NEWS

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-3
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o The new function compute.brtime computes and sets branching times.
   7
   8     o mantel.test() has a new argument 'alternative' which is
   9       "two-sided" by default. Previously, this test was one-tailed
  10       with no possibility to change.
  11
  12     o ace() can now do REML estimation with continuous characters,
  13       giving better estimates of the variance of the Brownian motion
  14       process.
  15
  16
  17 BUG FIXES
  18
  19     o Branch lengths were wrongly updated with bind.tree(, where = <tip>,
  20       position = 0). (Thanks to Liam Revell for digging this bug out.)
  21
  22     o Simulation of OU process with rTraitCont() did not work correctly.
  23       This now uses formula from Gillespie (1996) reduced to a BM
  24       process when alpha = 0 to avoid division by zero. The option
  25       'linear' has been removed.
  26
  27     o Cross-validation in chronopl() did not work when 'age.max' was
  28       used.
  29
  30     o consensus(, p = 0.5) could return an incorrect tree if some
  31       incompatible splits occur in 50% of the trees (especially with
  32       small number of trees).
  33
  34     o c() with "multiPhylo" did not work correctly (thanks to Klaus
  35       Schliep for the fix).
  36
  37     o root() failed in some cases with an outgroup made of several tips.
  38       The help page has been clarified a bit.
  39
  40
  41
  42                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-2
  43
  44
  45 NEW FEATURES
  46
  47     o There is a new class "evonet" to code evolutionary networks, with
  48       a constructor function evonet(), a print() and a plot() methods,
  49       and four conversion methods to the classes "phylo", "networx",
  50       "network", and "igraph".
  51
  52     o The new function rTraitMult does multivariate traits simulation
  53       with user-defined models.
  54
  55     o plot.phylo() has a new option 'plot = TRUE'. If FALSE, the tree
  56       is not plotted but the graphical device is set and the
  57       coordinates are saved as usual.
  58
  59     o diversity.contrast.test() gains a fourth version of the test with
  60       method = "logratio"; the literature citations have been clarified.
  61
  62     o add.scale.bar() has two new options, 'lwd' and 'lcol', to modify
  63       the aspect of the bar.
  64
  65     o boot.phylo() now displays a progress bar by default (can be off
  66       if 'quiet = TRUE').
  67
  68     o There is a new predict() method for compar.gee().
  69
  70
  71 BUG FIXES
  72
  73     o bionj() made R crash if distances were too large. It now returns
  74       an error if at least one distance is greater than 100.
  75
  76     o drop.tip() returned a wrong tree if 'tip' was of zero length.
  77
  78     o read.nexus.data() failed with URLs.
  79
  80     o boot.phylo() returned overestimated support values in the
  81       presence of identical or nearly identical sequences.
  82
  83
  84 OTHER CHANGES
  85
  86     o The data bird.families, bird.orders, cynipids, and woodmouse are
  87       now provided as .rda files.
  88
  89
  90
  91                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-1
  92
  93
  94 NEW FEATURES
  95
  96     o The new function trex does tree exploration with multiple
  97       graphical devices.
  98
  99     o The new function kronoviz plots several rooted (dated) trees on
 100       the scale scale.
 101
 102     o identify.phylo() has a new option 'quiet' (FALSE by default).
 103
 104
 105 BUG FIXES
 106
 107     o A bug was introduced in read.nexus() in ape 2.7.
 108
 109     o image.DNAbin() did not colour correctly the bases if there were
 110       some '-' and no 'N'.
 111
 112     o .compressTipLabel() failed with a list with a single tree.
 113
 114     o identify.phylo() returned a wrong answer when the x- and y-scales
 115       are very different.
 116
 117     o write.nexus() failed with lists of trees with compressed labels.
 118
 119
 120 OTHER CHANGES
 121
 122     o identify.phylo() now returns NULL if the user right-(instead of
 123       left-)clicks (an error was returned previously).
 124
 125     o read.nexus() should be robust to commands inserted in the TREES
 126       block.
 127
 128
 129
 130                 CHANGES IN APE VERSION 2.7
 131
 132
 133 NEW FEATURES
 134
 135     o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
 136       alignments in a flexible and efficient way.
 137
 138     o Two new functions as.network.phylo and as.igraph.phylo convert
 139       trees of class "phylo" into these respective network classes
 140       defined in the packages of the same names.
 141
 142     o The three new functions clustal, muscle, and tcoffee perform
 143       nucleotide sequence alignment by calling the external programs
 144       of the same names.
 145
 146     o Four new functions, diversity.contrast.test, mcconwaysims.test,
 147       richness.yule.test, and slowinskiguyer.test, implement various
 148       tests of diversification shifts using sister-clade comparisons.
 149
 150     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
 151       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
 152
 153     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a
 154       list of trees with names.
