NEWS

   1                 CHANGES IN APE VERSION 3.0-1
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o bind.tree() now accepts 'position' > 0 when the trees have no
   7       banch lengths permitting to create a node in 'x' when grafting
   8       'y' (see ?bind.tree for details).
   9
  10
  11 BUG FIXES
  12
  13     o cophyloplot( , rotate = TRUE) made R hanged after a few clicks.
  14       Also the tree is no more plotted twice.
  15
  16
  17
  18                 CHANGES IN APE VERSION 3.0
  19
  20
  21 NEW FEATURES
  22
  23     o The three functions dyule, dbd, and dbdTime calculate the
  24       density probability (i.e., the distribution of the number of
  25       species) for the Yule, the constant and the time-dependent
  26       birth-beath models, respectively. These probabilities can be
  27       conditional on no extinction and/or on a log-scale.
  28
  29     o plot.phylo() has a new option 'rotate.tree' to rotate unrooted,
  30       fan, or radial trees around the center of the plot.
  31
  32     o boot.phylo() and prop.clades() have a new option rooted =
  33       FALSE. Note that the behaviour of prop.part() is unchanged.
  34
  35     o edgelabels() has a new option 'date' to place labels on edges of
  36       chronograms using the time scale (suggestion by Rob Lanfear).
  37
  38
  39 BUG FIXES
  40
  41     o In chronopl(), the code setting the initial dates failed in
  42       complicated settings (several dates known within intervals).
  43       This has been generally improved and should result in faster
  44       and more efficient convergence even in simple settings.
  45
  46     o mantel.test() sometimes returned P-values > 1 with the default
  47       two-tailed test.
  48
  49     o extract.clade() sometimes shuffled some tip labels (thanks to
  50       Ludovic Mallet and Mahendra Mariadassou for the fix).
  51
  52     o clustal() should now find by default the executable under Windows.
  53
  54
  55 OTHER CHANGES
  56
  57     o The code of yule() has been simplified and is now much faster for
  58       big trees.
  59
  60     o The code of mantel.test() has been adjusted to be consistent
  61       with common permutation tests.
  62
  63     o The C code of base.freq() has been improved and is now nearly 8
  64       times faster.
  65
  66     o The option 'original.data' of write.nexus() is now deprecated and
  67       will be removed in a future release.
  68
  69     o The code of is.ultrametric() has been improved and is now 3 times
  70       faster.
  71
  72     o The code of vcv.phylo() has been improved and is now 10 or 30
  73       times faster for 100 or 1000 tips, respectively. Consequently,
  74       fitting models with PGLS will be faster overall.
  75
  76
  77
  78                 CHANGES IN APE VERSION 2.8
  79
  80
  81 NEW FEATURES
  82
  83     o Twelve new functions have been written by Andrei-Alin Popescu:
  84       additive, ultrametric, is.compatible, arecompatible, mvr, mvrs,
  85       njs, bionjs, SDM, treePop, triangMtd, triangMtd*.
  86
  87     o A new class "bitsplits" has been created by Andrei-Alin Popescu
  88       to code splits (aka, bipartition).
  89
  90     o There is a new generic function as.bitsplits with a method to
  91       convert from the class "prop.part" to the class "bitsplits".
  92
  93     o The new function ltt.coplot plots on the same scales a tree and
  94       the derived LTT plot.
  95
  96     o ltt.plot() has two new options: backward and tol. It can now
  97       handle non-ultrametic trees and its internal coding has been
  98       improved. The coordinates of the plot can now be computed with
  99       the new function ltt.plot.coords.
 100
 101
 102 BUG FIXES
 103
 104     o prop.part() crashed if some trees had some multichotomies.
 105
 106
 107
 108                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-3
 109
 110
 111 NEW FEATURES
 112
 113     o The new function compute.brtime computes and sets branching times.
 114
 115     o mantel.test() has a new argument 'alternative' which is
 116       "two-sided" by default. Previously, this test was one-tailed
 117       with no possibility to change.
 118
 119     o ace() can now do REML estimation with continuous characters,
 120       giving better estimates of the variance of the Brownian motion
 121       process.
 122
 123
 124 BUG FIXES
 125
 126     o Branch lengths were wrongly updated with bind.tree(, where = <tip>,
 127       position = 0). (Thanks to Liam Revell for digging this bug out.)
 128
 129     o Simulation of OU process with rTraitCont() did not work correctly.
 130       This now uses formula from Gillespie (1996) reduced to a BM
 131       process when alpha = 0 to avoid division by zero. The option
 132       'linear' has been removed.
 133
 134     o Cross-validation in chronopl() did not work when 'age.max' was
 135       used.
 136
 137     o consensus(, p = 0.5) could return an incorrect tree if some
 138       incompatible splits occur in 50% of the trees (especially with
 139       small number of trees).
 140
 141     o c() with "multiPhylo" did not work correctly (thanks to Klaus
 142       Schliep for the fix).
 143
 144     o root() failed in some cases with an outgroup made of several tips.
 145       The help page has been clarified a bit.
 146
 147
 148
 149                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-2
 150
 151
 152 NEW FEATURES
 153
 154     o There is a new class "evonet" to code evolutionary networks, with
 155       a constructor function evonet(), a print() and a plot() methods,
 156       and four conversion methods to the classes "phylo", "networx",
 157       "network", and "igraph".
