NEWS

   1                 CHANGES IN APE VERSION 3.0-2
   2
   3
   4 BUG FIXES
   5
   6     o birthdeath() now catches errors and warnings much better so that
   7       a result is returned in most cases.
   8
   9
  10
  11                 CHANGES IN APE VERSION 3.0-2
  12
  13
  14 NEW FEATURES
  15
  16     o The new function alex (alignment explorator) zooms in a DNA
  17       alignment and opens the result in a new window.
  18
  19
  20 BUG FIXES
  21
  22     o compute.brtime() did not completely randomized the order of the
  23       branching times.
  24
  25     o write.nexus() did not work correctly with rooted trees (thanks
  26       to Matt Johnson for the fix).
  27
  28     o mltt.plot(, backward = FALSE) did not set the x-axis correctly.
  29
  30     o A bug was introduced in prop.clades() with ape 3.0. The help page
  31       has been clarified relative to the use of the option 'rooted'.
  32
  33     o mantel.test() printed a useless warning message.
  34
  35     o plot.phylo(, direction = "downward") ignored 'y.lim'.
  36
  37     o is.monophyletic() did not work correctly if 'tips' was not stored
  38       as integers.
  39
  40     o prop.part() could make R crash if the first tree had many
  41       multichotomies.
  42
  43     o njs(), bionjs(), and mvrs() now return an error if 'fs < 1'.
  44
  45     o SDM() did not work correctly. The code has also been generally
  46       improved.
  47
  48
  49 OTHER CHANGES
  50
  51     o The DESCRIPTION file has been updated.
  52
  53     o The option 'original.data' of write.nexus() has been removed.
  54
  55     o The files bionjs.c, mvr.c, mvrs.c, njs.c, triangMtd.c, and
  56       triangMtds.c have been improved which should fix some bugs in
  57       the corresponding functions.
  58
  59     o dist.gene() now coerces input data frame as matrix resulting in
  60       much faster calculations (thanks to a suggestion by Markus
  61       Schlegel).
  62
  63
  64
  65                 CHANGES IN APE VERSION 3.0-1
  66
  67
  68 NEW FEATURES
  69
  70     o dist.dna() has two new models: "indel" and "indelblock".
  71
  72     o bind.tree() now accepts 'position' > 0 when the trees have no
  73       banch length permitting to create a node in 'x' when grafting
  74       'y' (see ?bind.tree for details).
  75
  76
  77 BUG FIXES
  78
  79     o cophyloplot( , rotate = TRUE) made R hanged after a few clicks.
  80       Also the tree is no more plotted twice.
  81
  82     o read.GenBank() has been updated to work with EFetch 2.0.
  83
  84     o unroot() on trees in "pruningwise" order did not respect this
  85       attribute.
  86
  87
  88
  89                 CHANGES IN APE VERSION 3.0
  90
  91
  92 NEW FEATURES
  93
  94     o The three functions dyule, dbd, and dbdTime calculate the
  95       density probability (i.e., the distribution of the number of
  96       species) for the Yule, the constant and the time-dependent
  97       birth-beath models, respectively. These probabilities can be
  98       conditional on no extinction and/or on a log-scale.
  99
 100     o plot.phylo() has a new option 'rotate.tree' to rotate unrooted,
 101       fan, or radial trees around the center of the plot.
 102
 103     o boot.phylo() and prop.clades() have a new option rooted =
 104       FALSE. Note that the behaviour of prop.part() is unchanged.
 105
 106     o edgelabels() has a new option 'date' to place labels on edges of
 107       chronograms using the time scale (suggestion by Rob Lanfear).
 108
 109
 110 BUG FIXES
 111
 112     o In chronopl(), the code setting the initial dates failed in
 113       complicated settings (several dates known within intervals).
 114       This has been generally improved and should result in faster
 115       and more efficient convergence even in simple settings.
 116
 117     o mantel.test() sometimes returned P-values > 1 with the default
 118       two-tailed test.
 119
 120     o extract.clade() sometimes shuffled some tip labels (thanks to
 121       Ludovic Mallet and Mahendra Mariadassou for the fix).
 122
 123     o clustal() should now find by default the executable under Windows.
 124
 125
 126 OTHER CHANGES
 127
 128     o The code of yule() has been simplified and is now much faster for
 129       big trees.
 130
 131     o The code of mantel.test() has been adjusted to be consistent
 132       with common permutation tests.
 133
 134     o The C code of base.freq() has been improved and is now nearly 8
 135       times faster.
 136
 137     o The option 'original.data' of write.nexus() is now deprecated and
 138       will be removed in a future release.
 139
 140     o The code of is.ultrametric() has been improved and is now 3 times
 141       faster.
 142
 143     o The code of vcv.phylo() has been improved and is now 10 or 30
 144       times faster for 100 or 1000 tips, respectively. Consequently,
 145       fitting models with PGLS will be faster overall.
 146
 147
 148
 149                 CHANGES IN APE VERSION 2.8
 150
 151
 152 NEW FEATURES
 153
 154     o Twelve new functions have been written by Andrei-Alin Popescu:
 155       additive, ultrametric, is.compatible, arecompatible, mvr, mvrs,
 156       njs, bionjs, SDM, treePop, triangMtd, triangMtd*.
 157
 158     o A new class "bitsplits" has been created by Andrei-Alin Popescu
 159       to code splits (aka, bipartition).
 160
 161     o There is a new generic function as.bitsplits with a method to
 162       convert from the class "prop.part" to the class "bitsplits".
 163
 164     o The new function ltt.coplot plots on the same scales a tree and
 165       the derived LTT plot.
