NEWS

   1                 CHANGES IN APE VERSION 3.0-1
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o dist.dna() has two new models: "indel" and "indelblock".
   7
   8     o bind.tree() now accepts 'position' > 0 when the trees have no
   9       banch length permitting to create a node in 'x' when grafting
  10       'y' (see ?bind.tree for details).
  11
  12
  13 BUG FIXES
  14
  15     o cophyloplot( , rotate = TRUE) made R hanged after a few clicks.
  16       Also the tree is no more plotted twice.
  17
  18     o read.GenBank() has been updated to work with EFetch 2.0.
  19
  20
  21
  22                 CHANGES IN APE VERSION 3.0
  23
  24
  25 NEW FEATURES
  26
  27     o The three functions dyule, dbd, and dbdTime calculate the
  28       density probability (i.e., the distribution of the number of
  29       species) for the Yule, the constant and the time-dependent
  30       birth-beath models, respectively. These probabilities can be
  31       conditional on no extinction and/or on a log-scale.
  32
  33     o plot.phylo() has a new option 'rotate.tree' to rotate unrooted,
  34       fan, or radial trees around the center of the plot.
  35
  36     o boot.phylo() and prop.clades() have a new option rooted =
  37       FALSE. Note that the behaviour of prop.part() is unchanged.
  38
  39     o edgelabels() has a new option 'date' to place labels on edges of
  40       chronograms using the time scale (suggestion by Rob Lanfear).
  41
  42
  43 BUG FIXES
  44
  45     o In chronopl(), the code setting the initial dates failed in
  46       complicated settings (several dates known within intervals).
  47       This has been generally improved and should result in faster
  48       and more efficient convergence even in simple settings.
  49
  50     o mantel.test() sometimes returned P-values > 1 with the default
  51       two-tailed test.
  52
  53     o extract.clade() sometimes shuffled some tip labels (thanks to
  54       Ludovic Mallet and Mahendra Mariadassou for the fix).
  55
  56     o clustal() should now find by default the executable under Windows.
  57
  58
  59 OTHER CHANGES
  60
  61     o The code of yule() has been simplified and is now much faster for
  62       big trees.
  63
  64     o The code of mantel.test() has been adjusted to be consistent
  65       with common permutation tests.
  66
  67     o The C code of base.freq() has been improved and is now nearly 8
  68       times faster.
  69
  70     o The option 'original.data' of write.nexus() is now deprecated and
  71       will be removed in a future release.
  72
  73     o The code of is.ultrametric() has been improved and is now 3 times
  74       faster.
  75
  76     o The code of vcv.phylo() has been improved and is now 10 or 30
  77       times faster for 100 or 1000 tips, respectively. Consequently,
  78       fitting models with PGLS will be faster overall.
  79
  80
  81
  82                 CHANGES IN APE VERSION 2.8
  83
  84
  85 NEW FEATURES
  86
  87     o Twelve new functions have been written by Andrei-Alin Popescu:
  88       additive, ultrametric, is.compatible, arecompatible, mvr, mvrs,
  89       njs, bionjs, SDM, treePop, triangMtd, triangMtd*.
  90
  91     o A new class "bitsplits" has been created by Andrei-Alin Popescu
  92       to code splits (aka, bipartition).
  93
  94     o There is a new generic function as.bitsplits with a method to
  95       convert from the class "prop.part" to the class "bitsplits".
  96
  97     o The new function ltt.coplot plots on the same scales a tree and
  98       the derived LTT plot.
  99
 100     o ltt.plot() has two new options: backward and tol. It can now
 101       handle non-ultrametic trees and its internal coding has been
 102       improved. The coordinates of the plot can now be computed with
 103       the new function ltt.plot.coords.
 104
 105
 106 BUG FIXES
 107
 108     o prop.part() crashed if some trees had some multichotomies.
 109
 110
 111
 112                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-3
 113
 114
 115 NEW FEATURES
 116
 117     o The new function compute.brtime computes and sets branching times.
 118
 119     o mantel.test() has a new argument 'alternative' which is
 120       "two-sided" by default. Previously, this test was one-tailed
 121       with no possibility to change.
 122
 123     o ace() can now do REML estimation with continuous characters,
 124       giving better estimates of the variance of the Brownian motion
 125       process.
 126
 127
 128 BUG FIXES
 129
 130     o Branch lengths were wrongly updated with bind.tree(, where = <tip>,
 131       position = 0). (Thanks to Liam Revell for digging this bug out.)
 132
 133     o Simulation of OU process with rTraitCont() did not work correctly.
 134       This now uses formula from Gillespie (1996) reduced to a BM
 135       process when alpha = 0 to avoid division by zero. The option
 136       'linear' has been removed.
 137
 138     o Cross-validation in chronopl() did not work when 'age.max' was
 139       used.
 140
 141     o consensus(, p = 0.5) could return an incorrect tree if some
 142       incompatible splits occur in 50% of the trees (especially with
 143       small number of trees).
 144
 145     o c() with "multiPhylo" did not work correctly (thanks to Klaus
 146       Schliep for the fix).
 147
 148     o root() failed in some cases with an outgroup made of several tips.
 149       The help page has been clarified a bit.
 150
 151
 152
 153                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-2
 154
 155
 156 NEW FEATURES
 157
 158     o There is a new class "evonet" to code evolutionary networks, with
 159       a constructor function evonet(), a print() and a plot() methods,
 160       and four conversion methods to the classes "phylo", "networx",
 161       "network", and "igraph".