 155
 156
 157 BUG FIXES
 158
 159     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
 160
 161     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
 162       present.
 163
 164     o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
 165
 166     o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
 167       was not the root.
 168
 169
 170 OTHER CHANGES
 171
 172     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
 173
 174     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
 175
 176     o The matching representation has now only two columns as the third
 177       column was redundant.
 178
 179
 180
 181                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
 182
 183
 184 NEW FEATURES
 185
 186     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
 187       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
 188
 189
 190 BUG FIXES
 191
 192     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
 193
 194     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 195       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
 196
 197     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
 198       length.
 199
 200     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
 201       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
 202
 203     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
 204       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
 205       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
 206
 207
 208 OTHER CHANGES
 209
 210     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
 211
 212     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
 213       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
 214       man page of as.matching().
 215
 216
 217
 218                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
 219
 220
 221 NEW FEATURES
 222
 223     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
 224       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
 225       second function requires Phylip to be installed on the computer.
 226
 227     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
 228       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
 229
 230
 231 BUG FIXES
 232
 233     o write.tree() failed to output correctly tree names.
 234
 235     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
 236       multichotomous trees.
 237
 238     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
 239       turned off.
 240
 241     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
 242
 243     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
 244
 245     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
 246       = FALSE.
 247
 248     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 249       cutree() or rect.hclust().
 250
 251     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 252       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 253
 254     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 255       Jeremy Beaulieu.
 256
 257
 258
 259                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 260
 261
 262 NEW FEATURES
 263
 264     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 265       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 266       and shallowest divergence tree.
 267
 268
 269 BUG FIXES
 270
 271     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 272
 273     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 274
 275     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 276       Filipe Vieira for the fix).
 277
 278
 279
 280                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 281
 282
 283 NEW FEATURES
 284
 285     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 286       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 287       use continuous time algorithms.
 288
 289     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 290       phylogeny.
 291
 292     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 293       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 294       extinction into account.
 295
 296     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 297       discrete characters.
 298
 299     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 300       frequencies from a pair of sequences.
 301
 302     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 303
 304     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 305       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 306
 307     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 308       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 309       and height = NULL.
 310
 311     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 312       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 313       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 314       results has also been improved.
 315
 316     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 317       the gene (FALSE by default).
 318
 319
 320 BUG FIXES
 321
 322     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 323
 324     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 325       Schliep for the fix)
 326
 327     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 328       documentation has been clarified on the formulae used.
 329
 330
 331 OTHER CHANGES
 332
 333     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 334       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 335
 336     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 337       available) as names.
 338
 339     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 340       to contributions by Klaus Schliep.
 341
 342
 343
 344                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 345
 346
 347 NEW FEATURES
 348
 349     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 350       text to be plotted in different fonts.
 351
 352     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 353       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 354       check that the tip labels are the same in all trees.
 355
 356     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 357       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 358
 359     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 360       now documented.
 361
 362
 363 BUG FIXES
 364
 365     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 366       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 367
 368     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 369       simulating a Brownian motion model.
 370
 371
 372
 373                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 374
 375
 376 NEW FEATURES
 377
 378     o There is now a print method for results from ace().
 379
 380     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 381
 382     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 383       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 384
 385
 386 BUG FIXES
 387
 388     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 389
 390     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 391
 392     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 393       failed).
 394
 395
 396 DEPRECATED & DEFUNCT
 397
 398     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 399
 400     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 401
 402
 403 OTHER CHANGES
 404
 405     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 406
 407     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 408       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 409
 410     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 411       removed.
 412
 413
 414
 415                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 416
 417
 418 NEW FEATURES
 419
 420     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 421
 422     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 423       details).
 424
 425     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 426       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 427
 428     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 429       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 430
 431
 432 BUG FIXES
 433
 434     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 435       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 436
 437     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 438       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 439       The same bug occurred with the 'pie' option.
 440
 441     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 442
 443     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 444       more efficient.
 445
 446     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 447       vertical lines representing the nodes.
 448
 449     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 450       in the correct direction though the tip labels were displayed
 451       correctly.
 452
 453
 454 OTHER CHANGES
 455
 456     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 457       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 458       for the two other functions).
 459
 460
 461
 462                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 463
 464
 465 NEW FEATURES
 466
 467     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 468       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 469       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 470       The latter has a biplot method.
 471
 472     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 473       regression through the origin with testing by permutation.
 474
 475     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 476       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 477
 478     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 479       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 480
 481     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 482       and/or tips on a plotted tree.
 483
 484     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 485       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 486
 487     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 488
 489     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 490
 491     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 492       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 493       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 494       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 495
 496
 497 BUG FIXES
 498
 499     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 500       default options with unrooted or radial trees.
 501
 502     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 503       to Otto Cordero for the fix).
 504
 505
 506 OTHER CHANGES
 507
 508     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 509       in dist.topo().