 166
 167     o ltt.plot() has two new options: backward and tol. It can now
 168       handle non-ultrametic trees and its internal coding has been
 169       improved. The coordinates of the plot can now be computed with
 170       the new function ltt.plot.coords.
 171
 172
 173 BUG FIXES
 174
 175     o prop.part() crashed if some trees had some multichotomies.
 176
 177
 178
 179                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-3
 180
 181
 182 NEW FEATURES
 183
 184     o The new function compute.brtime computes and sets branching times.
 185
 186     o mantel.test() has a new argument 'alternative' which is
 187       "two-sided" by default. Previously, this test was one-tailed
 188       with no possibility to change.
 189
 190     o ace() can now do REML estimation with continuous characters,
 191       giving better estimates of the variance of the Brownian motion
 192       process.
 193
 194
 195 BUG FIXES
 196
 197     o Branch lengths were wrongly updated with bind.tree(, where = <tip>,
 198       position = 0). (Thanks to Liam Revell for digging this bug out.)
 199
 200     o Simulation of OU process with rTraitCont() did not work correctly.
 201       This now uses formula from Gillespie (1996) reduced to a BM
 202       process when alpha = 0 to avoid division by zero. The option
 203       'linear' has been removed.
 204
 205     o Cross-validation in chronopl() did not work when 'age.max' was
 206       used.
 207
 208     o consensus(, p = 0.5) could return an incorrect tree if some
 209       incompatible splits occur in 50% of the trees (especially with
 210       small number of trees).
 211
 212     o c() with "multiPhylo" did not work correctly (thanks to Klaus
 213       Schliep for the fix).
 214
 215     o root() failed in some cases with an outgroup made of several tips.
 216       The help page has been clarified a bit.
 217
 218
 219
 220                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-2
 221
 222
 223 NEW FEATURES
 224
 225     o There is a new class "evonet" to code evolutionary networks, with
 226       a constructor function evonet(), a print() and a plot() methods,
 227       and four conversion methods to the classes "phylo", "networx",
 228       "network", and "igraph".
 229
 230     o The new function rTraitMult does multivariate traits simulation
 231       with user-defined models.
 232
 233     o plot.phylo() has a new option 'plot = TRUE'. If FALSE, the tree
 234       is not plotted but the graphical device is set and the
 235       coordinates are saved as usual.
 236
 237     o diversity.contrast.test() gains a fourth version of the test with
 238       method = "logratio"; the literature citations have been clarified.
 239
 240     o add.scale.bar() has two new options, 'lwd' and 'lcol', to modify
 241       the aspect of the bar.
 242
 243     o boot.phylo() now displays a progress bar by default (can be off
 244       if 'quiet = TRUE').
 245
 246     o There is a new predict() method for compar.gee().
 247
 248
 249 BUG FIXES
 250
 251     o bionj() made R crash if distances were too large. It now returns
 252       an error if at least one distance is greater than 100.
 253
 254     o drop.tip() returned a wrong tree if 'tip' was of zero length.
 255
 256     o read.nexus.data() failed with URLs.
 257
 258     o boot.phylo() returned overestimated support values in the
 259       presence of identical or nearly identical sequences.
 260
 261
 262 OTHER CHANGES
 263
 264     o The data bird.families, bird.orders, cynipids, and woodmouse are
 265       now provided as .rda files.
 266
 267
 268
 269                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-1
 270
 271
 272 NEW FEATURES
 273
 274     o The new function trex does tree exploration with multiple
 275       graphical devices.
 276
 277     o The new function kronoviz plots several rooted (dated) trees on
 278       the scale scale.
 279
 280     o identify.phylo() has a new option 'quiet' (FALSE by default).
 281
 282
 283 BUG FIXES
 284
 285     o A bug was introduced in read.nexus() in ape 2.7.
 286
 287     o image.DNAbin() did not colour correctly the bases if there were
 288       some '-' and no 'N'.
 289
 290     o .compressTipLabel() failed with a list with a single tree.
 291
 292     o identify.phylo() returned a wrong answer when the x- and y-scales
 293       are very different.
 294
 295     o write.nexus() failed with lists of trees with compressed labels.
 296
 297
 298 OTHER CHANGES
 299
 300     o identify.phylo() now returns NULL if the user right- (instead of
 301       left-) clicks (an error was returned previously).
 302
 303     o read.nexus() should be robust to commands inserted in the TREES
 304       block.
 305
 306
 307
 308                 CHANGES IN APE VERSION 2.7
 309
 310
 311 NEW FEATURES
 312
 313     o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
 314       alignments in a flexible and efficient way.
 315
 316     o Two new functions as.network.phylo and as.igraph.phylo convert
 317       trees of class "phylo" into these respective network classes
 318       defined in the packages of the same names.
 319
 320     o The three new functions clustal, muscle, and tcoffee perform
 321       nucleotide sequence alignment by calling the external programs
 322       of the same names.
 323
 324     o Four new functions, diversity.contrast.test, mcconwaysims.test,
 325       richness.yule.test, and slowinskiguyer.test, implement various
 326       tests of diversification shifts using sister-clade comparisons.
 327
 328     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
 329       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
 330
 331     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a
 332       list of trees with names.
 333
 334
 335 BUG FIXES
 336
 337     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
 338
 339     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
 340       present.
 341
 342     o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
 343
 344     o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
 345       was not the root.
 346
 347
 348 OTHER CHANGES
 349
 350     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
 351
 352     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
 353
 354     o The matching representation has now only two columns as the third
 355       column was redundant.
 356
 357
 358
 359                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
 360
 361
 362 NEW FEATURES
 363
 364     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
 365       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
 366
 367
 368 BUG FIXES
 369
 370     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
 371
 372     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 373       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
 374
 375     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
 376       length.