 158
 159     o The new function rTraitMult does multivariate traits simulation
 160       with user-defined models.
 161
 162     o plot.phylo() has a new option 'plot = TRUE'. If FALSE, the tree
 163       is not plotted but the graphical device is set and the
 164       coordinates are saved as usual.
 165
 166     o diversity.contrast.test() gains a fourth version of the test with
 167       method = "logratio"; the literature citations have been clarified.
 168
 169     o add.scale.bar() has two new options, 'lwd' and 'lcol', to modify
 170       the aspect of the bar.
 171
 172     o boot.phylo() now displays a progress bar by default (can be off
 173       if 'quiet = TRUE').
 174
 175     o There is a new predict() method for compar.gee().
 176
 177
 178 BUG FIXES
 179
 180     o bionj() made R crash if distances were too large. It now returns
 181       an error if at least one distance is greater than 100.
 182
 183     o drop.tip() returned a wrong tree if 'tip' was of zero length.
 184
 185     o read.nexus.data() failed with URLs.
 186
 187     o boot.phylo() returned overestimated support values in the
 188       presence of identical or nearly identical sequences.
 189
 190
 191 OTHER CHANGES
 192
 193     o The data bird.families, bird.orders, cynipids, and woodmouse are
 194       now provided as .rda files.
 195
 196
 197
 198                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-1
 199
 200
 201 NEW FEATURES
 202
 203     o The new function trex does tree exploration with multiple
 204       graphical devices.
 205
 206     o The new function kronoviz plots several rooted (dated) trees on
 207       the scale scale.
 208
 209     o identify.phylo() has a new option 'quiet' (FALSE by default).
 210
 211
 212 BUG FIXES
 213
 214     o A bug was introduced in read.nexus() in ape 2.7.
 215
 216     o image.DNAbin() did not colour correctly the bases if there were
 217       some '-' and no 'N'.
 218
 219     o .compressTipLabel() failed with a list with a single tree.
 220
 221     o identify.phylo() returned a wrong answer when the x- and y-scales
 222       are very different.
 223
 224     o write.nexus() failed with lists of trees with compressed labels.
 225
 226
 227 OTHER CHANGES
 228
 229     o identify.phylo() now returns NULL if the user right- (instead of
 230       left-) clicks (an error was returned previously).
 231
 232     o read.nexus() should be robust to commands inserted in the TREES
 233       block.
 234
 235
 236
 237                 CHANGES IN APE VERSION 2.7
 238
 239
 240 NEW FEATURES
 241
 242     o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
 243       alignments in a flexible and efficient way.
 244
 245     o Two new functions as.network.phylo and as.igraph.phylo convert
 246       trees of class "phylo" into these respective network classes
 247       defined in the packages of the same names.
 248
 249     o The three new functions clustal, muscle, and tcoffee perform
 250       nucleotide sequence alignment by calling the external programs
 251       of the same names.
 252
 253     o Four new functions, diversity.contrast.test, mcconwaysims.test,
 254       richness.yule.test, and slowinskiguyer.test, implement various
 255       tests of diversification shifts using sister-clade comparisons.
 256
 257     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
 258       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
 259
 260     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a
 261       list of trees with names.
 262
 263
 264 BUG FIXES
 265
 266     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
 267
 268     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
 269       present.
 270
 271     o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
 272
 273     o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
 274       was not the root.
 275
 276
 277 OTHER CHANGES
 278
 279     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
 280
 281     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
 282
 283     o The matching representation has now only two columns as the third
 284       column was redundant.
 285
 286
 287
 288                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
 289
 290
 291 NEW FEATURES
 292
 293     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
 294       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
 295
 296
 297 BUG FIXES
 298
 299     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
 300
 301     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 302       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
 303
 304     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
 305       length.
 306
 307     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
 308       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
 309
 310     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
 311       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
 312       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
 313
 314
 315 OTHER CHANGES
 316
 317     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
 318
 319     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
 320       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
 321       man page of as.matching().
 322
 323
 324
 325                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
 326
 327
 328 NEW FEATURES
 329
 330     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
 331       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
 332       second function requires Phylip to be installed on the computer.
 333
 334     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
 335       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
 336
 337
 338 BUG FIXES
 339
 340     o write.tree() failed to output correctly tree names.
 341
 342     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
 343       multichotomous trees.
 344
 345     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
 346       turned off.
 347
 348     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
 349
 350     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
 351
 352     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
 353       = FALSE.
 354
 355     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 356       cutree() or rect.hclust().
 357
 358     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 359       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 360
 361     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 362       Jeremy Beaulieu.
 363
 364
 365
 366                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 367
 368
 369 NEW FEATURES
 370
 371     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 372       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 373       and shallowest divergence tree.
 374
 375
 376 BUG FIXES
 377
 378     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 379
 380     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 381
 382     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 383       Filipe Vieira for the fix).
 384
 385
 386
 387                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 388
 389
 390 NEW FEATURES
 391
 392     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 393       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 394       use continuous time algorithms.
 395
 396     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 397       phylogeny.
 398
 399     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 400       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 401       extinction into account.
 402
 403     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 404       discrete characters.
 405
 406     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 407       frequencies from a pair of sequences.
 408
 409     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 410
 411     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 412       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 413
 414     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 415       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 416       and height = NULL.