 510
 511
 512
 513                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 514
 515
 516 NEW FEATURES
 517
 518     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 519       argument.
 520
 521     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 522       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 523       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 524       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 525
 526
 527 BUG FIXES
 528
 529     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 530
 531     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 532       lengths and there is a TRANSLATE block.
 533
 534     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 535       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 536       clarification on this behaviour.
 537
 538     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 539       compressed tip labels.
 540
 541     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 542
 543     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 544       when the tree has branch lengths.
 545
 546     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 547       negative (which resulted in an error).
 548
 549     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 550       returned.
 551
 552
 553
 554                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 555
 556
 557 NEW FEATURES
 558
 559     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 560       default is still to return the proportions.
 561
 562
 563 BUG FIXES
 564
 565     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 566       are now ignored.
 567
 568     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 569       the tree: the argument is now ignored.
 570
 571     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 572       Young for the fix).
 573
 574
 575 OTHER CHANGES
 576
 577     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 578       warning (it returned an error previously).
 579
 580     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 581       been modified (as well as their widths and types) following some
 582       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 583
 584     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 585       using 'pie' or 'thermo'.
 586
 587     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 588       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 589       done now).
 590
 591     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 592       help("ape-defunct") with the quotes.
 593
 594
 595 DEPRECATED & DEFUNCT
 596
 597     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 598       theta.s have been moved from ape to pegas.
 599
 600     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 601
 602
 603
 604                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 605
 606
 607 BUG FIXES
 608
 609     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 610
 611     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 612
 613     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 614       attribute.
 615
 616     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 617
 618     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 619       Phelan for the fix).
 620
 621     o seg.sites() failed when passing a vector.
 622
 623     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 624
 625     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 626
 627
 628
 629                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 630
 631
 632 BUG FIXES
 633
 634     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 635
 636     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 637       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 638
 639     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 640       outgroup correctly.
 641
 642     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 643
 644     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 645       "pruningwise" order.
 646
 647     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 648       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 649       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 650
 651
 652
 653                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 654
 655
 656 NEW FEATURES
 657
 658     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 659
 660     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 661
 662     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 663       corrected with respect to this change.
 664
 665     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 666       to be treated as (un)rooted.
 667
 668
 669 BUG FIXES
 670
 671     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 672       pairwise.deletion = FALSE.
 673
 674     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 675
 676     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 677
 678     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 679
 680     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 681
 682     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 683       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 684       times faster.
 685
 686     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 687
 688     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 689
 690
 691 OTHER CHANGES
 692
 693     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 694
 695     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 696       by inherits(phy, "phylo").
 697
 698     o rcoal() is now faster.
 699
 700
 701 DEPRECATED & DEFUNCT
 702
 703     o klastorin() has been removed.
 704
 705
 706
 707                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 708
 709
 710 NEW FEATURES
 711
 712     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 713       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 714       matrices.
 715
 716     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 717       Yule model by maximum likelihood.
 718
 719     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 720       labels in a flexible way.
 721
 722     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 723       handle individual tree names.
 724
 725     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 726       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 727
 728     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 729
 730
 731 BUG FIXES
 732
 733     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 734
 735     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 736
 737     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 738
 739     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 740       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 741       lasting bug).
 742
 743
 744 OTHER CHANGES
 745
 746     o The data set xenarthra has been removed.
 747
 748
 749
 750                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 751
 752 BUG FIXES
 753
 754     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 755       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 756
 757     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 758
 759
 760 OTHER CHANGES
 761
 762     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 763
 764
 765
 766                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 767
 768
 769 NEW FEATURES
 770
 771     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 772       specifying a node number or label.
 773
 774     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 775       operations of the same names.
 776
 777     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 778       specifying model="N".
 779
 780
 781 BUG FIXES
 782
 783     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 784
 785     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 786       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 787       comments inserted within the trees).
 788
 789     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 790       the number of lineages with non-binary trees.
 791
 792
 793 OTHER CHANGES
 794
 795     o ape has now a namespace.
 796
 797     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 798       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 799
 800
 801
 802                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 803
 804
 805 NEW FEATURES
 806
 807     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 808       'pairwise.deletion'.
 809
 810     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 811       more flexible.
 812
 813
 814 BUG FIXES
 815
 816     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 817      'check.labels = TRUE'.
 818
 819    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 820      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 821      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 822
 823    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 824      breaks in the Newick string.
 825
 826    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 827      gaps.
 828
 829
 830 OTHER CHANGES
 831
 832     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 833       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 834
 835     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 836       which is returned unchanged (instead of an error).
 837
 838     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 839       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 840       read.tree().
 841
 842
 843
 844                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 845
 846
 847 NEW FEATURES
 848
 849     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 850       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 851       truncate and/or make them unique, substituting some
 852       characters, and so on.
