DESCRIPTION

   1 Package: ape
   2 Version: 2.3-1
   3 Date: 2009-06-23
   4 Title: Analyses of Phylogenetics and Evolution
   5 Author: Emmanuel Paradis, Ben Bolker, Julien Claude, Hoa Sien Cuong, Richard Desper, Benoit Durand, Julien Dutheil, Olivier Gascuel, Gangolf Jobb, Christoph Heibl, Daniel Lawson, Vincent Lefort, Pierre Legendre, Jim Lemon, Yvonnick Noel, Johan Nylander, Rainer Opgen-Rhein, Korbinian Strimmer, Damien de Vienne
   6 Maintainer: Emmanuel Paradis <Emmanuel.Paradis@ird.fr>
   7 Depends: R (>= 2.6.0)
   8 Suggests: gee
   9 Imports: gee, nlme, lattice
  10 ZipData: no
  11 Description: ape provides functions for reading, writing, plotting,
  12   and manipulating phylogenetic trees, analyses of comparative data
  13   in a phylogenetic framework, analyses of diversification and
  14   macroevolution, computing distances from allelic and nucleotide
  15   data, reading nucleotide sequences, and several tools such as
  16   Mantel's test, computation of minimum spanning tree, the population
  17   parameter theta based on various approaches, nucleotide diversity,
  18   generalized skyline plots, estimation of absolute evolutionary rates
  19   and clock-like trees using mean path lengths, non-parametric rate
  20   smoothing and penalized likelihood. Phylogeny estimation can be done
  21   with the NJ, BIONJ, and ME methods.
  22 License: GPL (>= 2)
  23 URL: http://ape.mpl.ird.fr/