NEWS

   1                 CHANGES IN APE VERSION 3.0-2
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o The new function alex (alignment explorator) zooms in a DNA
   7       alignment and opens the result in a new window.
   8
   9
  10 BUG FIXES
  11
  12     o compute.brtime() did not completely randomized the order of the
  13       branching times.
  14
  15     o write.nexus() did not work correctly with rooted trees (thanks
  16       to Matt Johnson for the fix).
  17
  18     o mltt.plot(, backward = FALSE) did not set the x-axis correctly.
  19
  20     o A bug was introduced in prop.clades() with ape 3.0. The help page
  21       has been clarified relative to the use of the option 'rooted'.
  22
  23     o mantel.test() printed a useless warning message.
  24
  25     o plot.phylo(, direction = "downward") ignored 'y.lim'.
  26
  27     o is.monophyletic() did not work correctly if 'tips' was not stored
  28       as integers.
  29
  30     o prop.part() could make R crash if the first tree had many
  31       multichotomies.
  32
  33     o njs(), bionjs(), and mvrs() now return an error if 'fs < 1'.
  34
  35     o SDM() did not work correctly. The code has also been generally
  36       improved.
  37
  38
  39 OTHER CHANGES
  40
  41     o The DESCRIPTION file has been updated.
  42
  43     o The option 'original.data' of write.nexus() has been removed.
  44
  45     o The files bionjs.c, mvr.c, mvrs.c, njs.c, triangMtd.c, and
  46       triangMtds.c have been improved which should fix some bugs in
  47       the corresponding functions.
  48
  49
  50
  51                 CHANGES IN APE VERSION 3.0-1
  52
  53
  54 NEW FEATURES
  55
  56     o dist.dna() has two new models: "indel" and "indelblock".
  57
  58     o bind.tree() now accepts 'position' > 0 when the trees have no
  59       banch length permitting to create a node in 'x' when grafting
  60       'y' (see ?bind.tree for details).
  61
  62
  63 BUG FIXES
  64
  65     o cophyloplot( , rotate = TRUE) made R hanged after a few clicks.
  66       Also the tree is no more plotted twice.
  67
  68     o read.GenBank() has been updated to work with EFetch 2.0.
  69
  70     o unroot() on trees in "pruningwise" order did not respect this
  71       attribute.
  72
  73
  74
  75                 CHANGES IN APE VERSION 3.0
  76
  77
  78 NEW FEATURES
  79
  80     o The three functions dyule, dbd, and dbdTime calculate the
  81       density probability (i.e., the distribution of the number of
  82       species) for the Yule, the constant and the time-dependent
  83       birth-beath models, respectively. These probabilities can be
  84       conditional on no extinction and/or on a log-scale.
  85
  86     o plot.phylo() has a new option 'rotate.tree' to rotate unrooted,
  87       fan, or radial trees around the center of the plot.
  88
  89     o boot.phylo() and prop.clades() have a new option rooted =
  90       FALSE. Note that the behaviour of prop.part() is unchanged.
  91
  92     o edgelabels() has a new option 'date' to place labels on edges of
  93       chronograms using the time scale (suggestion by Rob Lanfear).
  94
  95
  96 BUG FIXES
  97
  98     o In chronopl(), the code setting the initial dates failed in
  99       complicated settings (several dates known within intervals).
 100       This has been generally improved and should result in faster
 101       and more efficient convergence even in simple settings.
 102
 103     o mantel.test() sometimes returned P-values > 1 with the default
 104       two-tailed test.
 105
 106     o extract.clade() sometimes shuffled some tip labels (thanks to
 107       Ludovic Mallet and Mahendra Mariadassou for the fix).
 108
 109     o clustal() should now find by default the executable under Windows.
 110
 111
 112 OTHER CHANGES
 113
 114     o The code of yule() has been simplified and is now much faster for
 115       big trees.
 116
 117     o The code of mantel.test() has been adjusted to be consistent
 118       with common permutation tests.
 119
 120     o The C code of base.freq() has been improved and is now nearly 8
 121       times faster.
 122
 123     o The option 'original.data' of write.nexus() is now deprecated and
 124       will be removed in a future release.
 125
 126     o The code of is.ultrametric() has been improved and is now 3 times
 127       faster.
 128
 129     o The code of vcv.phylo() has been improved and is now 10 or 30
 130       times faster for 100 or 1000 tips, respectively. Consequently,
 131       fitting models with PGLS will be faster overall.
 132
 133
 134
 135                 CHANGES IN APE VERSION 2.8
 136
 137
 138 NEW FEATURES
 139
 140     o Twelve new functions have been written by Andrei-Alin Popescu:
 141       additive, ultrametric, is.compatible, arecompatible, mvr, mvrs,
 142       njs, bionjs, SDM, treePop, triangMtd, triangMtd*.
 143
 144     o A new class "bitsplits" has been created by Andrei-Alin Popescu
 145       to code splits (aka, bipartition).
 146
 147     o There is a new generic function as.bitsplits with a method to
 148       convert from the class "prop.part" to the class "bitsplits".
 149
 150     o The new function ltt.coplot plots on the same scales a tree and
 151       the derived LTT plot.
 152
 153     o ltt.plot() has two new options: backward and tol. It can now
 154       handle non-ultrametic trees and its internal coding has been
 155       improved. The coordinates of the plot can now be computed with
 156       the new function ltt.plot.coords.
 157
 158
 159 BUG FIXES
 160
 161     o prop.part() crashed if some trees had some multichotomies.
 162
 163
 164
 165                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-3
 166
 167
 168 NEW FEATURES
 169
 170     o The new function compute.brtime computes and sets branching times.
