     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1433
1434     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1435       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1436
1437     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1438       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1439       labels.
1440
1441     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1442
1443     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1444       been removed.
1445
1446     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1447
1448     o The use of node.depth() has been simplified.
1449
1450
1451
1452                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1453
1454
1455 NEW FEATURES
1456
1457     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1458       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1459       sequences in NEXUS files.
1460
1461     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1462       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1463       reorder(tr).
1464
1465     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1466       edge.
1467
1468     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1469       in NEXUS format.
1470
1471
1472 BUG FIXES
1473
1474     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1475       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1476
1477     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1478       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1479       Newick format (parentheses, etc.)
1480
1481     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1482       now fixed.
1483
1484
1485
1486                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1487
1488
1489 NEW FEATURES
1490
1491     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1492       Hasegawa test.
1493
1494     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1495       single descendant from a tree.
1496
1497     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1498       colours of the tips.
1499
1500     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1501       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1502
1503
1504 BUG FIXES
1505
1506     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1507       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1508
1509     o ace() returned a list with no class so that the generic
1510       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1511       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1512
1513     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1514       of freedom: this is fixed.
1515
1516     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1517       a data frame: this is fixed.
1518
1519     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1520       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1521
1522
1523 OTHER CHANGES
1524
1525     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1526       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1527       respectively.
1528
1529
1530
1531                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1532
1533
1534 NEW FEATURES
1535
1536     o There are four new `method' functions to be used with the
1537       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1538
1539     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1540       change the title, and `col' to control the colour of the
1541       segments showing the AIC values.
1542
1543     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1544       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1545       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1546       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1547
1548     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1549       represent proportions, with any number of categories, as
1550       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1551       there is now no limitation on the number of categories.
1552
1553
1554 BUG FIXES
1555
1556     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1557       fixed.
1558
1559     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1560       in the tree: this is fixed.
1561
1562     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1563       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1564
1565     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1566       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1567
1568     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1569       is fixed and a message error is now returned.
1570
1571     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1572       the calculation of P-values.
1573
1574     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1575       and in the variables were different: this is fixed.
1576
1577
1578
1579                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1580
1581
1582 NEW FEATURES
1583
1584     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1585       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1586       is used to define the substitution model which may include
1587       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1588       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1589       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1590       functionality is limited to estimating the substitution and
1591       associated parameters and computing the likelihood.
1592
1593     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1594       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1595       warning message is printed if there is not enough degrees of
1596       freedom.
1597
1598
1599 BUG FIXES
1600
1601     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1602       though with no consequence.
1603
1604
1605
1606                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1607
1608
1609 NEW FEATURES
1610
1611     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1612       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1613       documented on the same help page.
1614
1615
1616 BUG FIXES
1617
1618     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1619       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1620       boot.phylo, or consensus.
1621
1622     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1623       more than one element: this is fixed.
1624
1625     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1626       has been corrected.
1627
1628     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1629       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1630       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1631
1632
1633 OTHER CHANGES
1634
1635     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1636       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1637       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1638
1639
1640
1641                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1642
1643
1644 NEW FEATURES
1645
1646     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1647       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1648
1649     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1650       list of trees.
1651
1652     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1653       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1654
1655     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1656       tree together with ancestral values, as returned by the above
1657       function.
1658
1659     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1660       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1661
1662     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1663
1664     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1665       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1666
1667     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1668
1669     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1670       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1671
1672     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1673       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1674       and summary (to extract the numbers) methods.
1675
1676     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1677       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1678
1679     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1680       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1681       respectively.
1682
1683     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1684
1685
1686 BUG FIXES
1687
1688     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1689       handled corretly, and node labels are now output normally.
1690
1691     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1692       in some cases.
1693
1694     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1695       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1696       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1697       warning message is now returned; this latter bug was also
1698       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1699
1700     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1701       is now returned.
1702
1703     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1704       was not always correctly dispatched.
1705
1706     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1707       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1708
1709
1710 OTHER CHANGES
1711
1712     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1713
1714     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1715
1716     o Various error and warning messages have been improved.
1717
1718
1719
1720                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1721 NEW FEATURES
1722
1723     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1724       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1725       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1726
1727     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1728       of directional evolution for continuous characters. The user
1729       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1730       changes.
1731
1732     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1733       "phylo") is rooted.
1734
1735     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1736       the possibility to specify the function that generates the
1737       inter-nodes distances.
1738
1739     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1740       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1741
1742     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1743       to three classes) on the nodes of a tree.
1744
1745     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1746       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1747       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1748       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1749       3) are now handled correctly.
1750
1751     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1752       for Penny and Henny's method (already available before and now
1753       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1754       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1755
1756     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1757       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1758       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1759       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1760
1761     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1762       DNA sequences by specifying model = "raw".
1763
1764     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1765       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1766       `full = FALSE'.
1767
1768
1769 BUG FIXES
1770
1771     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1772
1773     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1774       they are now considered as missing data.
1775
1776     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1777       fixed.
1778
1779     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1780       and the function has been improved and is now faster.
1781
1782     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1783       incorrect.