 162
 163     o The new function rTraitMult does multivariate traits simulation
 164       with user-defined models.
 165
 166     o plot.phylo() has a new option 'plot = TRUE'. If FALSE, the tree
 167       is not plotted but the graphical device is set and the
 168       coordinates are saved as usual.
 169
 170     o diversity.contrast.test() gains a fourth version of the test with
 171       method = "logratio"; the literature citations have been clarified.
 172
 173     o add.scale.bar() has two new options, 'lwd' and 'lcol', to modify
 174       the aspect of the bar.
 175
 176     o boot.phylo() now displays a progress bar by default (can be off
 177       if 'quiet = TRUE').
 178
 179     o There is a new predict() method for compar.gee().
 180
 181
 182 BUG FIXES
 183
 184     o bionj() made R crash if distances were too large. It now returns
 185       an error if at least one distance is greater than 100.
 186
 187     o drop.tip() returned a wrong tree if 'tip' was of zero length.
 188
 189     o read.nexus.data() failed with URLs.
 190
 191     o boot.phylo() returned overestimated support values in the
 192       presence of identical or nearly identical sequences.
 193
 194
 195 OTHER CHANGES
 196
 197     o The data bird.families, bird.orders, cynipids, and woodmouse are
 198       now provided as .rda files.
 199
 200
 201
 202                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-1
 203
 204
 205 NEW FEATURES
 206
 207     o The new function trex does tree exploration with multiple
 208       graphical devices.
 209
 210     o The new function kronoviz plots several rooted (dated) trees on
 211       the scale scale.
 212
 213     o identify.phylo() has a new option 'quiet' (FALSE by default).
 214
 215
 216 BUG FIXES
 217
 218     o A bug was introduced in read.nexus() in ape 2.7.
 219
 220     o image.DNAbin() did not colour correctly the bases if there were
 221       some '-' and no 'N'.
 222
 223     o .compressTipLabel() failed with a list with a single tree.
 224
 225     o identify.phylo() returned a wrong answer when the x- and y-scales
 226       are very different.
 227
 228     o write.nexus() failed with lists of trees with compressed labels.
 229
 230
 231 OTHER CHANGES
 232
 233     o identify.phylo() now returns NULL if the user right- (instead of
 234       left-) clicks (an error was returned previously).
 235
 236     o read.nexus() should be robust to commands inserted in the TREES
 237       block.
 238
 239
 240
 241                 CHANGES IN APE VERSION 2.7
 242
 243
 244 NEW FEATURES
 245
 246     o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
 247       alignments in a flexible and efficient way.
 248
 249     o Two new functions as.network.phylo and as.igraph.phylo convert
 250       trees of class "phylo" into these respective network classes
 251       defined in the packages of the same names.
 252
 253     o The three new functions clustal, muscle, and tcoffee perform
 254       nucleotide sequence alignment by calling the external programs
 255       of the same names.
 256
 257     o Four new functions, diversity.contrast.test, mcconwaysims.test,
 258       richness.yule.test, and slowinskiguyer.test, implement various
 259       tests of diversification shifts using sister-clade comparisons.
 260
 261     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
 262       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
 263
 264     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a
 265       list of trees with names.
 266
 267
 268 BUG FIXES
 269
 270     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
 271
 272     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
 273       present.
 274
 275     o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
 276
 277     o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
 278       was not the root.
 279
 280
 281 OTHER CHANGES
 282
 283     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
 284
 285     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
 286
 287     o The matching representation has now only two columns as the third
 288       column was redundant.
 289
 290
 291
 292                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
 293
 294
 295 NEW FEATURES
 296
 297     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
 298       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
 299
 300
 301 BUG FIXES
 302
 303     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
 304
 305     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 306       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
 307
 308     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
 309       length.
 310
 311     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
 312       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
 313
 314     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
 315       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
 316       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
 317
 318
 319 OTHER CHANGES
 320
 321     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
 322
 323     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
 324       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
 325       man page of as.matching().
 326
 327
 328
 329                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
 330
 331
 332 NEW FEATURES
 333
 334     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
 335       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
 336       second function requires Phylip to be installed on the computer.
 337
 338     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
 339       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
 340
 341
 342 BUG FIXES
 343
 344     o write.tree() failed to output correctly tree names.
 345
 346     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
 347       multichotomous trees.
 348
 349     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
 350       turned off.
 351
 352     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
 353
 354     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
 355
 356     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
 357       = FALSE.
 358
 359     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 360       cutree() or rect.hclust().
 361
 362     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 363       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 364
 365     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 366       Jeremy Beaulieu.
 367
 368
 369
 370                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 371
 372
 373 NEW FEATURES
 374
 375     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 376       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 377       and shallowest divergence tree.
 378
 379
 380 BUG FIXES
 381
 382     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 383
 384     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 385
 386     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 387       Filipe Vieira for the fix).
 388
 389
 390
 391                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 392
 393
 394 NEW FEATURES
 395
 396     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 397       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 398       use continuous time algorithms.
 399
 400     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 401       phylogeny.
 402
 403     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 404       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 405       extinction into account.
 406
 407     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 408       discrete characters.
 409
 410     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 411       frequencies from a pair of sequences.