 377
 378     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
 379       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
 380
 381     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
 382       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
 383       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
 384
 385
 386 OTHER CHANGES
 387
 388     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
 389
 390     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
 391       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
 392       man page of as.matching().
 393
 394
 395
 396                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
 397
 398
 399 NEW FEATURES
 400
 401     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
 402       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
 403       second function requires Phylip to be installed on the computer.
 404
 405     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
 406       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
 407
 408
 409 BUG FIXES
 410
 411     o write.tree() failed to output correctly tree names.
 412
 413     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
 414       multichotomous trees.
 415
 416     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
 417       turned off.
 418
 419     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
 420
 421     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
 422
 423     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
 424       = FALSE.
 425
 426     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 427       cutree() or rect.hclust().
 428
 429     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 430       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 431
 432     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 433       Jeremy Beaulieu.
 434
 435
 436
 437                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 438
 439
 440 NEW FEATURES
 441
 442     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 443       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 444       and shallowest divergence tree.
 445
 446
 447 BUG FIXES
 448
 449     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 450
 451     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 452
 453     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 454       Filipe Vieira for the fix).
 455
 456
 457
 458                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 459
 460
 461 NEW FEATURES
 462
 463     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 464       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 465       use continuous time algorithms.
 466
 467     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 468       phylogeny.
 469
 470     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 471       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 472       extinction into account.
 473
 474     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 475       discrete characters.
 476
 477     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 478       frequencies from a pair of sequences.
 479
 480     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 481
 482     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 483       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 484
 485     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 486       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 487       and height = NULL.
 488
 489     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 490       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 491       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 492       results has also been improved.
 493
 494     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 495       the gene (FALSE by default).
 496
 497
 498 BUG FIXES
 499
 500     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 501
 502     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 503       Schliep for the fix)
 504
 505     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 506       documentation has been clarified on the formulae used.
 507
 508
 509 OTHER CHANGES
 510
 511     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 512       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 513
 514     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 515       available) as names.
 516
 517     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 518       to contributions by Klaus Schliep.
 519
 520
 521
 522                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 523
 524
 525 NEW FEATURES
 526
 527     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 528       text to be plotted in different fonts.
 529
 530     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 531       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 532       check that the tip labels are the same in all trees.
 533
 534     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 535       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 536
 537     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 538       now documented.
 539
 540
 541 BUG FIXES
 542
 543     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 544       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 545
 546     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 547       simulating a Brownian motion model.
 548
 549
 550
 551                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 552
 553
 554 NEW FEATURES
 555
 556     o There is now a print method for results from ace().
 557
 558     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 559
 560     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 561       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 562
 563
 564 BUG FIXES
 565
 566     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 567
 568     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 569
 570     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 571       failed).
 572
 573
 574 DEPRECATED & DEFUNCT
 575
 576     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 577
 578     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 579
 580
 581 OTHER CHANGES
 582
 583     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 584
 585     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 586       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 587
 588     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 589       removed.
 590
 591
 592
 593                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 594
 595
 596 NEW FEATURES
 597
 598     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 599
 600     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 601       details).
 602
 603     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 604       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 605
 606     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 607       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 608
 609
 610 BUG FIXES
 611
 612     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 613       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 614
 615     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 616       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 617       The same bug occurred with the 'pie' option.
 618
 619     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 620
 621     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 622       more efficient.
 623
 624     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 625       vertical lines representing the nodes.
 626
 627     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 628       in the correct direction though the tip labels were displayed
 629       correctly.
 630
 631
 632 OTHER CHANGES
 633
 634     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 635       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 636       for the two other functions).
 637
 638
 639
 640                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 641
 642
 643 NEW FEATURES
 644
 645     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 646       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 647       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 648       The latter has a biplot method.
 649
 650     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 651       regression through the origin with testing by permutation.
 652
 653     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 654       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 655
 656     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 657       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 658
 659     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 660       and/or tips on a plotted tree.
 661
 662     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 663       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 664
 665     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 666
 667     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 668
 669     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 670       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 671       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 672       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 673
 674
 675 BUG FIXES
 676
 677     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 678       default options with unrooted or radial trees.
 679
 680     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 681       to Otto Cordero for the fix).
 682
 683
 684 OTHER CHANGES
 685
 686     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 687       in dist.topo().
 688
 689
 690
 691                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 692
 693
 694 NEW FEATURES
 695
 696     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 697       argument.
 698
 699     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 700       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 701       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 702       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 703
 704
 705 BUG FIXES
 706
 707     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 708
 709     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 710       lengths and there is a TRANSLATE block.
 711
 712     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 713       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 714       clarification on this behaviour.
 715
 716     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 717       compressed tip labels.
 718
 719     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 720
 721     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 722       when the tree has branch lengths.
 723
 724     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 725       negative (which resulted in an error).
 726
 727     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 728       returned.
 729
 730
 731
 732                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 733
 734
 735 NEW FEATURES
 736
 737     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 738       default is still to return the proportions.
 739
 740
 741 BUG FIXES
 742
 743     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 744       are now ignored.
 745
 746     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 747       the tree: the argument is now ignored.
 748
 749     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 750       Young for the fix).
 751
 752
 753 OTHER CHANGES
 754
 755     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 756       warning (it returned an error previously).
 757
 758     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 759       been modified (as well as their widths and types) following some
 760       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 761
 762     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 763       using 'pie' or 'thermo'.
 764
 765     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 766       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 767       done now).
 768
 769     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 770       help("ape-defunct") with the quotes.