 853
 854     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 855       set of DNA sequences.
 856
 857     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 858
 859
 860 BUG FIXES
 861
 862     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 863       already the specified root.
 864
 865     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 866
 867     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 868       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 869
 870     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 871       trees.
 872
 873     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 874       translation of tip labels.
 875
 876     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 877       a single tree with no edge lengths.
 878
 879     o A bug was fixed in sh.test().
 880
 881
 882 OTHER CHANGES
 883
 884     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 885       Minin.
 886
 887     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 888       TRUE by default.
 889
 890     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 891       the Phylip formats.
 892
 893
 894
 895                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 896
 897
 898 NEW FEATURES
 899
 900     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 901       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 902       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 903       (without plotting).
 904
 905     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 906       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 907
 908     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 909       help page for details.
 910
 911     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 912       bootstraped trees (the default is FALSE).
 913
 914     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 915       situations.
 916
 917
 918 BUG FIXES
 919
 920     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 921       first sequence.
 922
 923     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 924       circular tree (type = "r" or "f").
 925
 926     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 927       trees.
 928
 929     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 930       (thanks to Yan Wong for the fix).
 931
 932     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 933
 934     o seg.sites() failed with a list.
 935
 936     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 937       as well and is faster.
 938
 939
 940
 941                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 942
 943
 944 BUG FIXES
 945
 946     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 947
 948     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 949       states by generalized least squares in ace().
 950
 951     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 952
 953     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 954       "cladewise".
 955
 956
 957
 958                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 959
 960
 961 NEW FEATURES
 962
 963     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 964       and [[.
 965
 966     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 967       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 968
 969     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 970       than in plot.default().
 971
 972
 973 BUG FIXES
 974
 975     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 976       list of trees.
 977
 978     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 979       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 980       worked already for thermometers).
 981
 982     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 983
 984
 985 OTHER CHANGES
 986
 987     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 988       as well as a character string.
 989
 990     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 991       'tree.names = NULL'.
 992
 993     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 994       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 995       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 996       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 997       correctly when extracting trees.
 998
 999
1000
1001                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
1002
1003
1004 NEW FEATURES
1005
1006     o The new function rmtree generates lists of random trees.
1007
1008     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
1009       (thanks to Vladimir Minin for the code).
1010
1011
1012 BUG FIXES
1013
1014     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
1015       pairwise.deletion = FALSE.
1016
1017
1018 OTHER CHANGES
1019
1020     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
1021       have been improved so that they are stabler and faster.
1022
1023     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
1024       are loaded only when needed.
1025
1026
1027
1028                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
1029
1030
1031 NEW FEATURES
1032
1033     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
1034       tree using the mouse.
1035
1036     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
1037       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
1038
1039     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
1040       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
1041       an object of class "DNAbin".
1042
1043     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
1044       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
1045
1046     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
1047       as its main argument.
1048
1049     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
1050       improved, and gain several options (see the help page for
1051       details). A legend is now plotted by default.
1052
1053
1054 BUG FIXES
1055
1056     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
1057       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
1058       distances involving sequences with missing values. (Thanks
1059       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
1060
1061     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
1062       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
1063       single line).
1064
1065     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
1066       edges (see OTHER CHANGES).
1067
1068
1069 OTHER CHANGES
1070
1071     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
1072       should be much stabler. The options have been also greatly
1073       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
1074
1075     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
1076
1077     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
1078       been cleaned-up.
1079
1080     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
1081       improved.
1082
1083     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
1084       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
1085       correction applied in previous version did not work in all
1086       situations.
1087
1088     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
1089       "multiPhylo".
1090
1091
1092 DOCUMENTATION
1093
1094     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
1095
1096
1097 DEPRECATED & DEFUNCT
1098
1099     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
1100       lengths.
1101
1102     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
1103
1104
1105
1106                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
1107
1108
1109 NEW FEATURES
1110
1111     o The new function matexpo computes the exponential of a square
1112       matrix.
1113
1114     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
1115       a list.
1116
1117     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
1118       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
1119
1120
1121 BUG FIXES
1122
1123     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
1124       looked for.
1125
1126     o In diversi.time(), the values returned for model C were
1127       incorrect.
1128
1129     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
1130       likelihood in the presence of ties in the branching times.
1131
1132     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
1133       calculations of the transition probabilities for models HKY and
1134       GTR in mlphylo().
1135
1136     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
1137       Bullard).
1138
1139     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
1140       limited number of labelled topologies could be generated.
1141
1142
1143
1144                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
1145
1146
1147 NEW FEATURES
1148
1149     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1150       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1151       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1152       previous programs done by Vincent Lefort.
1153
1154     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1155       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1156       Evol. 24: 58).
1157
1158     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1159       two clades connected to the same node. It works also with
1160       multichotomous nodes.