 171
 172     o mantel.test() has a new argument 'alternative' which is
 173       "two-sided" by default. Previously, this test was one-tailed
 174       with no possibility to change.
 175
 176     o ace() can now do REML estimation with continuous characters,
 177       giving better estimates of the variance of the Brownian motion
 178       process.
 179
 180
 181 BUG FIXES
 182
 183     o Branch lengths were wrongly updated with bind.tree(, where = <tip>,
 184       position = 0). (Thanks to Liam Revell for digging this bug out.)
 185
 186     o Simulation of OU process with rTraitCont() did not work correctly.
 187       This now uses formula from Gillespie (1996) reduced to a BM
 188       process when alpha = 0 to avoid division by zero. The option
 189       'linear' has been removed.
 190
 191     o Cross-validation in chronopl() did not work when 'age.max' was
 192       used.
 193
 194     o consensus(, p = 0.5) could return an incorrect tree if some
 195       incompatible splits occur in 50% of the trees (especially with
 196       small number of trees).
 197
 198     o c() with "multiPhylo" did not work correctly (thanks to Klaus
 199       Schliep for the fix).
 200
 201     o root() failed in some cases with an outgroup made of several tips.
 202       The help page has been clarified a bit.
 203
 204
 205
 206                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-2
 207
 208
 209 NEW FEATURES
 210
 211     o There is a new class "evonet" to code evolutionary networks, with
 212       a constructor function evonet(), a print() and a plot() methods,
 213       and four conversion methods to the classes "phylo", "networx",
 214       "network", and "igraph".
 215
 216     o The new function rTraitMult does multivariate traits simulation
 217       with user-defined models.
 218
 219     o plot.phylo() has a new option 'plot = TRUE'. If FALSE, the tree
 220       is not plotted but the graphical device is set and the
 221       coordinates are saved as usual.
 222
 223     o diversity.contrast.test() gains a fourth version of the test with
 224       method = "logratio"; the literature citations have been clarified.
 225
 226     o add.scale.bar() has two new options, 'lwd' and 'lcol', to modify
 227       the aspect of the bar.
 228
 229     o boot.phylo() now displays a progress bar by default (can be off
 230       if 'quiet = TRUE').
 231
 232     o There is a new predict() method for compar.gee().
 233
 234
 235 BUG FIXES
 236
 237     o bionj() made R crash if distances were too large. It now returns
 238       an error if at least one distance is greater than 100.
 239
 240     o drop.tip() returned a wrong tree if 'tip' was of zero length.
 241
 242     o read.nexus.data() failed with URLs.
 243
 244     o boot.phylo() returned overestimated support values in the
 245       presence of identical or nearly identical sequences.
 246
 247
 248 OTHER CHANGES
 249
 250     o The data bird.families, bird.orders, cynipids, and woodmouse are
 251       now provided as .rda files.
 252
 253
 254
 255                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-1
 256
 257
 258 NEW FEATURES
 259
 260     o The new function trex does tree exploration with multiple
 261       graphical devices.
 262
 263     o The new function kronoviz plots several rooted (dated) trees on
 264       the scale scale.
 265
 266     o identify.phylo() has a new option 'quiet' (FALSE by default).
 267
 268
 269 BUG FIXES
 270
 271     o A bug was introduced in read.nexus() in ape 2.7.
 272
 273     o image.DNAbin() did not colour correctly the bases if there were
 274       some '-' and no 'N'.
 275
 276     o .compressTipLabel() failed with a list with a single tree.
 277
 278     o identify.phylo() returned a wrong answer when the x- and y-scales
 279       are very different.
 280
 281     o write.nexus() failed with lists of trees with compressed labels.
 282
 283
 284 OTHER CHANGES
 285
 286     o identify.phylo() now returns NULL if the user right- (instead of
 287       left-) clicks (an error was returned previously).
 288
 289     o read.nexus() should be robust to commands inserted in the TREES
 290       block.
 291
 292
 293
 294                 CHANGES IN APE VERSION 2.7
 295
 296
 297 NEW FEATURES
 298
 299     o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
 300       alignments in a flexible and efficient way.
 301
 302     o Two new functions as.network.phylo and as.igraph.phylo convert
 303       trees of class "phylo" into these respective network classes
 304       defined in the packages of the same names.
 305
 306     o The three new functions clustal, muscle, and tcoffee perform
 307       nucleotide sequence alignment by calling the external programs
 308       of the same names.
 309
 310     o Four new functions, diversity.contrast.test, mcconwaysims.test,
 311       richness.yule.test, and slowinskiguyer.test, implement various
 312       tests of diversification shifts using sister-clade comparisons.
 313
 314     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
 315       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
 316
 317     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a
 318       list of trees with names.
 319
 320
 321 BUG FIXES
 322
 323     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
 324
 325     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
 326       present.
 327
 328     o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
 329
 330     o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
 331       was not the root.
 332
 333
 334 OTHER CHANGES
 335
 336     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
 337
 338     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
 339
 340     o The matching representation has now only two columns as the third
 341       column was redundant.
 342
 343
 344
 345                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
 346
 347
 348 NEW FEATURES
 349
 350     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
 351       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
 352
 353
 354 BUG FIXES
 355
 356     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
 357
 358     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 359       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
 360
 361     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
 362       length.
 363
 364     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
 365       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
 366
 367     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
 368       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
 369       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
 370
 371
 372 OTHER CHANGES
 373
 374     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
 375
 376     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
 377       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
 378       man page of as.matching().