1784
1785     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1786       this is fixed.
1787
1788     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1789       rooted and unrooted trees.
1790
1791     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1792       fixed.
1793
1794     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1795
1796
1797
1798                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1799
1800
1801 NEW FEATURES
1802
1803     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1804       between two trees.
1805
1806     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1807       phylogeny estimation.
1808
1809     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1810       bipartitions from a series of trees.
1811
1812
1813 OTHER CHANGES
1814
1815     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1816       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1817       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1818
1819
1820 BUG FIXES
1821
1822     o Several bugs were fixed in read.dna().
1823
1824     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1825
1826     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1827       lengths: this is fixed.
1828
1829     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1830       tree: this is fixed.
1831
1832
1833
1834                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1835
1836
1837 NEW FEATURES
1838
1839     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1840       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1841       latter implements the representation of binary trees introduced by
1842       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1843       as.matching() has been introduced as well.
1844
1845     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1846       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1847
1848     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1849       from a sample a DNA sequences.
1850
1851     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1852       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1853       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1854       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1855       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1856       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1857       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1858       `GCcontent' has been removed.
1859
1860     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1861       whether to return the species names of the organisms in addition
1862       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1863       behaviour).
1864
1865     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1866
1867     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1868       new root edge if internal branches are trimmed.
1869
1870
1871 BUG FIXES
1872
1873     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1874       is fixed.
1875
1876     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1877       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1878       different representations (a report was printed previously).
1879
1880     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1881       this is fixed.
1882
1883
1884 OTHER CHANGES
1885
1886     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1887       which there is a print method.
1888
1889
1890
1891                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1892
1893
1894 NEW FEATURES
1895
1896     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1897       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1898       Evol., 4:406).
1899
1900     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1901       that belong to a group specified as a set of tips.
1902
1903     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1904       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1905       "phylo".
1906
1907     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1908       phylogeny plot.
1909
1910     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1911       in different cases and giving a number of tips.
1912
1913     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1914       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1915       line.
1916
1917     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1918       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1919       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1920       marked with the option `subtree' (see below).
1921
1922     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1923       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1924       deleted and where.
1925
1926     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1927       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1928       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1929
1930     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1931       edge lengths into account.
1932
1933     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1934       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1935       they are propagated to the vertical line that link them.
1936
1937
1938 BUG FIXES
1939
1940     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1941       crashing. This is fixed.
1942
1943     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1944       now properly recycled; their default values are now "black" and
1945       1, respectively.
1946
1947     o A bug has been fixed in write.nexus().
1948
1949
1950 OTHER CHANGES
1951
1952     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1953       replaced by a C code.
1954
1955
1956
1957                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1958
1959
1960 NEW FEATURES
1961
1962     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1963       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1964
1965     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1966       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1967       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1968       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1969       limit (as before).
1970
1971
1972
1973                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1974
1975
1976 NEW FEATURES
1977
1978     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1979       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1980       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1981       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1982       display graphically the AIC values of each model.
1983
1984     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1985       a model where the speciation rate is affected by several species
1986       traits through a generalized linear model. The parameters are
1987       estimated by maximum likelihood.
1988
1989     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1990       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1991       species given a phylogeny under different models of evolution.
1992       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1993       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1994       Initialize.corPhyl() function associated.
1995
1996     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1997       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1998
1999     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
2000       a plot method.
2001
2002     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
2003       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
2004       correlograms.
2005
2006     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
2007       of a subtree defined by a particular node.
2008
2009     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
2010       given parent node.
2011
2012     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
2013       a tree according to a specified method.
2014
2015     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
2016       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
2017       the global graphical parameter), "direction" which allows to
2018       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
2019       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
2020
2021
2022 BUG FIXES
2023
2024     o Some functions which try to match tip labels and names of
2025       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
2026       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
2027       match, they are ignored and a warning message is now issued.
2028       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
2029       have been clarified on this point.
2030
2031
2032
2033                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
2034
2035
2036 NEW FEATURES
2037
2038     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
2039       to a specified outgroup.
2040
2041     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
2042
2043     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
2044       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
2045       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
2046       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
2047       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
2048       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
2049       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
2050
2051     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
2052
2053
2054 BUG FIXES
2055
2056     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
2057       lengths: this is fixed.
2058
2059     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
2060       plotted with some line crossings: this is now fixed.
2061
2062
2063
2064                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
2065
2066
2067 NEW FEATURES
2068
2069     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
2070       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
2071       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
2072
2073     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
2074       has been included.
2075
2076
2077 BUG FIXES
2078
2079     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
2080
2081
2082 OTHER CHANGES
2083
2084     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
2085       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
2086
2087
2088
2089                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
2090
2091
2092 NEW FEATURES
2093
2094     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
2095       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
2096       speciation and extinction rates.
2097
2098
2099 OTHER CHANGES
2100
2101     o The package gee is no more required by ape but only suggested
2102       since only the function compar.gee() calls gee.