1161
1162     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1163       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1164       keeping the names and the class.
1165
1166
1167 BUG FIXES
1168
1169     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1170       an error message is now returned.
1171
1172     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1173       to remove.
1174
1175
1176
1177                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1178
1179
1180 NEW FEATURES
1181
1182     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1183       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1184
1185     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1186       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1187       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1188       should be much faster.
1189
1190
1191 BUG FIXES
1192
1193     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1194       from ape 1.10: this is fixed in this version
1195
1196     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1197       object is now returned unchanged.
1198
1199
1200
1201                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1202
1203
1204 NEW FEATURES
1205
1206     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1207       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1208
1209
1210 BUG FIXES
1211
1212     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1213       object when reading multiple trees.
1214
1215     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1216       "phylo").
1217
1218     o unroot() did not work correctly in most cases.
1219
1220     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1221
1222     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1223
1224     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1225       correctly positioned if the option `cex' was used.
1226
1227
1228
1229                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1230
1231
1232 NEW FEATURES
1233
1234     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1235       DNA sequences in binary format (see below).
1236
1237     o Three new functions have been introduced to convert between the
1238       new binary and the character formats.
1239
1240     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1241       single characters into the class "alignment" used by the package
1242       seqinr.
1243
1244     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1245       controlling whether the sequences are returned in binary format
1246       or as character.
1247
1248
1249 BUG FIXES
1250
1251     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1252
1253     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1254       the default setting: this is fixed.
1255
1256     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1257       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1258
1259
1260 OTHER CHANGES
1261
1262     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1263       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1264       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1265       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1266       ca. 60 times faster).
1267
1268
1269
1270                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1271
1272
1273 BUG FIXES
1274
1275     o A bug was fixed in edgelabels().
1276
1277     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1278       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1279       now its tip labels set to "1", "2", ...
1280
1281     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1282       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1283
1284     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1285       initial tree were greater than one: an error message is now
1286       issued.
1287
1288     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1289       invariants: this is fixed.
1290
1291
1292
1293                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1294
1295
1296 NEW FEATURES
1297
1298     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1299       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1300
1301
1302 BUG FIXES
1303
1304     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1305       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1306
1307     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1308
1309     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1310       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1311       prop.clades, and boot.phylo.
1312
1313     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1314       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1315
1316
1317
1318                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1319
1320
1321 NEW FEATURES
1322
1323     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1324       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1325
1326     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1327       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1328       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1329
1330
1331 BUG FIXES
1332
1333     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1334
1335     o Some bugs were fixed in chronopl().
1336
1337     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1338       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1339
1340     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1341       fixed.
1342
1343
1344 OTHER CHANGES
1345
1346     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1347       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1348       format are still returned in a list.
1349
1350     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1351       it could not be used from the generic.
1352
1353
1354 DEPRECATED & DEFUNCT
1355
1356     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1357       since ape 1.9.
1358
1359
1360
1361                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1362
1363
1364 BUG FIXES
1365
1366     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1367       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1368
1369     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1370       unrooted tree in most cases.
1371
1372     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1373       particularly of the BX-series.
1374
1375     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1376       fixed
1377
1378
1379
1380                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1381
1382
1383 NEW FEATURES
1384
1385     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1386       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1387       displayed in a compact and informative way.
1388
1389     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1390       for converting between the old and new coding of the class
1391       "phylo".
1392
1393     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1394       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1395
1396     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1397       available to compute branch lengths.
1398
1399     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1400
1401
1402 BUG FIXES
1403
1404     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1405       multichotomous trees: this is fixed.
1406
1407     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1408       returned unchanged.
1409
1410     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1411       models: this is fixed.
1412
1413     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1414       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1415       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1416       accepts trees with no branch lengths.
1417
1418     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1419       user distribution was specified. This has been corrected, and
1420       the help page of this function has been expanded.
1421
1422
1423 OTHER CHANGES
1424
1425     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1426       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1427       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1428       functions has been improved.
1429
1430     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1431       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1432
1433     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1434
1435     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1436       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1437
1438     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1439       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1440       labels.
1441
1442     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1443
1444     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1445       been removed.
1446
1447     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1448
1449     o The use of node.depth() has been simplified.
1450
1451
1452
1453                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1454
1455
1456 NEW FEATURES
1457
1458     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1459       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1460       sequences in NEXUS files.
1461
1462     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1463       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1464       reorder(tr).
1465
1466     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1467       edge.
1468
1469     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1470       in NEXUS format.
1471
1472
1473 BUG FIXES
1474
1475     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1476       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1477
1478     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1479       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1480       Newick format (parentheses, etc.)
1481
1482     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1483       now fixed.
1484
1485
1486
1487                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1488
1489
1490 NEW FEATURES
1491
1492     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1493       Hasegawa test.