 412
 413     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 414
 415     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 416       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 417
 418     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 419       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 420       and height = NULL.
 421
 422     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 423       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 424       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 425       results has also been improved.
 426
 427     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 428       the gene (FALSE by default).
 429
 430
 431 BUG FIXES
 432
 433     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 434
 435     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 436       Schliep for the fix)
 437
 438     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 439       documentation has been clarified on the formulae used.
 440
 441
 442 OTHER CHANGES
 443
 444     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 445       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 446
 447     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 448       available) as names.
 449
 450     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 451       to contributions by Klaus Schliep.
 452
 453
 454
 455                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 456
 457
 458 NEW FEATURES
 459
 460     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 461       text to be plotted in different fonts.
 462
 463     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 464       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 465       check that the tip labels are the same in all trees.
 466
 467     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 468       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 469
 470     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 471       now documented.
 472
 473
 474 BUG FIXES
 475
 476     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 477       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 478
 479     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 480       simulating a Brownian motion model.
 481
 482
 483
 484                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 485
 486
 487 NEW FEATURES
 488
 489     o There is now a print method for results from ace().
 490
 491     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 492
 493     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 494       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 495
 496
 497 BUG FIXES
 498
 499     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 500
 501     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 502
 503     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 504       failed).
 505
 506
 507 DEPRECATED & DEFUNCT
 508
 509     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 510
 511     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 512
 513
 514 OTHER CHANGES
 515
 516     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 517
 518     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 519       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 520
 521     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 522       removed.
 523
 524
 525
 526                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 527
 528
 529 NEW FEATURES
 530
 531     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 532
 533     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 534       details).
 535
 536     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 537       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 538
 539     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 540       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 541
 542
 543 BUG FIXES
 544
 545     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 546       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 547
 548     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 549       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 550       The same bug occurred with the 'pie' option.
 551
 552     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 553
 554     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 555       more efficient.
 556
 557     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 558       vertical lines representing the nodes.
 559
 560     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 561       in the correct direction though the tip labels were displayed
 562       correctly.
 563
 564
 565 OTHER CHANGES
 566
 567     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 568       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 569       for the two other functions).
 570
 571
 572
 573                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 574
 575
 576 NEW FEATURES
 577
 578     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 579       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 580       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 581       The latter has a biplot method.
 582
 583     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 584       regression through the origin with testing by permutation.
 585
 586     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 587       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 588
 589     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 590       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 591
 592     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 593       and/or tips on a plotted tree.
 594
 595     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 596       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 597
 598     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 599
 600     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 601
 602     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 603       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 604       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 605       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 606
 607
 608 BUG FIXES
 609
 610     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 611       default options with unrooted or radial trees.
 612
 613     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 614       to Otto Cordero for the fix).
 615
 616
 617 OTHER CHANGES
 618
 619     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 620       in dist.topo().
 621
 622
 623
 624                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 625
 626
 627 NEW FEATURES
 628
 629     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 630       argument.
 631
 632     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 633       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 634       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 635       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 636
 637
 638 BUG FIXES
 639
 640     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 641
 642     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 643       lengths and there is a TRANSLATE block.
 644
 645     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 646       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 647       clarification on this behaviour.
 648
 649     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 650       compressed tip labels.
 651
 652     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 653
 654     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 655       when the tree has branch lengths.
 656
 657     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 658       negative (which resulted in an error).
 659
 660     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 661       returned.
 662
 663
 664
 665                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 666
 667
 668 NEW FEATURES
 669
 670     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 671       default is still to return the proportions.
 672
 673
 674 BUG FIXES
 675
 676     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 677       are now ignored.
 678
 679     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 680       the tree: the argument is now ignored.
 681
 682     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 683       Young for the fix).
 684
 685
 686 OTHER CHANGES
 687
 688     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 689       warning (it returned an error previously).
 690
 691     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 692       been modified (as well as their widths and types) following some
 693       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 694
 695     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 696       using 'pie' or 'thermo'.
 697
 698     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 699       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 700       done now).
 701
 702     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 703       help("ape-defunct") with the quotes.
 704
 705
 706 DEPRECATED & DEFUNCT
 707
 708     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 709       theta.s have been moved from ape to pegas.
 710
 711     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 712
 713
 714
 715                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 716
 717
 718 BUG FIXES
 719
 720     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 721
 722     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 723
 724     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 725       attribute.
 726
 727     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 728
 729     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 730       Phelan for the fix).
 731
 732     o seg.sites() failed when passing a vector.
 733
 734     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 735
 736     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 737
 738
 739
 740                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 741
 742
 743 BUG FIXES
 744
 745     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 746
 747     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 748       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 749
 750     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 751       outgroup correctly.
 752
 753     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 754
 755     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 756       "pruningwise" order.
 757
 758     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 759       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 760       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 761
 762
 763
 764                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 765
 766
 767 NEW FEATURES
 768
 769     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 770
 771     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 772
 773     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 774       corrected with respect to this change.
 775
 776     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 777       to be treated as (un)rooted.
 778
 779
 780 BUG FIXES
 781
 782     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 783       pairwise.deletion = FALSE.
 784
 785     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 786
 787     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 788
 789     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 790
 791     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 792
 793     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 794       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 795       times faster.
 796
 797     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 798
 799     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 800
 801
 802 OTHER CHANGES
 803
 804     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 805
 806     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 807       by inherits(phy, "phylo").