2103
2104
2105
2106                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
2107
2108
2109 NEW FEATURES
2110
2111     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
2112       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
2113       demographic history from genealogies using a reversible jump
2114       MCMC have been introduced.
2115
2116     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
2117       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
2118
2119
2120
2121                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
2122
2123
2124 NEW FEATURES
2125
2126     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
2127       without branch lengths.
2128
2129     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
2130       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
2131       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
2132       arguments (see `?ltt.plot' for details).
2133
2134
2135 BUG FIXES
2136
2137     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
2138       this is fixed.
2139
2140     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
2141       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
2142
2143
2144 OTHER CHANGES
2145
2146     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
2147       algorithm: it is now about four times faster.
2148
2149     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2150       twice faster.
2151
2152
2153
2154                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2155
2156
2157 NEW FEATURES
2158
2159     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2160       sample of DNA sequences.
2161
2162
2163 BUG FIXES
2164
2165     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2166       1.2-1 was fixed.
2167
2168     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2169       help pages.
2170
2171
2172
2173                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2174
2175
2176 NEW FEATURES
2177
2178     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2179       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2180
2181
2182 BUG FIXES
2183
2184     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2185       comment blocks were not read correctly.
2186
2187     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2188       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2189       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2190       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2191       a warning message is now issued.
2192
2193
2194
2195                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2196
2197
2198 NEW FEATURES
2199
2200     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2201       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2202       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2203       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2204       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2205       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2206       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2207       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2208       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2209       see the respective help pages for details.
2210
2211     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2212       focusing on a small portion of it.
2213
2214     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2215       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2216
2217     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2218       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2219       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2220       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2221       (see below); the default behaviour is no more to display the
2222       sequences on the standard output. Several options have been
2223       introduced to control the sequence printing in a flexible
2224       way. The help page has been extended.
2225
2226     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2227
2228
2229 BUG FIXES
2230
2231     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2232       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2233
2234     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2235
2236     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2237       function did not work with `format = "interleaved"'.
2238
2239     o Various errors were corrected in the help pages.
2240
2241
2242 OTHER CHANGES
2243
2244     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2245       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2246       the corresponding generic function.
2247
2248     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2249       since gamma() is a generic function.
2250
2251
2252
2253                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2254
2255
2256 BUG FIXES
2257
2258     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2259       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2260       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2261       vector of length 4 is always returned).
2262
2263     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2264       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2265       command in the NEXUS file, and that the commands were
2266       case-sensitive.
2267
2268
2269
2270                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2271
2272
2273 NEW FEATURES
2274
2275     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2276       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2277
2278     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2279       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2280       sylvaticus).
2281
2282
2283 BUG FIXES
2284
2285     o A bug in read.nexus() was fixed.
2286
2287     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2288       The function has been completely re-written and its help page
2289       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2290       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2291       spaces (this behaviour was undocumented).
2292
2293     o A bug was fixed in write.dna().
2294
2295
2296
2297                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2298
2299
2300 BUG FIXES
2301
2302     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2303
2304     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2305       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2306
2307
2308
2309                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2310
2311
2312 NEW FEATURES
2313
2314     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2315       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2316       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2317       the function klastorin()).
2318
2319     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2320       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2321       as.phylo for details).
2322
2323     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2324       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2325       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2326       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2327       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2328
2329     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2330       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2331
2332     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2333       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2334       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2335       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2336       (this behaviour was undocumented).
2337
2338     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2339       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2340       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2341
2342     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2343       the estimated parameters using profile likelihood.
2344
2345     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2346       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2347       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2348
2349
2350 BUG FIXES
2351
2352     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2353
2354     o A bug in plot.mst() was fixed.
2355
2356     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2357       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2358
2359
2360
2361                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2362
2363
2364 NEW FEATURES
2365
2366     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2367       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2368
2369     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2370       in a NEXUS file.
2371
2372     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2373       possibly handling root edges to give internal branches.
2374
2375     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2376       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2377
2378     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2379
2380     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2381       branches with different colours and/or different widths, showing the
2382       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2383       the labels, and controling the space around the plot.
2384
2385     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2386       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2387       objects of class "phylo" is now optional.
2388
2389     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2390       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2391       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2392       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2393
2394     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2395       to read the tree in a variable of mode character.
2396
2397     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2398       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2399
2400
2401
2402                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2403
2404
2405 BUG FIXES
2406
2407     o Several bugs were fixed in the help pages.
2408
2409
2410
2411                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2412
2413
2414 NEW FEATURES
2415
2416     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2417       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2418
2419     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2420       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2421       extinction rates.
2422
2423     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2424       tree.
2425
2426     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2427
2428     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2429       as well as some methods are introduced.
2430
2431     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2432       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2433       population size through time are introduced and replace the function
2434       skyline.plot() in version 0.1.
2435
2436     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2437       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2438       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2439       Democratic Republic of Congo.
2440
2441
2442 DEPRECATED & DEFUNCT
2443
2444     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2445       replaced by more elaborate functions (see above).
2446
2447
2448 BUG FIXES
2449
2450     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2451       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2452       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2453       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2454
2455     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2456       AICs and LRTs.
2457
2458     o Various errors were corrected in the help pages.