 771
 772
 773 DEPRECATED & DEFUNCT
 774
 775     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 776       theta.s have been moved from ape to pegas.
 777
 778     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 779
 780
 781
 782                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 783
 784
 785 BUG FIXES
 786
 787     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 788
 789     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 790
 791     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 792       attribute.
 793
 794     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 795
 796     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 797       Phelan for the fix).
 798
 799     o seg.sites() failed when passing a vector.
 800
 801     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 802
 803     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 804
 805
 806
 807                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 808
 809
 810 BUG FIXES
 811
 812     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 813
 814     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 815       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 816
 817     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 818       outgroup correctly.
 819
 820     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 821
 822     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 823       "pruningwise" order.
 824
 825     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 826       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 827       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 828
 829
 830
 831                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 832
 833
 834 NEW FEATURES
 835
 836     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 837
 838     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 839
 840     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 841       corrected with respect to this change.
 842
 843     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 844       to be treated as (un)rooted.
 845
 846
 847 BUG FIXES
 848
 849     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 850       pairwise.deletion = FALSE.
 851
 852     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 853
 854     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 855
 856     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 857
 858     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 859
 860     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 861       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 862       times faster.
 863
 864     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 865
 866     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 867
 868
 869 OTHER CHANGES
 870
 871     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 872
 873     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 874       by inherits(phy, "phylo").
 875
 876     o rcoal() is now faster.
 877
 878
 879 DEPRECATED & DEFUNCT
 880
 881     o klastorin() has been removed.
 882
 883
 884
 885                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 886
 887
 888 NEW FEATURES
 889
 890     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 891       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 892       matrices.
 893
 894     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 895       Yule model by maximum likelihood.
 896
 897     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 898       labels in a flexible way.
 899
 900     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 901       handle individual tree names.
 902
 903     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 904       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 905
 906     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 907
 908
 909 BUG FIXES
 910
 911     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 912
 913     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 914
 915     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 916
 917     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 918       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 919       lasting bug).
 920
 921
 922 OTHER CHANGES
 923
 924     o The data set xenarthra has been removed.
 925
 926
 927
 928                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 929
 930 BUG FIXES
 931
 932     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 933       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 934
 935     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 936
 937
 938 OTHER CHANGES
 939
 940     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 941
 942
 943
 944                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 945
 946
 947 NEW FEATURES
 948
 949     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 950       specifying a node number or label.
 951
 952     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 953       operations of the same names.
 954
 955     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 956       specifying model="N".
 957
 958
 959 BUG FIXES
 960
 961     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 962
 963     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 964       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 965       comments inserted within the trees).
 966
 967     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 968       the number of lineages with non-binary trees.
 969
 970
 971 OTHER CHANGES
 972
 973     o ape has now a namespace.
 974
 975     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 976       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 977
 978
 979
 980                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 981
 982
 983 NEW FEATURES
 984
 985     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 986       'pairwise.deletion'.
 987
 988     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 989       more flexible.
 990
 991
 992 BUG FIXES
 993
 994     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 995      'check.labels = TRUE'.
 996
 997    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 998      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 999      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
1000
1001    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
1002      breaks in the Newick string.
1003
1004    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
1005      gaps.
1006
1007
1008 OTHER CHANGES
1009
1010     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
1011       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
1012
1013     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
1014       which is returned unchanged (instead of an error).
1015
1016     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
1017       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
1018       read.tree().
1019
1020
1021
1022                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
1023
1024
1025 NEW FEATURES
1026
1027     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
1028       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
1029       truncate and/or make them unique, substituting some
1030       characters, and so on.
1031
1032     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
1033       set of DNA sequences.
1034
1035     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
1036
1037
1038 BUG FIXES
1039
1040     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
1041       already the specified root.
1042
1043     o Several bugs were fixed in mlphylo().
1044
1045     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
1046       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
1047
1048     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
1049       trees.
1050
1051     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
1052       translation of tip labels.
1053
1054     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
1055       a single tree with no edge lengths.
1056
1057     o A bug was fixed in sh.test().
1058
1059
1060 OTHER CHANGES
1061
1062     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
1063       Minin.
1064
1065     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
1066       TRUE by default.
1067
1068     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
1069       the Phylip formats.
1070
1071
1072
1073                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
1074
1075
1076 NEW FEATURES
1077
1078     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
1079       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
1080       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
1081       (without plotting).
1082
1083     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
1084       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
1085
1086     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
1087       help page for details.
1088
1089     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
1090       bootstraped trees (the default is FALSE).
1091
1092     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
1093       situations.
1094
1095
1096 BUG FIXES
1097
1098     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
1099       first sequence.
1100
1101     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
1102       circular tree (type = "r" or "f").
1103
1104     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
1105       trees.
1106
1107     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
1108       (thanks to Yan Wong for the fix).
1109
1110     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
1111
1112     o seg.sites() failed with a list.
1113
1114     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
1115       as well and is faster.
1116
1117
1118
1119                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
1120
1121
1122 BUG FIXES
1123
1124     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
1125
1126     o An error was fixed in the computation of ancestral character
1127       states by generalized least squares in ace().
1128
1129     o di2multi() did not modify node labels correctly.
1130
1131     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
1132       "cladewise".
1133
1134
1135
1136                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
1137
1138
1139 NEW FEATURES
1140
1141     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
1142       and [[.
1143
1144     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
1145       (FALSE by default) as well as its code being improved.
1146
1147     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
1148       than in plot.default().
1149
1150
1151 BUG FIXES
1152
1153     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
1154       list of trees.
1155
1156     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
1157       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
1158       worked already for thermometers).
1159
1160     o read.nexus() generally failed to read very big files.