1494
1495     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1496       single descendant from a tree.
1497
1498     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1499       colours of the tips.
1500
1501     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1502       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1503
1504
1505 BUG FIXES
1506
1507     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1508       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1509
1510     o ace() returned a list with no class so that the generic
1511       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1512       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1513
1514     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1515       of freedom: this is fixed.
1516
1517     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1518       a data frame: this is fixed.
1519
1520     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1521       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1522
1523
1524 OTHER CHANGES
1525
1526     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1527       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1528       respectively.
1529
1530
1531
1532                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1533
1534
1535 NEW FEATURES
1536
1537     o There are four new `method' functions to be used with the
1538       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1539
1540     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1541       change the title, and `col' to control the colour of the
1542       segments showing the AIC values.
1543
1544     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1545       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1546       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1547       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1548
1549     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1550       represent proportions, with any number of categories, as
1551       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1552       there is now no limitation on the number of categories.
1553
1554
1555 BUG FIXES
1556
1557     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1558       fixed.
1559
1560     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1561       in the tree: this is fixed.
1562
1563     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1564       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1565
1566     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1567       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1568
1569     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1570       is fixed and a message error is now returned.
1571
1572     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1573       the calculation of P-values.
1574
1575     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1576       and in the variables were different: this is fixed.
1577
1578
1579
1580                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1581
1582
1583 NEW FEATURES
1584
1585     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1586       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1587       is used to define the substitution model which may include
1588       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1589       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1590       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1591       functionality is limited to estimating the substitution and
1592       associated parameters and computing the likelihood.
1593
1594     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1595       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1596       warning message is printed if there is not enough degrees of
1597       freedom.
1598
1599
1600 BUG FIXES
1601
1602     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1603       though with no consequence.
1604
1605
1606
1607                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1608
1609
1610 NEW FEATURES
1611
1612     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1613       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1614       documented on the same help page.
1615
1616
1617 BUG FIXES
1618
1619     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1620       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1621       boot.phylo, or consensus.
1622
1623     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1624       more than one element: this is fixed.
1625
1626     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1627       has been corrected.
1628
1629     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1630       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1631       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1632
1633
1634 OTHER CHANGES
1635
1636     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1637       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1638       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1639
1640
1641
1642                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1643
1644
1645 NEW FEATURES
1646
1647     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1648       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1649
1650     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1651       list of trees.
1652
1653     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1654       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1655
1656     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1657       tree together with ancestral values, as returned by the above
1658       function.
1659
1660     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1661       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1662
1663     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1664
1665     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1666       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1667
1668     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1669
1670     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1671       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1672
1673     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1674       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1675       and summary (to extract the numbers) methods.
1676
1677     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1678       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1679
1680     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1681       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1682       respectively.
1683
1684     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1685
1686
1687 BUG FIXES
1688
1689     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1690       handled corretly, and node labels are now output normally.
1691
1692     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1693       in some cases.
1694
1695     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1696       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1697       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1698       warning message is now returned; this latter bug was also
1699       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1700
1701     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1702       is now returned.
1703
1704     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1705       was not always correctly dispatched.
1706
1707     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1708       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1709
1710
1711 OTHER CHANGES
1712
1713     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1714
1715     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1716
1717     o Various error and warning messages have been improved.
1718
1719
1720
1721                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1722 NEW FEATURES
1723
1724     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1725       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1726       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1727
1728     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1729       of directional evolution for continuous characters. The user
1730       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1731       changes.
1732
1733     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1734       "phylo") is rooted.
1735
1736     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1737       the possibility to specify the function that generates the
1738       inter-nodes distances.
1739
1740     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1741       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1742
1743     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1744       to three classes) on the nodes of a tree.
1745
1746     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1747       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1748       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1749       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1750       3) are now handled correctly.
1751
1752     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1753       for Penny and Henny's method (already available before and now
1754       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1755       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1756
1757     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1758       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1759       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1760       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1761
1762     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1763       DNA sequences by specifying model = "raw".
1764
1765     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1766       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1767       `full = FALSE'.
1768
1769
1770 BUG FIXES
1771
1772     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1773
1774     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1775       they are now considered as missing data.
1776
1777     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1778       fixed.
1779
1780     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1781       and the function has been improved and is now faster.
1782
1783     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1784       incorrect.
1785
1786     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1787       this is fixed.
1788
1789     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1790       rooted and unrooted trees.
1791
1792     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1793       fixed.
1794
1795     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1796
1797
1798
1799                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1800
1801
1802 NEW FEATURES
1803
1804     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1805       between two trees.
1806
1807     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1808       phylogeny estimation.
1809
1810     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1811       bipartitions from a series of trees.
1812
1813
1814 OTHER CHANGES
1815
1816     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1817       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1818       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1819
1820
1821 BUG FIXES
1822
1823     o Several bugs were fixed in read.dna().