 417
 418     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 419       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 420       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 421       results has also been improved.
 422
 423     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 424       the gene (FALSE by default).
 425
 426
 427 BUG FIXES
 428
 429     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 430
 431     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 432       Schliep for the fix)
 433
 434     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 435       documentation has been clarified on the formulae used.
 436
 437
 438 OTHER CHANGES
 439
 440     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 441       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 442
 443     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 444       available) as names.
 445
 446     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 447       to contributions by Klaus Schliep.
 448
 449
 450
 451                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 452
 453
 454 NEW FEATURES
 455
 456     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 457       text to be plotted in different fonts.
 458
 459     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 460       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 461       check that the tip labels are the same in all trees.
 462
 463     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 464       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 465
 466     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 467       now documented.
 468
 469
 470 BUG FIXES
 471
 472     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 473       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 474
 475     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 476       simulating a Brownian motion model.
 477
 478
 479
 480                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 481
 482
 483 NEW FEATURES
 484
 485     o There is now a print method for results from ace().
 486
 487     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 488
 489     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 490       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 491
 492
 493 BUG FIXES
 494
 495     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 496
 497     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 498
 499     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 500       failed).
 501
 502
 503 DEPRECATED & DEFUNCT
 504
 505     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 506
 507     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 508
 509
 510 OTHER CHANGES
 511
 512     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 513
 514     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 515       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 516
 517     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 518       removed.
 519
 520
 521
 522                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 523
 524
 525 NEW FEATURES
 526
 527     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 528
 529     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 530       details).
 531
 532     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 533       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 534
 535     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 536       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 537
 538
 539 BUG FIXES
 540
 541     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 542       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 543
 544     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 545       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 546       The same bug occurred with the 'pie' option.
 547
 548     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 549
 550     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 551       more efficient.
 552
 553     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 554       vertical lines representing the nodes.
 555
 556     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 557       in the correct direction though the tip labels were displayed
 558       correctly.
 559
 560
 561 OTHER CHANGES
 562
 563     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 564       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 565       for the two other functions).
 566
 567
 568
 569                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 570
 571
 572 NEW FEATURES
 573
 574     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 575       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 576       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 577       The latter has a biplot method.
 578
 579     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 580       regression through the origin with testing by permutation.
 581
 582     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 583       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 584
 585     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 586       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 587
 588     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 589       and/or tips on a plotted tree.
 590
 591     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 592       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 593
 594     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 595
 596     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 597
 598     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 599       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 600       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 601       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 602
 603
 604 BUG FIXES
 605
 606     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 607       default options with unrooted or radial trees.
 608
 609     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 610       to Otto Cordero for the fix).
 611
 612
 613 OTHER CHANGES
 614
 615     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 616       in dist.topo().
 617
 618
 619
 620                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 621
 622
 623 NEW FEATURES
 624
 625     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 626       argument.
 627
 628     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 629       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 630       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 631       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 632
 633
 634 BUG FIXES
 635
 636     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 637
 638     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 639       lengths and there is a TRANSLATE block.
 640
 641     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 642       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 643       clarification on this behaviour.
 644
 645     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 646       compressed tip labels.
 647
 648     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 649
 650     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 651       when the tree has branch lengths.
 652
 653     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 654       negative (which resulted in an error).
 655
 656     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 657       returned.
 658
 659
 660
 661                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 662
 663
 664 NEW FEATURES
 665
 666     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 667       default is still to return the proportions.
 668
 669
 670 BUG FIXES
 671
 672     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 673       are now ignored.
 674
 675     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 676       the tree: the argument is now ignored.
 677
 678     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 679       Young for the fix).
 680
 681
 682 OTHER CHANGES
 683
 684     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 685       warning (it returned an error previously).
 686
 687     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 688       been modified (as well as their widths and types) following some
 689       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 690
 691     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 692       using 'pie' or 'thermo'.
 693
 694     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 695       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 696       done now).
 697
 698     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 699       help("ape-defunct") with the quotes.
 700
 701
 702 DEPRECATED & DEFUNCT
 703
 704     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 705       theta.s have been moved from ape to pegas.
 706
 707     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 708
 709
 710
 711                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 712
 713
 714 BUG FIXES
 715
 716     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 717
 718     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 719
 720     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 721       attribute.
 722
 723     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 724
 725     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 726       Phelan for the fix).
 727
 728     o seg.sites() failed when passing a vector.
 729
 730     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 731
 732     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 733
 734
 735
 736                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 737
 738
 739 BUG FIXES
 740
 741     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 742
 743     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 744       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 745
 746     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 747       outgroup correctly.
 748
 749     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 750
 751     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 752       "pruningwise" order.
 753
 754     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 755       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 756       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 757
 758
 759
 760                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 761
 762
 763 NEW FEATURES
 764
 765     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 766
 767     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 768
 769     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 770       corrected with respect to this change.
 771
 772     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 773       to be treated as (un)rooted.
 774
 775
 776 BUG FIXES
 777
 778     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 779       pairwise.deletion = FALSE.
 780
 781     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 782
 783     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 784
 785     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 786
 787     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 788
 789     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 790       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 791       times faster.
 792
 793     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 794
 795     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 796
 797
 798 OTHER CHANGES
 799
 800     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 801
 802     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 803       by inherits(phy, "phylo").
 804
 805     o rcoal() is now faster.