1161
1162
1163 OTHER CHANGES
1164
1165     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
1166       as well as a character string.
1167
1168     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
1169       'tree.names = NULL'.
1170
1171     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
1172       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
1173       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
1174       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
1175       correctly when extracting trees.
1176
1177
1178
1179                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
1180
1181
1182 NEW FEATURES
1183
1184     o The new function rmtree generates lists of random trees.
1185
1186     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
1187       (thanks to Vladimir Minin for the code).
1188
1189
1190 BUG FIXES
1191
1192     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
1193       pairwise.deletion = FALSE.
1194
1195
1196 OTHER CHANGES
1197
1198     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
1199       have been improved so that they are stabler and faster.
1200
1201     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
1202       are loaded only when needed.
1203
1204
1205
1206                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
1207
1208
1209 NEW FEATURES
1210
1211     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
1212       tree using the mouse.
1213
1214     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
1215       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
1216
1217     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
1218       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
1219       an object of class "DNAbin".
1220
1221     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
1222       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
1223
1224     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
1225       as its main argument.
1226
1227     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
1228       improved, and gain several options (see the help page for
1229       details). A legend is now plotted by default.
1230
1231
1232 BUG FIXES
1233
1234     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
1235       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
1236       distances involving sequences with missing values. (Thanks
1237       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
1238
1239     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
1240       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
1241       single line).
1242
1243     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
1244       edges (see OTHER CHANGES).
1245
1246
1247 OTHER CHANGES
1248
1249     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
1250       should be much stabler. The options have been also greatly
1251       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
1252
1253     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
1254
1255     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
1256       been cleaned-up.
1257
1258     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
1259       improved.
1260
1261     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
1262       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
1263       correction applied in previous version did not work in all
1264       situations.
1265
1266     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
1267       "multiPhylo".
1268
1269
1270 DOCUMENTATION
1271
1272     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
1273
1274
1275 DEPRECATED & DEFUNCT
1276
1277     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
1278       lengths.
1279
1280     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
1281
1282
1283
1284                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
1285
1286
1287 NEW FEATURES
1288
1289     o The new function matexpo computes the exponential of a square
1290       matrix.
1291
1292     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
1293       a list.
1294
1295     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
1296       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
1297
1298
1299 BUG FIXES
1300
1301     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
1302       looked for.
1303
1304     o In diversi.time(), the values returned for model C were
1305       incorrect.
1306
1307     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
1308       likelihood in the presence of ties in the branching times.
1309
1310     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
1311       calculations of the transition probabilities for models HKY and
1312       GTR in mlphylo().
1313
1314     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
1315       Bullard).
1316
1317     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
1318       limited number of labelled topologies could be generated.
1319
1320
1321
1322                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
1323
1324
1325 NEW FEATURES
1326
1327     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1328       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1329       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1330       previous programs done by Vincent Lefort.
1331
1332     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1333       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1334       Evol. 24: 58).
1335
1336     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1337       two clades connected to the same node. It works also with
1338       multichotomous nodes.
1339
1340     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1341       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1342       keeping the names and the class.
1343
1344
1345 BUG FIXES
1346
1347     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1348       an error message is now returned.
1349
1350     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1351       to remove.
1352
1353
1354
1355                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1356
1357
1358 NEW FEATURES
1359
1360     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1361       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1362
1363     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1364       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1365       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1366       should be much faster.
1367
1368
1369 BUG FIXES
1370
1371     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1372       from ape 1.10: this is fixed in this version
1373
1374     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1375       object is now returned unchanged.
1376
1377
1378
1379                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1380
1381
1382 NEW FEATURES
1383
1384     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1385       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1386
1387
1388 BUG FIXES
1389
1390     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1391       object when reading multiple trees.
1392
1393     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1394       "phylo").
1395
1396     o unroot() did not work correctly in most cases.
1397
1398     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1399
1400     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1401
1402     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1403       correctly positioned if the option `cex' was used.
1404
1405
1406
1407                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1408
1409
1410 NEW FEATURES
1411
1412     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1413       DNA sequences in binary format (see below).
1414
1415     o Three new functions have been introduced to convert between the
1416       new binary and the character formats.
1417
1418     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1419       single characters into the class "alignment" used by the package
1420       seqinr.
1421
1422     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1423       controlling whether the sequences are returned in binary format
1424       or as character.
1425
1426
1427 BUG FIXES
1428
1429     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1430
1431     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1432       the default setting: this is fixed.
1433
1434     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1435       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1436
1437
1438 OTHER CHANGES
1439
1440     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1441       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1442       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1443       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1444       ca. 60 times faster).
1445
1446
1447
1448                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1449
1450
1451 BUG FIXES
1452
1453     o A bug was fixed in edgelabels().
1454
1455     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1456       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1457       now its tip labels set to "1", "2", ...
1458
1459     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1460       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1461
1462     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1463       initial tree were greater than one: an error message is now
1464       issued.
1465
1466     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1467       invariants: this is fixed.
1468
1469
1470
1471                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1472
1473
1474 NEW FEATURES
1475
1476     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1477       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1478
1479
1480 BUG FIXES
1481
1482     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1483       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1484
1485     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1486
1487     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1488       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1489       prop.clades, and boot.phylo.
1490
1491     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1492       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1493
1494
1495
1496                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1497
1498
1499 NEW FEATURES
1500
1501     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1502       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1503
1504     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1505       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1506       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1507
1508
1509 BUG FIXES
1510
1511     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1512
1513     o Some bugs were fixed in chronopl().
1514
1515     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1516       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1517
1518     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1519       fixed.
1520
1521
1522 OTHER CHANGES
1523
1524     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1525       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1526       format are still returned in a list.