 808
 809     o rcoal() is now faster.
 810
 811
 812 DEPRECATED & DEFUNCT
 813
 814     o klastorin() has been removed.
 815
 816
 817
 818                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 819
 820
 821 NEW FEATURES
 822
 823     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 824       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 825       matrices.
 826
 827     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 828       Yule model by maximum likelihood.
 829
 830     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 831       labels in a flexible way.
 832
 833     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 834       handle individual tree names.
 835
 836     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 837       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 838
 839     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 840
 841
 842 BUG FIXES
 843
 844     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 845
 846     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 847
 848     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 849
 850     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 851       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 852       lasting bug).
 853
 854
 855 OTHER CHANGES
 856
 857     o The data set xenarthra has been removed.
 858
 859
 860
 861                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 862
 863 BUG FIXES
 864
 865     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 866       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 867
 868     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 869
 870
 871 OTHER CHANGES
 872
 873     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 874
 875
 876
 877                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 878
 879
 880 NEW FEATURES
 881
 882     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 883       specifying a node number or label.
 884
 885     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 886       operations of the same names.
 887
 888     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 889       specifying model="N".
 890
 891
 892 BUG FIXES
 893
 894     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 895
 896     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 897       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 898       comments inserted within the trees).
 899
 900     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 901       the number of lineages with non-binary trees.
 902
 903
 904 OTHER CHANGES
 905
 906     o ape has now a namespace.
 907
 908     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 909       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 910
 911
 912
 913                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 914
 915
 916 NEW FEATURES
 917
 918     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 919       'pairwise.deletion'.
 920
 921     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 922       more flexible.
 923
 924
 925 BUG FIXES
 926
 927     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 928      'check.labels = TRUE'.
 929
 930    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 931      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 932      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 933
 934    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 935      breaks in the Newick string.
 936
 937    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 938      gaps.
 939
 940
 941 OTHER CHANGES
 942
 943     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 944       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 945
 946     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 947       which is returned unchanged (instead of an error).
 948
 949     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 950       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 951       read.tree().
 952
 953
 954
 955                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 956
 957
 958 NEW FEATURES
 959
 960     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 961       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 962       truncate and/or make them unique, substituting some
 963       characters, and so on.
 964
 965     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 966       set of DNA sequences.
 967
 968     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 969
 970
 971 BUG FIXES
 972
 973     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 974       already the specified root.
 975
 976     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 977
 978     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 979       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 980
 981     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 982       trees.
 983
 984     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 985       translation of tip labels.
 986
 987     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 988       a single tree with no edge lengths.
 989
 990     o A bug was fixed in sh.test().
 991
 992
 993 OTHER CHANGES
 994
 995     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 996       Minin.
 997
 998     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 999       TRUE by default.
1000
1001     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
1002       the Phylip formats.
1003
1004
1005
1006                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
1007
1008
1009 NEW FEATURES
1010
1011     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
1012       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
1013       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
1014       (without plotting).
1015
1016     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
1017       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
1018
1019     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
1020       help page for details.
1021
1022     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
1023       bootstraped trees (the default is FALSE).
1024
1025     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
1026       situations.
1027
1028
1029 BUG FIXES
1030
1031     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
1032       first sequence.
1033
1034     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
1035       circular tree (type = "r" or "f").
1036
1037     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
1038       trees.
1039
1040     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
1041       (thanks to Yan Wong for the fix).
1042
1043     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
1044
1045     o seg.sites() failed with a list.
1046
1047     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
1048       as well and is faster.
1049
1050
1051
1052                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
1053
1054
1055 BUG FIXES
1056
1057     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
1058
1059     o An error was fixed in the computation of ancestral character
1060       states by generalized least squares in ace().
1061
1062     o di2multi() did not modify node labels correctly.
1063
1064     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
1065       "cladewise".
1066
1067
1068
1069                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
1070
1071
1072 NEW FEATURES
1073
1074     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
1075       and [[.
1076
1077     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
1078       (FALSE by default) as well as its code being improved.
1079
1080     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
1081       than in plot.default().
1082
1083
1084 BUG FIXES
1085
1086     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
1087       list of trees.
1088
1089     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
1090       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
1091       worked already for thermometers).
1092
1093     o read.nexus() generally failed to read very big files.
1094
1095
1096 OTHER CHANGES
1097
1098     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
1099       as well as a character string.
1100
1101     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
1102       'tree.names = NULL'.
1103
1104     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
1105       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
1106       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
1107       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
1108       correctly when extracting trees.
1109
1110
1111
1112                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
1113
1114
1115 NEW FEATURES
1116
1117     o The new function rmtree generates lists of random trees.
1118
1119     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
1120       (thanks to Vladimir Minin for the code).
1121
1122
1123 BUG FIXES
1124
1125     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
1126       pairwise.deletion = FALSE.
1127
1128
1129 OTHER CHANGES
1130
1131     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
1132       have been improved so that they are stabler and faster.
1133
1134     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
1135       are loaded only when needed.
1136
1137
1138
1139                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
1140
1141
1142 NEW FEATURES
1143
1144     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
1145       tree using the mouse.
1146
1147     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
1148       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
1149
1150     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
1151       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
1152       an object of class "DNAbin".
1153
1154     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
1155       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
1156
1157     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
1158       as its main argument.