 379
 380
 381
 382                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
 383
 384
 385 NEW FEATURES
 386
 387     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
 388       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
 389       second function requires Phylip to be installed on the computer.
 390
 391     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
 392       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
 393
 394
 395 BUG FIXES
 396
 397     o write.tree() failed to output correctly tree names.
 398
 399     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
 400       multichotomous trees.
 401
 402     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
 403       turned off.
 404
 405     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
 406
 407     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
 408
 409     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
 410       = FALSE.
 411
 412     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 413       cutree() or rect.hclust().
 414
 415     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 416       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 417
 418     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 419       Jeremy Beaulieu.
 420
 421
 422
 423                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 424
 425
 426 NEW FEATURES
 427
 428     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 429       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 430       and shallowest divergence tree.
 431
 432
 433 BUG FIXES
 434
 435     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 436
 437     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 438
 439     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 440       Filipe Vieira for the fix).
 441
 442
 443
 444                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 445
 446
 447 NEW FEATURES
 448
 449     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 450       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 451       use continuous time algorithms.
 452
 453     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 454       phylogeny.
 455
 456     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 457       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 458       extinction into account.
 459
 460     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 461       discrete characters.
 462
 463     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 464       frequencies from a pair of sequences.
 465
 466     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 467
 468     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 469       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 470
 471     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 472       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 473       and height = NULL.
 474
 475     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 476       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 477       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 478       results has also been improved.
 479
 480     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 481       the gene (FALSE by default).
 482
 483
 484 BUG FIXES
 485
 486     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 487
 488     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 489       Schliep for the fix)
 490
 491     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 492       documentation has been clarified on the formulae used.
 493
 494
 495 OTHER CHANGES
 496
 497     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 498       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 499
 500     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 501       available) as names.
 502
 503     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 504       to contributions by Klaus Schliep.
 505
 506
 507
 508                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 509
 510
 511 NEW FEATURES
 512
 513     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 514       text to be plotted in different fonts.
 515
 516     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 517       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 518       check that the tip labels are the same in all trees.
 519
 520     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 521       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 522
 523     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 524       now documented.
 525
 526
 527 BUG FIXES
 528
 529     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 530       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 531
 532     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 533       simulating a Brownian motion model.
 534
 535
 536
 537                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 538
 539
 540 NEW FEATURES
 541
 542     o There is now a print method for results from ace().
 543
 544     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 545
 546     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 547       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 548
 549
 550 BUG FIXES
 551
 552     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 553
 554     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 555
 556     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 557       failed).
 558
 559
 560 DEPRECATED & DEFUNCT
 561
 562     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 563
 564     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 565
 566
 567 OTHER CHANGES
 568
 569     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 570
 571     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 572       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 573
 574     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 575       removed.
 576
 577
 578
 579                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 580
 581
 582 NEW FEATURES
 583
 584     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 585
 586     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 587       details).
 588
 589     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 590       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 591
 592     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 593       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 594
 595
 596 BUG FIXES
 597
 598     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 599       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 600
 601     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 602       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 603       The same bug occurred with the 'pie' option.
 604
 605     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 606
 607     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 608       more efficient.
 609
 610     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 611       vertical lines representing the nodes.
 612
 613     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 614       in the correct direction though the tip labels were displayed
 615       correctly.
 616
 617
 618 OTHER CHANGES
 619
 620     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 621       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 622       for the two other functions).
 623
 624
 625
 626                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 627
 628
 629 NEW FEATURES
 630
 631     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 632       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 633       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 634       The latter has a biplot method.
 635
 636     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 637       regression through the origin with testing by permutation.
 638
 639     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 640       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 641
 642     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 643       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 644
 645     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 646       and/or tips on a plotted tree.
 647
 648     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 649       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 650
 651     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 652
 653     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 654
 655     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 656       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 657       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 658       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 659
 660
 661 BUG FIXES
 662
 663     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 664       default options with unrooted or radial trees.
 665
 666     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 667       to Otto Cordero for the fix).
 668
 669
 670 OTHER CHANGES
 671
 672     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 673       in dist.topo().
 674
 675
 676
 677                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 678
 679
 680 NEW FEATURES
 681
 682     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 683       argument.
 684
 685     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 686       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 687       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 688       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 689
 690
 691 BUG FIXES
 692
 693     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 694
 695     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 696       lengths and there is a TRANSLATE block.
 697
 698     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 699       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 700       clarification on this behaviour.
 701
 702     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 703       compressed tip labels.
 704
 705     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 706
 707     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 708       when the tree has branch lengths.
 709
 710     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 711       negative (which resulted in an error).
 712
 713     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 714       returned.
 715
 716
 717
 718                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 719
 720
 721 NEW FEATURES
 722
 723     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 724       default is still to return the proportions.
 725
 726
 727 BUG FIXES
 728
 729     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 730       are now ignored.
 731
 732     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 733       the tree: the argument is now ignored.
 734
 735     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 736       Young for the fix).
 737
 738
 739 OTHER CHANGES
 740
 741     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 742       warning (it returned an error previously).
 743
 744     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 745       been modified (as well as their widths and types) following some
 746       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 747
 748     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 749       using 'pie' or 'thermo'.
 750
 751     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 752       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 753       done now).
 754
 755     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 756       help("ape-defunct") with the quotes.
 757
 758
 759 DEPRECATED & DEFUNCT
 760
 761     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 762       theta.s have been moved from ape to pegas.
 763
 764     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 765
 766
 767
 768                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 769
 770
 771 BUG FIXES
 772
 773     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 774
 775     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 776
 777     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 778       attribute.