1527
1528     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1529       it could not be used from the generic.
1530
1531
1532 DEPRECATED & DEFUNCT
1533
1534     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1535       since ape 1.9.
1536
1537
1538
1539                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1540
1541
1542 BUG FIXES
1543
1544     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1545       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1546
1547     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1548       unrooted tree in most cases.
1549
1550     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1551       particularly of the BX-series.
1552
1553     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1554       fixed
1555
1556
1557
1558                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1559
1560
1561 NEW FEATURES
1562
1563     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1564       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1565       displayed in a compact and informative way.
1566
1567     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1568       for converting between the old and new coding of the class
1569       "phylo".
1570
1571     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1572       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1573
1574     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1575       available to compute branch lengths.
1576
1577     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1578
1579
1580 BUG FIXES
1581
1582     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1583       multichotomous trees: this is fixed.
1584
1585     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1586       returned unchanged.
1587
1588     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1589       models: this is fixed.
1590
1591     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1592       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1593       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1594       accepts trees with no branch lengths.
1595
1596     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1597       user distribution was specified. This has been corrected, and
1598       the help page of this function has been expanded.
1599
1600
1601 OTHER CHANGES
1602
1603     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1604       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1605       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1606       functions has been improved.
1607
1608     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1609       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1610
1611     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1612
1613     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1614       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1615
1616     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1617       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1618       labels.
1619
1620     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1621
1622     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1623       been removed.
1624
1625     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1626
1627     o The use of node.depth() has been simplified.
1628
1629
1630
1631                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1632
1633
1634 NEW FEATURES
1635
1636     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1637       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1638       sequences in NEXUS files.
1639
1640     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1641       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1642       reorder(tr).
1643
1644     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1645       edge.
1646
1647     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1648       in NEXUS format.
1649
1650
1651 BUG FIXES
1652
1653     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1654       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1655
1656     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1657       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1658       Newick format (parentheses, etc.)
1659
1660     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1661       now fixed.
1662
1663
1664
1665                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1666
1667
1668 NEW FEATURES
1669
1670     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1671       Hasegawa test.
1672
1673     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1674       single descendant from a tree.
1675
1676     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1677       colours of the tips.
1678
1679     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1680       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1681
1682
1683 BUG FIXES
1684
1685     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1686       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1687
1688     o ace() returned a list with no class so that the generic
1689       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1690       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1691
1692     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1693       of freedom: this is fixed.
1694
1695     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1696       a data frame: this is fixed.
1697
1698     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1699       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1700
1701
1702 OTHER CHANGES
1703
1704     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1705       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1706       respectively.
1707
1708
1709
1710                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1711
1712
1713 NEW FEATURES
1714
1715     o There are four new `method' functions to be used with the
1716       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1717
1718     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1719       change the title, and `col' to control the colour of the
1720       segments showing the AIC values.
1721
1722     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1723       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1724       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1725       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1726
1727     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1728       represent proportions, with any number of categories, as
1729       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1730       there is now no limitation on the number of categories.
1731
1732
1733 BUG FIXES
1734
1735     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1736       fixed.
1737
1738     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1739       in the tree: this is fixed.
1740
1741     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1742       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1743
1744     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1745       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1746
1747     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1748       is fixed and a message error is now returned.
1749
1750     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1751       the calculation of P-values.
1752
1753     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1754       and in the variables were different: this is fixed.
1755
1756
1757
1758                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1759
1760
1761 NEW FEATURES
1762
1763     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1764       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1765       is used to define the substitution model which may include
1766       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1767       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1768       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1769       functionality is limited to estimating the substitution and
1770       associated parameters and computing the likelihood.
1771
1772     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1773       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1774       warning message is printed if there is not enough degrees of
1775       freedom.
1776
1777
1778 BUG FIXES
1779
1780     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1781       though with no consequence.
1782
1783
1784
1785                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1786
1787
1788 NEW FEATURES
1789
1790     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1791       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1792       documented on the same help page.
1793
1794
1795 BUG FIXES
1796
1797     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1798       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1799       boot.phylo, or consensus.
1800
1801     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1802       more than one element: this is fixed.
1803
1804     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1805       has been corrected.
1806
1807     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1808       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1809       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1810
1811
1812 OTHER CHANGES
1813
1814     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1815       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1816       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1817
1818
1819
1820                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1821
1822
1823 NEW FEATURES
1824
1825     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1826       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1827
1828     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1829       list of trees.
1830
1831     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1832       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1833
1834     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1835       tree together with ancestral values, as returned by the above
1836       function.
1837
1838     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1839       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1840
1841     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1842
1843     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1844       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1845
1846     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1847
1848     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1849       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1850
1851     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1852       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1853       and summary (to extract the numbers) methods.
1854
1855     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1856       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1857
1858     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1859       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1860       respectively.
1861
1862     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1863
1864
1865 BUG FIXES
1866
1867     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1868       handled corretly, and node labels are now output normally.
1869
1870     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1871       in some cases.
1872
1873     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1874       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1875       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1876       warning message is now returned; this latter bug was also
1877       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1878
1879     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1880       is now returned.
1881
1882     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1883       was not always correctly dispatched.
1884
1885     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1886       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1887
1888
1889 OTHER CHANGES
1890
1891     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1892
1893     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1894
1895     o Various error and warning messages have been improved.
1896
1897
1898
1899                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1900 NEW FEATURES
1901
1902     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1903       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1904       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1905
1906     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1907       of directional evolution for continuous characters. The user
1908       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1909       changes.
1910
1911     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1912       "phylo") is rooted.
1913
1914     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1915       the possibility to specify the function that generates the
1916       inter-nodes distances.