1159
1160     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
1161       improved, and gain several options (see the help page for
1162       details). A legend is now plotted by default.
1163
1164
1165 BUG FIXES
1166
1167     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
1168       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
1169       distances involving sequences with missing values. (Thanks
1170       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
1171
1172     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
1173       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
1174       single line).
1175
1176     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
1177       edges (see OTHER CHANGES).
1178
1179
1180 OTHER CHANGES
1181
1182     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
1183       should be much stabler. The options have been also greatly
1184       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
1185
1186     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
1187
1188     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
1189       been cleaned-up.
1190
1191     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
1192       improved.
1193
1194     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
1195       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
1196       correction applied in previous version did not work in all
1197       situations.
1198
1199     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
1200       "multiPhylo".
1201
1202
1203 DOCUMENTATION
1204
1205     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
1206
1207
1208 DEPRECATED & DEFUNCT
1209
1210     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
1211       lengths.
1212
1213     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
1214
1215
1216
1217                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
1218
1219
1220 NEW FEATURES
1221
1222     o The new function matexpo computes the exponential of a square
1223       matrix.
1224
1225     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
1226       a list.
1227
1228     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
1229       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
1230
1231
1232 BUG FIXES
1233
1234     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
1235       looked for.
1236
1237     o In diversi.time(), the values returned for model C were
1238       incorrect.
1239
1240     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
1241       likelihood in the presence of ties in the branching times.
1242
1243     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
1244       calculations of the transition probabilities for models HKY and
1245       GTR in mlphylo().
1246
1247     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
1248       Bullard).
1249
1250     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
1251       limited number of labelled topologies could be generated.
1252
1253
1254
1255                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
1256
1257
1258 NEW FEATURES
1259
1260     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1261       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1262       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1263       previous programs done by Vincent Lefort.
1264
1265     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1266       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1267       Evol. 24: 58).
1268
1269     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1270       two clades connected to the same node. It works also with
1271       multichotomous nodes.
1272
1273     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1274       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1275       keeping the names and the class.
1276
1277
1278 BUG FIXES
1279
1280     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1281       an error message is now returned.
1282
1283     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1284       to remove.
1285
1286
1287
1288                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1289
1290
1291 NEW FEATURES
1292
1293     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1294       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1295
1296     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1297       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1298       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1299       should be much faster.
1300
1301
1302 BUG FIXES
1303
1304     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1305       from ape 1.10: this is fixed in this version
1306
1307     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1308       object is now returned unchanged.
1309
1310
1311
1312                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1313
1314
1315 NEW FEATURES
1316
1317     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1318       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1319
1320
1321 BUG FIXES
1322
1323     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1324       object when reading multiple trees.
1325
1326     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1327       "phylo").
1328
1329     o unroot() did not work correctly in most cases.
1330
1331     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1332
1333     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1334
1335     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1336       correctly positioned if the option `cex' was used.
1337
1338
1339
1340                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1341
1342
1343 NEW FEATURES
1344
1345     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1346       DNA sequences in binary format (see below).
1347
1348     o Three new functions have been introduced to convert between the
1349       new binary and the character formats.
1350
1351     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1352       single characters into the class "alignment" used by the package
1353       seqinr.
1354
1355     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1356       controlling whether the sequences are returned in binary format
1357       or as character.
1358
1359
1360 BUG FIXES
1361
1362     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1363
1364     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1365       the default setting: this is fixed.
1366
1367     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1368       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1369
1370
1371 OTHER CHANGES
1372
1373     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1374       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1375       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1376       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1377       ca. 60 times faster).
1378
1379
1380
1381                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1382
1383
1384 BUG FIXES
1385
1386     o A bug was fixed in edgelabels().
1387
1388     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1389       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1390       now its tip labels set to "1", "2", ...
1391
1392     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1393       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1394
1395     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1396       initial tree were greater than one: an error message is now
1397       issued.
1398
1399     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1400       invariants: this is fixed.
1401
1402
1403
1404                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1405
1406
1407 NEW FEATURES
1408
1409     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1410       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1411
1412
1413 BUG FIXES
1414
1415     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1416       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1417
1418     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1419
1420     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1421       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1422       prop.clades, and boot.phylo.
1423
1424     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1425       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1426
1427
1428
1429                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1430
1431
1432 NEW FEATURES
1433
1434     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1435       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1436
1437     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1438       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1439       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1440
1441
1442 BUG FIXES
1443
1444     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1445
1446     o Some bugs were fixed in chronopl().
1447
1448     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1449       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1450
1451     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1452       fixed.
1453
1454
1455 OTHER CHANGES
1456
1457     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1458       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1459       format are still returned in a list.
1460
1461     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1462       it could not be used from the generic.
1463
1464
1465 DEPRECATED & DEFUNCT
1466
1467     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1468       since ape 1.9.
1469
1470
1471
1472                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1473
1474
1475 BUG FIXES
1476
1477     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1478       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1479
1480     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1481       unrooted tree in most cases.
1482
1483     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1484       particularly of the BX-series.
1485
1486     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1487       fixed
1488
1489
1490
1491                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1492
1493
1494 NEW FEATURES
1495
1496     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1497       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1498       displayed in a compact and informative way.
1499
1500     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1501       for converting between the old and new coding of the class
1502       "phylo".
1503
1504     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1505       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1506
1507     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1508       available to compute branch lengths.