 806
 807
 808 DEPRECATED & DEFUNCT
 809
 810     o klastorin() has been removed.
 811
 812
 813
 814                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 815
 816
 817 NEW FEATURES
 818
 819     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 820       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 821       matrices.
 822
 823     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 824       Yule model by maximum likelihood.
 825
 826     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 827       labels in a flexible way.
 828
 829     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 830       handle individual tree names.
 831
 832     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 833       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 834
 835     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 836
 837
 838 BUG FIXES
 839
 840     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 841
 842     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 843
 844     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 845
 846     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 847       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 848       lasting bug).
 849
 850
 851 OTHER CHANGES
 852
 853     o The data set xenarthra has been removed.
 854
 855
 856
 857                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 858
 859 BUG FIXES
 860
 861     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 862       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 863
 864     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 865
 866
 867 OTHER CHANGES
 868
 869     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 870
 871
 872
 873                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 874
 875
 876 NEW FEATURES
 877
 878     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 879       specifying a node number or label.
 880
 881     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 882       operations of the same names.
 883
 884     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 885       specifying model="N".
 886
 887
 888 BUG FIXES
 889
 890     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 891
 892     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 893       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 894       comments inserted within the trees).
 895
 896     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 897       the number of lineages with non-binary trees.
 898
 899
 900 OTHER CHANGES
 901
 902     o ape has now a namespace.
 903
 904     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 905       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 906
 907
 908
 909                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 910
 911
 912 NEW FEATURES
 913
 914     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 915       'pairwise.deletion'.
 916
 917     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 918       more flexible.
 919
 920
 921 BUG FIXES
 922
 923     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 924      'check.labels = TRUE'.
 925
 926    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 927      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 928      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 929
 930    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 931      breaks in the Newick string.
 932
 933    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 934      gaps.
 935
 936
 937 OTHER CHANGES
 938
 939     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 940       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 941
 942     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 943       which is returned unchanged (instead of an error).
 944
 945     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 946       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 947       read.tree().
 948
 949
 950
 951                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 952
 953
 954 NEW FEATURES
 955
 956     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 957       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 958       truncate and/or make them unique, substituting some
 959       characters, and so on.
 960
 961     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 962       set of DNA sequences.
 963
 964     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 965
 966
 967 BUG FIXES
 968
 969     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 970       already the specified root.
 971
 972     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 973
 974     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 975       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 976
 977     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 978       trees.
 979
 980     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 981       translation of tip labels.
 982
 983     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 984       a single tree with no edge lengths.
 985
 986     o A bug was fixed in sh.test().
 987
 988
 989 OTHER CHANGES
 990
 991     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 992       Minin.
 993
 994     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 995       TRUE by default.
 996
 997     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 998       the Phylip formats.
 999
1000
1001
1002                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
1003
1004
1005 NEW FEATURES
1006
1007     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
1008       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
1009       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
1010       (without plotting).
1011
1012     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
1013       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
1014
1015     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
1016       help page for details.
1017
1018     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
1019       bootstraped trees (the default is FALSE).
1020
1021     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
1022       situations.
1023
1024
1025 BUG FIXES
1026
1027     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
1028       first sequence.
1029
1030     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
1031       circular tree (type = "r" or "f").
1032
1033     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
1034       trees.
1035
1036     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
1037       (thanks to Yan Wong for the fix).
1038
1039     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
1040
1041     o seg.sites() failed with a list.
1042
1043     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
1044       as well and is faster.
1045
1046
1047
1048                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
1049
1050
1051 BUG FIXES
1052
1053     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
1054
1055     o An error was fixed in the computation of ancestral character
1056       states by generalized least squares in ace().
1057
1058     o di2multi() did not modify node labels correctly.
1059
1060     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
1061       "cladewise".
1062
1063
1064
1065                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
1066
1067
1068 NEW FEATURES
1069
1070     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
1071       and [[.
1072
1073     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
1074       (FALSE by default) as well as its code being improved.
1075
1076     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
1077       than in plot.default().
1078
1079
1080 BUG FIXES
1081
1082     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
1083       list of trees.
1084
1085     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
1086       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
1087       worked already for thermometers).
1088
1089     o read.nexus() generally failed to read very big files.
1090
1091
1092 OTHER CHANGES
1093
1094     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
1095       as well as a character string.
1096
1097     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
1098       'tree.names = NULL'.
1099
1100     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
1101       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
1102       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
1103       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
1104       correctly when extracting trees.
1105
1106
1107
1108                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
1109
1110
1111 NEW FEATURES
1112
1113     o The new function rmtree generates lists of random trees.
1114
1115     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
1116       (thanks to Vladimir Minin for the code).
1117
1118
1119 BUG FIXES
1120
1121     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
1122       pairwise.deletion = FALSE.
1123
1124
1125 OTHER CHANGES
1126
1127     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
1128       have been improved so that they are stabler and faster.
1129
1130     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
1131       are loaded only when needed.
1132
1133
1134
1135                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
1136
1137
1138 NEW FEATURES
1139
1140     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
1141       tree using the mouse.
1142
1143     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
1144       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
1145
1146     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
1147       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
1148       an object of class "DNAbin".
1149
1150     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
1151       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
1152
1153     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
1154       as its main argument.
1155
1156     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
1157       improved, and gain several options (see the help page for
1158       details). A legend is now plotted by default.