1917
1918     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1919       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1920
1921     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1922       to three classes) on the nodes of a tree.
1923
1924     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1925       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1926       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1927       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1928       3) are now handled correctly.
1929
1930     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1931       for Penny and Henny's method (already available before and now
1932       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1933       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1934
1935     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1936       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1937       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1938       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1939
1940     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1941       DNA sequences by specifying model = "raw".
1942
1943     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1944       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1945       `full = FALSE'.
1946
1947
1948 BUG FIXES
1949
1950     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1951
1952     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1953       they are now considered as missing data.
1954
1955     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1956       fixed.
1957
1958     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1959       and the function has been improved and is now faster.
1960
1961     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1962       incorrect.
1963
1964     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1965       this is fixed.
1966
1967     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1968       rooted and unrooted trees.
1969
1970     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1971       fixed.
1972
1973     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1974
1975
1976
1977                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1978
1979
1980 NEW FEATURES
1981
1982     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1983       between two trees.
1984
1985     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1986       phylogeny estimation.
1987
1988     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1989       bipartitions from a series of trees.
1990
1991
1992 OTHER CHANGES
1993
1994     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1995       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1996       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1997
1998
1999 BUG FIXES
2000
2001     o Several bugs were fixed in read.dna().
2002
2003     o Several bugs were fixed in diversi.time().
2004
2005     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
2006       lengths: this is fixed.
2007
2008     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
2009       tree: this is fixed.
2010
2011
2012
2013                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
2014
2015
2016 NEW FEATURES
2017
2018     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
2019       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
2020       latter implements the representation of binary trees introduced by
2021       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
2022       as.matching() has been introduced as well.
2023
2024     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
2025       and collapse multichotomies with branches of length zero.
2026
2027     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
2028       from a sample a DNA sequences.
2029
2030     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
2031       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
2032       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
2033       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
2034       is available for all models. A gamma-correction is possible for
2035       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
2036       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
2037       `GCcontent' has been removed.
2038
2039     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
2040       whether to return the species names of the organisms in addition
2041       to the accession numbers of the sequences (this is the default
2042       behaviour).
2043
2044     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
2045
2046     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
2047       new root edge if internal branches are trimmed.
2048
2049
2050 BUG FIXES
2051
2052     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
2053       is fixed.
2054
2055     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
2056       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
2057       different representations (a report was printed previously).
2058
2059     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
2060       this is fixed.
2061
2062
2063 OTHER CHANGES
2064
2065     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
2066       which there is a print method.
2067
2068
2069
2070                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
2071
2072
2073 NEW FEATURES
2074
2075     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
2076       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
2077       Evol., 4:406).
2078
2079     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
2080       that belong to a group specified as a set of tips.
2081
2082     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
2083       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
2084       "phylo".
2085
2086     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
2087       phylogeny plot.
2088
2089     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
2090       in different cases and giving a number of tips.
2091
2092     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
2093       write a Newick tree on several lines rather than on a single
2094       line.
2095
2096     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
2097       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
2098       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
2099       marked with the option `subtree' (see below).
2100
2101     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
2102       specifies whether to output in the tree how many tips have been
2103       deleted and where.
2104
2105     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
2106       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
2107       function now works even if the plotted tree has no edge length.
2108
2109     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
2110       edge lengths into account.
2111
2112     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
2113       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
2114       they are propagated to the vertical line that link them.
2115
2116
2117 BUG FIXES
2118
2119     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
2120       crashing. This is fixed.
2121
2122     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
2123       now properly recycled; their default values are now "black" and
2124       1, respectively.
2125
2126     o A bug has been fixed in write.nexus().
2127
2128
2129 OTHER CHANGES
2130
2131     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
2132       replaced by a C code.
2133
2134
2135
2136                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
2137
2138
2139 NEW FEATURES
2140
2141     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
2142       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
2143
2144     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
2145       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
2146       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
2147       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
2148       limit (as before).
2149
2150
2151
2152                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
2153
2154
2155 NEW FEATURES
2156
2157     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
2158       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
2159       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
2160       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
2161       display graphically the AIC values of each model.
2162
2163     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
2164       a model where the speciation rate is affected by several species
2165       traits through a generalized linear model. The parameters are
2166       estimated by maximum likelihood.
2167
2168     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
2169       corMartins(), compute the expected correlation structures among
2170       species given a phylogeny under different models of evolution.
2171       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
2172       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
2173       Initialize.corPhyl() function associated.
2174
2175     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
2176       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
2177
2178     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
2179       a plot method.
2180
2181     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
2182       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
2183       correlograms.
2184
2185     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
2186       of a subtree defined by a particular node.
2187
2188     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
2189       given parent node.
2190
2191     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
2192       a tree according to a specified method.
2193
2194     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
2195       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
2196       the global graphical parameter), "direction" which allows to
2197       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
2198       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
2199
2200
2201 BUG FIXES
2202
2203     o Some functions which try to match tip labels and names of
2204       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
2205       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
2206       match, they are ignored and a warning message is now issued.
2207       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
2208       have been clarified on this point.
2209
2210
2211
2212                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
2213
2214
2215 NEW FEATURES
2216
2217     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
2218       to a specified outgroup.
2219
2220     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
2221
2222     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
2223       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
2224       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
2225       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
2226       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
2227       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
2228       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
2229
2230     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
2231
2232
2233 BUG FIXES
2234
2235     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
2236       lengths: this is fixed.
2237
2238     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
2239       plotted with some line crossings: this is now fixed.
2240
2241
2242
2243                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
2244
2245
2246 NEW FEATURES
2247
2248     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
2249       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
2250       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
2251
2252     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
2253       has been included.