1509
1510     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1511
1512
1513 BUG FIXES
1514
1515     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1516       multichotomous trees: this is fixed.
1517
1518     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1519       returned unchanged.
1520
1521     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1522       models: this is fixed.
1523
1524     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1525       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1526       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1527       accepts trees with no branch lengths.
1528
1529     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1530       user distribution was specified. This has been corrected, and
1531       the help page of this function has been expanded.
1532
1533
1534 OTHER CHANGES
1535
1536     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1537       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1538       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1539       functions has been improved.
1540
1541     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1542       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1543
1544     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1545
1546     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1547       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1548
1549     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1550       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1551       labels.
1552
1553     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1554
1555     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1556       been removed.
1557
1558     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1559
1560     o The use of node.depth() has been simplified.
1561
1562
1563
1564                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1565
1566
1567 NEW FEATURES
1568
1569     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1570       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1571       sequences in NEXUS files.
1572
1573     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1574       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1575       reorder(tr).
1576
1577     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1578       edge.
1579
1580     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1581       in NEXUS format.
1582
1583
1584 BUG FIXES
1585
1586     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1587       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1588
1589     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1590       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1591       Newick format (parentheses, etc.)
1592
1593     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1594       now fixed.
1595
1596
1597
1598                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1599
1600
1601 NEW FEATURES
1602
1603     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1604       Hasegawa test.
1605
1606     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1607       single descendant from a tree.
1608
1609     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1610       colours of the tips.
1611
1612     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1613       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1614
1615
1616 BUG FIXES
1617
1618     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1619       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1620
1621     o ace() returned a list with no class so that the generic
1622       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1623       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1624
1625     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1626       of freedom: this is fixed.
1627
1628     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1629       a data frame: this is fixed.
1630
1631     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1632       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1633
1634
1635 OTHER CHANGES
1636
1637     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1638       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1639       respectively.
1640
1641
1642
1643                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1644
1645
1646 NEW FEATURES
1647
1648     o There are four new `method' functions to be used with the
1649       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1650
1651     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1652       change the title, and `col' to control the colour of the
1653       segments showing the AIC values.
1654
1655     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1656       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1657       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1658       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1659
1660     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1661       represent proportions, with any number of categories, as
1662       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1663       there is now no limitation on the number of categories.
1664
1665
1666 BUG FIXES
1667
1668     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1669       fixed.
1670
1671     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1672       in the tree: this is fixed.
1673
1674     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1675       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1676
1677     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1678       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1679
1680     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1681       is fixed and a message error is now returned.
1682
1683     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1684       the calculation of P-values.
1685
1686     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1687       and in the variables were different: this is fixed.
1688
1689
1690
1691                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1692
1693
1694 NEW FEATURES
1695
1696     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1697       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1698       is used to define the substitution model which may include
1699       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1700       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1701       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1702       functionality is limited to estimating the substitution and
1703       associated parameters and computing the likelihood.
1704
1705     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1706       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1707       warning message is printed if there is not enough degrees of
1708       freedom.
1709
1710
1711 BUG FIXES
1712
1713     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1714       though with no consequence.
1715
1716
1717
1718                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1719
1720
1721 NEW FEATURES
1722
1723     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1724       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1725       documented on the same help page.
1726
1727
1728 BUG FIXES
1729
1730     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1731       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1732       boot.phylo, or consensus.
1733
1734     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1735       more than one element: this is fixed.
1736
1737     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1738       has been corrected.
1739
1740     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1741       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1742       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1743
1744
1745 OTHER CHANGES
1746
1747     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1748       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1749       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1750
1751
1752
1753                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1754
1755
1756 NEW FEATURES
1757
1758     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1759       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1760
1761     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1762       list of trees.
1763
1764     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1765       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1766
1767     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1768       tree together with ancestral values, as returned by the above
1769       function.
1770
1771     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1772       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1773
1774     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1775
1776     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1777       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1778
1779     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1780
1781     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1782       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1783
1784     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1785       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1786       and summary (to extract the numbers) methods.
1787
1788     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1789       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1790
1791     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1792       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1793       respectively.
1794
1795     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1796
1797
1798 BUG FIXES
1799
1800     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1801       handled corretly, and node labels are now output normally.
1802
1803     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1804       in some cases.
1805
1806     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1807       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1808       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1809       warning message is now returned; this latter bug was also
1810       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1811
1812     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1813       is now returned.
1814
1815     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1816       was not always correctly dispatched.
1817
1818     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1819       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1820
1821
1822 OTHER CHANGES
1823
1824     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1825
1826     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1827
1828     o Various error and warning messages have been improved.
1829
1830
1831
1832                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1833 NEW FEATURES
1834
1835     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1836       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1837       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1838
1839     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1840       of directional evolution for continuous characters. The user
1841       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1842       changes.
1843
1844     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1845       "phylo") is rooted.
1846
1847     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1848       the possibility to specify the function that generates the
1849       inter-nodes distances.
1850
1851     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1852       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1853
1854     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1855       to three classes) on the nodes of a tree.
1856
1857     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1858       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1859       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1860       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1861       3) are now handled correctly.
1862
1863     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1864       for Penny and Henny's method (already available before and now
1865       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1866       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1867
1868     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1869       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1870       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1871       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1872
1873     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1874       DNA sequences by specifying model = "raw".