1159
1160
1161 BUG FIXES
1162
1163     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
1164       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
1165       distances involving sequences with missing values. (Thanks
1166       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
1167
1168     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
1169       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
1170       single line).
1171
1172     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
1173       edges (see OTHER CHANGES).
1174
1175
1176 OTHER CHANGES
1177
1178     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
1179       should be much stabler. The options have been also greatly
1180       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
1181
1182     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
1183
1184     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
1185       been cleaned-up.
1186
1187     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
1188       improved.
1189
1190     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
1191       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
1192       correction applied in previous version did not work in all
1193       situations.
1194
1195     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
1196       "multiPhylo".
1197
1198
1199 DOCUMENTATION
1200
1201     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
1202
1203
1204 DEPRECATED & DEFUNCT
1205
1206     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
1207       lengths.
1208
1209     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
1210
1211
1212
1213                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
1214
1215
1216 NEW FEATURES
1217
1218     o The new function matexpo computes the exponential of a square
1219       matrix.
1220
1221     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
1222       a list.
1223
1224     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
1225       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
1226
1227
1228 BUG FIXES
1229
1230     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
1231       looked for.
1232
1233     o In diversi.time(), the values returned for model C were
1234       incorrect.
1235
1236     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
1237       likelihood in the presence of ties in the branching times.
1238
1239     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
1240       calculations of the transition probabilities for models HKY and
1241       GTR in mlphylo().
1242
1243     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
1244       Bullard).
1245
1246     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
1247       limited number of labelled topologies could be generated.
1248
1249
1250
1251                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
1252
1253
1254 NEW FEATURES
1255
1256     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1257       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1258       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1259       previous programs done by Vincent Lefort.
1260
1261     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1262       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1263       Evol. 24: 58).
1264
1265     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1266       two clades connected to the same node. It works also with
1267       multichotomous nodes.
1268
1269     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1270       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1271       keeping the names and the class.
1272
1273
1274 BUG FIXES
1275
1276     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1277       an error message is now returned.
1278
1279     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1280       to remove.
1281
1282
1283
1284                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1285
1286
1287 NEW FEATURES
1288
1289     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1290       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1291
1292     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1293       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1294       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1295       should be much faster.
1296
1297
1298 BUG FIXES
1299
1300     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1301       from ape 1.10: this is fixed in this version
1302
1303     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1304       object is now returned unchanged.
1305
1306
1307
1308                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1309
1310
1311 NEW FEATURES
1312
1313     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1314       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1315
1316
1317 BUG FIXES
1318
1319     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1320       object when reading multiple trees.
1321
1322     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1323       "phylo").
1324
1325     o unroot() did not work correctly in most cases.
1326
1327     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1328
1329     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1330
1331     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1332       correctly positioned if the option `cex' was used.
1333
1334
1335
1336                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1337
1338
1339 NEW FEATURES
1340
1341     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1342       DNA sequences in binary format (see below).
1343
1344     o Three new functions have been introduced to convert between the
1345       new binary and the character formats.
1346
1347     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1348       single characters into the class "alignment" used by the package
1349       seqinr.
1350
1351     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1352       controlling whether the sequences are returned in binary format
1353       or as character.
1354
1355
1356 BUG FIXES
1357
1358     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1359
1360     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1361       the default setting: this is fixed.
1362
1363     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1364       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1365
1366
1367 OTHER CHANGES
1368
1369     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1370       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1371       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1372       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1373       ca. 60 times faster).
1374
1375
1376
1377                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1378
1379
1380 BUG FIXES
1381
1382     o A bug was fixed in edgelabels().
1383
1384     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1385       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1386       now its tip labels set to "1", "2", ...
1387
1388     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1389       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1390
1391     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1392       initial tree were greater than one: an error message is now
1393       issued.
1394
1395     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1396       invariants: this is fixed.
1397
1398
1399
1400                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1401
1402
1403 NEW FEATURES
1404
1405     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1406       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1407
1408
1409 BUG FIXES
1410
1411     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1412       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1413
1414     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1415
1416     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1417       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1418       prop.clades, and boot.phylo.
1419
1420     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1421       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1422
1423
1424
1425                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1426
1427
1428 NEW FEATURES
1429
1430     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1431       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1432
1433     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1434       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1435       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1436
1437
1438 BUG FIXES
1439
1440     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1441
1442     o Some bugs were fixed in chronopl().
1443
1444     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1445       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1446
1447     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1448       fixed.
1449
1450
1451 OTHER CHANGES
1452
1453     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1454       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1455       format are still returned in a list.
1456
1457     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1458       it could not be used from the generic.
1459
1460
1461 DEPRECATED & DEFUNCT
1462
1463     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1464       since ape 1.9.
1465
1466
1467
1468                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1469
1470
1471 BUG FIXES
1472
1473     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1474       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1475
1476     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1477       unrooted tree in most cases.
1478
1479     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1480       particularly of the BX-series.
1481
1482     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1483       fixed
1484
1485
1486
1487                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1488
1489
1490 NEW FEATURES
1491
1492     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1493       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1494       displayed in a compact and informative way.
1495
1496     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1497       for converting between the old and new coding of the class
1498       "phylo".
1499
1500     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1501       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1502
1503     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1504       available to compute branch lengths.