 779
 780     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 781
 782     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 783       Phelan for the fix).
 784
 785     o seg.sites() failed when passing a vector.
 786
 787     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 788
 789     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 790
 791
 792
 793                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 794
 795
 796 BUG FIXES
 797
 798     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 799
 800     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 801       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 802
 803     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 804       outgroup correctly.
 805
 806     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 807
 808     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 809       "pruningwise" order.
 810
 811     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 812       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 813       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 814
 815
 816
 817                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 818
 819
 820 NEW FEATURES
 821
 822     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 823
 824     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 825
 826     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 827       corrected with respect to this change.
 828
 829     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 830       to be treated as (un)rooted.
 831
 832
 833 BUG FIXES
 834
 835     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 836       pairwise.deletion = FALSE.
 837
 838     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 839
 840     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 841
 842     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 843
 844     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 845
 846     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 847       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 848       times faster.
 849
 850     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 851
 852     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 853
 854
 855 OTHER CHANGES
 856
 857     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 858
 859     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 860       by inherits(phy, "phylo").
 861
 862     o rcoal() is now faster.
 863
 864
 865 DEPRECATED & DEFUNCT
 866
 867     o klastorin() has been removed.
 868
 869
 870
 871                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 872
 873
 874 NEW FEATURES
 875
 876     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 877       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 878       matrices.
 879
 880     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 881       Yule model by maximum likelihood.
 882
 883     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 884       labels in a flexible way.
 885
 886     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 887       handle individual tree names.
 888
 889     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 890       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 891
 892     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 893
 894
 895 BUG FIXES
 896
 897     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 898
 899     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 900
 901     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 902
 903     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 904       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 905       lasting bug).
 906
 907
 908 OTHER CHANGES
 909
 910     o The data set xenarthra has been removed.
 911
 912
 913
 914                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 915
 916 BUG FIXES
 917
 918     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 919       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 920
 921     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 922
 923
 924 OTHER CHANGES
 925
 926     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 927
 928
 929
 930                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 931
 932
 933 NEW FEATURES
 934
 935     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 936       specifying a node number or label.
 937
 938     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 939       operations of the same names.
 940
 941     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 942       specifying model="N".
 943
 944
 945 BUG FIXES
 946
 947     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 948
 949     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 950       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 951       comments inserted within the trees).
 952
 953     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 954       the number of lineages with non-binary trees.
 955
 956
 957 OTHER CHANGES
 958
 959     o ape has now a namespace.
 960
 961     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 962       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 963
 964
 965
 966                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 967
 968
 969 NEW FEATURES
 970
 971     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 972       'pairwise.deletion'.
 973
 974     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 975       more flexible.
 976
 977
 978 BUG FIXES
 979
 980     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 981      'check.labels = TRUE'.
 982
 983    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 984      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 985      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 986
 987    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 988      breaks in the Newick string.
 989
 990    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 991      gaps.
 992
 993
 994 OTHER CHANGES
 995
 996     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 997       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 998
 999     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
1000       which is returned unchanged (instead of an error).
1001
1002     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
1003       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
1004       read.tree().
1005
1006
1007
1008                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
1009
1010
1011 NEW FEATURES
1012
1013     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
1014       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
1015       truncate and/or make them unique, substituting some
1016       characters, and so on.
1017
1018     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
1019       set of DNA sequences.
1020
1021     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
1022
1023
1024 BUG FIXES
1025
1026     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
1027       already the specified root.
1028
1029     o Several bugs were fixed in mlphylo().
1030
1031     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
1032       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
1033
1034     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
1035       trees.
1036
1037     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
1038       translation of tip labels.
1039
1040     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
1041       a single tree with no edge lengths.
1042
1043     o A bug was fixed in sh.test().
1044
1045
1046 OTHER CHANGES
1047
1048     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
1049       Minin.
1050
1051     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
1052       TRUE by default.
1053
1054     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
1055       the Phylip formats.
1056
1057
1058
1059                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
1060
1061
1062 NEW FEATURES
1063
1064     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
1065       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
1066       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
1067       (without plotting).
1068
1069     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
1070       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
1071
1072     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
1073       help page for details.
1074
1075     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
1076       bootstraped trees (the default is FALSE).
1077
1078     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
1079       situations.
1080
1081
1082 BUG FIXES
1083
1084     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
1085       first sequence.
1086
1087     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
1088       circular tree (type = "r" or "f").
1089
1090     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
1091       trees.
1092
1093     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
1094       (thanks to Yan Wong for the fix).
1095
1096     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
1097
1098     o seg.sites() failed with a list.
1099
1100     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
1101       as well and is faster.
1102
1103
1104
1105                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
1106
1107
1108 BUG FIXES
1109
1110     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
1111
1112     o An error was fixed in the computation of ancestral character
1113       states by generalized least squares in ace().
1114
1115     o di2multi() did not modify node labels correctly.
1116
1117     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
1118       "cladewise".
1119
1120
1121
1122                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
1123
1124
1125 NEW FEATURES
1126
1127     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
1128       and [[.
1129
1130     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
1131       (FALSE by default) as well as its code being improved.
1132
1133     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
1134       than in plot.default().
1135
1136
1137 BUG FIXES
1138
1139     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
1140       list of trees.
1141
1142     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
1143       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
1144       worked already for thermometers).
1145
1146     o read.nexus() generally failed to read very big files.
1147
1148
1149 OTHER CHANGES
1150
1151     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
1152       as well as a character string.
1153
1154     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
1155       'tree.names = NULL'.
1156
1157     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
1158       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
1159       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
1160       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
1161       correctly when extracting trees.