1875
1876     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1877       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1878       `full = FALSE'.
1879
1880
1881 BUG FIXES
1882
1883     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1884
1885     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1886       they are now considered as missing data.
1887
1888     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1889       fixed.
1890
1891     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1892       and the function has been improved and is now faster.
1893
1894     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1895       incorrect.
1896
1897     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1898       this is fixed.
1899
1900     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1901       rooted and unrooted trees.
1902
1903     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1904       fixed.
1905
1906     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1907
1908
1909
1910                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1911
1912
1913 NEW FEATURES
1914
1915     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1916       between two trees.
1917
1918     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1919       phylogeny estimation.
1920
1921     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1922       bipartitions from a series of trees.
1923
1924
1925 OTHER CHANGES
1926
1927     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1928       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1929       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1930
1931
1932 BUG FIXES
1933
1934     o Several bugs were fixed in read.dna().
1935
1936     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1937
1938     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1939       lengths: this is fixed.
1940
1941     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1942       tree: this is fixed.
1943
1944
1945
1946                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1947
1948
1949 NEW FEATURES
1950
1951     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1952       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1953       latter implements the representation of binary trees introduced by
1954       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1955       as.matching() has been introduced as well.
1956
1957     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1958       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1959
1960     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1961       from a sample a DNA sequences.
1962
1963     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1964       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1965       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1966       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1967       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1968       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1969       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1970       `GCcontent' has been removed.
1971
1972     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1973       whether to return the species names of the organisms in addition
1974       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1975       behaviour).
1976
1977     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1978
1979     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1980       new root edge if internal branches are trimmed.
1981
1982
1983 BUG FIXES
1984
1985     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1986       is fixed.
1987
1988     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1989       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1990       different representations (a report was printed previously).
1991
1992     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1993       this is fixed.
1994
1995
1996 OTHER CHANGES
1997
1998     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1999       which there is a print method.
2000
2001
2002
2003                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
2004
2005
2006 NEW FEATURES
2007
2008     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
2009       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
2010       Evol., 4:406).
2011
2012     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
2013       that belong to a group specified as a set of tips.
2014
2015     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
2016       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
2017       "phylo".
2018
2019     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
2020       phylogeny plot.
2021
2022     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
2023       in different cases and giving a number of tips.
2024
2025     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
2026       write a Newick tree on several lines rather than on a single
2027       line.
2028
2029     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
2030       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
2031       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
2032       marked with the option `subtree' (see below).
2033
2034     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
2035       specifies whether to output in the tree how many tips have been
2036       deleted and where.
2037
2038     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
2039       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
2040       function now works even if the plotted tree has no edge length.
2041
2042     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
2043       edge lengths into account.
2044
2045     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
2046       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
2047       they are propagated to the vertical line that link them.
2048
2049
2050 BUG FIXES
2051
2052     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
2053       crashing. This is fixed.
2054
2055     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
2056       now properly recycled; their default values are now "black" and
2057       1, respectively.
2058
2059     o A bug has been fixed in write.nexus().
2060
2061
2062 OTHER CHANGES
2063
2064     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
2065       replaced by a C code.
2066
2067
2068
2069                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
2070
2071
2072 NEW FEATURES
2073
2074     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
2075       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
2076
2077     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
2078       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
2079       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
2080       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
2081       limit (as before).
2082
2083
2084
2085                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
2086
2087
2088 NEW FEATURES
2089
2090     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
2091       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
2092       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
2093       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
2094       display graphically the AIC values of each model.
2095
2096     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
2097       a model where the speciation rate is affected by several species
2098       traits through a generalized linear model. The parameters are
2099       estimated by maximum likelihood.
2100
2101     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
2102       corMartins(), compute the expected correlation structures among
2103       species given a phylogeny under different models of evolution.
2104       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
2105       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
2106       Initialize.corPhyl() function associated.
2107
2108     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
2109       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
2110
2111     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
2112       a plot method.
2113
2114     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
2115       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
2116       correlograms.
2117
2118     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
2119       of a subtree defined by a particular node.
2120
2121     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
2122       given parent node.
2123
2124     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
2125       a tree according to a specified method.
2126
2127     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
2128       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
2129       the global graphical parameter), "direction" which allows to
2130       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
2131       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
2132
2133
2134 BUG FIXES
2135
2136     o Some functions which try to match tip labels and names of
2137       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
2138       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
2139       match, they are ignored and a warning message is now issued.
2140       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
2141       have been clarified on this point.
2142
2143
2144
2145                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
2146
2147
2148 NEW FEATURES
2149
2150     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
2151       to a specified outgroup.
2152
2153     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
2154
2155     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
2156       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
2157       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
2158       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
2159       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
2160       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
2161       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
2162
2163     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
2164
2165
2166 BUG FIXES
2167
2168     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
2169       lengths: this is fixed.
2170
2171     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
2172       plotted with some line crossings: this is now fixed.
2173
2174
2175
2176                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
2177
2178
2179 NEW FEATURES
2180
2181     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
2182       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
2183       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
2184
2185     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
2186       has been included.
2187
2188
2189 BUG FIXES
2190
2191     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
2192
2193
2194 OTHER CHANGES
2195
2196     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
2197       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
2198
2199
2200
2201                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
2202
2203
2204 NEW FEATURES
2205
2206     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
2207       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
2208       speciation and extinction rates.