1505
1506     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1507
1508
1509 BUG FIXES
1510
1511     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1512       multichotomous trees: this is fixed.
1513
1514     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1515       returned unchanged.
1516
1517     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1518       models: this is fixed.
1519
1520     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1521       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1522       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1523       accepts trees with no branch lengths.
1524
1525     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1526       user distribution was specified. This has been corrected, and
1527       the help page of this function has been expanded.
1528
1529
1530 OTHER CHANGES
1531
1532     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1533       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1534       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1535       functions has been improved.
1536
1537     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1538       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1539
1540     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1541
1542     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1543       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1544
1545     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1546       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1547       labels.
1548
1549     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1550
1551     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1552       been removed.
1553
1554     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1555
1556     o The use of node.depth() has been simplified.
1557
1558
1559
1560                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1561
1562
1563 NEW FEATURES
1564
1565     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1566       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1567       sequences in NEXUS files.
1568
1569     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1570       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1571       reorder(tr).
1572
1573     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1574       edge.
1575
1576     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1577       in NEXUS format.
1578
1579
1580 BUG FIXES
1581
1582     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1583       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1584
1585     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1586       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1587       Newick format (parentheses, etc.)
1588
1589     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1590       now fixed.
1591
1592
1593
1594                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1595
1596
1597 NEW FEATURES
1598
1599     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1600       Hasegawa test.
1601
1602     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1603       single descendant from a tree.
1604
1605     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1606       colours of the tips.
1607
1608     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1609       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1610
1611
1612 BUG FIXES
1613
1614     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1615       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1616
1617     o ace() returned a list with no class so that the generic
1618       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1619       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1620
1621     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1622       of freedom: this is fixed.
1623
1624     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1625       a data frame: this is fixed.
1626
1627     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1628       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1629
1630
1631 OTHER CHANGES
1632
1633     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1634       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1635       respectively.
1636
1637
1638
1639                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1640
1641
1642 NEW FEATURES
1643
1644     o There are four new `method' functions to be used with the
1645       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1646
1647     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1648       change the title, and `col' to control the colour of the
1649       segments showing the AIC values.
1650
1651     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1652       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1653       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1654       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1655
1656     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1657       represent proportions, with any number of categories, as
1658       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1659       there is now no limitation on the number of categories.
1660
1661
1662 BUG FIXES
1663
1664     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1665       fixed.
1666
1667     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1668       in the tree: this is fixed.
1669
1670     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1671       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1672
1673     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1674       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1675
1676     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1677       is fixed and a message error is now returned.
1678
1679     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1680       the calculation of P-values.
1681
1682     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1683       and in the variables were different: this is fixed.
1684
1685
1686
1687                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1688
1689
1690 NEW FEATURES
1691
1692     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1693       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1694       is used to define the substitution model which may include
1695       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1696       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1697       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1698       functionality is limited to estimating the substitution and
1699       associated parameters and computing the likelihood.
1700
1701     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1702       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1703       warning message is printed if there is not enough degrees of
1704       freedom.
1705
1706
1707 BUG FIXES
1708
1709     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1710       though with no consequence.
1711
1712
1713
1714                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1715
1716
1717 NEW FEATURES
1718
1719     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1720       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1721       documented on the same help page.
1722
1723
1724 BUG FIXES
1725
1726     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1727       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1728       boot.phylo, or consensus.
1729
1730     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1731       more than one element: this is fixed.
1732
1733     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1734       has been corrected.
1735
1736     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1737       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1738       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1739
1740
1741 OTHER CHANGES
1742
1743     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1744       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1745       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1746
1747
1748
1749                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1750
1751
1752 NEW FEATURES
1753
1754     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1755       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1756
1757     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1758       list of trees.
1759
1760     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1761       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1762
1763     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1764       tree together with ancestral values, as returned by the above
1765       function.
1766
1767     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1768       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1769
1770     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1771
1772     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1773       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1774
1775     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1776
1777     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1778       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1779
1780     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1781       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1782       and summary (to extract the numbers) methods.
1783
1784     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1785       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1786
1787     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1788       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1789       respectively.
1790
1791     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1792
1793
1794 BUG FIXES
1795
1796     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1797       handled corretly, and node labels are now output normally.
1798
1799     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1800       in some cases.
1801
1802     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1803       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1804       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1805       warning message is now returned; this latter bug was also
1806       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1807
1808     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1809       is now returned.
1810
1811     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1812       was not always correctly dispatched.
1813
1814     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1815       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1816
1817
1818 OTHER CHANGES
1819
1820     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1821
1822     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1823
1824     o Various error and warning messages have been improved.
1825
1826
1827
1828                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1829 NEW FEATURES
1830
1831     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1832       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1833       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1834
1835     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1836       of directional evolution for continuous characters. The user
1837       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1838       changes.
1839
1840     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1841       "phylo") is rooted.
1842
1843     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1844       the possibility to specify the function that generates the
1845       inter-nodes distances.
1846
1847     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1848       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1849
1850     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1851       to three classes) on the nodes of a tree.
1852
1853     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1854       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1855       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1856       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1857       3) are now handled correctly.
1858
1859     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1860       for Penny and Henny's method (already available before and now
1861       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1862       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1863
1864     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1865       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1866       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1867       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1868
1869     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1870       DNA sequences by specifying model = "raw".
1871
1872     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1873       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1874       `full = FALSE'.
