DESCRIPTION

   1 Package: ape
   2 Version: 2.3
   3 Date: 2009-02-20
   4 Title: Analyses of Phylogenetics and Evolution
   5 Author: Emmanuel Paradis, Ben Bolker, Julien Claude, Hoa Sien Cuong,
   6   Richard Desper, Benoit Durand, Julien Dutheil, Olivier Gascuel,
   7   Gangolf Jobb, Christoph Heibl, Vincent Lefort, Pierre Legendre,
   8   Jim Lemon, Yvonnick Noel, Johan Nylander, Rainer Opgen-Rhein,
   9   Korbinian Strimmer, Damien de Vienne
  10 Maintainer: Emmanuel Paradis <Emmanuel.Paradis@ird.fr>
  11 Depends: R (>= 2.6.0)
  12 Suggests: gee
  13 Imports: gee, nlme, lattice
  14 ZipData: no
  15 Description: ape provides functions for reading, writing, plotting,
  16   and manipulating phylogenetic trees, analyses of comparative data
  17   in a phylogenetic framework, analyses of diversification and
  18   macroevolution, computing distances from allelic and nucleotide
  19   data, reading nucleotide sequences, and several tools such as
  20   Mantel's test, computation of minimum spanning tree, the population
  21   parameter theta based on various approaches, nucleotide diversity,
  22   generalized skyline plots, estimation of absolute evolutionary rates
  23   and clock-like trees using mean path lengths, non-parametric rate
  24   smoothing and penalized likelihood, classifying genes in trees using
  25   the Klastorin-Misawa-Tajima approach. Phylogeny estimation can be done
  26   with the NJ, BIONJ, and ME methods.
  27 License: GPL (>= 2)
  28 URL: http://ape.mpl.ird.fr/