1162
1163
1164
1165                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
1166
1167
1168 NEW FEATURES
1169
1170     o The new function rmtree generates lists of random trees.
1171
1172     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
1173       (thanks to Vladimir Minin for the code).
1174
1175
1176 BUG FIXES
1177
1178     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
1179       pairwise.deletion = FALSE.
1180
1181
1182 OTHER CHANGES
1183
1184     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
1185       have been improved so that they are stabler and faster.
1186
1187     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
1188       are loaded only when needed.
1189
1190
1191
1192                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
1193
1194
1195 NEW FEATURES
1196
1197     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
1198       tree using the mouse.
1199
1200     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
1201       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
1202
1203     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
1204       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
1205       an object of class "DNAbin".
1206
1207     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
1208       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
1209
1210     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
1211       as its main argument.
1212
1213     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
1214       improved, and gain several options (see the help page for
1215       details). A legend is now plotted by default.
1216
1217
1218 BUG FIXES
1219
1220     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
1221       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
1222       distances involving sequences with missing values. (Thanks
1223       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
1224
1225     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
1226       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
1227       single line).
1228
1229     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
1230       edges (see OTHER CHANGES).
1231
1232
1233 OTHER CHANGES
1234
1235     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
1236       should be much stabler. The options have been also greatly
1237       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
1238
1239     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
1240
1241     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
1242       been cleaned-up.
1243
1244     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
1245       improved.
1246
1247     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
1248       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
1249       correction applied in previous version did not work in all
1250       situations.
1251
1252     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
1253       "multiPhylo".
1254
1255
1256 DOCUMENTATION
1257
1258     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
1259
1260
1261 DEPRECATED & DEFUNCT
1262
1263     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
1264       lengths.
1265
1266     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
1267
1268
1269
1270                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
1271
1272
1273 NEW FEATURES
1274
1275     o The new function matexpo computes the exponential of a square
1276       matrix.
1277
1278     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
1279       a list.
1280
1281     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
1282       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
1283
1284
1285 BUG FIXES
1286
1287     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
1288       looked for.
1289
1290     o In diversi.time(), the values returned for model C were
1291       incorrect.
1292
1293     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
1294       likelihood in the presence of ties in the branching times.
1295
1296     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
1297       calculations of the transition probabilities for models HKY and
1298       GTR in mlphylo().
1299
1300     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
1301       Bullard).
1302
1303     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
1304       limited number of labelled topologies could be generated.
1305
1306
1307
1308                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
1309
1310
1311 NEW FEATURES
1312
1313     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1314       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1315       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1316       previous programs done by Vincent Lefort.
1317
1318     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1319       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1320       Evol. 24: 58).
1321
1322     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1323       two clades connected to the same node. It works also with
1324       multichotomous nodes.
1325
1326     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1327       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1328       keeping the names and the class.
1329
1330
1331 BUG FIXES
1332
1333     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1334       an error message is now returned.
1335
1336     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1337       to remove.
1338
1339
1340
1341                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1342
1343
1344 NEW FEATURES
1345
1346     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1347       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1348
1349     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1350       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1351       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1352       should be much faster.
1353
1354
1355 BUG FIXES
1356
1357     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1358       from ape 1.10: this is fixed in this version
1359
1360     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1361       object is now returned unchanged.
1362
1363
1364
1365                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1366
1367
1368 NEW FEATURES
1369
1370     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1371       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1372
1373
1374 BUG FIXES
1375
1376     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1377       object when reading multiple trees.
1378
1379     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1380       "phylo").
1381
1382     o unroot() did not work correctly in most cases.
1383
1384     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1385
1386     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1387
1388     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1389       correctly positioned if the option `cex' was used.
1390
1391
1392
1393                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1394
1395
1396 NEW FEATURES
1397
1398     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1399       DNA sequences in binary format (see below).
1400
1401     o Three new functions have been introduced to convert between the
1402       new binary and the character formats.
1403
1404     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1405       single characters into the class "alignment" used by the package
1406       seqinr.
1407
1408     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1409       controlling whether the sequences are returned in binary format
1410       or as character.
1411
1412
1413 BUG FIXES
1414
1415     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1416
1417     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1418       the default setting: this is fixed.
1419
1420     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1421       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1422
1423
1424 OTHER CHANGES
1425
1426     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1427       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1428       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1429       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1430       ca. 60 times faster).
1431
1432
1433
1434                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1435
1436
1437 BUG FIXES
1438
1439     o A bug was fixed in edgelabels().
1440
1441     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1442       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1443       now its tip labels set to "1", "2", ...
1444
1445     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1446       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1447
1448     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1449       initial tree were greater than one: an error message is now
1450       issued.
1451
1452     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1453       invariants: this is fixed.
1454
1455
1456
1457                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1458
1459
1460 NEW FEATURES
1461
1462     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1463       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1464
1465
1466 BUG FIXES
1467
1468     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1469       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1470
1471     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1472
1473     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1474       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1475       prop.clades, and boot.phylo.
1476
1477     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1478       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1479
1480
1481
1482                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1483
1484
1485 NEW FEATURES
1486
1487     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1488       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1489
1490     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1491       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1492       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1493
1494
1495 BUG FIXES
1496
1497     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1498
1499     o Some bugs were fixed in chronopl().
1500
1501     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1502       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1503
1504     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1505       fixed.
1506
1507
1508 OTHER CHANGES
1509
1510     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1511       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1512       format are still returned in a list.
1513
1514     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1515       it could not be used from the generic.
1516
1517
1518 DEPRECATED & DEFUNCT
1519
1520     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1521       since ape 1.9.