1875
1876
1877 BUG FIXES
1878
1879     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1880
1881     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1882       they are now considered as missing data.
1883
1884     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1885       fixed.
1886
1887     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1888       and the function has been improved and is now faster.
1889
1890     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1891       incorrect.
1892
1893     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1894       this is fixed.
1895
1896     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1897       rooted and unrooted trees.
1898
1899     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1900       fixed.
1901
1902     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1903
1904
1905
1906                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1907
1908
1909 NEW FEATURES
1910
1911     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1912       between two trees.
1913
1914     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1915       phylogeny estimation.
1916
1917     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1918       bipartitions from a series of trees.
1919
1920
1921 OTHER CHANGES
1922
1923     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1924       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1925       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1926
1927
1928 BUG FIXES
1929
1930     o Several bugs were fixed in read.dna().
1931
1932     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1933
1934     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1935       lengths: this is fixed.
1936
1937     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1938       tree: this is fixed.
1939
1940
1941
1942                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1943
1944
1945 NEW FEATURES
1946
1947     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1948       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1949       latter implements the representation of binary trees introduced by
1950       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1951       as.matching() has been introduced as well.
1952
1953     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1954       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1955
1956     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1957       from a sample a DNA sequences.
1958
1959     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1960       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1961       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1962       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1963       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1964       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1965       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1966       `GCcontent' has been removed.
1967
1968     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1969       whether to return the species names of the organisms in addition
1970       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1971       behaviour).
1972
1973     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1974
1975     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1976       new root edge if internal branches are trimmed.
1977
1978
1979 BUG FIXES
1980
1981     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1982       is fixed.
1983
1984     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1985       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1986       different representations (a report was printed previously).
1987
1988     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1989       this is fixed.
1990
1991
1992 OTHER CHANGES
1993
1994     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1995       which there is a print method.
1996
1997
1998
1999                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
2000
2001
2002 NEW FEATURES
2003
2004     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
2005       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
2006       Evol., 4:406).
2007
2008     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
2009       that belong to a group specified as a set of tips.
2010
2011     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
2012       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
2013       "phylo".
2014
2015     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
2016       phylogeny plot.
2017
2018     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
2019       in different cases and giving a number of tips.
2020
2021     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
2022       write a Newick tree on several lines rather than on a single
2023       line.
2024
2025     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
2026       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
2027       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
2028       marked with the option `subtree' (see below).
2029
2030     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
2031       specifies whether to output in the tree how many tips have been
2032       deleted and where.
2033
2034     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
2035       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
2036       function now works even if the plotted tree has no edge length.
2037
2038     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
2039       edge lengths into account.
2040
2041     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
2042       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
2043       they are propagated to the vertical line that link them.
2044
2045
2046 BUG FIXES
2047
2048     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
2049       crashing. This is fixed.
2050
2051     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
2052       now properly recycled; their default values are now "black" and
2053       1, respectively.
2054
2055     o A bug has been fixed in write.nexus().
2056
2057
2058 OTHER CHANGES
2059
2060     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
2061       replaced by a C code.
2062
2063
2064
2065                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
2066
2067
2068 NEW FEATURES
2069
2070     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
2071       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
2072
2073     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
2074       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
2075       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
2076       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
2077       limit (as before).
2078
2079
2080
2081                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
2082
2083
2084 NEW FEATURES
2085
2086     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
2087       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
2088       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
2089       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
2090       display graphically the AIC values of each model.
2091
2092     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
2093       a model where the speciation rate is affected by several species
2094       traits through a generalized linear model. The parameters are
2095       estimated by maximum likelihood.
2096
2097     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
2098       corMartins(), compute the expected correlation structures among
2099       species given a phylogeny under different models of evolution.
2100       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
2101       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
2102       Initialize.corPhyl() function associated.
2103
2104     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
2105       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
2106
2107     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
2108       a plot method.
2109
2110     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
2111       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
2112       correlograms.
2113
2114     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
2115       of a subtree defined by a particular node.
2116
2117     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
2118       given parent node.
2119
2120     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
2121       a tree according to a specified method.
2122
2123     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
2124       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
2125       the global graphical parameter), "direction" which allows to
2126       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
2127       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
2128
2129
2130 BUG FIXES
2131
2132     o Some functions which try to match tip labels and names of
2133       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
2134       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
2135       match, they are ignored and a warning message is now issued.
2136       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
2137       have been clarified on this point.
2138
2139
2140
2141                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
2142
2143
2144 NEW FEATURES
2145
2146     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
2147       to a specified outgroup.
2148
2149     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
2150
2151     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
2152       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
2153       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
2154       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
2155       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
2156       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
2157       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
2158
2159     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
2160
2161
2162 BUG FIXES
2163
2164     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
2165       lengths: this is fixed.
2166
2167     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
2168       plotted with some line crossings: this is now fixed.
2169
2170
2171
2172                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
2173
2174
2175 NEW FEATURES
2176
2177     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
2178       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
2179       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
2180
2181     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
2182       has been included.
2183
2184
2185 BUG FIXES
2186
2187     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
2188
2189
2190 OTHER CHANGES
2191
2192     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
2193       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
2194
2195
2196
2197                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
2198
2199
2200 NEW FEATURES
2201
2202     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
2203       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
2204       speciation and extinction rates.