1824
1825     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1826
1827     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1828       lengths: this is fixed.
1829
1830     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1831       tree: this is fixed.
1832
1833
1834
1835                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1836
1837
1838 NEW FEATURES
1839
1840     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1841       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1842       latter implements the representation of binary trees introduced by
1843       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1844       as.matching() has been introduced as well.
1845
1846     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1847       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1848
1849     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1850       from a sample a DNA sequences.
1851
1852     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1853       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1854       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1855       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1856       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1857       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1858       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1859       `GCcontent' has been removed.
1860
1861     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1862       whether to return the species names of the organisms in addition
1863       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1864       behaviour).
1865
1866     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1867
1868     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1869       new root edge if internal branches are trimmed.
1870
1871
1872 BUG FIXES
1873
1874     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1875       is fixed.
1876
1877     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1878       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1879       different representations (a report was printed previously).
1880
1881     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1882       this is fixed.
1883
1884
1885 OTHER CHANGES
1886
1887     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1888       which there is a print method.
1889
1890
1891
1892                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1893
1894
1895 NEW FEATURES
1896
1897     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1898       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1899       Evol., 4:406).
1900
1901     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1902       that belong to a group specified as a set of tips.
1903
1904     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1905       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1906       "phylo".
1907
1908     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1909       phylogeny plot.
1910
1911     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1912       in different cases and giving a number of tips.
1913
1914     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1915       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1916       line.
1917
1918     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1919       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1920       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1921       marked with the option `subtree' (see below).
1922
1923     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1924       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1925       deleted and where.
1926
1927     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1928       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1929       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1930
1931     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1932       edge lengths into account.
1933
1934     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1935       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1936       they are propagated to the vertical line that link them.
1937
1938
1939 BUG FIXES
1940
1941     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1942       crashing. This is fixed.
1943
1944     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1945       now properly recycled; their default values are now "black" and
1946       1, respectively.
1947
1948     o A bug has been fixed in write.nexus().
1949
1950
1951 OTHER CHANGES
1952
1953     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1954       replaced by a C code.
1955
1956
1957
1958                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1959
1960
1961 NEW FEATURES
1962
1963     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1964       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1965
1966     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1967       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1968       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1969       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1970       limit (as before).
1971
1972
1973
1974                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1975
1976
1977 NEW FEATURES
1978
1979     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1980       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1981       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1982       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1983       display graphically the AIC values of each model.
1984
1985     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1986       a model where the speciation rate is affected by several species
1987       traits through a generalized linear model. The parameters are
1988       estimated by maximum likelihood.
1989
1990     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1991       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1992       species given a phylogeny under different models of evolution.
1993       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1994       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1995       Initialize.corPhyl() function associated.
1996
1997     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1998       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1999
2000     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
2001       a plot method.
2002
2003     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
2004       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
2005       correlograms.
2006
2007     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
2008       of a subtree defined by a particular node.
2009
2010     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
2011       given parent node.
2012
2013     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
2014       a tree according to a specified method.
2015
2016     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
2017       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
2018       the global graphical parameter), "direction" which allows to
2019       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
2020       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
2021
2022
2023 BUG FIXES
2024
2025     o Some functions which try to match tip labels and names of
2026       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
2027       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
2028       match, they are ignored and a warning message is now issued.
2029       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
2030       have been clarified on this point.
2031
2032
2033
2034                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
2035
2036
2037 NEW FEATURES
2038
2039     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
2040       to a specified outgroup.
2041
2042     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
2043
2044     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
2045       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
2046       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
2047       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
2048       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
2049       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
2050       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
2051
2052     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
2053
2054
2055 BUG FIXES
2056
2057     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
2058       lengths: this is fixed.
2059
2060     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
2061       plotted with some line crossings: this is now fixed.
2062
2063
2064
2065                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
2066
2067
2068 NEW FEATURES
2069
2070     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
2071       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
2072       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
2073
2074     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
2075       has been included.
2076
2077
2078 BUG FIXES
2079
2080     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
2081
2082
2083 OTHER CHANGES
2084
2085     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
2086       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
2087
2088
2089
2090                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
2091
2092
2093 NEW FEATURES
2094
2095     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
2096       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
2097       speciation and extinction rates.
2098
2099
2100 OTHER CHANGES
2101
2102     o The package gee is no more required by ape but only suggested
2103       since only the function compar.gee() calls gee.
2104
2105
2106
2107                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
2108
2109
2110 NEW FEATURES
2111
2112     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
2113       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
2114       demographic history from genealogies using a reversible jump
2115       MCMC have been introduced.
2116
2117     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
2118       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
2119
2120
2121
2122                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
2123
2124
2125 NEW FEATURES
2126
2127     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
2128       without branch lengths.