1522
1523
1524
1525                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1526
1527
1528 BUG FIXES
1529
1530     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1531       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1532
1533     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1534       unrooted tree in most cases.
1535
1536     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1537       particularly of the BX-series.
1538
1539     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1540       fixed
1541
1542
1543
1544                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1545
1546
1547 NEW FEATURES
1548
1549     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1550       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1551       displayed in a compact and informative way.
1552
1553     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1554       for converting between the old and new coding of the class
1555       "phylo".
1556
1557     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1558       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1559
1560     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1561       available to compute branch lengths.
1562
1563     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1564
1565
1566 BUG FIXES
1567
1568     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1569       multichotomous trees: this is fixed.
1570
1571     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1572       returned unchanged.
1573
1574     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1575       models: this is fixed.
1576
1577     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1578       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1579       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1580       accepts trees with no branch lengths.
1581
1582     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1583       user distribution was specified. This has been corrected, and
1584       the help page of this function has been expanded.
1585
1586
1587 OTHER CHANGES
1588
1589     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1590       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1591       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1592       functions has been improved.
1593
1594     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1595       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1596
1597     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1598
1599     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1600       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1601
1602     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1603       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1604       labels.
1605
1606     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1607
1608     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1609       been removed.
1610
1611     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1612
1613     o The use of node.depth() has been simplified.
1614
1615
1616
1617                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1618
1619
1620 NEW FEATURES
1621
1622     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1623       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1624       sequences in NEXUS files.
1625
1626     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1627       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1628       reorder(tr).
1629
1630     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1631       edge.
1632
1633     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1634       in NEXUS format.
1635
1636
1637 BUG FIXES
1638
1639     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1640       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1641
1642     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1643       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1644       Newick format (parentheses, etc.)
1645
1646     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1647       now fixed.
1648
1649
1650
1651                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1652
1653
1654 NEW FEATURES
1655
1656     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1657       Hasegawa test.
1658
1659     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1660       single descendant from a tree.
1661
1662     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1663       colours of the tips.
1664
1665     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1666       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1667
1668
1669 BUG FIXES
1670
1671     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1672       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1673
1674     o ace() returned a list with no class so that the generic
1675       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1676       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1677
1678     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1679       of freedom: this is fixed.
1680
1681     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1682       a data frame: this is fixed.
1683
1684     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1685       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1686
1687
1688 OTHER CHANGES
1689
1690     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1691       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1692       respectively.
1693
1694
1695
1696                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1697
1698
1699 NEW FEATURES
1700
1701     o There are four new `method' functions to be used with the
1702       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1703
1704     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1705       change the title, and `col' to control the colour of the
1706       segments showing the AIC values.
1707
1708     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1709       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1710       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1711       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1712
1713     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1714       represent proportions, with any number of categories, as
1715       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1716       there is now no limitation on the number of categories.
1717
1718
1719 BUG FIXES
1720
1721     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1722       fixed.
1723
1724     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1725       in the tree: this is fixed.
1726
1727     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1728       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1729
1730     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1731       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1732
1733     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1734       is fixed and a message error is now returned.
1735
1736     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1737       the calculation of P-values.
1738
1739     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1740       and in the variables were different: this is fixed.
1741
1742
1743
1744                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1745
1746
1747 NEW FEATURES
1748
1749     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1750       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1751       is used to define the substitution model which may include
1752       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1753       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1754       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1755       functionality is limited to estimating the substitution and
1756       associated parameters and computing the likelihood.
1757
1758     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1759       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1760       warning message is printed if there is not enough degrees of
1761       freedom.
1762
1763
1764 BUG FIXES
1765
1766     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1767       though with no consequence.
1768
1769
1770
1771                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1772
1773
1774 NEW FEATURES
1775
1776     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1777       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1778       documented on the same help page.
1779
1780
1781 BUG FIXES
1782
1783     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1784       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1785       boot.phylo, or consensus.
1786
1787     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1788       more than one element: this is fixed.
1789
1790     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1791       has been corrected.
1792
1793     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1794       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1795       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1796
1797
1798 OTHER CHANGES
1799
1800     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1801       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1802       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1803
1804
1805
1806                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1807
1808
1809 NEW FEATURES
1810
1811     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1812       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1813
1814     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1815       list of trees.
1816
1817     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1818       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1819
1820     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1821       tree together with ancestral values, as returned by the above
1822       function.
1823
1824     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1825       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1826
1827     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1828
1829     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1830       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1831
1832     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1833
1834     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1835       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1836
1837     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1838       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1839       and summary (to extract the numbers) methods.
1840
1841     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1842       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1843
1844     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1845       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1846       respectively.
1847
1848     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1849
1850
1851 BUG FIXES
1852
1853     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1854       handled corretly, and node labels are now output normally.
1855
1856     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1857       in some cases.
1858
1859     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1860       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1861       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1862       warning message is now returned; this latter bug was also
1863       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1864
1865     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1866       is now returned.
1867
1868     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1869       was not always correctly dispatched.
1870
1871     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1872       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1873
1874
1875 OTHER CHANGES
1876
1877     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1878
1879     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1880
1881     o Various error and warning messages have been improved.
1882
1883
1884
1885                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1886 NEW FEATURES
1887
1888     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1889       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1890       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1891
1892     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1893       of directional evolution for continuous characters. The user
1894       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1895       changes.
1896
1897     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1898       "phylo") is rooted.
1899
1900     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1901       the possibility to specify the function that generates the
1902       inter-nodes distances.
1903
1904     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1905       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1906
1907     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1908       to three classes) on the nodes of a tree.