2209
2210
2211 OTHER CHANGES
2212
2213     o The package gee is no more required by ape but only suggested
2214       since only the function compar.gee() calls gee.
2215
2216
2217
2218                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
2219
2220
2221 NEW FEATURES
2222
2223     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
2224       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
2225       demographic history from genealogies using a reversible jump
2226       MCMC have been introduced.
2227
2228     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
2229       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
2230
2231
2232
2233                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
2234
2235
2236 NEW FEATURES
2237
2238     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
2239       without branch lengths.
2240
2241     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
2242       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
2243       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
2244       arguments (see `?ltt.plot' for details).
2245
2246
2247 BUG FIXES
2248
2249     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
2250       this is fixed.
2251
2252     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
2253       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
2254
2255
2256 OTHER CHANGES
2257
2258     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
2259       algorithm: it is now about four times faster.
2260
2261     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2262       twice faster.
2263
2264
2265
2266                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2267
2268
2269 NEW FEATURES
2270
2271     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2272       sample of DNA sequences.
2273
2274
2275 BUG FIXES
2276
2277     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2278       1.2-1 was fixed.
2279
2280     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2281       help pages.
2282
2283
2284
2285                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2286
2287
2288 NEW FEATURES
2289
2290     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2291       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2292
2293
2294 BUG FIXES
2295
2296     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2297       comment blocks were not read correctly.
2298
2299     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2300       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2301       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2302       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2303       a warning message is now issued.
2304
2305
2306
2307                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2308
2309
2310 NEW FEATURES
2311
2312     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2313       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2314       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2315       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2316       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2317       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2318       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2319       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2320       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2321       see the respective help pages for details.
2322
2323     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2324       focusing on a small portion of it.
2325
2326     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2327       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2328
2329     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2330       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2331       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2332       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2333       (see below); the default behaviour is no more to display the
2334       sequences on the standard output. Several options have been
2335       introduced to control the sequence printing in a flexible
2336       way. The help page has been extended.
2337
2338     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2339
2340
2341 BUG FIXES
2342
2343     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2344       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2345
2346     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2347
2348     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2349       function did not work with `format = "interleaved"'.
2350
2351     o Various errors were corrected in the help pages.
2352
2353
2354 OTHER CHANGES
2355
2356     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2357       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2358       the corresponding generic function.
2359
2360     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2361       since gamma() is a generic function.
2362
2363
2364
2365                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2366
2367
2368 BUG FIXES
2369
2370     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2371       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2372       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2373       vector of length 4 is always returned).
2374
2375     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2376       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2377       command in the NEXUS file, and that the commands were
2378       case-sensitive.
2379
2380
2381
2382                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2383
2384
2385 NEW FEATURES
2386
2387     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2388       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2389
2390     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2391       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2392       sylvaticus).
2393
2394
2395 BUG FIXES
2396
2397     o A bug in read.nexus() was fixed.
2398
2399     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2400       The function has been completely re-written and its help page
2401       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2402       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2403       spaces (this behaviour was undocumented).
2404
2405     o A bug was fixed in write.dna().
2406
2407
2408
2409                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2410
2411
2412 BUG FIXES
2413
2414     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2415
2416     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2417       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2418
2419
2420
2421                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2422
2423
2424 NEW FEATURES
2425
2426     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2427       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2428       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2429       the function klastorin()).
2430
2431     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2432       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2433       as.phylo for details).
2434
2435     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2436       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2437       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2438       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2439       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2440
2441     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2442       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2443
2444     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2445       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2446       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2447       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2448       (this behaviour was undocumented).
2449
2450     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2451       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2452       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2453
2454     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2455       the estimated parameters using profile likelihood.
2456
2457     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2458       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2459       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2460
2461
2462 BUG FIXES
2463
2464     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2465
2466     o A bug in plot.mst() was fixed.
2467
2468     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2469       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2470
2471
2472
2473                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2474
2475
2476 NEW FEATURES
2477
2478     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2479       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2480
2481     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2482       in a NEXUS file.
2483
2484     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2485       possibly handling root edges to give internal branches.
2486
2487     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2488       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2489
2490     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2491
2492     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2493       branches with different colours and/or different widths, showing the
2494       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2495       the labels, and controling the space around the plot.
2496
2497     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2498       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2499       objects of class "phylo" is now optional.
2500
2501     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2502       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2503       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2504       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2505
2506     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2507       to read the tree in a variable of mode character.
2508
2509     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2510       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2511
2512
2513
2514                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2515
2516
2517 BUG FIXES
2518
2519     o Several bugs were fixed in the help pages.
2520
2521
2522
2523                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2524
2525
2526 NEW FEATURES
2527
2528     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2529       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2530
2531     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2532       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2533       extinction rates.
2534
2535     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2536       tree.
2537
2538     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2539
2540     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2541       as well as some methods are introduced.
2542
2543     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2544       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2545       population size through time are introduced and replace the function
2546       skyline.plot() in version 0.1.
2547
2548     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2549       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2550       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2551       Democratic Republic of Congo.
2552
2553
2554 DEPRECATED & DEFUNCT
2555
2556     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2557       replaced by more elaborate functions (see above).
2558
2559
2560 BUG FIXES
2561
2562     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2563       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2564       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2565       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2566
2567     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2568       AICs and LRTs.
2569
2570     o Various errors were corrected in the help pages.