2254
2255
2256 BUG FIXES
2257
2258     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
2259
2260
2261 OTHER CHANGES
2262
2263     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
2264       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
2265
2266
2267
2268                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
2269
2270
2271 NEW FEATURES
2272
2273     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
2274       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
2275       speciation and extinction rates.
2276
2277
2278 OTHER CHANGES
2279
2280     o The package gee is no more required by ape but only suggested
2281       since only the function compar.gee() calls gee.
2282
2283
2284
2285                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
2286
2287
2288 NEW FEATURES
2289
2290     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
2291       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
2292       demographic history from genealogies using a reversible jump
2293       MCMC have been introduced.
2294
2295     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
2296       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
2297
2298
2299
2300                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
2301
2302
2303 NEW FEATURES
2304
2305     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
2306       without branch lengths.
2307
2308     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
2309       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
2310       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
2311       arguments (see `?ltt.plot' for details).
2312
2313
2314 BUG FIXES
2315
2316     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
2317       this is fixed.
2318
2319     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
2320       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
2321
2322
2323 OTHER CHANGES
2324
2325     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
2326       algorithm: it is now about four times faster.
2327
2328     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2329       twice faster.
2330
2331
2332
2333                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2334
2335
2336 NEW FEATURES
2337
2338     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2339       sample of DNA sequences.
2340
2341
2342 BUG FIXES
2343
2344     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2345       1.2-1 was fixed.
2346
2347     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2348       help pages.
2349
2350
2351
2352                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2353
2354
2355 NEW FEATURES
2356
2357     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2358       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2359
2360
2361 BUG FIXES
2362
2363     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2364       comment blocks were not read correctly.
2365
2366     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2367       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2368       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2369       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2370       a warning message is now issued.
2371
2372
2373
2374                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2375
2376
2377 NEW FEATURES
2378
2379     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2380       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2381       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2382       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2383       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2384       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2385       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2386       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2387       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2388       see the respective help pages for details.
2389
2390     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2391       focusing on a small portion of it.
2392
2393     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2394       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2395
2396     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2397       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2398       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2399       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2400       (see below); the default behaviour is no more to display the
2401       sequences on the standard output. Several options have been
2402       introduced to control the sequence printing in a flexible
2403       way. The help page has been extended.
2404
2405     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2406
2407
2408 BUG FIXES
2409
2410     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2411       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2412
2413     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2414
2415     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2416       function did not work with `format = "interleaved"'.
2417
2418     o Various errors were corrected in the help pages.
2419
2420
2421 OTHER CHANGES
2422
2423     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2424       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2425       the corresponding generic function.
2426
2427     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2428       since gamma() is a generic function.
2429
2430
2431
2432                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2433
2434
2435 BUG FIXES
2436
2437     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2438       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2439       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2440       vector of length 4 is always returned).
2441
2442     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2443       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2444       command in the NEXUS file, and that the commands were
2445       case-sensitive.
2446
2447
2448
2449                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2450
2451
2452 NEW FEATURES
2453
2454     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2455       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2456
2457     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2458       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2459       sylvaticus).
2460
2461
2462 BUG FIXES
2463
2464     o A bug in read.nexus() was fixed.
2465
2466     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2467       The function has been completely re-written and its help page
2468       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2469       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2470       spaces (this behaviour was undocumented).
2471
2472     o A bug was fixed in write.dna().
2473
2474
2475
2476                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2477
2478
2479 BUG FIXES
2480
2481     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2482
2483     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2484       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2485
2486
2487
2488                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2489
2490
2491 NEW FEATURES
2492
2493     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2494       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2495       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2496       the function klastorin()).
2497
2498     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2499       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2500       as.phylo for details).
2501
2502     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2503       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2504       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2505       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2506       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2507
2508     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2509       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2510
2511     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2512       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2513       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2514       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2515       (this behaviour was undocumented).
2516
2517     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2518       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2519       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2520
2521     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2522       the estimated parameters using profile likelihood.
2523
2524     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2525       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2526       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2527
2528
2529 BUG FIXES
2530
2531     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2532
2533     o A bug in plot.mst() was fixed.
2534
2535     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2536       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2537
2538
2539
2540                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2541
2542
2543 NEW FEATURES
2544
2545     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2546       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2547
2548     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2549       in a NEXUS file.
2550
2551     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2552       possibly handling root edges to give internal branches.
2553
2554     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2555       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2556
2557     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2558
2559     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2560       branches with different colours and/or different widths, showing the
2561       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2562       the labels, and controling the space around the plot.
2563
2564     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2565       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2566       objects of class "phylo" is now optional.
2567
2568     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2569       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2570       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2571       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2572
2573     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2574       to read the tree in a variable of mode character.
2575
2576     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2577       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2578
2579
2580
2581                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2582
2583
2584 BUG FIXES
2585
2586     o Several bugs were fixed in the help pages.
2587
2588
2589
2590                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2591
2592
2593 NEW FEATURES
2594
2595     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2596       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2597
2598     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2599       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2600       extinction rates.
2601
2602     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2603       tree.
2604
2605     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2606
2607     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2608       as well as some methods are introduced.
2609
2610     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2611       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2612       population size through time are introduced and replace the function
2613       skyline.plot() in version 0.1.
2614
2615     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2616       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2617       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2618       Democratic Republic of Congo.
2619
2620
2621 DEPRECATED & DEFUNCT
2622
2623     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2624       replaced by more elaborate functions (see above).
2625
2626
2627 BUG FIXES
2628
2629     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2630       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2631       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2632       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2633
2634     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2635       AICs and LRTs.
2636
2637     o Various errors were corrected in the help pages.