1909
1910     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1911       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1912       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1913       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1914       3) are now handled correctly.
1915
1916     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1917       for Penny and Henny's method (already available before and now
1918       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1919       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1920
1921     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1922       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1923       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1924       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1925
1926     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1927       DNA sequences by specifying model = "raw".
1928
1929     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1930       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1931       `full = FALSE'.
1932
1933
1934 BUG FIXES
1935
1936     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1937
1938     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1939       they are now considered as missing data.
1940
1941     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1942       fixed.
1943
1944     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1945       and the function has been improved and is now faster.
1946
1947     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1948       incorrect.
1949
1950     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1951       this is fixed.
1952
1953     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1954       rooted and unrooted trees.
1955
1956     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1957       fixed.
1958
1959     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1960
1961
1962
1963                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1964
1965
1966 NEW FEATURES
1967
1968     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1969       between two trees.
1970
1971     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1972       phylogeny estimation.
1973
1974     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1975       bipartitions from a series of trees.
1976
1977
1978 OTHER CHANGES
1979
1980     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1981       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1982       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1983
1984
1985 BUG FIXES
1986
1987     o Several bugs were fixed in read.dna().
1988
1989     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1990
1991     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1992       lengths: this is fixed.
1993
1994     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1995       tree: this is fixed.
1996
1997
1998
1999                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
2000
2001
2002 NEW FEATURES
2003
2004     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
2005       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
2006       latter implements the representation of binary trees introduced by
2007       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
2008       as.matching() has been introduced as well.
2009
2010     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
2011       and collapse multichotomies with branches of length zero.
2012
2013     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
2014       from a sample a DNA sequences.
2015
2016     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
2017       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
2018       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
2019       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
2020       is available for all models. A gamma-correction is possible for
2021       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
2022       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
2023       `GCcontent' has been removed.
2024
2025     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
2026       whether to return the species names of the organisms in addition
2027       to the accession numbers of the sequences (this is the default
2028       behaviour).
2029
2030     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
2031
2032     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
2033       new root edge if internal branches are trimmed.
2034
2035
2036 BUG FIXES
2037
2038     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
2039       is fixed.
2040
2041     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
2042       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
2043       different representations (a report was printed previously).
2044
2045     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
2046       this is fixed.
2047
2048
2049 OTHER CHANGES
2050
2051     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
2052       which there is a print method.
2053
2054
2055
2056                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
2057
2058
2059 NEW FEATURES
2060
2061     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
2062       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
2063       Evol., 4:406).
2064
2065     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
2066       that belong to a group specified as a set of tips.
2067
2068     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
2069       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
2070       "phylo".
2071
2072     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
2073       phylogeny plot.
2074
2075     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
2076       in different cases and giving a number of tips.
2077
2078     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
2079       write a Newick tree on several lines rather than on a single
2080       line.
2081
2082     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
2083       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
2084       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
2085       marked with the option `subtree' (see below).
2086
2087     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
2088       specifies whether to output in the tree how many tips have been
2089       deleted and where.
2090
2091     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
2092       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
2093       function now works even if the plotted tree has no edge length.
2094
2095     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
2096       edge lengths into account.
2097
2098     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
2099       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
2100       they are propagated to the vertical line that link them.
2101
2102
2103 BUG FIXES
2104
2105     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
2106       crashing. This is fixed.
2107
2108     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
2109       now properly recycled; their default values are now "black" and
2110       1, respectively.
2111
2112     o A bug has been fixed in write.nexus().
2113
2114
2115 OTHER CHANGES
2116
2117     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
2118       replaced by a C code.
2119
2120
2121
2122                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
2123
2124
2125 NEW FEATURES
2126
2127     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
2128       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
2129
2130     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
2131       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
2132       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
2133       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
2134       limit (as before).
2135
2136
2137
2138                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
2139
2140
2141 NEW FEATURES
2142
2143     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
2144       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
2145       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
2146       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
2147       display graphically the AIC values of each model.
2148
2149     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
2150       a model where the speciation rate is affected by several species
2151       traits through a generalized linear model. The parameters are
2152       estimated by maximum likelihood.
2153
2154     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
2155       corMartins(), compute the expected correlation structures among
2156       species given a phylogeny under different models of evolution.
2157       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
2158       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
2159       Initialize.corPhyl() function associated.
2160
2161     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
2162       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
2163
2164     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
2165       a plot method.
2166
2167     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
2168       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
2169       correlograms.
2170
2171     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
2172       of a subtree defined by a particular node.
2173
2174     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
2175       given parent node.
2176
2177     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
2178       a tree according to a specified method.
2179
2180     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
2181       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
2182       the global graphical parameter), "direction" which allows to
2183       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
2184       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
2185
2186
2187 BUG FIXES
2188
2189     o Some functions which try to match tip labels and names of
2190       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
2191       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
2192       match, they are ignored and a warning message is now issued.
2193       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
2194       have been clarified on this point.
2195
2196
2197
2198                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
2199
2200
2201 NEW FEATURES
2202
2203     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
2204       to a specified outgroup.
2205
2206     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
2207
2208     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
2209       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
2210       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
2211       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
2212       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
2213       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
2214       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
2215
2216     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
2217
2218
2219 BUG FIXES
2220
2221     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
2222       lengths: this is fixed.
2223
2224     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
2225       plotted with some line crossings: this is now fixed.
2226
2227
2228
2229                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
2230
2231
2232 NEW FEATURES
2233
2234     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
2235       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
2236       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
2237
2238     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
2239       has been included.