2205
2206
2207 OTHER CHANGES
2208
2209     o The package gee is no more required by ape but only suggested
2210       since only the function compar.gee() calls gee.
2211
2212
2213
2214                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
2215
2216
2217 NEW FEATURES
2218
2219     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
2220       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
2221       demographic history from genealogies using a reversible jump
2222       MCMC have been introduced.
2223
2224     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
2225       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
2226
2227
2228
2229                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
2230
2231
2232 NEW FEATURES
2233
2234     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
2235       without branch lengths.
2236
2237     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
2238       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
2239       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
2240       arguments (see `?ltt.plot' for details).
2241
2242
2243 BUG FIXES
2244
2245     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
2246       this is fixed.
2247
2248     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
2249       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
2250
2251
2252 OTHER CHANGES
2253
2254     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
2255       algorithm: it is now about four times faster.
2256
2257     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2258       twice faster.
2259
2260
2261
2262                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2263
2264
2265 NEW FEATURES
2266
2267     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2268       sample of DNA sequences.
2269
2270
2271 BUG FIXES
2272
2273     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2274       1.2-1 was fixed.
2275
2276     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2277       help pages.
2278
2279
2280
2281                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2282
2283
2284 NEW FEATURES
2285
2286     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2287       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2288
2289
2290 BUG FIXES
2291
2292     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2293       comment blocks were not read correctly.
2294
2295     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2296       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2297       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2298       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2299       a warning message is now issued.
2300
2301
2302
2303                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2304
2305
2306 NEW FEATURES
2307
2308     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2309       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2310       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2311       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2312       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2313       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2314       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2315       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2316       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2317       see the respective help pages for details.
2318
2319     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2320       focusing on a small portion of it.
2321
2322     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2323       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2324
2325     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2326       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2327       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2328       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2329       (see below); the default behaviour is no more to display the
2330       sequences on the standard output. Several options have been
2331       introduced to control the sequence printing in a flexible
2332       way. The help page has been extended.
2333
2334     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2335
2336
2337 BUG FIXES
2338
2339     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2340       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2341
2342     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2343
2344     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2345       function did not work with `format = "interleaved"'.
2346
2347     o Various errors were corrected in the help pages.
2348
2349
2350 OTHER CHANGES
2351
2352     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2353       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2354       the corresponding generic function.
2355
2356     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2357       since gamma() is a generic function.
2358
2359
2360
2361                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2362
2363
2364 BUG FIXES
2365
2366     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2367       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2368       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2369       vector of length 4 is always returned).
2370
2371     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2372       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2373       command in the NEXUS file, and that the commands were
2374       case-sensitive.
2375
2376
2377
2378                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2379
2380
2381 NEW FEATURES
2382
2383     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2384       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2385
2386     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2387       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2388       sylvaticus).
2389
2390
2391 BUG FIXES
2392
2393     o A bug in read.nexus() was fixed.
2394
2395     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2396       The function has been completely re-written and its help page
2397       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2398       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2399       spaces (this behaviour was undocumented).
2400
2401     o A bug was fixed in write.dna().
2402
2403
2404
2405                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2406
2407
2408 BUG FIXES
2409
2410     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2411
2412     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2413       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2414
2415
2416
2417                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2418
2419
2420 NEW FEATURES
2421
2422     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2423       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2424       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2425       the function klastorin()).
2426
2427     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2428       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2429       as.phylo for details).
2430
2431     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2432       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2433       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2434       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2435       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2436
2437     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2438       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2439
2440     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2441       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2442       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2443       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2444       (this behaviour was undocumented).
2445
2446     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2447       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2448       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2449
2450     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2451       the estimated parameters using profile likelihood.
2452
2453     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2454       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2455       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2456
2457
2458 BUG FIXES
2459
2460     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2461
2462     o A bug in plot.mst() was fixed.
2463
2464     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2465       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2466
2467
2468
2469                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2470
2471
2472 NEW FEATURES
2473
2474     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2475       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2476
2477     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2478       in a NEXUS file.
2479
2480     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2481       possibly handling root edges to give internal branches.
2482
2483     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2484       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2485
2486     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2487
2488     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2489       branches with different colours and/or different widths, showing the
2490       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2491       the labels, and controling the space around the plot.
2492
2493     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2494       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2495       objects of class "phylo" is now optional.
2496
2497     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2498       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2499       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2500       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2501
2502     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2503       to read the tree in a variable of mode character.
2504
2505     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2506       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2507
2508
2509
2510                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2511
2512
2513 BUG FIXES
2514
2515     o Several bugs were fixed in the help pages.
2516
2517
2518
2519                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2520
2521
2522 NEW FEATURES
2523
2524     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2525       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2526
2527     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2528       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2529       extinction rates.
2530
2531     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2532       tree.
2533
2534     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2535
2536     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2537       as well as some methods are introduced.
2538
2539     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2540       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2541       population size through time are introduced and replace the function
2542       skyline.plot() in version 0.1.
2543
2544     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2545       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2546       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2547       Democratic Republic of Congo.
2548
2549
2550 DEPRECATED & DEFUNCT
2551
2552     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2553       replaced by more elaborate functions (see above).
2554
2555
2556 BUG FIXES
2557
2558     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2559       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2560       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2561       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2562
2563     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2564       AICs and LRTs.
2565
2566     o Various errors were corrected in the help pages.