2129
2130     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
2131       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
2132       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
2133       arguments (see `?ltt.plot' for details).
2134
2135
2136 BUG FIXES
2137
2138     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
2139       this is fixed.
2140
2141     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
2142       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
2143
2144
2145 OTHER CHANGES
2146
2147     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
2148       algorithm: it is now about four times faster.
2149
2150     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2151       twice faster.
2152
2153
2154
2155                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2156
2157
2158 NEW FEATURES
2159
2160     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2161       sample of DNA sequences.
2162
2163
2164 BUG FIXES
2165
2166     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2167       1.2-1 was fixed.
2168
2169     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2170       help pages.
2171
2172
2173
2174                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2175
2176
2177 NEW FEATURES
2178
2179     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2180       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2181
2182
2183 BUG FIXES
2184
2185     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2186       comment blocks were not read correctly.
2187
2188     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2189       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2190       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2191       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2192       a warning message is now issued.
2193
2194
2195
2196                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2197
2198
2199 NEW FEATURES
2200
2201     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2202       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2203       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2204       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2205       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2206       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2207       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2208       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2209       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2210       see the respective help pages for details.
2211
2212     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2213       focusing on a small portion of it.
2214
2215     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2216       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2217
2218     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2219       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2220       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2221       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2222       (see below); the default behaviour is no more to display the
2223       sequences on the standard output. Several options have been
2224       introduced to control the sequence printing in a flexible
2225       way. The help page has been extended.
2226
2227     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2228
2229
2230 BUG FIXES
2231
2232     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2233       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2234
2235     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2236
2237     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2238       function did not work with `format = "interleaved"'.
2239
2240     o Various errors were corrected in the help pages.
2241
2242
2243 OTHER CHANGES
2244
2245     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2246       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2247       the corresponding generic function.
2248
2249     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2250       since gamma() is a generic function.
2251
2252
2253
2254                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2255
2256
2257 BUG FIXES
2258
2259     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2260       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2261       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2262       vector of length 4 is always returned).
2263
2264     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2265       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2266       command in the NEXUS file, and that the commands were
2267       case-sensitive.
2268
2269
2270
2271                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2272
2273
2274 NEW FEATURES
2275
2276     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2277       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2278
2279     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2280       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2281       sylvaticus).
2282
2283
2284 BUG FIXES
2285
2286     o A bug in read.nexus() was fixed.
2287
2288     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2289       The function has been completely re-written and its help page
2290       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2291       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2292       spaces (this behaviour was undocumented).
2293
2294     o A bug was fixed in write.dna().
2295
2296
2297
2298                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2299
2300
2301 BUG FIXES
2302
2303     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2304
2305     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2306       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2307
2308
2309
2310                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2311
2312
2313 NEW FEATURES
2314
2315     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2316       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2317       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2318       the function klastorin()).
2319
2320     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2321       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2322       as.phylo for details).
2323
2324     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2325       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2326       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2327       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2328       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2329
2330     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2331       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2332
2333     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2334       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2335       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2336       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2337       (this behaviour was undocumented).
2338
2339     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2340       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2341       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2342
2343     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2344       the estimated parameters using profile likelihood.
2345
2346     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2347       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2348       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2349
2350
2351 BUG FIXES
2352
2353     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2354
2355     o A bug in plot.mst() was fixed.
2356
2357     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2358       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2359
2360
2361
2362                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2363
2364
2365 NEW FEATURES
2366
2367     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2368       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2369
2370     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2371       in a NEXUS file.
2372
2373     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2374       possibly handling root edges to give internal branches.
2375
2376     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2377       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2378
2379     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2380
2381     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2382       branches with different colours and/or different widths, showing the
2383       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2384       the labels, and controling the space around the plot.
2385
2386     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2387       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2388       objects of class "phylo" is now optional.
2389
2390     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2391       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2392       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2393       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2394
2395     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2396       to read the tree in a variable of mode character.
2397
2398     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2399       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2400
2401
2402
2403                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2404
2405
2406 BUG FIXES
2407
2408     o Several bugs were fixed in the help pages.
2409
2410
2411
2412                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2413
2414
2415 NEW FEATURES
2416
2417     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2418       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2419
2420     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2421       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2422       extinction rates.
2423
2424     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2425       tree.
2426
2427     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2428
2429     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2430       as well as some methods are introduced.
2431
2432     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2433       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2434       population size through time are introduced and replace the function
2435       skyline.plot() in version 0.1.
2436
2437     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2438       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2439       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2440       Democratic Republic of Congo.
2441
2442
2443 DEPRECATED & DEFUNCT
2444
2445     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2446       replaced by more elaborate functions (see above).
2447
2448
2449 BUG FIXES
2450
2451     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2452       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2453       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2454       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2455
2456     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2457       AICs and LRTs.
2458
2459     o Various errors were corrected in the help pages.