2240
2241
2242 BUG FIXES
2243
2244     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
2245
2246
2247 OTHER CHANGES
2248
2249     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
2250       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
2251
2252
2253
2254                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
2255
2256
2257 NEW FEATURES
2258
2259     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
2260       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
2261       speciation and extinction rates.
2262
2263
2264 OTHER CHANGES
2265
2266     o The package gee is no more required by ape but only suggested
2267       since only the function compar.gee() calls gee.
2268
2269
2270
2271                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
2272
2273
2274 NEW FEATURES
2275
2276     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
2277       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
2278       demographic history from genealogies using a reversible jump
2279       MCMC have been introduced.
2280
2281     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
2282       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
2283
2284
2285
2286                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
2287
2288
2289 NEW FEATURES
2290
2291     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
2292       without branch lengths.
2293
2294     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
2295       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
2296       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
2297       arguments (see `?ltt.plot' for details).
2298
2299
2300 BUG FIXES
2301
2302     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
2303       this is fixed.
2304
2305     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
2306       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
2307
2308
2309 OTHER CHANGES
2310
2311     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
2312       algorithm: it is now about four times faster.
2313
2314     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2315       twice faster.
2316
2317
2318
2319                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2320
2321
2322 NEW FEATURES
2323
2324     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2325       sample of DNA sequences.
2326
2327
2328 BUG FIXES
2329
2330     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2331       1.2-1 was fixed.
2332
2333     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2334       help pages.
2335
2336
2337
2338                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2339
2340
2341 NEW FEATURES
2342
2343     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2344       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2345
2346
2347 BUG FIXES
2348
2349     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2350       comment blocks were not read correctly.
2351
2352     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2353       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2354       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2355       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2356       a warning message is now issued.
2357
2358
2359
2360                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2361
2362
2363 NEW FEATURES
2364
2365     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2366       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2367       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2368       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2369       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2370       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2371       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2372       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2373       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2374       see the respective help pages for details.
2375
2376     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2377       focusing on a small portion of it.
2378
2379     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2380       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2381
2382     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2383       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2384       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2385       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2386       (see below); the default behaviour is no more to display the
2387       sequences on the standard output. Several options have been
2388       introduced to control the sequence printing in a flexible
2389       way. The help page has been extended.
2390
2391     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2392
2393
2394 BUG FIXES
2395
2396     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2397       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2398
2399     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2400
2401     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2402       function did not work with `format = "interleaved"'.
2403
2404     o Various errors were corrected in the help pages.
2405
2406
2407 OTHER CHANGES
2408
2409     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2410       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2411       the corresponding generic function.
2412
2413     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2414       since gamma() is a generic function.
2415
2416
2417
2418                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2419
2420
2421 BUG FIXES
2422
2423     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2424       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2425       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2426       vector of length 4 is always returned).
2427
2428     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2429       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2430       command in the NEXUS file, and that the commands were
2431       case-sensitive.
2432
2433
2434
2435                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2436
2437
2438 NEW FEATURES
2439
2440     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2441       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2442
2443     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2444       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2445       sylvaticus).
2446
2447
2448 BUG FIXES
2449
2450     o A bug in read.nexus() was fixed.
2451
2452     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2453       The function has been completely re-written and its help page
2454       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2455       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2456       spaces (this behaviour was undocumented).
2457
2458     o A bug was fixed in write.dna().
2459
2460
2461
2462                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2463
2464
2465 BUG FIXES
2466
2467     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2468
2469     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2470       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2471
2472
2473
2474                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2475
2476
2477 NEW FEATURES
2478
2479     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2480       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2481       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2482       the function klastorin()).
2483
2484     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2485       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2486       as.phylo for details).
2487
2488     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2489       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2490       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2491       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2492       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2493
2494     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2495       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2496
2497     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2498       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2499       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2500       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2501       (this behaviour was undocumented).
2502
2503     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2504       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2505       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2506
2507     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2508       the estimated parameters using profile likelihood.
2509
2510     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2511       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2512       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2513
2514
2515 BUG FIXES
2516
2517     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2518
2519     o A bug in plot.mst() was fixed.
2520
2521     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2522       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2523
2524
2525
2526                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2527
2528
2529 NEW FEATURES
2530
2531     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2532       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2533
2534     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2535       in a NEXUS file.
2536
2537     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2538       possibly handling root edges to give internal branches.
2539
2540     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2541       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2542
2543     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2544
2545     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2546       branches with different colours and/or different widths, showing the
2547       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2548       the labels, and controling the space around the plot.
2549
2550     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2551       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2552       objects of class "phylo" is now optional.
2553
2554     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2555       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2556       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2557       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2558
2559     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2560       to read the tree in a variable of mode character.
2561
2562     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2563       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2564
2565
2566
2567                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2568
2569
2570 BUG FIXES
2571
2572     o Several bugs were fixed in the help pages.
2573
2574
2575
2576                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2577
2578
2579 NEW FEATURES
2580
2581     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2582       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2583
2584     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2585       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2586       extinction rates.
2587
2588     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2589       tree.
2590
2591     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2592
2593     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2594       as well as some methods are introduced.
2595
2596     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2597       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2598       population size through time are introduced and replace the function
2599       skyline.plot() in version 0.1.
2600
2601     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2602       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2603       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2604       Democratic Republic of Congo.
2605
2606
2607 DEPRECATED & DEFUNCT
2608
2609     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2610       replaced by more elaborate functions (see above).
2611
2612
2613 BUG FIXES
2614
2615     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2616       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2617       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2618       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2619
2620     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2621       AICs and LRTs.
2622
2623     o Various errors were corrected in the help pages.